යොමු නොවන mRNA අනුක්‍රමණය-Illumina
විශේෂාංග
● ඕනෑම යොමු ජෙනෝමයකින් ස්වාධීන,
● දත්ත පිටපත් වල ව්‍යුහය සහ ප්‍රකාශනය විශ්ලේෂණය කිරීමට භාවිතා කළ හැක
● විචල්‍ය ක්ලිපින් අඩවි හඳුනා ගන්න
සේවා වාසි
● BMKCloud මත පදනම් වූ ප්රතිඵල බෙදාහැරීම: දත්ත ගොනුවක් සහ අන්තර්ක්‍රියාකාරී වාර්තාවක් ලෙස BMKCloud වේදිකාව හරහා ප්රතිඵල ලබා දෙනු ලැබේ, එමඟින් සංකීර්ණ විශ්ලේෂණ ප්‍රතිදානයන් පරිශීලක-හිතකාමී ලෙස කියවීමට සහ සම්මත ජෛව තොරතුරු විශ්ලේෂණයේ පදනම මත අභිරුචි කළ දත්ත කැණීමට ඉඩ සලසයි.
● අලෙවියෙන් පසු සේවා: ව්‍යාපෘති පසු විපරම්, ගැටලු නිරාකරණය, ප්රතිඵල ප්‍රශ්න සහ පිළිතුරු යනාදිය ඇතුළුව, ව්‍යාපෘති අවසන් වූ පසු මාස 3ක් සඳහා වලංගු අලෙවියෙන් පසු සේවා.
නියැදි අවශ්‍යතා සහ භාරදීම
නියැදි අවශ්‍යතා:
නියුක්ලියෝටයිඩ:
| Conc.(ng/μl) | මුදල (μg) | පිරිසිදුකම | අඛණ්ඩතාව |
| ≥ 20 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 සීමිත හෝ ප්‍රෝටීන් හෝ DNA දූෂණය ජෙල් මත නොපෙන්වයි. | පැල සඳහා: RIN≥6.5; සතුන් සඳහා: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; සීමිත හෝ මූලික උන්නතාංශයක් නොමැත |
පටක: බර (වියළි): ≥1 g
*5 mg ට වඩා කුඩා පටක සඳහා, ෆ්ලෑෂ් ශීත කළ (ද්රව නයිට්රජන් වල) පටක සාම්පලයක් යැවීමට අපි නිර්දේශ කරමු.
සෛල අත්හිටුවීම: සෛල ගණන = 3×107
* ශීත කළ සෛල ලයිසේට් නැව්ගත කිරීමට අපි නිර්දේශ කරමු.එම සෛලය 5×10ට වඩා කුඩා නම්5, ද්රව නයිට්රජන් තුළ ශීත කළ ෆ්ලෑෂ් නිර්දේශ කරනු ලැබේ.
රුධිර සාම්පල:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol සහ 2mL රුධිරය (TRIzol:Blood=3:1)
නිර්දේශිත සාම්පල භාරදීම
බහාලුම්:
2 ml කේන්ද්රාපසාරී නල (ටින් තීරු නිර්දේශ නොකරයි)
නියැදි ලේබල් කිරීම: සමූහ+ප්‍රතිනිර්මාණය උදා: A1, A2, A3;B1, B2, B3......
නැව්ගත:
1.වියළි-අයිස්: සාම්පල බෑග්වල අසුරා වියළි අයිස්වල තැන්පත් කළ යුතුය.
2.RNA ස්ථායී නල: RNA සාම්පල RNA ස්ථායීකරණ නලයෙන් වියළා ගත හැකිය (උදා: RNAstable®) සහ කාමර උෂ්ණත්වයේ දී නැව්ගත කළ හැක.
සේවා වැඩ ප්රවාහය
අත්හදා බැලීම් නිර්මාණය
සාම්පල භාරදීම
RNA නිස්සාරණය
පුස්තකාල ඉදිකිරීම
අනුපිළිවෙල
දත්ත විශ්ලේෂණය
අලෙවියෙන් පසු සේවා
ජෛව තොරතුරු
1.mRNA(denovo) එකලස් කිරීමේ මූලධර්මය
ත්‍රිත්ව විසින්, කියවීම් කුඩා කැබලිවලට ඛණ්ඩනය කරනු ලැබේ, එය K-mer ලෙස හැඳින්වේ.මෙම K-mers පසුව contigs දක්වා ව්‍යාප්ත කිරීම සඳහා බීජ ලෙස භාවිතා කරනු ලබන අතර පසුව contig අතිච්ඡාදනය මත සංරචක පදනම් වේ.අවසාන වශයෙන්, සංරචකවල පිටපත් හඳුනා ගැනීමට De Bruijn මෙහි යොදන ලදී.
