දිගු කේත-නොවන අනුපිළිවෙල-ඉලුමිනා
සේවා වාසි
● සේවා වාසි
● සෛලීය සහ පටක විශේෂිත
● විශේෂිත අදියර ගතික ප්‍රකාශන වෙනසක් ප්‍රකාශ කර ඉදිරිපත් කරයි
● කාලය සහ අවකාශයේ ප්‍රකාශනයේ නිරවද්‍ය රටා
● mRNA දත්ත සමඟ ඒකාබද්ධ විශ්ලේෂණය.
● BMKCloud මත පදනම් වූ ප්රතිඵල බෙදා හැරීම: අභිරුචි කළ දත්ත කැණීම් වේදිකාවේ තිබේ.
● ව්‍යාපෘතිය අවසන් වූ පසු අලෙවියෙන් පසු සේවා මාස 3ක් සඳහා වලංගු වේ
නියැදි අවශ්‍යතා සහ භාරදීම
| පුස්තකාලය | වේදිකාව | නිර්දේශිත දත්ත | දත්ත QC |
| rRNA ක්ෂය වීම | Illumina PE150 | 10 Gb | Q30≥85% |
| Conc.(ng/μl) | මුදල (μg) | පිරිසිදුකම | අඛණ්ඩතාව |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 සීමිත හෝ ප්‍රෝටීන් හෝ DNA දූෂණය ජෙල් මත නොපෙන්වයි. | පැල සඳහා: RIN≥6.5; සතුන් සඳහා: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; සීමිත හෝ මූලික උන්නතාංශයක් නොමැත |
නියුක්ලියෝටයිඩ:
පටක: බර (වියළි): ≥1 g
*5 mg ට වඩා කුඩා පටක සඳහා, ෆ්ලෑෂ් ශීත කළ (ද්රව නයිට්රජන් වල) පටක සාම්පලයක් යැවීමට අපි නිර්දේශ කරමු.
සෛල අත්හිටුවීම: සෛල ගණන = 3×107
* ශීත කළ සෛල ලයිසේට් නැව්ගත කිරීමට අපි නිර්දේශ කරමු.එම සෛලය 5×10ට වඩා කුඩා නම්5, ද්රව නයිට්රජන් තුළ ශීත කළ ෆ්ලෑෂ් නිර්දේශ කරනු ලැබේ.
රුධිර සාම්පල:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol සහ 2mL රුධිරය (TRIzol:Blood=3:1)
නිර්දේශිත සාම්පල භාරදීම
බහාලුම්: 2 ml කේන්ද්රාපසාරී නළය (ටින් තීරු නිර්දේශ නොකරයි)
නියැදි ලේබල් කිරීම: සමූහ+ප්‍රතිනිර්මාණය උදා: A1, A2, A3;B1, B2, B3......
නැව්ගත:
1.වියළි-අයිස්: සාම්පල බෑග්වල අසුරා වියළි අයිස්වල තැන්පත් කළ යුතුය.
2.RNA ස්ථායී නල: RNA සාම්පල RNA ස්ථායීකරණ නලයෙන් වියළා ගත හැකිය (උදා: RNAstable®) සහ කාමර උෂ්ණත්වයේ දී නැව්ගත කළ හැක.
සේවා වැඩ ප්රවාහය
අත්හදා බැලීම් නිර්මාණය
සාම්පල භාරදීම
RNA නිස්සාරණය
පුස්තකාල ඉදිකිරීම
අනුපිළිවෙල
දත්ත විශ්ලේෂණය
අලෙවියෙන් පසු සේවා
ජෛව තොරතුරු
1.LncRNA වර්ගීකරණය
ඉහත මෘදුකාංග හතර මගින් පුරෝකථනය කරන ලද LncRNA වර්ග 4කට වර්ග කර ඇත: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;හැඟීම-LncRNA.LncRNA වර්ගීකරණය පහත histogram හි පෙන්වා ඇත.
