Metagenomic අනුපිළිවෙල -NGS
සේවා වාසි
● ක්ෂුද්‍රජීවී ප්‍රජා පැතිකඩ සඳහා හුදකලා කිරීම සහ වගා-නිදහස්
● පාරිසරික සාම්පලවල අඩු බහුල විශේෂ හඳුනාගැනීමේ ඉහළ විභේදනය
● "meta-" යන අදහස යථාර්ථයට සමීප වන ගතික දර්ශනයක් පිළිබිඹු කරන ක්‍රියාකාරී මට්ටමින්, විශේෂ මට්ටමින් සහ ජාන මට්ටමින් සියලුම ජීව විද්‍යාත්මක ලක්ෂණ ඒකාබද්ධ කරයි.
● 10,000කට අධික සාම්පල සකසන ලද විවිධ නියැදි වර්ගවල දැවැන්ත අත්දැකීම් BMK රැස් කරයි.
සේවා පිරිවිතර
| වේදිකාව | අනුපිළිවෙල | නිර්දේශිත දත්ත | සංසරන කාලය |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE150 | 6 G/10 G/20 G | වැඩ කරන දින 45 |
ජෛව තොරතුරු විශ්ලේෂණය
● අමු දත්ත තත්ත්ව පාලනය
● Metagenome එකලස් කිරීම
● අතිරික්ත නොවන ජාන කට්ටලය සහ විවරණ
● විශේෂ විවිධත්වය විශ්ලේෂණය
● ජාන ක්‍රියාකාරී විවිධත්ව විශ්ලේෂණය
● අන්තර් කණ්ඩායම් විශ්ලේෂණය
● පර්යේෂණාත්මක සාධකවලට එරෙහිව ආශ්‍රිත විශ්ලේෂණය
නියැදි අවශ්‍යතා සහ භාරදීම
නියැදි අවශ්‍යතා:
සදහාDNA සාරය:
| නියැදි වර්ගය | ප්රමාණය | සමාධිය | පිරිසිදුකම |
| DNA සාරය | ＞ 100 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
පාරිසරික සාම්පල සඳහා:
| නියැදි වර්ගය | නිර්දේශිත නියැදි පටිපාටිය |
| පාංශු | නියැදි ප්රමාණය: දළ වශයෙන්.ග්රෑම් 5;ඉතිරි වියළන ලද ද්රව්ය මතුපිටින් ඉවත් කිරීම අවශ්ය වේ;විශාල කෑලි ඇඹරීම සහ 2 mm පෙරහන හරහා ගමන් කරන්න;වෙන් කිරීම සඳහා වඳ EP-ටියුබ් හෝ සයිරෝ ටියුබ් තුළ Aliquot සාම්පල. |
| මුහුණු | නියැදි ප්රමාණය: දළ වශයෙන්.ග්රෑම් 5;වෙන් කිරීම සඳහා වඳ EP-ටියුබ් හෝ ක්‍රියෝටියුබ් තුළ ඇල්කොට් සාම්පල එකතු කරන්න. |
| බඩවැල් අන්තර්ගතය | සාම්පල aseptic තත්ත්වය යටතේ සැකසිය යුතුය.PBS සමඟ එකතු කරන ලද පටක සෝදන්න;PBS කේන්ද්‍රාපසාරී කර EP-ටියුබ්වල වර්ෂාපතනය එකතු කරන්න. |
| රොන් මඩ | නියැදි ප්රමාණය: දළ වශයෙන්.ග්රෑම් 5;වෙන් කිරීම සඳහා වඳ EP-ටියුබ් හෝ ක්‍රියෝටියුබ් තුළ ඇල්කොට් රොන් මඩ සාම්පල එකතු කර ගන්න |
| ජල කඳ | නල ජලය, ළිං ජලය, වැනි සීමිත ක්ෂුද්‍රජීවී ප්‍රමාණයක් සහිත නියැදිය සඳහා, අවම වශයෙන් ජලය ලීටර් 1 ක් එකතු කර පටලය මත ක්ෂුද්‍රජීවී පොහොසත් කිරීම සඳහා 0.22 μm පෙරහන හරහා යන්න.වඳ නලයක පටලය ගබඩා කරන්න. |
| සම | විෂබීජහරණය කළ කපු පුළුන් හෝ ශල්‍ය තලයකින් සම මතුපිට ප්‍රවේශමෙන් සීරීමට හා වඳ බටයක තබන්න. |
නිර්දේශිත සාම්පල භාරදීම
සාම්පල ද්‍රව නයිට්‍රජන් වල පැය 3-4ක් කැටි කර ද්‍රව නයිට්‍රජන් හෝ අංශක -80ක් දිගු කාලීනව වෙන්කර තබා ගන්න.වියළි අයිස් සහිත නියැදි නැව්ගත කිරීම අවශ්ය වේ.
