מעטאַגענאָמיק סיקוואַנסינג -NGS
א מעטאַגענאָם איז אַ זאַמלונג פון די גאַנץ גענעטיק מאַטעריאַל פון אַ געמישט קהל פון אָרגאַניזאַמז, אַזאַ ווי ינווייראַנמענאַל און מענטש מעטאַגענאָמעס. עס כּולל גענאָמעס פון ביידע קאַלטיווייטיד און אַנקאַלטיוואַבאַל מייקראָואָרגאַניזאַמז. שאַטגאַן מעטאַגענאָמיק סיקוואַנסינג מיט NGS ינייבאַלז די לערנען פון די ינטראַקאַט גענאָמיק לאַנדסקייפּס עמבעדיד אין ינווייראַנמענאַל סאַמפּאַלז דורך צושטעלן מער ווי טאַקסאָנאָמיק פּראָפילינג, געבן אויך גראַניאַלער ינסייץ אין מינים דייווערסיטי, זעט דינאַמיק און קאָמפּלעקס באַפעלקערונג סטראַקטשערז. ווייַטער פון טאַקסאָנאָמיק שטודיום, שאַטגאַן מעטאַגענאָמיקס אויך אָפפערס אַ פאַנגקשאַנאַל גענאָמיקס פּערספּעקטיוו, וואָס אַלאַוז די ויספאָרשונג פון ענקאָודיד גענעס און זייער פּאָטאַטיוו ראָלעס אין עקאַלאַדזשיקאַל פּראַסעסאַז. צום סוף, די פאַרלייגן פון קאָראַליישאַן נעטוואָרקס צווישן גענעטיק עלעמענטן און ינווייראַנמענאַל סיבות קאַנטריביוץ צו אַ האָליסטיק פארשטאנד פון די ינטראַקאַט ינטערפּליי צווישן מייקראָוביאַל קהילות און זייער עקאַלאַדזשיקאַל הינטערגרונט. אין מסקנא, מעטאַגענאָמיק סיקוואַנסינג שטייט ווי אַ פּיוואַטאַל קיילע פֿאַר אַנראַוואַלינג די גענאָמיק ינטראַקאַסיז פון דייווערס מייקראָוביאַל קהילות, ילומאַנייטינג די מאַלטיפאַסאַטיד באציונגען צווישן דזשאַנעטיקס און יקאַלאַדזשי אין די קאָמפּלעקס יקאָוסיסטאַמז.
פּלאַטפאָרמס: Illumina NovaSeq און DNBSEQ-T7
סערוויס אַדוואַנטאַגעס
●אפגעזונדערטקייט און קאַלטיוויישאַן-פריי מעטאָד פֿאַר מיקראָביאַל קאַמיוניטי פּראָפילינג: ענייבאַלינג סיקוואַנסינג פון גענעטיק מאַטעריאַל פון אַנקאַלטיוואַבאַל אָרגאַניזאַמז.
●הויך האַכלאָטע: דעטעקט נידעריק-זעת מינים אין ינווייראַנמענאַל סאַמפּאַלז.
●פולשטענדיק ביאָינפאָרמאַטיקס אַנאַליסיס:פאָוקיסט ניט בלויז אויף טאַקסאָנאָמיק דייווערסיטי אָבער אויך אויף די פאַנגקשאַנאַל דייווערסיטי פון די קהל.
●ברייט דערפאַרונג:מיט אַ שפּור רעקאָרד פון הצלחה קלאָוזינג קייפל מעטאַגענאָמיקס פּראַדזשעקס אין פאַרשידן פאָרשונג דאָומיינז און פּראַסעסינג איבער 200,000 סאַמפּאַלז, אונדזער מאַנשאַפֿט ברענגט אַ עשירות פון דערפאַרונג צו יעדער פּרויעקט.
