פּלאַנט / כייַע די נאָוואָ גענאָמע סיקוואַנסינג
דע נאָוואָסיקווענסינג באציט זיך צו דער קאנסטרוקציע פון א מינים'ס גאנצן גענאם ניצנדיק סיקווענסינג טעכנאלאגיעס אין דער אבוועזנהייט פון א רעפערענץ גענאם. די איינפיר און ברייטע אדאפטאציע פון דריט-גענעראציע סיקווענסינג, מיט לענגערע לייענונגען, האט באדייטנד פארבעסערט גענאם אסעמבלי דורך פארגרעסערן די איבערלאפונג צווישן לייענונגען. די פארבעסערונג איז באזונדערס וויכטיג ווען מען האנדלט מיט שווערע גענאמען, ווי די וואס ווייזן הויכע העטעראזיגאסיטי, א הויכע פראפארציע פון איבערחזרנדיקע ראיאנען, פאליפלאידן, און ראיאנען מיט איבערחזרנדיקע עלעמענטן, אבנארמאל GC אינהאלט, אדער הויכע קאמפלעקסיטעט וואס זענען טיפיש שלעכט אסעמבלד ניצנדיק קורץ-לייענונג סיקווענסינג אליין.
אונדזער איין-סטאָפּ לייזונג גיט אינטעגרירטע סיקווענסינג סערוויסעס און ביאָאינפאָרמאַטישע אַנאַליז וואָס צושטעלן אַ הויך-קוואַליטעט דע נאָוואָ אַסעמבאַלד גענאָם. אַן ערשט גענאָם יבערבליק מיט אילומינאַ גיט שאַצונגען פון גענאָם גרייס און קאָמפּלעקסיטי, און די אינפֿאָרמאַציע ווערט געניצט צו פירן דעם ווייַטער שריט פון לאַנג-לייענען סיקווענסינג מיט PacBio HiFi, נאכגעגאנגען דורךדע נײַאסעמבלי פון קאָנטיגס. די ווייטערדיקע נוצן פון HiC אסעמבלי ערמעגליכט די פאראַנקערונג פון די קאָנטיגס צום גענאָם, און באַקומען אַ כראָמאָסאָם-לעוועל אסעמבלי. צום סוף, ווערט דער גענאָם אַנאָטירט דורך גען פאָרויסזאָגן און דורך סיקווענסינג אויסגעדריקטע גענעס, ריסאָרטירנדיק צו טראַנסקריפּטאָמעס מיט קורצע און לאַנגע רידס.
סערוויס פֿעיִטשערז
● אינטעגראַציע פון קייפל סיקווענסינג און ביאָאינפאָרמאַטישע באַדינונגען אין איין איין-סטאָפּ לייזונג:
גענאָם־אויספֿאָרשונג מיט אילומינאַ צו אָפּשאַצן די גרייס פֿון גענאָם און פֿירן די ווײַטערדיקע טריט;
לאַנג לייענען סיקווענסינג פֿאַרדע נײַפֿאַרזאַמלונג פֿון קאָנטיגס;
Hi-C סיקווענסינג פֿאַר כראָמאָסאָם אַנקערינג;
mRNA סיקווענסינג פֿאַר אַנאָטאַציע פון גענעס;
באַשטעטיקונג פון דער פֿאַרזאַמלונג.
● סערוויס פּאַסיק פֿאַר קאַנסטרויִרן נײַע גענאָמען אָדער פֿאַרבעסערונג פֿון עקזיסטירנדיקע רעפֿערענץ גענאָמען פֿאַר מינים פֿון אינטערעס.
סערוויס מעלות
אַנטוויקלונג פון סיקווענסינג פּלאַטפאָרמעס און ביאָינפאָרמאַטיקס איןדע נײַגענאָם פֿאַרזאַמלונג
(אַמאַראַסינגהע ס.ל. און אַנדערע,גענאָם ביאָלאָגיע, 2020)
●ברייטע עקספּערטיז און פּובליקאַציע רעקאָרדBMKGene האט אנגעזאמלט מאסיווע עקספיריענס אין הויך-קוואַליטעט גענאָם אַסעמבלי פון פֿאַרשידענע מינים, אַרייַנגערעכנט דיפּלאָיד גענאָמען און העכסט קאָמפּלעקס גענאָמען פון פּאָליפּלאָיד און אַלאָפּאָליפּלאָיד מינים. זינט 2018, האָבן מיר בייגעטראָגן צו איבער300 הויך-אימפּאַקט פּובליקאַציעס, און 20+ פון זיי זענען ארויסגעגעבן אין נאַטור דזשענעטיקס.