සේවා වැඩ ප්රවාහය
සාම්පල භාරදීම
පුස්තකාල ඉදිකිරීම
අනුපිළිවෙල
දත්ත විශ්ලේෂණය
අලෙවියෙන් පසු සේවා
1.Histogram: විශේෂ බෙදා හැරීම
2.KEGG පරිවෘත්තීය මාර්ග වලට විවරණය කරන ලද ක්‍රියාකාරී ජාන
3.උණුසුම් සිතියම: සාපේක්ෂ ජාන බහුලත්වය මත පදනම් වූ අවකල ශ්‍රිත
4. CARD ප්‍රතිජීවක ප්‍රතිරෝධී ජානවල Circos
BMK නඩුව
පාංශු කඩොලාන මූල අඛණ්ඩව ප්‍රතිජීවක ප්‍රතිරෝධී ජාන සහ බැක්ටීරියා රෝග කාරක ව්‍යාප්ත වීම
ප්‍රකාශිත:අන්තරායකර ද්රව්ය පිළිබඳ සඟරාව, 2021
අනුපිළිවෙල උපාය:
ද්රව්ය: කඩොලාන මූල ආශ්‍රිත සාම්පල කොටස් හතරක DNA සාරය: රෝපණය නොකළ පස, රයිසෝස්පියර්, එපිස්පියර් සහ එන්ඩොස්පියර් මැදිරි
වේදිකාව: Illumina HiSeq 2500
ඉලක්ක: Metagenome
16S rRNA ජාන V3-V4 කලාපය
ප්රධාන ප්රතිඵල
ප්‍රතිජීවක ප්‍රතිරෝධක ජාන (ARGs) පසේ සිට ශාකවලට ව්‍යාප්ත කිරීම අධ්‍යයනය කිරීම සඳහා කඩොලාන පැළවල පස-මූල අඛණ්ඩතාව මත මෙටජෙනොමික් අනුක්‍රමණය සහ මෙටාබාර්කෝඩිං පැතිකඩ සකස් කරන ලදී.ප්‍රතිජීවක ප්‍රතිරෝධී ජානවලින් 91.4%ක් ප්‍රතිජීවක ප්‍රතිරෝධී ජානවලින් 91.4%ක් සාමාන්‍යයෙන් ඉහත සඳහන් කළ පස් මැදිරි හතරේම හඳුනාගෙන ඇති බව Metagenomic දත්ත අනාවරණය කර ඇති අතර, එය අඛණ්ඩ විලාසිතාවක් පෙන්නුම් කරයි.16S rRNA ඇම්ප්ලිකන් අනුපිළිවෙලින් විශේෂ 346 ක් නියෝජනය කරමින් අනුපිළිවෙල 29,285 ක් ජනනය විය.ඇම්ප්ලිකන් අනුක්‍රමණය මගින් විශේෂ පැතිකඩ සමඟ ඒකාබද්ධව, මෙම ව්‍යාප්තිය මූල ආශ්‍රිත ක්ෂුද්‍රජීව වලින් ස්වාධීන බව සොයා ගන්නා ලදී, කෙසේ වෙතත්, එය ජානමය මූලද්‍රව්‍ය ජංගම දුරකථන මගින් පහසු කළ හැකිය.මෙම අධ්‍යයනය මගින් පසේ සිට ශාක තුළට ARG සහ රෝග කාරක ප්රවාහය අන්තර් සම්බන්ධිත පාංශු-මූල අඛණ්ඩව හරහා හඳුනා ගන්නා ලදී.
යොමුව
වැන්ග්, සී., හූ, ආර්., ස්ට්‍රෝං, පී.ජේ, ෂුවාං, ඩබ්ලිව්., සහ ෂු, එල්.(2020).ප්‍රතිජීවක ප්‍රතිරෝධී ජාන සහ බැක්ටීරියා රෝගකාරක පස-කඩොලාන මුල් අඛණ්ඩව පැතිරීම.අන්තරායකර ද්රව්ය සඟරාව, 408, 124985
