තාප සිතියම
Heatmap මෙවලම ආදානය ලෙස matrix දත්ත ගොනුවක් පිළිගන්නා අතර පරිශීලකයින්ට දත්ත පෙරීමට, සාමාන්යකරණය කිරීමට සහ පොකුරු කිරීමට ඉඩ සලසයි. තාප සිතියම් සඳහා ප්රාථමික භාවිත අවස්ථාව වන්නේ විවිධ සාම්පල අතර ජාන ප්රකාශන මට්ටමේ පොකුරු විශ්ලේෂණයයි.
ජාන විවරණය
ජාන විවරණ මෙවලම විවිධ දත්ත සමුදායන්ට එරෙහිව ආදාන FASTA ගොනු අනුපිළිවෙලින් පෙළගැස්වීම මත පදනම්ව ජාන විවරණ සිදු කරයි.
මූලික දේශීය පෙළගැස්ම සෙවුම් මෙවලම (BLAST)
BLAST මෙවලම NCBI BLAST හි BMKCloud ඒකාබද්ධ අනුවාදයක් වන අතර BMKCloud ගිණුමට උඩුගත කරන ලද දත්ත භාවිතයෙන් එම කාර්යයන්ම සිදු කිරීමට භාවිතා කළ හැක.
CDS_UTR අනාවැකිය
CDS_UTR පුරෝකථන මෙවලම නිර්මාණය කර ඇත්තේ දන්නා ප්රෝටීන් දත්ත සමුදායන් සහ ORF පුරෝකථන ප්රතිඵලවලට එරෙහිව BLAST ප්රතිඵල මත පදනම්ව ලබා දී ඇති පිටපත් අනුපිළිවෙලෙහි කේතීකරණ කලාප (CDS) සහ කේතීකරණ නොවන කලාප (UTR) පුරෝකථනය කිරීමට ය.
මෑන්හැටන් කුමන්ත්රණය
මෑන්හැටන් ප්ලොට් මෙවලම ඉහළ සාම්පල අත්හදා බැලීම් ප්රදර්ශනය කිරීමට හැකියාව ලබා දෙන අතර එය ජෙනෝම-පුළුල් සංගම් අධ්යයනයන්හි (GWAS) බහුලව භාවිතා වේ.
සර්කෝස් රූප සටහන
CIRCOS රූප සටහන් මෙවලම ජෙනෝමය පුරා ජෙනෝම ලක්ෂණ බෙදා හරින ආකාරය කාර්යක්ෂමව දෘශ්යකරණය කරයි. පොදු ලක්ෂණ අතර ප්රමාණාත්මක ස්ථාන, SNPs, InDels, ව්යුහාත්මක සහ පිටපත් අංක ප්රභේද ඇතුළත් වේ.
ජාන ඔන්ටොලොජි (GO) පොහොසත් කිරීම
GO Enrichment මෙවලම ක්රියාකාරී පොහොසත් කිරීමේ විශ්ලේෂණය සපයයි. මෙම මෙවලමෙහි ප්රාථමික මෘදුකාංගය වන්නේ TopGO-Bioconductor පැකේජයයි, එයට අවකල ප්රකාශන විශ්ලේෂණය, GO පොහොසත් කිරීමේ විශ්ලේෂණය සහ ප්රතිඵල දෘශ්යකරණය ඇතුළත් වේ.
බරිත ජාන සහ-ප්රකාශන ජාල විශ්ලේෂණය (WGCNA)
WGCNA යනු ජාන සහ-ප්රකාශන මොඩියුල සොයා ගැනීම සඳහා බහුලව භාවිතා වන දත්ත කැණීමේ ක්රමයකි. එය ක්ෂුද්ර අරා සහ NGS ජාන ප්රකාශන දත්ත ඇතුළු විවිධ ප්රකාශන දත්ත කට්ටල සඳහා අදාළ වේ.
ඉන්ටර්ප්රොස්කෑන්
InterProScan මෙවලම InterPro ප්රෝටීන අනුක්රමික විශ්ලේෂණය සහ වර්ගීකරණය සපයයි.
GO KEGG පොහොසත් කිරීම
GO KEGG Enrichment මෙවලම යනු සපයා ඇති ජාන කට්ටලයක් සහ අනුරූප විවරණයක් මත පදනම්ව GO පොහොසත් කිරීමේ හිස්ටෝග්රෑම් එකක්, KEGG පොහොසත් කිරීමේ හිස්ටෝග්රෑම් එකක් සහ KEGG පොහොසත් කිරීමේ මාර්ගයක් ජනනය කිරීම සඳහා නිර්මාණය කර ඇත.
