16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
סערוויס אַדוואַנטאַגעס
● לאנג-לייענען ריווילינג פול-לענג סיקוואַנס פון 16S/18S/ITS
● העכסט פּינטלעך באַזע פאַך מיט PacBio CCS מאָדע סיקוואַנסינג
● האַכלאָטע פון די מינים אין OTU / ASV אַנאָטאַציע
● לעצטע QIIME2 אַנאַלייזינג לויפן מיט דייווערס אַנאַליזעס אין טערמינען פון דאַטאַבייס, אַנאָטאַציע, OTU / ASV.
● אָנווענדלעך צו דייווערס מיקראָביאַל קהל שטודיום
● BMK אָונז ברייט דערפאַרונג מיט איבער 100,000 סאַמפּאַלז / יאָר, קאַווערינג באָדן, וואַסער, גאַז, סלאַדזש, פעסעס, ינטעסטינז, הויט, פערמאַנטיישאַן יויך, ינסעקץ, געוויקסן, אאז"ו ו.
● BMKCloud פאַסילאַטייטיד דאַטן ינטערפּריטיישאַן מיט 45 פערזענליכען אַנאַלייזינג מכשירים
סערוויס ספּעסאַפאַקיישאַנז
| סיקוואַנסינגפּלאַטפאָרמע | ביבליאָטעק | רעקאַמענדיד דאַטן | טערנעראַונד צייט |
| PacBio Sequel II | SMRT-גלאָק | 5K/10K/20K טאַגס | 44 אַרבעט טעג |
ביאָינפאָרמאַטיקס אַנאַליסיס
● רוי דאַטן קוואַליטעט קאָנטראָל
● OTU קלאַסטערינג / דע-ראַש (אַסוו)
● OTU אַנאָטאַציע
● אַלף דייווערסיטי
● ביתא דייווערסיטי
● ינטער-גרופּע אַנאַליסיס
● אַססאָסיאַטיאָן אַנאַליסיס קעגן יקספּערמענאַל סיבות
● פֿונקציע דזשין פּראָגנאָז
מוסטער רעקווירעמענץ און עקספּרעס
מוסטער רעקווירעמענץ:
פֿאַרדנאַ אויסצוגן:
| מוסטער טיפּ | סומע | קאָנצענטראַציע | ריינקייַט |
| דנאַ אויסצוגן | ＞ 1 μג | ＞ 20 נג/μל | אָד260/280 = 1.6-2.5 |
פֿאַר ינווייראַנמענאַל סאַמפּאַלז:
| מוסטער טיפּ | רעקאַמענדיד מוסטערונג פּראָצעדור |
| באָדן | מוסטערונג סומע: בעערעך.5 ג;רימיינדינג פאַרדאַרט מאַטעריע דאַרף צו זיין אַוועקגענומען פון ייבערפלאַך;מאָל גרויס ברעקלעך און פאָרן דורך 2 מם פילטער;אַליקוואָט סאַמפּאַלז אין סטערילע עפּ-רער אָדער סיראָטובע פֿאַר רעזערוואַציע. |
| פעסעס | מוסטערונג סומע: בעערעך.5 ג;קלייַבן און אַליקוואָט סאַמפּאַלז אין סטערילע עפּ-רער אָדער קריאָטובע פֿאַר רעזערוואַציע. |
| ינטעסטאַנאַל אינהאַלט | סאַמפּאַלז דאַרפֿן צו זיין פּראַסעסט אונטער אַסעפּטיק צושטאַנד.וואַשן געזאמלט געוועב מיט פּבס;סענטריפיודזש די פּבס און זאַמלען די פּרעסיפּיטאַנט אין עפּ-טובז. |
| סלאַדזש | מוסטערונג סומע: בעערעך.5 ג;קלייַבן און אַליקוואָט סלאַדזש מוסטער אין סטערילע עפּ-רער אָדער קריאָטובע פֿאַר רעזערוואַציע |
| וואַטערבאָדי | פֿאַר אַ מוסטער מיט אַ לימיטעד סומע פון מייקראָוביאַל, אַזאַ ווי צאַפּן וואַסער, געזונט וואַסער, אאז"ו ו, קאַלעקט בייַ מינדסטער 1 ל וואַסער און פאָרן דורך 0.22 μם פילטער צו באַרייַכערן מייקראָוביאַל אויף די מעמבראַנע.סטאָר די מעמבראַנע אין אַ סטערילע רער. |
| הויט | קערפאַלי סקראַפּ הויט ייבערפלאַך מיט סטערילע וואַטע ווישער אָדער כירורגיש בלייד און שטעלן עס אין סטערילע רער. |
רעקאַמענדיד מוסטער עקספּרעס
פרירן די סאַמפּאַלז אין פליסיק ניטראָגען פֿאַר 3-4 שעה און קראָם אין פליסיק ניטראָגען אָדער -80 גראַד צו לאַנג-טערמין רעזערוואַציע.מוסטער שיפּינג מיט טרוקן-אייז איז פארלאנגט.
סערוויס אַרבעט לויפן
מוסטער עקספּרעס
ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן
סיקוואַנסינג
דאַטאַ אַנאַליסיס
נאָך-פאַרקויף באַדינונגען
1. אַנאָטאַטיאָן קורס פון V3 + V4 (יללומינאַ)-באזירט מיקראָביאַל קהל פּראָפילינג ווס פול-לענג (פּאַקביאָ)-באזירט פּראָפילינג.
(דאַטן פון 30 ראַנדאַמלי פּיקט פּראַדזשעקס זענען געווענדט פֿאַר סטאַטיסטיק)
2. אַנאָטאַטיאָן קורס פון פול-לענג אַמפּליקאָן סיקוואַנסינג אויף מינים-מדרגה אין פאַרשידענע מוסטער טייפּס
3.ספּעסיעס פאַרשפּרייטונג
4.פילאָגענעטיק בוים
BMK קאַסע
אַרסעניק ויסשטעלן ינדוסיז ינטעסטאַנאַל שלאַבאַן שעדיקן און קאָנסעקווענט אַקטאַוויישאַן פון קישקע-לעבער אַקס וואָס פירן צו אָנצינדונג און פּיראָפּטאָסיס פון לעבער אין דאַקס
ארויס:וויסנשאַפֿט פון דער גאַנץ סוויווע,2021
סיקוואַנסינג סטראַטעגיע:
סאַמפּאַלז: קאָנטראָל קעגן 8 מג / קג אַטאָ יקספּאָוזד גרופּע
סיקוואַנסינג דאַטן טראָגן: 102,583 רוי CCS סיקוואַנסיז אין גאַנץ
קאָנטראָל: 54,518 ± 747 עפעקטיוו קקס
ATO-exposed: 45,050 ± 1675 עפעקטיוו CCS
שליסל רעזולטאַטן
אַלף דייווערסיטי:ATO ויסשטעלן באטייטיק אָלטערד די ינטעסטאַנאַל מיקראָביאַל ריטשנאַס און דייווערסיטי אין די דאַקס.
מעטאַסטאַס אַנאַליסיס:
אין פייל מדרגה: 2 באַקטיריאַל פילאַ בלויז דיטעקטאַד אין קאָנטראָל גרופּעס
אין מין מדרגה: 6 גענעראַ זענען געפֿונען באטייטיק אַנדערש אין קאָרעוו זעט
אין מינים מדרגה: 36 מינים זענען יידענאַפייד אין גאַנץ, מיט 6 פון זיי באטייטיק אַנדערש אין ריליוויוו זעט
רעפערענץ
טהינגהאָלם, לב, עט על."אַביס מענטשן מיט און אָן טיפּ 2 צוקערקרענק ווייַזן פאַרשידענע פאַנגקשאַנאַל פאַנגקשאַנאַל קאַפּאַציטעט און קאַמפּאַזישאַן פון די קישקע."צעל האָסט & מיקראָבע26.2 (2019).