● איין-שטאָפּ לייזונגאונדזער אינטעגרירטער צוגאַנג קאָמבינירט קייפל סיקווענסינג טעקנאַלאַדזשיז און ביאָאינפאָרמאַטישע אַנאַליזעס אין אַ קאָוכיסיוו וואָרקפלאָו, וואָס צושטעלט אַ הויך-קוואַליטעט אַסעמבאַלד גענאָם.
●צוגעפּאַסט צו אייערע באַדערפענישןאונדזער סערוויס וואָרקפלאָו איז קאַסטאַמייזאַבאַל, וואָס ערמעגליכט אַדאַפּטאַציע פֿאַר גענאָמען מיט פֿאַרשידענע פֿעיִקייטן און ספּעציפֿישע פֿאָרשונג באַדערפֿנישן. דאָס כולל אַקאַמאַדייטינג ריזיקע גענאָמען, פּאָליפּלאָיד גענאָמען, העכסט העטעראָזיגאָוס גענאָמען, און מער.
●העכסט קוואַליפֿיצירטע ביאָאינפאָרמאַטיק און לאַבאָראַטאָרישע מאַנשאַפֿטמיט גרויס דערפאַרונג אין ביידע דעם עקספּערימענטאַלן און ביאָאינפאָרמאַטיק פראָנט פון קאָמפּלעקסע גענאָם אַסעמבליז און אַ סעריע פון פּאַטענטן און ווייכווארג קאַפּירייטס.
●נאָך-פאַרקויף שטיצע:אונדזער צוזאג גייט ווייטער ווי נאָר פּראָיעקט פֿאַרענדיקונג, מיט אַ 3-חודש נאָך-פֿאַרקויף סערוויס פּעריאָד. בעת דעם צייט, פאָרשלאָגן מיר פּראָיעקט נאָכפֿאָלגן, הילף מיט פּראָבלעם לייזונג, און פֿראַגע-און-ענטפֿער סעסיעס צו אַדרעסירן יעדע פֿראַגע וואָס איז פֿאַרבונדן מיט די רעזולטאַטן.
סערוויס ספּעציפֿיקאַציעס
| גענאָם איבערבליק | גענאָם פֿאַרזאַמלונג | כראָמאָסאָם-לעוועל | גענאָם אַנאָטאַציע |
| 50X אילומינאַ נאָוואַסעק PE150
| 30X PacBio CCS HiFi לייענט | 100X הויך-קוואַליטעט | רנאַ-סיקוו אילומינאַ PE150 10 גיגאבייט + (אפציאנאל) פולע לענג RNA-seq PacBio 40 גיגאבייט אדער נאַנאָפּאָר 12 גיגאבייט |
סערוויס רעקווייערמענץ
פֿאַר גענאָם סורוועי, גענאָם אַסעמבלי און Hi-C אַסעמבלי:
| געוועב אדער עקסטראַקטעד נוקלעיק זויערן | גענאָם אַנקעטע | גענאָם אַסעמבלי מיט פּאַקביאָ | היי-סי אַסעמבלי |
| כייַע אינסערט | 0.5-1 ג
| ≥ 3.5 ג | ≥2 ג |
| כייַע מוסקל | ≥ 5 ג | ||
| זויגערס בלוט | 1.5 מל
| ≥ 5 מל | ≥2 מל |
| פּויליש/פיש בלוט | ≥ 0.5 מל | ||
| פלאַנץ - פרישע בלעטער | 1-2 גראַם | ≥ 5 ג | ≥ 4 ג |
| קולטורירטע צעלן |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| אינסעקט | 0.5-1 ג | ≥ 3 ג | ≥ 2 ג |
| עקסטראַקטעד דנאַ | קאָנצענטראַציע: ≥1 נג/ µל סומע ≥ 30 נ״ג לימיטירטע אדער קיין דעגראַדאַציע אדער קאַנטאַמאַניישאַן | קאָנצענטראַציע: ≥ 50 נ״ג/µל סומע: 10 מיקראָגראַם/פלוס צעל/מוסטער OD260/280=1.7-2.2 OD260/230=1.8-2.5 לימיטירטע אדער קיין דעגראַדאַציע אדער קאַנטאַמאַניישאַן |
-
|
פֿאַר גענאָם אַנאָטאַציע מיט טראַנסקריפּטאָמיקס:
| געוועב אדער עקסטראַקטעד נוקלעיק זויערן | אילומינאַ טראַנסקריפּטאָם | פּאַקביאָ טראַנסקריפּטאָם | נאַנאָפּאָר טראַנסקריפּטאָם |
| פלאַנץ - וואָרצל/שטאַם/בלאַט | 450 מג | 600 מג | |
| פלאַנץ – בלאַט/זוימען | 300 מג | 300 מג | |
| פלאַנץ - פרוכט | 1.2 ג | 1.2 ג | |
