-
PacBio-פול-לענג 16S/18S/ITS אַמפּליקאָן סיקווענסינג
די אַמפּליקאָן (16S/18S/ITS) פּלאַטפאָרמע איז דעוועלאָפּעד מיט יאָרן פון דערפאַרונג אין מיקראָביאַלער דייווערסיטי פּראָיעקט אַנאַליז, וואָס כּולל סטאַנדאַרדיזירטע גרונט אַנאַליז און פּערזענאַליזירטע אַנאַליז: גרונט אַנאַליז דעקט די הויפּטשטראָם אַנאַליז אינהאַלט פון איצטיקער מיקראָביאַלער פאָרשונג, דער אַנאַליז אינהאַלט איז רייך און פולשטענדיק, און אַנאַליז רעזולטאַטן ווערן פּרעזענטירט אין דער פאָרעם פון פּראָיעקט באַריכטן; דער אינהאַלט פון פּערזענאַליזירטע אַנאַליז איז דייווערס. מוסטערן קענען אויסגעקליבן ווערן און פּאַראַמעטערס קענען געשטעלט ווערן פלעקסיבל לויטן גרונט אַנאַליז באַריכט און פאָרשונג ציל, צו דערגרייכן פּערזענאַליזירטע באדערפענישן. ווינדאָוז אָפּערייטינג סיסטעם, פּשוט און שנעל.
-
PacBio-פול-לענג טראַנסקריפּטאָם (נישט-רעפערענץ)
נעמענדיג פּאַסיפיק בייאָוסייענסעס (PacBio) יסאָפאָרם סיקוואַנסינג דאַטן ווי אינפוט, איז די אַפּ ביכולת צו ידענטיפיצירן פול-לענג טראַנסקריפּט סיקוואַנסן (אָן אַסעמבלי). דורך מאַפּינג פול-לענג סיקוואַנסן קעגן רעפערענץ גענאָם, קענען טראַנסקריפּטן זיין אָפּטימיזירט דורך באַקאַנטע גענעס, טראַנסקריפּטן, קאָדירונג געגנטן, אאז"וו. אין דעם פאַל, קען מען דערגרייכן אַ מער פּינקטלעכע אידענטיפיקאַציע פון mRNA סטרוקטורן, אַזאַ ווי אַלטערנאַטיווע ספּלייסינג, אאז"וו. דזשוינט אַנאַליז מיט NGS טראַנסקריפּטאָם סיקוואַנסינג דאַטן ערמעגליכט אַ מער פולשטענדיק אַנאָטאַציע און מער פּינקטלעכע קוואַנטיפיקאַציע אין אויסדרוק אויף טראַנסקריפּט מדרגה, וואָס איז לאַרגעלי נוצלעך פֿאַר דאַונסטרים דיפערענטשאַל אויסדרוק און פאַנגקשאַנאַל אַנאַליז.
-
טולקיטס
BMKCloud איז אַ פירנדיקע ביאָאינפאָרמאַטישע פּלאַטפאָרמע וואָס גיט איין-סטאָפּ לייזונג פֿאַר גענאָמישע פּראָגראַמען, וואָס איז ברייט צוטרוי דורך פאָרשער אין פֿאַרשידענע געביטן אַרייַנגערעכנט מעדיציניש, לאַנדווירטשאַפטלעך, סביבה, אאז"וו. BMKCloud איז מחויב צו צושטעלן אינטעגרירטע, פאַרלאָזלעכע און עפֿעקטיווע באַדינונגען אַרייַנגערעכנט ביאָאינפאָרמאַטישע אַנאַליז פּלאַטפאָרמעס און מכשירים, קאָמפּיוטינג רעסורסן, עפֿנטלעכע דאַטאַבייס, ביאָאינפאָרמאַטישע אָנליין קאָרסן, אאז"וו. BMKCloud האט פֿאַרשידענע אָפֿט גענוצטע ביאָאינפאָרמאַטישע מכשירים אַרייַנגערעכנט גענע אַנאָטאַציע, עוואָלוציאָנערע גענעטישע מכשירים, ncRNA, דאַטן קוואַליטעט קאָנטראָל, אַסעמבלי, אַליינמאַנט, דאַטן עקסטראַקציע, מוטאַציעס, סטאַטיסטיק, פיגור גענעראַטאָר, סיקוואַנס אַנאַליז, אאז"וו.
-
קליינע רנאַ
קליינע RNAs זענען א טיפ קורצע נישט-קאדירנדיקע RNA מיט א דורכשניטלעכער לענג פון 18-30 נט, אריינגערעכנט miRNA, siRNA און piRNA. די קליינע RNAs זענען מאסיוו באריכטעט געווארן צו זיין פארמישט אין פארשידענע ביאלאגישע פראצעסן ווי mRNA דעגראדאציע, איבערזעצונג אינהיביציע, העטעראכראמאטין פארמאציע, א.א.וו. קליינע RNA סיקווענסינג אנאליז איז ברייט אנגעווענדעט געווארן אין שטודיעס אויף כייַע/פלאנץ אנטוויקלונג, קראנקהייטן, ווירוסן, א.א.וו. די קליינע RNA סיקווענסינג אנאליז פלאטפארמע באשטייט פון סטאנדארט אנאליז און פארגעשריטענע דאטן מיינינג. באזירט אויף RNA-seq דאטן, קען סטאנדארט אנאליז דערגרייכן miRNA אידענטיפיקאציע און פאראויסזאגונג, miRNA ציל גענע פאראויסזאגונג, אנאטאציע און אויסדרוק אנאליז. פארגעשריטענע אנאליז ערמעגליכט קאסטומיזירטע miRNA זוכן און עקסטראקציע, ווען דיאגראם דזשענעריישאַן, miRNA און ציל גענע נעץ בויען.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS איז אַ גאַנצע גענאָם רי-סיקווענסינג אַנאַליז פּלאַטפאָרמע, וואָס איז דעוועלאָפּעד אויף דער באַזע פון רייַך דערפאַרונג אין ביאָמאַרקער טעקנאַלאַדזשיז. די גרינג-צו-נוצן פּלאַטפאָרמע אַלאַוז שנעל סאַבמישאַן פון אַן ינטאַגרייטאַד אַנאַליז וואָרקפלאָו דורך פשוט שטעלן אַ ביסל גרונט פּאַראַמעטערס, וואָס פּאַסיק פֿאַר דנאַ סיקווענסינג דאַטן דזשענערייטאַד פון ביידע אילומינאַ פּלאַטפאָרמע און BGI סיקווענסינג פּלאַטפאָרמע. די פּלאַטפאָרמע איז דיפּלוייד אויף הויך פאָרשטעלונג קאַמפּיוטינג סערווער, וואָס ימפּאַוערז העכסט עפעקטיוו דאַטן אַנאַליז אין אַ זייער לימיטעד צייט. פּערסאַנאַלייזד דאַטן מיינינג איז בנימצא אויף דער באַזע פון סטאַנדאַרד אַנאַליז, אַרייַנגערעכנט מיוטייטיד דזשין קווערי, PCR פּריימער פּלאַן, עטק.
-
mRNA (רעפערענץ)
טראַנסקריפּטאָם איז די פֿאַרבינדונג צווישן גענאָמישע גענעטישע אינפֿאָרמאַציע און דעם פּראָטעאָם פֿון ביאָלאָגישער פֿונקציע. טראַנסקריפּציאָנעלע רעגולאַציע אויף אַ לעוועל איז די וויכטיקסטע און מערסט ברייט שטודירטע רעגולאַציע מאָדע פֿון אָרגאַניזמען. טראַנסקריפּאָם סיקווענסינג קען סיקווענסן דעם טראַנסקריפּאָם אין יעדן מאָמענט אָדער אונטער יעדן צושטאַנד, מיט אַ רעזאָלוציע גענוי ביז אַן איינציקן נוקלעאָטיד. עס קען דינאַמיש אָפּשפּיגלען דעם לעוועל פֿון גענע טראַנסקריפּציע, סיימאַלטייניאַסלי ידענטיפֿיצירן און קוואַנטיפֿיצירן זעלטענע און נאָרמאַלע טראַנסקריפּטן, און צושטעלן די סטרוקטורעלע אינפֿאָרמאַציע פֿון מוסטער-ספּעציפֿישע טראַנסקריפּטן.
איצט, טראַנסקריפּטאָם סיקוואַנסינג טעכנאָלאָגיע איז וויידלי געניצט אין אַגראָנאָמיע, מעדיצין און אַנדערע פאָרשונג פעלדער, אַרייַנגערעכנט כייַע און פלאַנצן אַנטוויקלונג רעגולאַציע, ינווייראַנמענאַל אַדאַפּטיישאַן, ימיון ינטעראַקשאַן, גענע לאָקאַליזאַציע, מינים גענעטישע עוואָלוציע און טומאָר און גענעטישע קראַנקייט דיטעקשאַן.
