ספּעציפיש לאָקוס אַמפּלאַפייד פראַגמענט סיקוואַנסינג (SLAF-Seq)
סערוויס דעטאַילס
טעכנישע סכעמע
אַרבעט לויפן
סערוויס אַדוואַנטאַגעס
הויך מאַרקער ופדעקונג עפעקטיווקייַט- הויך-טראַפּוט סיקוואַנסינג טעכנאָלאָגיע אַסיס SLAF-Seq צו אַנטדעקן הונדערטער פון טויזנטער פון טאַגס אין די גאנצע גענאָמע.
נידעריק אָפענגיקייַט אויף די גענאָמע- עס קענען זיין געווענדט צו מינים מיט אָדער אָן אַ רעפֿערענץ גענאָמע.
פלעקסאַבאַל סכעמע פּלאַן- איין-ענזיים, צווייענדיק ענזיים, מאַלטי-ענזיים דיידזשעסטשאַן און פאַרשידן טייפּס פון ענזימעס, אַלע קענען זיין אויסגעקליבן צו באַזאָרגן פאַרשידענע פאָרשונג צילן אָדער מינים.פאַר - אפשאצונג אין סיליקאָ איז געניצט צו פאַרזיכערן אַ אָפּטימאַל ענזיים פּלאַן.
עפעקטיוו ענזימאַטיק דיידזשעסטשאַן- פאַר-עקספּערימענט איז דורכגעקאָכט צו אַפּטאַמייז די באדינגונגען, וואָס מאכט די פאָרמאַל עקספּערימענט סטאַביל און פאַרלאָזלעך.פראַגמענט זאַמלונג עפעקטיווקייַט קענען דערגרייכן איבער 95%.
יוואַנלי פונאנדערגעטיילט SLAF טאַגס- SLAF טאַגס זענען יוואַנלי פונאנדערגעטיילט אין אַלע טשראָמאָסאָומז צו די גרעסטע מאָס, אַטשיווינג אַ דורכשניטלעך פון 1 SLAF פּער 4 קב.
עפעקטיוו אַוווידיד פון ריפּיץ- ריפּעטיטיוו סיקוואַנס אין SLAF-Seq דאַטן איז רידוסט צו נידעריקער ווי 5%, ספּעציעל אין מינים מיט הויך ריפּיץ, אַזאַ ווי ווייץ, מייז, עטק.
ברייט דערפאַרונג-איבער 2000 פארמאכט SLAF-Seq פּראַדזשעקס אויף הונדערטער פון מינים קאַווערינג געוויקסן, מאַמאַלז, פייגל, ינסעקץ, וואַסער אָרגאַניזאַמז, עטק.
זיך-דעוועלאָפּעד ביאָינפאָרמאַטיק וואָרקפלאָוו- אַן ינאַגרייטיד ביאָינפאָרמאַטיק וואָרקפלאָוו פֿאַר SLAF-Seq איז דעוועלאָפּעד דורך BMKGENE צו ענשור רילייאַבילאַטי און אַקיעראַסי פון די לעצט רעזולטאַט.
סערוויס ספּעסאַפאַקיישאַנז
| פּלאַטפאָרמע | קאָנס. (נג/גל) | סך הכל (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(באנד>15μl) | 1.6-2.5 |
רעקאַמענדיד סיקוואַנסינג סטראַטעגיע
סיקוואַנסינג טיפקייַט: 10X/Tag
| גענאָמע גרייס | רעקאַמענדיד SLAF טאַגס |
| <500 מב | 100K אָדער WGS |
| 500 מב- 1 גיגאבייט | 100 ק |
| 1 גיגאבייט -2 גיגאבייט | 200 ק |
| ריז אָדער קאָמפּלעקס גענאָמעס | 300 - 400 ק |
| אַפּפּליקאַטיאָנס
| רעקאַמענדיד באַפעלקערונג סקאַלע
| סיקוואַנסינג סטראַטעגיע און טיפקייַט
| |
| טיפעניש
| טאַג נומער
| ||
| GWAS
| מוסטער נומער ≥ 200
| 10X
|
לויט גענאָמע גרייס
|
| גענעטיק עוואַלושאַן
| יחידים פון יעדער סובגרופּע ≥ 10; גאַנץ סאַמפּאַלז ≥ 30
| 10X
| |
רעקאַמענדיד מוסטער עקספּרעס
קאַנטיינער: 2 מל סענטריפודזש רער
פֿאַר רובֿ סאַמפּאַלז, מיר רעקאָמענדירן נישט צו ופהיטן אין עטאַנאָל.