mRNA (De novo) ත්‍රිත්වය පිළිබඳ දළ විශ්ලේෂණය
2.mRNA (De novo) ජාන ප්‍රකාශන මට්ටම බෙදා හැරීම
RNA-Seq හට ජාන ප්‍රකාශනය පිළිබඳ ඉතා සංවේදී තක්සේරුවක් ලබා ගැනීමට හැකි වේ.සාමාන්‍යයෙන්, හඳුනාගත හැකි පිටපත් ප්‍රකාශන පරාසය FPKM 10^-2 සිට 10^6 දක්වා පරාසයක පවතී.
mRNA (De novo) සෑම නියැදියකම FPKM ඝනත්වය බෙදා හැරීම
3.mRNA (De novo) DEGs පිළිබඳ GO පොහොසත් කිරීමේ විශ්ලේෂණය
GO (Gene Ontology) දත්ත සමුදාය යනු ජාන සහ ජාන නිෂ්පාදන ක්‍රියාකාරිත්වයේ සම්මත වචන මාලාවක් අඩංගු ව්‍යුහගත ජීව විද්‍යාත්මක විවරණ පද්ධතියකි.එහි බහු මට්ටම් අඩංගු වේ, එහිදී මට්ටම අඩු වන තරමට කාර්යයන් වඩාත් නිශ්චිත වේ.
mRNA (De novo) GO දෙවන මට්ටමේ DEG වර්ගීකරණය
BMK නඩුව
ළූණු වල බල්බ ඉදිමීම සහ වර්ධනය අතරතුර සුක්‍රෝස් පරිවෘත්තීය පිළිබඳ පිටපත් විශ්ලේෂණය (ඇලියම් සීපා එල්.)
ප්‍රකාශිත: ශාක විද්යාවේ මායිම්,2016
අනුපිළිවෙල උපාය
Illumina HiSeq2500
සාම්පල එකතුව
Utah Yellow Sweet Spain ප්‍රභේදය "Y1351" මෙම අධ්‍යයනයේදී භාවිතා කරන ලදී.එකතු කරන ලද සාම්පල ගණන විය
බල්බයේ ඉදිමුමෙන් පසු 15 වන දින (DAS) (2-cm විෂ්කම්භය සහ 3-4 g බර), 30 DAS (5-cm විෂ්කම්භය සහ 100-110 g බර), සහ 40th DAS මත ~3 (විෂ්කම්භය 7-cm සහ 260-300 ග්රෑම්).
ප්රධාන ප්රතිඵල
1. Venn රූප සටහනෙහි, සංවර්ධන අවධීන් යුගල තුනෙන්ම DEGs 146 ක් අනාවරණය කර ගන්නා ලදී.
2.“කාබෝහයිඩ්‍රේට් ප්‍රවාහනය සහ පරිවෘත්තීය” නියෝජනය කළේ යුනිජින 585 ක් පමණි (එනම්, විවරණ COG වලින් 7%).
3. GO දත්ත සමුදායට සාර්ථකව සටහන් කරන ලද Unigenes බල්බ සංවර්ධනයේ විවිධ අවධීන් තුන සඳහා ප්රධාන කාණ්ඩ තුනකට වර්ග කර ඇත."ජීව විද්‍යාත්මක ක්‍රියාවලිය" ප්රධාන කාණ්ඩයේ වැඩිපුරම නියෝජනය වන්නේ "පරිවෘත්තීය ක්‍රියාවලිය", පසුව "සෛලීය ක්‍රියාවලිය" ය."අණුක ශ්‍රිතයේ" ප්රධාන කාණ්ඩයේ වඩාත්ම නියෝජනය වන කාණ්ඩ දෙක වූයේ "බන්ධන" සහ "උත්ප්‍රේරක ක්‍රියාකාරකම්" ය.
 විකලාංග කණ්ඩායම් (COG) වර්ගීකරණයේ පොකුරු වල හිස්ටෝග්‍රෑම් |  සංවර්ධන අවධීන් තුනකින් බල්බ වලින් ලබාගත් යුනිජීන සඳහා ජාන ඔන්ටොලොජි (GO) වර්ගීකරණයේ හිස්ටෝග්‍රෑම් |
 ළූණු බල්බ සංවර්ධනයේ ඕනෑම අදියර දෙකක දී ජාන වෙනස් ලෙස ප්‍රකාශ කරන ලද Venn රූප සටහන |
යොමුව
Zhang C, Zhang H, Zhan Z, et al.ළූණු වල බල්බ ඉදිමීම සහ වර්ධනය අතරතුර සුක්‍රෝස් පරිවෘත්තිය පිළිබඳ පිටපත් විශ්ලේෂණය (Allium cepa L.)[J].ශාක විද්යාවේ මායිම්, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425