-
מעטאַגענאָמיקס (NGS)
די אנאליז פלאטפארמע איז דיזיינט פאר שאטגאן מעטאגענאמישע דאטן אנאליז באזירט אויף יארן פון דערפארונג. עס באשטייט פון אן אינטעגרירטן ארבעטס-פלוס מיט פארשידענע פון געווענליך נויטיגע מעטאגענאמישע אנאליזן, אריינגערעכנט דאטן פראצעסירונג, ספעציעס-לעוועל שטודיעס, גענע פונקציע-לעוועל שטודיעס, מעטאגענאם בינירונג, א.א.וו. אין דערצו, זענען פערזענליכע דאטן מיינינג מכשירים פאראן לויטן סטאנדארט אנאליז ארבעטס-פלוס, אריינגערעכנט גענע און ספעציעס אנפראגן, פאראמעטער סעטטינג, פערזענליכע פיגור דזשענערירן, א.א.וו.
-
LncRNA
לאַנגע נישט-קאָדירנדיקע RNAs (lncRNA) זענען אַ טיפּ טראַנסקריפּטן מיט אַ לענג לענגער ווי 200 nt, וואָס זענען נישט ביכולת צו קאָדירן פּראָטעאינען. אַקומולאַטיווע באַווייַזן סאַגדזשעסט אַז רובֿ פון lncRNAs זענען זייער מסתּמא צו זיין פאַנגקשאַנאַל. הויך-דורכפיר סיקוואַנסינג טעקנאַלאַדזשיז און ביאָאינפאָרמאַטיק אַנאַלייזינג מכשירים געבן אונדז די מעגלעכקייט צו אַנטדעקן lncRNA סיקוואַנסעס און פּאַזישאַנינג אינפֿאָרמאַציע מער עפֿעקטיוו און פירן אונדז צו אַנטדעקן lncRNAs מיט קריטיש רעגולאַטאָרישע פאַנגקשאַנז. BMKCloud איז שטאָלץ צו צושטעלן אונדזערע קאַסטאַמערז lncRNA סיקוואַנסינג אַנאַליז פּלאַטפאָרמע צו דערגרייכן שנעל, פאַרלאָזלעך און פלעקסאַבאַל lncRNA אַנאַליז.
-
ג.וו.א.ס.
א גענאָם-ברייטע אסאסיאציע שטודיע (GWAS) צילט צו אידענטיפיצירן גענעטישע וועריאנטן (גענאטיפ) וואס זענען פארבונדן מיט ספעציפישע אייגנשאפטן (פענאטיפ). GWA שטודיעס פארשן גענעטישע מארקערס אריבער דעם גאנצן גענאם פון א גרויסע צאל יחידים און פאראויסזאגן גענאטיפ-פענאטיפ אסאסיאציעס דורך סטאטיסטישע אנאליז אויף א באפעלקערונג לעוועל. גאנצע-גענאם ריסיקווענסינג קען פאטענציעל אויפדעקן אלע גענעטישע וועריאנטן. צוזאמען מיט פענאטיפישע דאטן, קען GWAS ווערן פארארבעט צו אידענטיפיצירן פענאטיפ-פארבונדענע SNPs, QTLs און קאנדידאט גענעס, וואס שטארק שטיצט מאדערנע כייַע/פלאנץ ברידינג. SLAF איז א זעלבסט-אנטוויקלטע פארפּשוטעטע גענאם סיקווענסינג סטראטעגיע, וואס אנטדעקט גענאם-ברייטע פארשפרייטע מארקערס, SNPs. די SNPs, אלס מאלעקולארע גענעטישע מארקערס, קענען ווערן פארארבעט פאר אסאסיאציע שטודיעס מיט געצילטע אייגנשאפטן. דאס איז א קאסטן-עפעקטיווע סטראטעגיע אין אידענטיפיצירן קאמפלעקסע אייגנשאפטן-פארבונדענע גענעטישע וועריאציעס.
-
נאַנאָפּאָר פול-לענג טראַנסקריפּטאָמיקס
קאָמפּלעקסע און וועריאַבלע אַלטערנאַטיווע יסאָפאָרמען אין אָרגאַניזמען זענען וויכטיקע גענעטישע מעכאַניזמען פֿאַר רעגולירן גען אויסדרוק און פּראָטעין דייווערסיטי. פּינקטלעכע אידענטיפֿיקאַציע פֿון טראַנסקריפּט סטרוקטורן איז די באַזע פֿאַר אַ טיפֿער שטודיע פֿון גען אויסדרוק רעגולאַציע מוסטערן. נאַנאָפּאָר סיקוואַנסינג פּלאַטפאָרמע האט געראָטן געבראַכט טראַנסקריפּטאָמישע שטודיע צו יסאָפאָרמ-לעוועל. די אַנאַליז פּלאַטפאָרמע איז דיזיינד צו אַנאַליזירן RNA-Seq דאַטן דזשענערייטאַד אויף נאַנאָפּאָר פּלאַטפאָרמע אויף דער באַזע פֿון רעפֿערענץ גענאָם, וואָס דערגרייכט קוואַליטאַטיווע און קוואַנטיטאַטיווע אַנאַליזעס אין ביידע גען לעוועל און טראַנסקריפּט לעוועל.