| כייַע האַרץ/דאַרם | 300 מג | 300 מג | |
| כייַע אינעווייניג/מוח | 240 מג | 240 מג | |
| כייַע מוסקל | 450 מג | 450 מג | |
| כייַע ביינער/האָר/הויט | 1 גראַם | 1 גראַם | |
| אַרטראָפּאָד - אינסעקט | 6 | 6 | |
| אַרטראָפּאָד - קראַסטאַסעאַ | 300 מג | 300 מג | |
| גאַנץ בלוט | 1 רער | 1 רער | |
| עקסטראַקטעד רנאַ | קאָנצענטראַציע: ≥ 20 נ״ג/µל סומע ≥ 0.3 מיקראָגראַם OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 רין≥ 6 5≥28S/18S≥1 | קאַנסאַנטריישאַן: ≥ 100 נג / μל סומע ≥ 0.75 מיקראָגראַם OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 רין≥ 8 5≥28S/18S≥1 | קאַנסאַנטריישאַן: ≥ 100 נג / μל סומע ≥ 0.75 מיקראָגראַם OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 רין≥ 7.5 5≥28S/18S≥1 |
רעקאָמענדירטע מוסטער ליפערונג
קאַנטיינער: 2 מל צענטריפוגע רער (בלויע פאָליע איז נישט רעקאָמענדירט)
(פֿאַר רובֿ פֿון די מוסטערן, רעקאָמענדירן מיר נישט צו באַהאַלטן אין עטאַנאָל.)
מוסטער באצייכענונג: מוסטערן מוזן זיין קלאר באצייכנט און אידענטיש צו די אריינגעגעבענע מוסטער אינפֿאָרמאַציע פאָרעם.
טראַנספּאָרט: טרוקן-אייז: מוסטערן דאַרפֿן ערשט זײַן פּאַקט אין זעקלעך און באַגראָבן אין טרוקן-אייז.
אַרבעטספֿלוס
סערוויס ארבעט פלוס
עקספּערימענט פּלאַן
מוסטער ליפערונג
דנאַ עקסטראַקציע
ביבליאָטעק קאַנסטרוקציע
סיקווענסינג
דאַטן אַנאַליז
נאך-פארקויף סערוויסעס
פולשטענדיגע ביאאינפארמאטישע אנאליז, צעטיילט אין 4 טריט:
1) גענאָם־אויספֿאָרשונג, באַזירט אויף k-mer אַנאַליז מיט NGS לייענט:
שאַצונג פון גענאָם גרייס
שאַצונג פון העטעראָזיגאָסיטי
שאַצונג פון ריפּעטיטיוו מקומות
2) גענאָם אַסעמבלי מיט PacBio HiFi:
דע נײַפֿאַרזאַמלונג
פֿאַרזאַמלונג אַסעסמאַנט: אַרייַנגערעכנט BUSCO אַנאַליז פֿאַר גענאָם קאַמפּליטנאַס און מאַפּינג צוריק פון NGS און PacBio HiFi רידז
3) הויך-קוואַליטעט פֿאַרזאַמלונג:
Hi-C ביבליאָטעק QC: שאַצונג פון גילטיקע Hi-C ינטעראַקשאַנז
היי-סי אסעמבלי: קלאסטערינג פון קאנטיגס אין גרופעס, נאכגעפאלגט דורך קאנטיג סדר אין יעדער גרופע און צוטיילן קאנטיג אריענטאציע
היי-סי אפשאצונג
4) גענאָם אַנאָטאַציע:
נישט-קאָדירנדיקע RNA פּראָגנאָז
איבערחזרנדיקע סיקווענצן אידענטיפיקאציע (טראַנספּאָסאָנס און טאַנדעם ריפּיץ)
גענע פּראָגנאָז
§דע נײַאַב איניטיאָ אַלגעריטמען
§ באַזירט אויף האָמאָלאָגיע
§ באַזירט אויף טראַנסקריפּטאָם, מיט לאַנגע און קורצע לייענונגען: לייענונגען זענעןדע נײַצוזאַמענגעשטעלט אָדער געמאַפּט צום דראַפט גענאָם
§ אַנאָטאַציע פון פאָרויסגעזאָגטע גענעס מיט קייפל דאַטאַבייסעס
1) גענאָם סורוועי - k-mer אנאליז
2) גענאָם פֿאַרזאַמלונג
2) גענאָם אַסעמבלי – PacBio HiFi לייענט מאַפּינג צו דראַפט אַסעמבלי
2) Hi-C אַסעמבלי – שאַצונג פון Hi-C גילטיקע ינטעראַקשאַן פּאָרן
