מעטאַגענאָמיק סיקוואַנסינג (NGS)
סערוויס אַדוואַנטאַגעס
Øאפגעזונדערטקייט און קאַלטיוויישאַן-פריי פֿאַר מיקראָביאַל קהל פּראָפילינג
Øהויך האַכלאָטע אין דיטעקטינג נידעריק-זעת מינים אין ינווייראַנמענאַל סאַמפּאַלז
Øדער געדאַנק פון "מעטאַ-" ינטאַגרייץ אַלע בייאַלאַדזשיקאַל פֿעיִקייטן אין פאַנגקשאַנאַל מדרגה, מינים מדרגה און דזשין מדרגה, וואָס ריפלעקס אַ דינאַמיש מיינונג וואָס איז נעענטער צו פאַקט.
ØBMK אַקיומיאַלייץ מאַסיוו דערפאַרונג אין דייווערס מוסטער טייפּס מיט איבער 10,000 פּראַסעסט סאַמפּאַלז.
סערוויס ספּעסאַפאַקיישאַנז
| סיקוואַנסינגפּלאַטפאָרמע | ביבליאָטעק | רעקאַמענדיד דאַטן טראָגן | עסטימאַטעד קער-אַרום צייט |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50K/100K/300K טאַגס | 30 טעג |
ביאָינפאָרמאַטיקס אַנאַליסיס
üרוי דאַטן קוואַליטעט קאָנטראָל
üמעטאַגענאָמע פֿאַרזאַמלונג
üניט-יבעריק דזשין שטעלן און אַנאַטיישאַן
üאַנאַליסיס פון מינים דייווערסיטי
üגענעטיק פונקציע דייווערסיטי אַנאַליסיס
üינטער-גרופּע אַנאַליסיס
üאַססאָסיאַטיאָן אַנאַליסיס קעגן יקספּערמענאַל סיבות
מוסטער רעקווירעמענץ און עקספּרעס
מוסטער רעקווירעמענץ:
פֿאַרדנאַ אויסצוגן:
| מוסטער טיפּ | סומע | קאָנצענטראַציע | ריינקייַט |
| דנאַ אויסצוגן | ＞ 30 נג | ＞ קסנומקס נג / μל | אָד260/280 = 1.6-2.5 |
פֿאַר ינווייראַנמענאַל סאַמפּאַלז:
| מוסטער טיפּ | רעקאַמענדיד מוסטערונג פּראָצעדור |
| באָדן | מוסטערונג סומע: בעערעך.5 ג;רימיינדינג פאַרדאַרט מאַטעריע דאַרף צו זיין אַוועקגענומען פון ייבערפלאַך;מאָל גרויס ברעקלעך און פאָרן דורך 2 מם פילטער;אַליקוואָט סאַמפּאַלז אין סטערילע עפּ-רער אָדער סיראָטובע פֿאַר רעזערוואַציע. |
| פעסעס | מוסטערונג סומע: בעערעך.5 ג;קלייַבן און אַליקוואָט סאַמפּאַלז אין סטערילע עפּ-רער אָדער קריאָטובע פֿאַר רעזערוואַציע. |
| ינטעסטאַנאַל אינהאַלט | סאַמפּאַלז דאַרפֿן צו זיין פּראַסעסט אונטער אַסעפּטיק צושטאַנד.וואַשן געזאמלט געוועב מיט פּבס;סענטריפיודזש די פּבס און זאַמלען די פּרעסיפּיטאַנט אין EP-טובז. |
| סלאַדזש | מוסטערונג סומע: בעערעך.5 ג;קלייַבן און אַליקוואָט סלאַדזש מוסטער אין סטערילע עפּ-רער אָדער קריאָטובע פֿאַר רעזערוואַציע |
| וואַסערבאָדי | פֿאַר אַ מוסטער מיט אַ לימיטעד סומע פון מייקראָוביאַל, אַזאַ ווי צאַפּן וואַסער, געזונט וואַסער, אאז"ו ו, קאַלעקט בייַ מינדסטער 1 ל וואַסער און פאָרן דורך 0.22 μם פילטער צו באַרייַכערן מייקראָוביאַל אויף די מעמבראַנע.סטאָר די מעמבראַנע אין אַ סטערילע רער. |
| הויט | קערפאַלי סקראַפּ הויט ייבערפלאַך מיט סטערילע וואַטע ווישער אָדער כירורגיש בלייד און שטעלן עס אין סטערילע רער. |
רעקאַמענדיד מוסטער עקספּרעס
פרירן די סאַמפּאַלז אין פליסיק ניטראָגען פֿאַר 3-4 שעה און קראָם אין פליסיק ניטראָגען אָדער -80 גראַד צו לאַנג-טערמין רעזערוואַציע.מוסטער שיפּינג מיט טרוקן-אייז איז פארלאנגט.