LncRNA වර්ගීකරණය
2. DE-lncRNA පොහොසත් කිරීමේ විශ්ලේෂණයේ Cis-ඉලක්කගත ජාන
ClusterProfiler ජීව විද්‍යාත්මක ක්‍රියාවලීන්, අණුක ක්‍රියාකාරකම් සහ සෛලීය සංරචක අනුව වෙනස් ලෙස ප්‍රකාශිත lncRNA (DE-lncRNA) හි සිස්-ඉලක්කගත ජාන මත GO සුපෝෂන විශ්ලේෂණයෙහි යෙදී ඇත.GO enrichment analysis යනු සම්පූර්ණ ජෙනෝමය හා සසඳන විට DEG-directed සැලකිය යුතු ලෙස පොහොසත් GO නියමයන් හඳුනාගැනීමේ ක්‍රියාවලියකි.පහත දැක්වෙන පරිදි සාරවත් නියමයන් histogram, Bubble chart, ආදියෙහි ඉදිරිපත් කර ඇත.
DE-lncRNA පොහොසත් කිරීමේ විශ්ලේෂණයේ Cis-ඉලක්කගත ජාන - බුබුලු සටහන
3. mRNA සහ lncRNA වල දිග, exon අංකය, ORF සහ ප්‍රකාශන ප්‍රමාණය සංසන්දනය කිරීමෙන්, අපට ඒවා අතර ව්‍යුහය, අනුපිළිවෙල සහ යනාදී වෙනස්කම් අවබෝධ කර ගත හැකි අතර, අප විසින් පුරෝකථනය කරන ලද lncRNA නවකතාව සාමාන්‍ය ලක්ෂණ වලට අනුකූල දැයි තහවුරු කර ගත හැකිය.
BMK නඩුව
KRAS-G12D විකෘතිය සහ P53 knockout සමඟ මූසික පෙනහළු ඇඩිනොකාර්සිනෝමා වල නියාමනය නොකළ lncRNA ප්‍රකාශන පැතිකඩ
ප්‍රකාශිත:සෛලීය හා අණුක වෛද්‍ය සඟරාව,2019
අනුපිළිවෙල උපාය
ඉලුමිනා
සාම්පල එකතුව
NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) සෛල සහ සෘණ පාලන (sh-Scr) සෛල විශේෂිත වෛරස් ආසාදනයක 6 වන දින ලබා ගන්නා ලදී.
ප්රධාන ප්රතිඵල
මෙම අධ්‍යයනය මගින් P53 knockout සහ KrasG12D විකෘතිය සමඟ මූසික පෙනහළු ඇඩිනොකාර්සිනෝමා තුළ ඇති අපගමනය ලෙස ප්‍රකාශිත lncRNAs විමර්ශනය කරයි.
1.6424 lncRNAs වෙනස් ලෙස ප්‍රකාශ කරන ලදී (≥ 2-ගුණයක වෙනසක්, P <0.05).
2.සියලු 210 lncRNAs (FC≥8) අතුරින්, lncRNAs 11ක් P53 මගින්ද, lncRNAs 33ක් KRAS මගින්ද සහ lncRNAs 13ක් ප්‍රාථමික KP සෛලවල හයිපොක්සියා මගින්ද නියාමනය කරන ලදී.
3.NONMMUT015812, මූසික පෙනහළු ඇඩිනොකාර්සිනෝමා තුළ කැපී පෙනෙන ලෙස නියාමනය කරන ලද සහ P53 නැවත ප්‍රකාශනය මගින් සෘණාත්මකව නියාමනය කරන ලද අතර, එහි සෛලීය ක්‍රියාකාරිත්වය විශ්ලේෂණය කිරීමට අනාවරණය විය.
4. shRNAs මගින් NONMMUT015812 Knockdown KP සෛලවල ව්‍යාප්තිය සහ සංක්‍රමණ හැකියාවන් අඩු විය.NONMMUT015812 විය හැකි පිළිකා කාරකයකි.
 NONMMUT015812-knockdown KP සෛලවල අවකලනය ලෙස ප්‍රකාශිත ජානවල KEGG මාර්ග විශ්ලේෂණය |  NONMMUT015812-knockdown KP සෛලවල අවකලනය ලෙස ප්‍රකාශිත ජානවල ජාන ඔන්ටොලොජි විශ්ලේෂණය |
යොමුව
KRAS-G12D විකෘතිය සහ P53 knockout[J] සමඟ මූසික පෙනහළු ඇඩිනොකාර්සිනෝමා වල නියාමනය නොකළ lncRNA ප්‍රකාශන පැතිකඩ.සෛලීය සහ අණුක වෛද්‍ය සඟරාව, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