-
סירק-רנאַ
צירקולערע RNA (circRNA) איז א טיפ נישט-קאדירנדיקע RNA, וואס מען האט לעצטנס געפונען צו שפילן א וויכטיגע ראלע אין רעגולירנדיקע נעטוואָרקס וואס זענען פארמישט אין אנטוויקלונג, אומגעבונג-קעגנשטעל, א.א.וו. אנדערש פון לינעארע RNA מאלעקולן, למשל mRNA, lncRNA, זענען די 3′ און 5′ ענדס פון circRNA פארבונדן צו פארמירן א צירקולערע סטרוקטור, וואס ראטעוועט זיי פון פארדייאונג פון עקסאנוקלעאז און זענען מער סטאביל ווי רוב לינעארע RNA. מען האט געפונען אז CircRNA האט פארשידענע פונקציעס אין רעגולירן גענע אויסדרוק. CircRNA קען אויפפירן ווי ceRNA, וואס בינדט זיך קאמפעטיטיוו צו miRNA, באקאנט אלס miRNA שוואם. די CircRNA סיקווענסינג אנאליז פלאטפארמע באשטארקט circRNA סטרוקטור און אויסדרוק אנאליז, ציל פאראויסזאגונג און געמיינזאמע אנאליז מיט אנדערע טיפן RNA מאלעקולן.
-
בי-עס-עי
די באַלקעד סעגרעגאַנט אַנאַליז פּלאַטפאָרמע באַשטייט פון איין-סטעפּ סטאַנדאַרט אַנאַליז און אַוואַנסירטע אַנאַליז מיט קאַסטאַמייזד פּאַראַמעטער באַשטעטיקן. BSA איז אַ טעכניק געניצט צו שנעל ידענטיפיצירן פענאָטיפּ-פֿאַרבונדענע גענעטישע מאַרקערס. הויפּט וואָרקפלאָו פון BSA כּולל: 1. סעלעקטירן צוויי גרופּעס פון יחידים מיט גאָר פאַרקערט פענאָטיפּעס; 2. פּולינג די DNA, RNA אָדער SLAF-seq (דעוועלאָפּעד דורך Biomarker) פון אַלע יחידים צו פאָרעם צוויי באַלק פון DNA; 3. ידענטיפיצירן דיפערענטשאַל סיקוואַנסיז קעגן רעפערענץ גענאָם אָדער אין צווישן, 4. פאָרויסזאָגן קאַנדידאַט לינגקט מקומות דורך ED און SNP-אינדעקס אַלגערידאַם; 5. פאַנגקשאַנאַל אַנאַליז און ענריטשמענט אויף גענעס אין קאַנדידאַט מקומות, עטק. מער אַוואַנסירטע מיינינג אין דאַטן אַרייַנגערעכנט גענעטישע מאַרקער סקרינינג און פּריימער פּלאַן זענען אויך בנימצא.
-
אַמפּליקאָן (16S/18S/ITS)
די אַמפּליקאָן (16S/18S/ITS) פּלאַטפאָרמע איז דעוועלאָפּעד מיט יאָרן פון דערפאַרונג אין מיקראָביאַלער דייווערסיטי פּראָיעקט אַנאַליז, וואָס כּולל סטאַנדאַרדיזירטע גרונט אַנאַליז און פּערזענאַליזירטע אַנאַליז: גרונט אַנאַליז דעקט די הויפּטשטראָם אַנאַליז אינהאַלט פון איצטיקער מיקראָביאַלער פאָרשונג, דער אַנאַליז אינהאַלט איז רייך און פולשטענדיק, און אַנאַליז רעזולטאַטן ווערן פּרעזענטירט אין דער פאָרעם פון פּראָיעקט באַריכטן; דער אינהאַלט פון פּערזענאַליזירטע אַנאַליז איז דייווערס. מוסטערן קענען אויסגעקליבן ווערן און פּאַראַמעטערס קענען געשטעלט ווערן פלעקסיבל לויטן גרונט אַנאַליז באַריכט און פאָרשונג ציל, צו דערגרייכן פּערזענאַליזירטע באדערפענישן. ווינדאָוז אָפּערייטינג סיסטעם, פּשוט און שנעל.