3) הויך-קוואַליטעט נאָך-אַסעמבלי עוואַלואַציע
4) גענאָם אַנאָטאַציע – אינטעגראַציע פון פאָרויסגעזאָגטע גענעס
4) גענאָם אַנאָטאַציע – פאָרויסגעזאָגטע גענעס אַנאָטאַציע
אויספאָרשן די פֿאָרשריטן וואָס זענען געוואָרן ערמעגליכט דורך BMKGene'ס דע נאָוואָ גענאָם פֿאַרזאַמלונג סערוויסעס דורך אַ קוראַטירטע זאַמלונג פֿון פּובליקאַציעס:
לי, סי. און אנדערע (2021) 'גענאָם סיקווענסעס אַנטפּלעקן גלאָבאַלע פאַרשפּרייטונג רוטעס און פֿאָרשלאָגן קאָנווערדזשענט גענעטישע אַדאַפּטיישאַנז אין ים-פערד עוואָלוציע', נאַטור קאָמוניקאַציעס, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
לי, י. און אנדערע (2023) 'גרויס-מאָסשטאַביגע כראָמאָסאָם ענדערונגען פירן צו גענאָם-לעוועל אויסדרוק ענדערונגען, ענווייראָנמענטאַל אַדאַפּטיישאַן, און ספּעסיאַציע אין די גייאַל (באָס פראָנטאַליס)', מאָלעקולאַר ביאָלאָגיע און עוואָלוציע, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
טיאַן, ט. און אַנדערע (2023) 'גענאָם פֿאַרזאַמלונג און גענעטישע דיסעקציע פֿון אַ פּראָמינענטער טריקעניש-קעגנשטעליקער קוקורוזע גערמפּלאַזם', נאַטור דזשענעטיקס 2023 55:3, 55(3), זז. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
זשאַנג, פ. און אַנדערע (2023) 'אַנטפּלעקן די עוואָלוציע פון טראָפּאַן אַלקאַלויד ביאָסינטעז דורך אַנאַליזירן צוויי גענאָמען אין דער סאָלאַנאַסעאַע משפּחה', נאַטור קאָמוניקאַציעס 2023 14:1, 14(1), זז. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
שווערע פאַל-שטודיעס:
טעלאָמער-צו-טעלאָמער פֿאַרזאַמלונג:פו, א. און אנדערע (2023) 'טעלאמער-צו-טעלאמער גענאם אסעמבלי פון ביטערע מעלאנע (מאמורדיקא טשאַראַנטיאַ ל. וואַרי. אַברוויאַטאַ סער.) אַנטפּלעקט פרוכט אַנטוויקלונג, זאַץ און רייפּאַנינג גענעטישע קעראַקטעריסטיקס', גאָרטנאַרייַ ריסערטש, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
האַפּלאָטייפּ פֿאַרזאַמלונג:הו, וו. און אנדערע (2021) 'אלעל-דעפינירטער גענאם אנטפלעקט ביאלעלישע דיפערענציאציע בעת קאסאווע עוואלוציע', מאלעקולאר פלאנט, 14(6), זייטן 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
ריזיקע גענאָם פֿאַרזאַמלונג:יואַן, דזש. און אַנדערע (2022) 'גענאָמישע באַזיס פון די גיגאַ-כראָמאָסאָמען און גיגאַ-גענאָם פון בוים פּיאָני פּאַעאָניאַ אָסטיי', נאַטור קאָמוניקאַציעס 2022 13:1, 13(1), זז. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
פּאָליפּלאָיד גענאָם פֿאַרזאַמלונג:זשאַנג, ק. און אַנדערע (2022) 'גענאָמישע איינזיכטן אין די לעצטע כראָמאָסאָם רעדוקציע פון אַוטאָפּאָליפּלאָיד צוקערשטאָק סאַקאַרום ספּאָנטאַנעום', נאַטור דזשענעטיקס 2022 54:6, 54(6), זז. 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
