ספּעציפֿיש-לאָקוס אַמפליפֿיצירטע פראַגמענט סיקווענסינג (SLAF-Seq)
אַרבעטספֿלוס
דער סערוויס האט עטלעכע פאַר-דיזיין אין סיליקאָ צו גאַראַנטירן די אָפּטימאַלע ענזיים סעלעקציע ביי דער צוגרייטונג פון דער ביבליאָטעק.
טעכנישע סכעמע
סערוויס פֿעיִטשערז
● סיקווענסינג אויף NovaSeq מיט PE150.
● ביבליאָטעק צוגרייטונג מיט טאָפּלט באַרקאָודינג, וואָס ערמעגליכט צוזאַמענשטעלן איבער 1000 מוסטערן.
● אומאפהענגיק פון רעפערענץ גענאָם:
מיט רעפערענץ גענאָם: SNP און InDel אויפדעקונג
אָן רעפֿערענץ גענאָם: מוסטער קלאַסטערינג און SNP ופדעקונג
● אין דעםאין-סיליקאָפאַר-דיזיין בינע קייפל רעסטריקשאַן ענזיים קאָמבינאַציעס ווערן געסקרינט צו געפֿינען די וואָס דזשענערירן אַ מונדיר פאַרשפּרייטונג פון SLAF טאַגס צוזאמען דעם גענאָם.
● בעת דעם פאַר-עקספּערימענט, ווערן דריי ענזיים קאָמבינאַציעס געטעסט אין 3 מוסטערן צו שאַפֿן 9 SLAF ביבליאָטעקן, און די אינפֿאָרמאַציע ווערט גענוצט צו קלייבן די אָפּטימאַלע רעסטריקציע ענזיים קאָמבינאַציע פֿאַר דעם פּראָיעקט.
סערוויס מעלות
●הויך גענעטישע מאַרקער ופדעקונגמיר אינטעגרירן אַ הויך-דורכפֿלוס טאָפּל באַרקאָד סיסטעם וואָס ערמעגליכט די סיימאַלטייניאַס סיקווענסינג פון גרויסע פּאָפּולאַציעס, און לאָקוס-ספּעציפֿיש אַמפּליפיקאַציע וואָס פֿאַרבעסערט עפֿעקטיווקייט, און זיכערט אַז טאַג נומערן טרעפֿן די פֿאַרשיידענע רעקווירעמענץ פֿון פֿאַרשידענע פֿאָרשונג פֿראַגעס.
● נידעריקע אָפּהענגיקייט אויף דעם גענאָםעס קען ווערן געווענדט צו מינים מיט אדער אָן אַ רעפערענץ גענאָם.
●פלעקסיבלע סכעמע פּלאַןאיין-ענזיים, צוויי-ענזיים, מולטי-ענזיים פארדייאונג, און פארשידענע טיפן ענזימען קענען אלע אויסגעקליבן ווערן צו באפרידיקן פארשידענע פארשונג צילן אדער מינים.
● הויך עפעקטיווקייט אין ענזימאַטיש דיידזשעסטשאַןדי דורכפירונג פון אאין-סיליקאָפאַר-דיזיין און אַ פאַר-עקספּערימענט גאַראַנטירט אַן אָפּטימאַלן דיזיין מיט גלייכער פאַרשפּרייטונג פון SLAF טאַגס אויף דעם כראָמאָסאָם (1 SLAF טאַג/4Kb) און אַ פאַרקלענערטער ריפּעטיטיווע סיקוואַנס (<5%).
●ברייטע עקספּערטיזמיר ברענגען א גרויסן אוצר פון דערפאַרונג צו יעדן פּראָיעקט, מיט א געשיכטע פון שליסן איבער 5000 SLAF-Seq פּראָיעקטן אויף הונדערטער מינים, אַרייַנגערעכנט פלאַנצן, זויגערס, פייגל, ינסעקטן און וואַסער אָרגאַניזמען.
● זעלבסט-אנטוויקלטע ביאאינפארמאטישע ארבעטס-פלוסמיר האָבן אַנטוויקלט אַן אינטעגרירטן ביאָאינפאָרמאַטישן וואָרקפלאָו פֿאַר SLAF-Seq צו ענשור די פאַרלעסלעכקייט און אַקיעראַסי פון די לעצט רעזולטאַט.
