מעטאַגענאָמישע סיקווענסינג -NGS
א מעטאַגענאָם איז אַ זאַמלונג פון דעם גאַנצן גענעטישן מאַטעריאַל פון אַ געמישטער קהילה פון אָרגאַניזמען, אַזאַ ווי סביבה און מענטשלעכע מעטאַגענאָמען. עס כּולל גענאָמען פון ביידע קולטיוואַבלע און נישט-קולטיוואַבלע מיקראָאָרגאַניזמען. שאָטגאַן מעטאַגענאָמיק סיקוואַנסינג מיט NGS ערמעגליכט די שטודיע פון די קאָמפּליצירטע גענאָמישע לאַנדשאַפטן עמבעדיד אין סביבה סאַמפּאַלז דורך צושטעלן מער ווי טאַקסאָנאָמיש פּראָופיילינג, געבן אויך גראַניאַלער ינסייץ אין מינים דייווערסיטי, שעפע דינאַמיק, און קאָמפּלעקס באַפעלקערונג סטרוקטורן. ווייַטער פון טאַקסאָנאָמישע שטודיעס, שאָטגאַן מעטאַגענאָמיקס אָפפערס אויך אַ פאַנגקשאַנאַל גענאָמיק פּערספּעקטיוו, ערמעגליכט די ויספאָרשונג פון ענקאָודיד גענעס און זייער פּוטאַטיוו ראָלעס אין עקאַלאַדזשיקאַל פּראַסעסאַז. צום סוף, די פאַרלייגן פון קאָרעלאַציע נעטוואָרקס צווישן גענעטישע עלעמענטן און סביבה פאַקטאָרן קאַנטריביוץ צו אַ האָליסטיש פארשטאנד פון די קאָמפּליצירט ינטערפּליי צווישן מיקראָביאַל קהילות און זייער עקאַלאַדזשיקאַל הינטערגרונט. אין מסקנא, מעטאַגענאָמיק סיקוואַנסינג שטייט ווי אַ פּיוואַטאַל ינסטרומענט פֿאַר אַנראַוואַלינג די גענאָמישע קאַמפּלעקסאַטיז פון פאַרשידענע מיקראָביאַל קהילות, ילומינייטינג די פֿילפאַסעטעד באַציונגען צווישן גענעטיק און עקאָלאָגיע אין די קאָמפּלעקס עקאָסיסטעמען.
פּלאַטפאָרמעס: Illumina NovaSeq און DNBSEQ-T7
סערוויס מעלות
●אפגעזונדערטקייט און קולטיוואציע-פרייע מעטאד פאר מיקראביאלע קאמיוניטי פראפיילינגערמעגלעכן סיקווענסינג פון גענעטיש מאַטעריאַל פון נישט-קולטיוואַבלע אָרגאַניזמען.
●הויכע רעזאָלוציעדעטעקטירן נידעריק-שעפעדיקע מינים אין סביבה-מוסטערן.
●קאָמפּרעהענסיוו ביאָאינפאָרמאַטיק אַנאַליז:פאָקוסירט נישט נאָר אויף טאַקסאָנאָמישער דייווערסיטי, נאָר אויך אויף דער פונקציאָנעלער דייווערסיטי פון דער קהילה.
●ברייטע דערפאַרונג:מיט א געשיכטע פון מצליח זיין אין שליסן קייפל מעטאַגענאָמיקס פּראָיעקטן אין פארשידענע פאָרשונג געביטן און פּראַסעסינג איבער 200,000 סאַמפּאַלז, ברענגט אונדזער מאַנשאַפֿט אַ רייַכטום פון דערפאַרונג צו יעדן פּראָיעקט.