סערוויס ספּעסאַפאַקיישאַנז
| סיקוואַנסינג פּלאַטפאָרמע | סיקוואַנסינג סטראַטעגיע | דאַטן רעקאַמענדיד | קוואַליטעט קאָנטראָל |
| Illumina NovaSeq אָדער DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 גיגאבייט | Q30≥85% |
סערוויס רעקווירעמענץ
| קאַנסאַנטריישאַן (נג / μ ל) | גאַנץ סומע (נג) | באַנד (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● באָדן / סלאַדזש: קסנומקס-קסנומקסג
● ינטעסטאַנאַל צופרידן-כייַע: 0.5-2ג
● ינטעסטאַנאַל אינהאַלט-ינסעקט: 0.1-0.25ג
● פּלאַנט ייבערפלאַך (ענריטשט אָפּזאַץ): 0.5-1ג
● פערמאַנטיישאַן יויך ענריטשט אָפּזאַץ): 0.2-0.5ג
● פעסעס (גרויס אַנימאַלס): 0.5-2ג
● פעסעס (מויז): 3-5גראַינס
● פּולמאַנערי אַלוועאָלאַר לאַוואַגע פליסיק: פילטער פּאַפּיר
● וואַדזשיינאַל ווישער: 5-6 סוואַבז
● הויט / דזשענאַטאַל ווישער / שפּייַעכץ / מויל ווייך געוועב / פאַרינגעאַל ווישער / רעקטאַל ווישער: 2-3 סוואַבז
● ייבערפלאַך מייקראָואָרגאַניזאַמז: 5-6 סוואַבז
● וואַסערבאָדי / לופט / ביאָפילם: פילטער פּאַפּיר
● ענדאָפיטעס: קסנומקס-קסנומקסג
● דענטאַל פּלאַק: 0.5-1ג
סערוויס אַרבעט לויפן
מוסטער עקספּרעס
ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן
סיקוואַנסינג
דאַטאַ אַנאַליסיס
נאָך-פאַרקויף באַדינונגען
כולל די פאלגענדע אַנאַליסיס:
● סיקוואַנסינג דאַטן קוואַליטעט קאָנטראָל
● מעטאַגענאָמע פֿאַרזאַמלונג און דזשין פּראָגנאָז
● גענע אַנאָטאַציע
● טאַקסאָנאָמיק אַלף דייווערסיטי אַנאַליסיס
● פאַנגקשאַנאַל אַנאַליסיס פון די קהל: בייאַלאַדזשיקאַל פונקציאָנירן, מעטאַבאַליק, אַנטיביאָטיק קעגנשטעל
● אַנאַליסיס אויף ביידע פאַנגקשאַנאַל און טאַקסאָנאָמיק דייווערסיטי:
ביתא דייווערסיטי אַנאַליסיס
ינטער-גרופּע אַנאַליסיס
קאָראַליישאַן אַנאַליסיס: צווישן ינווייראַנמענאַל סיבות און OUT זאַץ און דייווערסיטי
פאַנגקשאַנאַל אַנאַליסיס: קאַרד אַנטיביאָטיק קעגנשטעל
דיפערענטשאַל אַנאַליסיס פון KEGG מעטאַבאַליק פּאַטווייז: העאַטמאַפּ פון באַטייַטיק פּאַטווייז
אַלף דייווערסיטי פון טאַקסאָנאָמיק פאַרשפּרייטונג: ACE אינדעקס
ביתא דייווערסיטי פון טאַקסאָנאָמיק פאַרשפּרייטונג: פּקאָאַ
ויספאָרשן די אַדוואַנטידזשיז פאַסילאַטייטיד דורך BMKGene ס מעטאַגענאָמע סיקוואַנסינג באַדינונגס מיט Illumina דורך אַ קוראַטעד זאַמלונג פון אויסגאבעס.
האַי, ק. עט על. (2023) 'מעטאַגענאָמיק און מעטאַבאַליק אַנאַליסיס פון ענדערונגען אין ינטעסטאַנאַל אינהאַלט פון רעגנבויגן פאָרעל (Oncorhynchus mykiss) ינפעקטאַד מיט ינפעקטיאָוס העמאַטאָפּאָיעטיק נאַקראָוסאַס ווירוס אין פאַרשידענע קולטור וואַסער טעמפּעראַטורעס',פראָנטיערס אין מיקראָביאָלאָגי, 14 , ז . 1275649. דאָי: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
מאַו, סי עט על. (2023) 'מייקראָוביאַל קהילות, קעגנשטעל גענעס, און רעסיסטאָמע ריסקס אין שטאָטיש לאַקעס פון פאַרשידענע טראָפיק שטאַטן: אינערלעכער פֿאַרבינדונגען און פונדרויסנדיק ינפלואַנסיז',זשורנאַל פון כאַזערדאַס מאַטעריאַלס אַדוואַנסאַז, 9 , ז . 100233. דאָי: 10.1016/דזש.האַזאַדוו.2023.100233.
סו, עם עט על. (2022) 'מעטאַגענאָמיק אַנאַליסיס אנטפלעקט דיפעראַנסיז אין זאַץ און פאַנגקשאַנז צווישן פליסיק-פארבונדן און סאָליד-אַססאָסיאַטעד מייקראָואָרגאַניזאַמז פון שעפּס רומען',פראָנטיערס אין מיקראָביאָלאָגי, 13 , ז . 851567. דאָי: 10.3389/FMICB.2022.851567.
יין, י עט על. (2023) 'אָבעס נינגקסיאַנג חזיר-דערייווד מיקראָביאָטאַ רעווירעס קאַרניטינע מאַטאַבאַליזאַם צו העכערן מוסקל פאַטי זויער דעפּאַזישאַן אין דאַר DLY פּיגס',די כידעש, קסנומקס (קסנומקס), פּ. 100486. דאָי: 10.1016/דזש.קסיננ.2023.100486.
דזשאַו, X. עט על. (2023) 'מעטאַנאָמיק ינסייץ אין די פּאָטענציעל ריסקס פון רעפּריזענאַטיוו ביאָ / ניט-דיגריידאַבאַל פּלאַסטיק און ניט-פּלאַסטיק דעבריס אין דער אויבערשטער און נידעריקער ריטשאַז פון Haihe Estuary, טשיינאַ',וויסנשאַפֿט פון די גאַנץ סוויווע, 887 , ז . 164026. דאָי: 10.1016/דזש.SCITOTENV.2023.164026.