סערוויס ספּעציפֿיקאַציעס
| טיפ פון אנאליז | רעקאָמענדירטע באַפעלקערונג וואָג | סיקווענסינג סטראַטעגיע | |
| טיפקייט פון טאַג סיקווענסינג | טאַג נומער | ||
| גענעטישע מאַפּעס | 2 עלטערן און >150 קינדער | עלטערן: 20x WGS אפשפינג: 10x | גענאָם גרייס: <400 מעגאבייט: WGS איז רעקאמענדירט <1 גיגאבייט: 100 טויזנט טאַגס 1-2 גיגאבייט:: 200K טאַגס >2 גיגאבייט: 300K טאַגס מאַקס 500k טאַגס |
| גענאָם-ברייטע אַסאָציאַציע שטודיעס (GWAS) | ≥200 מוסטערן | 10 מאָל | |
| גענעטישע עוואָלוציע | ≥30 מוסטערן, מיט >10 מוסטערן פון יעדער סובגרופע | 10 מאָל | |
סערוויס רעקווייערמענץ
קאָנצענטראַציע ≥ 5 נ״ג/µל
גאַנץ סומע ≥ 80 נ״ג
נאַנאָדראָפּ OD260/280=1.6-2.5
אַגאַראָז געל: קיין אָדער באַגרענעצטע דעגראַדאַציע אָדער קאַנטאַמאַניישאַן
רעקאָמענדירטע מוסטער ליפערונג
קאַנטיינער: 2 מל צענטריפוגע רער
(פֿאַר רובֿ פֿון די מוסטערן, רעקאָמענדירן מיר נישט צו באַהאַלטן אין עטאַנאָל)
מוסטער באצייכענונג: מוסטערן דאַרפן זיין קלאָר באצייכנט און אידענטיש צו די אריינגעגעבענע מוסטער אינפאָרמאַציע פאָרעם.
טראַנספּאָרט: טרוקן-אייז: מוסטערן דאַרפֿן ערשט זײַן פּאַקט אין זעקלעך און באַגראָבן אין טרוקן-אייז.
סערוויס וואָרקפלאָו
מוסטער QC
פּילאָט עקספּערימענט
SLAF-עקספּערימענט
ביבליאָטעק צוגרייטונג
סיקווענסינג
דאַטן אַנאַליז
נאך-פארקויף סערוויסעס
אונדזער ביאָאינפאָרמאַטישע אַנאַליז באַשטייט פון:
דאַטן QC און דאַטן טרימינג צו באַזייַטיקן N-רייַך רידס, אַדאַפּטער רידס אָדער נידעריק-קוואַליטעט רידס.
א צווייטע קוואַליטעט קאָנטראָל פון די ריינע לייענט צו קאָנטראָלירן די באַזע פאַרשפּרייטונג, סיקוואַנס קוואַליטעט און אַ דאַטן אַסעסמאַנט, אָבער אויך צו קאָנטראָלירן די דיידזשעסטשאַן עפעקטיווקייט און די ינסערץ באקומען.
אַמאָל די רעזולטאַטן זענען אָפּגעשטעלט, זענען דאָ צוויי אָפּציעס:
- מאַפּינג צו רעפערענץ גענאָם
- אָן אַ רעפֿערענץ גענאָם: קלאַסטערינג
דערנאך, ווערט די אנאליז פון SLAF טעגס גענוצט צו טאן עטלעכע וואריאנט רופן צו העלפן מיט די מארקער אויפדעקונג: SNP, InDel, SNV, CV רופן און אנאטאציע.