סערוויס אַרבעט לויפן
מוסטער עקספּרעס
ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן
סיקוואַנסינג
דאַטאַ אַנאַליסיס
נאָך-פאַרקויף באַדינונגען
1.היסטאָגראַם: מינים פאַרשפּרייטונג
2. פאַנגקשאַנאַל גענעס אַנאַטייטיד צו KEGG מעטאַבאַליק פּאַטווייז
3.העאַט מאַפּע: דיפפערענטשאַל פאַנגקשאַנז באזירט אויף קאָרעוו דזשין זעט
4.סירקאָס פון קאַרד אַנטיביאָטיק קעגנשטעל גענעס
BMK קאַסע
פּרעוואַלאַנס פון אַנטיביאָטיק קעגנשטעל גענעס און באַקטיריאַל פּאַטאַדזשאַנז צוזאמען די באָדן-מאַנגראָווע וואָרצל קאָנטינוום
ארויס:זשורנאַל פון כאַזערדאַס מאַטעריאַלס, 2021
סיקוואַנסינג סטראַטעגיע:
מאַטעריאַלס: דנאַ אויסצוגן פון פיר פראַגמאַנץ פון מאַנגראָווע וואָרצל פֿאַרבונדן סאַמפּאַלז: אַנפּלאַנטיד באָדן, רהיזאָספערע, עפּיספערע און ענדאָספערע קאַמפּאַרטמאַנץ
פּלאַטפאָרמע: Illumina HiSeq 2500
טאַרגאַץ: מעטאַגענאָמע
16S rRNA דזשין וו3-וו4 געגנט
שליסל רעזולטאַטן
מעטאַגענאָמיק סיקוואַנסינג און מעטאַבאַרקאָודינג פּראָפילינג אויף באָדן-וואָרצל קאַנטיניום פון מאַנגראָווע סאַפּלינגז זענען פּראַסעסט אין סדר צו לערנען די דיסעמאַניישאַן פון אַנטיביאָטיק קעגנשטעל גענעס (ARGs) פֿון באָדן אין געוויקסן.מעטאַגענאָמיק דאַטן אנטפלעקט אַז 91.4% פון אַנטיביאָטיק קעגנשטעל גענעס זענען אָפט יידענאַפייד אין אַלע פיר באָדן קאַמפּאַרטמאַנץ דערמאנט אויבן, וואָס געוויזן אַ קעסיידערדיק מאָדע.16S rRNA אַמפּליקאָן סיקוואַנסינג דזשענערייטאַד 29,285 סיקוואַנסיז, רעפּריזענטינג 346 מינים.קאַמביינינג מיט מינים פּראָפילינג דורך אַמפּליקאָן סיקוואַנסינג, דעם דיסעמאַניישאַן איז געווען ינדיפּענדאַנטלי פון וואָרצל-פארבונדן מיקראָביאָטאַ, אָבער, עס קען זיין פאַסילאַטייטיד דורך רירעוודיק פון גענעטיק עלעמענטן.דער לערנען יידענאַפייד די לויפן פון ARGs און פּאַטאַדזשאַנז פון באָדן אין די געוויקסן דורך ינטערקאַנעקטיד באָדן-וואָרצל קאַנטיניום.
רעפערענץ
וואַנג, סי, הו, ר, שטאַרק, פּדזש, זשואַנג, וו, & שו, ל.(2020).פּרעוואַלאַנס פון אַנטיביאָטיק קעגנשטעל גענעס און באַקטיריאַל פּאַטאַדזשאַנז צוזאמען דעם באָדן-מאַנגראָווע וואָרצל קאָנטינוום.זשורנאַל פון כאַזערדאַס מאַטעריאַלס, 408, 124985 .