סערוויס ספּעציפֿיקאַציעס
| סיקווענסינג פּלאַטפאָרמע | סיקווענסינג סטראַטעגיע | דאַטן רעקאָמענדירט | קוואַליטעט קאָנטראָל |
| אילומינאַ נאָוואַסעק אדער DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 גיגאבייט | ק30≥85% |
סערוויס רעקווייערמענץ
| קאָנצענטראַציע (נג/µל) | גאַנץ סומע (נג) | באַנד (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● באָדן/שלאַם: 2-3 ג
● אינטעסטינאל אינהאַלט - כייַע: 0.5-2 ג
● אינטעסטינאל אינהאַלט - אינסעקט: 0.1-0.25 ג
● פלאַנצן ייבערפלאַך (אַנרייכערט זאַץ): 0.5-1 ג
● פערמענטאַציע בראָט (רייכערט מיט זאַץ): 0.2-0.5 ג
● פעסעס (גרויסע חיות): 0.5-2 ג
● פעסעס (מויז): 3-5 גריינז
● פּולמאָנערישע אַלוועאָלאַרע לאַוואַזש פליסיקייט: פילטער פּאַפּיר
● וואַגינע שוואָם: 5-6 שוואָמען
● הויט/געניטאַל שטאָך/שפּייכעכץ/מויל ווייכע געוועב/פאַרינגעאַל שטאָך/רעקטאַל שטאָך: 2-3 שטאָכן
● אויבערפלאַך מיקראָאָרגאַניזם: 5-6 שוואַבן
● וואַסערקערפּער/לופט/ביאָפילם: פילטער פּאַפּיר
● ענדאָפיטן: 2-3 ג
● דענטאַל פּלאַק: 0.5-1 ג
סערוויס אַרבעט פלוס
מוסטער ליפערונג
ביבליאָטעק קאַנסטרוקציע
סיקווענסינג
דאַטן אַנאַליז
נאך-פארקויף סערוויסעס
כולל די פאלגענדע אנאליז:
● סיקווענסינג דאַטן קוואַליטעט קאָנטראָל
● מעטאַגענאָם פֿאַרזאַמלונג און גען פּראָגנאָז
● גענע אנאטאציע
● טאַקסאָנאָמישע אַלפֿאַ דייווערסיטי אַנאַליז
● פונקציאָנעלע אַנאַליז פון דער קהילה: ביאָלאָגישע פונקציע, מעטאַבאַליק, אַנטיביאָטיק קעגנשטעל
● אנאליז אויף ביידע פונקציאָנעלע און טאַקסאָנאָמישע דייווערסיטי:
ביתא דייווערסיטי אנאליז
אינטערגרופע אנאליז
קארעלאציע אנאליז: צווישן סביבה'דיגע פאקטארן און OUT קאמפאזיציע און דייווערסיטי
פונקציאָנעלע אַנאַליז: קאַרד אַנטיביאָטיק קעגנשטעל
דיפערענציעלע אנאליז פון KEGG מעטאבאלישע וועגן: היץ-מאפע פון באדייטנדע וועגן
אַלפֿאַ דייווערסיטי פֿון טאַקסאָנאָמישער פֿאַרשפּרייטונג: ACE אינדעקס
ביתא דייווערסיטי פון טאַקסאָנאָמישער פאַרשפּרייטונג: PCoA
אויספאָרשן די פֿאָרשריטן וואָס זענען געוואָרן ערמעגליכט דורך BMKGene'ס מעטאַגענאָם סיקוואַנסינג באַדינונגען מיט Illumina דורך אַ קוראַטירטע זאַמלונג פון פּובליקאַציעס.
האי, ק. און אנדערע (2023) 'מעטאַגענאָמישע און מעטאַבאַלאָמישע אַנאַליז פון ענדערונגען אין די קישקע אינהאַלט פון רעגנבויגן פאָרעל (אָנקאָרהינטשוס מיקיס) ינפעקטאַד מיט ינפעקטיאָוס העמאַטאָפּאָיעטיק נעקראָוסיס ווירוס ביי פאַרשידענע קולטור וואַסער טעמפּעראַטורן',גרענעצן אין מיקראָביאָלאָגיע, 14, ז. 1275649. דוי: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
מאַאָ, סי. און אַנדערע (2023) 'מיקראָביאַלע קהילות, קעגנשטעל גענעס, און קעגנשטעל ריזיקעס אין שטאָטישע אָזערעס פון פאַרשידענע טראָפֿישע שטאַטן: אינערלעכע פֿאַרבינדונגען און עקסטערנע השפּעות',זשורנאַל פון געפערלעכע מאַטעריאַלן אַדוואַנסאַז, 9 , ז . 100233. דאָי: 10.1016/דזש.האַזאַדוו.2023.100233.
סו, מ. און אנדערע (2022) 'מעטאַגענאָמישע אַנאַליז האָט אַנטפּלעקט אונטערשיידן אין צוזאַמענשטעל און פֿונקציע צווישן פֿליסיק-פֿאַרבונדענע און האַרט-פֿאַרבונדענע מיקראָאָרגאַניזמען פֿון שעפּס רומען',גרענעצן אין מיקראָביאָלאָגיע, 13, ז. 851567. דוי: 10.3389/FMICB.2022.851567.
יין, דזש. און אנדערע (2023) 'אבעז נינגשיאַנג חזיר-דערייווד מיקראָביאָטאַ ריווייערט קאַרניטין מעטאַבאָליזאַם צו העכערן מוסקל פעטי זויער דעפּאַזישאַן אין מאָגער DLY חזירים',די כידעש, קסנומקס (קסנומקס), פּ. 100486. דאָי: 10.1016/דזש.קסיננ.2023.100486.
זשאַאָ, קס. און אַנדערע (2023) 'מעטאַגענאָמישע איינזיכטן אין די פּאָטענציעלע ריזיקעס פון רעפּרעזענטאַטיוו ביאָ/נישט-דעגראַדירבאר פּלאַסטיק און נישט-פּלאַסטיק דעבריס אין די אויבערשטע און אונטערשטע טיילן פון האַיהע עסטואַרי, כינע',וויסנשאַפֿט פֿון דער גאַנצער סביבה, 887 , ז . 164026. דאָי: 10.1016/דזש.SCITOTENV.2023.164026.