מוסטער לייבלינג: סאַמפּאַלז דאַרפֿן צו זיין קלאר לייבאַלד און יידעניקאַל צו דערלאנגט מוסטער אינפֿאָרמאַציע פאָרעם.
טראַנספּאָרט: טרוקן-אייז: סאַמפּאַלז דאַרפֿן צו זיין פּאַקט אין באַגס ערשטער און בעריד אין טרוקן-אייז.
סערוויס וואָרקפלאָוו
מוסטער QC
פּילאָט עקספּערימענט
SLAF-עקספּערימענט
ביבליאָטעק צוגרייטונג
סיקוואַנסינג
דאַטאַ אַנאַליסיס
נאָך-פאַרקויף באַדינונגס
1. סטאַטיסטיק פון מאַפּע רעזולטאַט
2. SLAF מאַרקער אַנטוויקלונג
3. ווערייישאַן אַנאָטאַציע
| יאָר | זשורנאַל | IF | טיטל | אַפּפּליקאַטיאָנס |
| 2022 | נאַטור קאָמוניקאַציע | 17.694 | גענאָמיק יקער פון די גיגאַ-טשראָמאָסאָומז און גיגאַ-גענאָמע פון בוים פּיאַני Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | ניו פיטאָלאָגיסט | 7.433 | דאָמעסטיקאַטיאָן פוטפּרינץ אַנקער גענאָמיק מקומות פון אַגראָנאָמיק וויכטיקייט אין סויבינז | SLAF-GWAS |
| 2022 | זשורנאַל פון אַוואַנסירטע פאָרשונג | 12.822 | גענאָמע-ברייט קינסטלעך ינטראַגרעשאַנז פון Gossypium barbadense אין G. hirsutum אַנטדעקן העכער לאָסי פֿאַר סיימאַלטייניאַס פֿאַרבעסערונג פון וואַטע פיברע קוואַליטעט און טראָגן טרייטס | SLAF-עוואָלוטיאָנאַרי דזשאַנעטיקס |
| 2019 | מאָלעקולאַר פּלאַנט | 10.81 | באַפעלקערונג גענאָמיק אַנאַליסיס און די נאָוואָ אַסעמבלי אַנטדעקן די אָריגין פון ווידי רייַז ווי אַן עוואָלוטיאָנאַרי שפּיל | SLAF-עוואָלוטיאָנאַרי דזשאַנעטיקס |
| 2019 | נאַטור גענעטיקס | 31.616 | גענאָמע סיקוואַנס און גענעטיק דייווערסיטי פון דער פּראָסט קאַרפּ, Cyprinus carpio | SLAF-לינקאַגע מאַפּע |
| 2014 | נאַטור גענעטיקס | 25.455 | די גענאָמע פון קאַלטאַווייטאַד פיסטאַשקע גיט ינסייט אין לעגיומז קאַריאָטיפּעס, פּאָליפּלאָיד עוואָלוציע און גערעטעניש דאָמעסטיקאַטיאָן. | SLAF-לינקאַגע מאַפּע |
| 2022 | פּלאַנט ביאָטעטשנאָלאָגי זשורנאַל | 9.803 | לעגיטימאַציע פון ST1 ריווילז אַ סעלעקציע מיט כיטשכייקינג פון זוימען מאָרפאָלאָגי און ייל צופרידן בעשאַס סויבין דאָמעסטיקאַטיאָן | SLAF-Marker אַנטוויקלונג |
| 2022 | אינטערנאַציאָנאַלע זשורנאַל פון מאָלעקולאַר ססיענסעס | 6.208 | לעגיטימאַציע און דנאַ מאַרקער אַנטוויקלונג פֿאַר אַ ווייץ-ליימוס מאָלליס 2נס (2 ד) דיסאָמיק כראָמאָסאָם סאַבסטיטושאַן | SLAF-Marker אַנטוויקלונג |