פאַרשפּרייטונג פון SLAF טאַגס אויף כראָמאָסאָמען:
פאַרשפּרייטונג פון SNPs אויף כראָמאָסאָמען:
SNP אנאטאציע
דזשיאַנג ס, לי ס, לואָ דזש, וואַנג קס און שי ק (2023) QTL מאַפּינג און טראַנסקריפּטאָם אַנאַליז פון צוקער אינהאַלט בעת פרוכט רייפּאַנינג פוןפּירוס פּיריפאָליאַ.פראָנט. פלאַנצן וויסנשאַפֿט.14:1137104. דאָי: 10.3389/fpls.2023.1137104
לי, דזש., זשאַנג, י., מאַ, ר., הואַנג, וו., האָו, דזש., פאַנג, ק., & זון, ל. (2022). אידענטיפיקאציע פון st1 אַנטפּלעקט אַ סעלעקציע וואָס ינוואַלווז כיטשכייקינג פון זוימען מאָרפאָלאָגיע און ייל אינהאַלט בעשאַס סויבין דאָמעסטיקאַטיאָן.פלאַנצן ביאָטעכנאָלאָגיע זשורנאַל, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.און אנדערע.גענאָם סיקוואַנס און גענעטישע דייווערסיטי פון די געוויינטלעכע קאַרפּ,סיפּרינוס קאַרפּיאָ.נאַט דזשענעט 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.און אנדערע.דער גענאָם פון קולטיווירטע פיסטאַשקעס גיט אַן איינבליק אין לעגיום קאַריאָטיפּס, פּאָליפּלאָיד עוואָלוציע און גערעטעניש דאָמעסטיקאַציע.נאַט דזשענעט 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| יאָר | זשורנאַל | IF | טיטל | אַפּליקאַציעס |
| 2022 | נאַטור קאָמוניקאַציעס | 17.694 | גענאָמישע באַזע פון די גיגאַ-כראָמאָסאָמען און גיגאַ-גענאָם פון בוים פּיאָני פּאַעאָניאַ אָסטי | סלאַף-גווס |
| 2015 | נייַער פיטאָלאָג | 7.433 | דאָמעסטיקאַציע פֿוסשטאַפּן פֿאַראַנקערן גענאָמישע געגנטן פֿון אַגראָנאָמישער וויכטיקייט אין סויבינס | סלאַף-גווס |
| 2022 | זשורנאַל פון אַוואַנסירטע פאָרשונג | 12.822 | גענאָם-ברייטע קינסטלעכע אינטראָגרעשאַנז פון גאָססיפּיום באַרבאַדענסע אין G. hirsutum אַנטפּלעקן העכערע לאָקיס פֿאַר סיימאַלטייניאַס פֿאַרבעסערונג פון וואַטע פיברע קוואַליטעט און טראָגן אייגנשאַפטן | SLAF - עוואָלוציאָנערע גענעטיק |
| 2019 | מאָלעקולאַרער פלאַנץ | 10.81 | באַפעלקערונג גענאָמישע אַנאַליז און דע נאָוואָ אַסעמבלי אַנטדעקן דעם אָפּשטאַם פון ווידי רייז ווי אַן עוואָלוציאָנער שפּיל | SLAF - עוואָלוציאָנערע גענעטיק |
| 2019 | נאַטור גענעטיק | 31.616 | גענאָם סיקוואַנס און גענעטישע דייווערסיטי פון די געוויינטלעכע קאַרפּ, Cyprinus carpio | SLAF-לינקאַדזש מאַפּע |
| 2014 | נאַטור גענעטיק | 25.455 | דער גענאָם פון קולטיווירטע פיסטאַשקעס גיט אַן איבערבליק איבער לעגיום קאַריאָטיפּס, פּאָליפּלאָיד עוואָלוציע און גערעטעניש דאָמעסטיקאַציע. | SLAF-לינקאַדזש מאַפּע |
| 2022 | פלאַנצן ביאָטעכנאָלאָגיע זשורנאַל | 9.803 | אידענטיפיקאציע פון ST1 אַנטפּלעקט אַ סעלעקציע וואָס ינוואַלווז טרעטשכייקינג פון זוימען מאָרפאָלאָגיע און אויל אינהאַלט בעת סויבין דאָמעסטיקאַציע | SLAF-מאַרקער אַנטוויקלונג |
| 2022 | אינטערנאציאנאלער זשורנאַל פון מאָלעקולאַרע וויסנשאַפֿטן | 6.208 | אידענטיפיקאציע און דנ״א מאַרקער אַנטוויקלונג פֿאַר אַ ווייץ-ליימוס מאָליס 2Ns (2D) דיסאָמיש כראָמאָסאָם סאַבסטיטוציע | SLAF-מאַרקער אַנטוויקלונג |
| יאָר | זשורנאַל | IF | טיטל | אַפּליקאַציעס |
| 2023 | גרענעצן אין פלאַנצן וויסנשאַפֿט | 6.735 | QTL מאַפּינג און טראַנסקריפּטאָם אַנאַליז פון צוקער אינהאַלט בעת פרוכט רייפּאַנינג פון פּירוס פּיריפאָליאַ | גענעטישע מאַפּע |
| 2022 | פלאַנצן ביאָטעכנאָלאָגיע זשורנאַל | 8.154 | אידענטיפיקאציע פון ST1 אַנטפּלעקט אַ סעלעקציע וואָס באַטראַפט די מאָרפאָלאָגיע פון זוימען און אויל אינהאַלט בעת סויבין דאָמעסטיקאַציע.
| SNP רופן |
| 2022 | גרענעצן אין פלאַנצן וויסנשאַפֿט | 6.623 | גענאָם-ברייט אַסאָציאַציע מאַפּינג פון הוללעס קוים פענאָטיפּעס אין טריקעניש סביבה.
| ג.וו.א.ס. |
