BMKCloud קלאָץ אין
1

mRNA-seq (NGS) מיט רעפֿערענץ גענאָמע

百迈客云网站-11

mRNA-seq (NGS) מיט רעפֿערענץ גענאָמע

RNA-seq איז אַ נאָרמאַל געצייַג אין לעבן און גערעטעניש ססיענסעס, ברידזשינג די ריס צווישן גענאָמעס און פּראָטעאָמעס. זיין שטאַרקייט ליגט אין אַנטדעקן נייַע טראַנסקריפּץ און קוואַנטיפיינג זייער אויסדרוק אין איין אַסיי. עס איז וויידלי געניצט פֿאַר קאָמפּאַראַטיווע טראַנסקריפּטאָמיק שטודיום, אָפּדאַך ליכט אויף גענעס שייַכות צו פאַרשידן טרייץ אָדער פענאָטיפּעס, ווי קאַמפּערינג מיוטאַנץ צו ווילד טייפּס אָדער ריווילינג דזשין אויסדרוק אונטער ספּעציפיש טנאָים. BMKCloud mRNA (Reference) APP ינטאַגרייץ אויסדרוק קוואַנטאַפאַקיישאַן, דיפערענטשאַל אויסדרוק אַנאַליסיס (DEG), און סיקוואַנס סטרוקטור אַנאַליזעס אין די mRNA-seq (NGS) ביאָינפאָרמאַטיקס רערנ - ליניע און אַמאַלגאַמאַץ די סטרענגקטס פון ענלעך ווייכווארג, ינשורינג קאַנוויניאַנס און באַניצער-פרייַנדלעך. יוזערז קענען צופֿעליקער זייער רנאַ-סעק דאַטן צו די וואָלקן, ווו די אַפּ אָפפערס אַ פולשטענדיק, איין-האַלטן ביאָינפאָרמאַטיק אַנאַליסיס לייזונג. אַדדיטיאָנאַללי, עס פּרייאָראַטייז קונה דערפאַרונג, און אָפפערס פערזענליכען אַפּעריישאַנז טיילערד צו די ספּעציפיש באדערפענישן פון די באַניצער. יוזערז קענען שטעלן פּאַראַמעטערס און פאָרלייגן די רערנ - ליניע מיסיע אַליין, קאָנטראָלירן די ינטעראַקטיוו באַריכט, זען דאַטן / דייאַגראַמז און פאַרענדיקן דאַטן מיינינג, אַזאַ ווי: ציל דזשין סעלעקציע, פאַנגקשאַנאַל קלאַסטערינג, דיאַגראַמינג, עטק.

דעמאָ רעזולטאַטן
דאַטאַ מיינינג
אַרייַנפיר פאָדערונג
הויפּט אַנאַליסיס
רעפערענץ
דעמאָ רעזולטאַטן

דאַטאַ מיינינג

אַרייַנפיר פאָדערונג

פּלאַטפאָרמע:Illumina, MGI
סטראַטעגיע:RNA-Seq
אויסלייג: פּאַרעד, ריין-דאַטן.
ביבליאָטעק טיפּ:fr-unstranded, fr-firststrand אָדער fr-secondstrand
לייענען לענג:150 בפּ
טעקע טיפּ:*.פאַסטק, *.פק, *.פאַסטק.גז אָדער *.פק.גז. די סיסטעם וועטאויטאָמאַטיש פּאָר די .פאַסטק טעקעס לויט זייער טעקע נעמען,למשל *_1.פאַסטק פּערד מיט *._2.פאַסטק.
נומער פון סאַמפּאַלז:עס זענען קיין ריסטריקשאַנז אויף די נומערפון סאַמפּאַלז, אָבער די אַנאַליסיס צייט וועט פאַרגרעסערן ווי די נומער פוןסאַמפּאַלז וואקסט.
רעקאַמענדיד דאַטן סומע:6 ג פּער מוסטער

הויפּט אַנאַליסיס
די הויפּט אַנאַליסיס און ביאָינפאָרמאַטיק מכשירים פון mRNA-seq (רעפערענץ)די פּייפּליין איז ווי גייט:
1. ראַוודאַטאַ קוואַליטי קאָנטראָל:
• באַזייַטיקונג פון נידעריק-קוואַליטעט סיקוואַנסיז, אַדאַפּטער סיקוואַנסיז,עטק;
• מכשירים: אין-הויז דעוועלאָפּעד רערנ - ליניע;
2. אַליינמאַנט פון דאַטן צו אַ רעפֿערענץ גענאָמע:
• אַליינינג לייענט מיט אַ ספּלייס-אַווער אַלגערידאַם קעגן דירעפֿערענץ גענאָמע.
• מכשירים:HISAT2, samtools
3. ביבליאָטעק קוואַליטעט אַנאַליסיס:
• ינסערט לענג אַנאַליסיס, סיקוואַנס זעטיקונג אַנאַליסיס, עטק;
• מכשירים:samtools;
4. סיקוואַנס סטרוקטור אַנאַליסיס:
• אָלטערנאַטיוו ספּלייינג אַנאַליסיס, דזשין סטרוקטור אַפּטאַמאַזיישאַן,ראָמאַן דזשין פּראָגנאָז, עטק;
• מכשירים:StringTie, gffcompare, GATK,דימענט, ינטערפּראָסקאַן, אוןHMMER.
5. דיפערענטשאַל אויסדרוק אַנאַליסיס:
• דעג זיפּונג, קאָ-שייכות אַנאַליסיס, פאַנגקשאַנאַלענריטשמענט;
פאַרשידן וויזשוואַלאַזיישאַן רעזולטאַטן;
RמיטSEGseq, DESeq2, ggplot2, DEXSeq
רעפערענץ
1. קים, דאַעהוואַן עט על. "גראַף-באזירט גענאָמע אַליינמאַנט אוןגענאָטיפּינג מיט HISAT2 און HISAT-גענאָטיפּ.נאַטורביאָטעטשנאָלאָגי37 (2019): 907 - 915.
2. McKenna, Aaron et al. "די גענאָמע אַנאַליסיס טאָאָלקיט: אַMapReduce פריימווערק פֿאַר אַנאַלייזינג דנאַ פון דער ווייַטער דורסיקוואַנסינג דאַטן."גענאָמע פאָרשונג20 9 (2010): 1297-303.
3. לי, הענג עט על. "די סיקוואַנס אַליינמאַנט / מאַפּע פֿאָרמאַט אוןSAMtools."ביאָינפאָרמאַטיקס25 (2009): 2078 - 2079.
4. Perțea, Mihaela et al. "StringTie ינייבאַלז ימפּרווודריקאַנסטראַקשאַן פון אַ טראַנסקריפּטאָם פון רנאַ-סיק לייענט.נאַטורביאָטעטשנאָלאָגי33 (2015): 290-295.
5. ליבע, מיכאל י עט על. "מאַדערייטיד אָפּשאַצונג פון פאַרלייגן טוישן אוןדיספּערסיאָן פֿאַר RNA-seq דאַטן מיט DESeq2.גענאָמעביאָלאָגי15 (2014): נ. פּאַג.
6. עדי, שאָן ר.. "אַקסעלערייטיד פּראָפיל המם אָנפֿרעגן."PLoS קאַמפּיוטיישאַנאַל ביאָלאָגי7 (2011): נ. פּאַג.

באַקומען אַ ציטירן

שרייב דיין אָנזאָג דאָ און שיקן עס צו אונדז

שיקן דיין אָנזאָג צו אונדז: