-
מעטאַגענאָמישע סיקווענסינג -NGS
א מעטאַגענאָם איז אַ זאַמלונג פון דעם גאַנצן גענעטישן מאַטעריאַל פון אַ געמישטער קהילה פון אָרגאַניזמען, אַזאַ ווי סביבה און מענטשלעכע מעטאַגענאָמען. עס כּולל גענאָמען פון ביידע קולטיוואַבלע און נישט-קולטיוואַבלע מיקראָאָרגאַניזמען. שאָטגאַן מעטאַגענאָמיק סיקוואַנסינג מיט NGS ערמעגליכט די שטודיע פון די קאָמפּליצירטע גענאָמישע לאַנדשאַפטן עמבעדיד אין סביבה סאַמפּאַלז דורך צושטעלן מער ווי טאַקסאָנאָמיש פּראָופיילינג, געבן אויך גראַניאַלער ינסייץ אין מינים דייווערסיטי, שעפע דינאַמיק, און קאָמפּלעקס באַפעלקערונג סטרוקטורן. ווייַטער פון טאַקסאָנאָמישע שטודיעס, שאָטגאַן מעטאַגענאָמיקס אָפפערס אויך אַ פאַנגקשאַנאַל גענאָמיק פּערספּעקטיוו, ערמעגליכט די ויספאָרשונג פון ענקאָודיד גענעס און זייער פּוטאַטיוו ראָלעס אין עקאַלאַדזשיקאַל פּראַסעסאַז. צום סוף, די פאַרלייגן פון קאָרעלאַציע נעטוואָרקס צווישן גענעטישע עלעמענטן און סביבה פאַקטאָרן קאַנטריביוץ צו אַ האָליסטיש פארשטאנד פון די קאָמפּליצירט ינטערפּליי צווישן מיקראָביאַל קהילות און זייער עקאַלאַדזשיקאַל הינטערגרונט. אין מסקנא, מעטאַגענאָמיק סיקוואַנסינג שטייט ווי אַ פּיוואַטאַל ינסטרומענט פֿאַר אַנראַוואַלינג די גענאָמישע קאַמפּלעקסאַטיז פון פאַרשידענע מיקראָביאַל קהילות, ילומינייטינג די פֿילפאַסעטעד באַציונגען צווישן גענעטיק און עקאָלאָגיע אין די קאָמפּלעקס עקאָסיסטעמען.
פּלאַטפאָרמעס: Illumina NovaSeq און DNBSEQ-T7
-
מעטאַגענאָמישע סיקווענסינג-TGS
א מעטאַגענאָם איז אַ זאַמלונג פון דעם גענעטישן מאַטעריאַל פון אַ געמישטער קהילה פון אָרגאַניזמען, אַזאַ ווי סביבה און מענטשלעכע מעטאַגענאָמען. עס כּולל גענאָמען פון ביידע קולטיוואַבלע און נישט-קולטיוואַבלע מיקראָאָרגאַניזמען. מעטאַגענאָמיש סיקוואַנסינג ערמעגליכט די שטודיע פון די קאָמפּליצירטע גענאָמישע לאַנדשאַפטן עמבעדיד אין עקאָלאָגישע מוסטערן דורך צושטעלן מער ווי טאַקסאָנאָמיש פּראָופיילינג. עס אָפפערס אויך אַ פאַנגקשאַנאַל גענאָמיק פּערספּעקטיוו דורך ויספאָרשן די ענקאָודיד גענעס און זייערע פּוטאַטיווע ראָלעס אין סביבה פּראָצעסן. כאָטש טראַדיציאָנעלע שאָטגאַן אַפּראָוטשיז מיט Illumina סיקוואַנסינג זענען וויידלי געניצט אין מעטאַגענאָמישע שטודיעס, די אַדווענט פון Nanopore און PacBio לאַנג-לייענען סיקוואַנסינג האט געביטן דעם פעלד. Nanopore און PacBio טעכנאָלאָגיע פֿאַרבעסערן דאַונסטרים ביאָינפאָרמאַטיק אַנאַליזעס, ספּעציעל מעטאַגענאָם אַסעמבלי, ענשורינג מער קאַנטיניואַס אַסעמבלי. באַריכטן ווייַזן אַז Nanopore-באזירט און PacBio-באזירט מעטאַגענאָמיקס האָבן הצלחה דזשענערייטאַד גאַנץ און פארמאכט באַקטיריאַל גענאָמען פון קאָמפּלעקס מיקראָביאָמעס (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). ינטאַגרייטינג Nanopore רידס מיט Illumina רידס גיט אַ סטראַטעגיש צוגאַנג פֿאַר טעות קערעקשאַן, מיטיגייטינג Nanopore ס ינכעראַנט נידעריק אַקיעראַסי. די סינערגיסטישע קאָמבינאַציע נוצט אויס די שטאַרקייטן פון יעדער סיקווענסינג פּלאַטפאָרמע, און אָפֿערט אַ ראָבוסטע לייזונג צו איבערקומען פּאָטענציעלע לימיטאַציעס און פֿאַרבעסערן די פּינקטלעכקייט און פֿאַרלעסלעכקייט פֿון מעטאַגענאָמישע אַנאַליזעס.
פּלאַטפאָרמע: נאַנאָפּאָר פּראָמעטהיאָן 48, אילומיאַ און פּאַקביאָ רעוויאָ
-
16S/18S/ITS אַמפּליקאָן סיקווענסינג-פּאַקביאָ
די 16S און 18S rRNA גענעס, צוזאמען מיט די אינטערנאַל טראַנסקריבעד ספּייסער (ITS) ראַיאָן, דינען ווי וויכטיקע מאָלעקולאַרע פינגערפּרינטינג מאַרקערס צוליב זייער קאָמבינאַציע פון העכסט קאָנסערווירטע און היפּער-וועריאַבאַל ראַיאָנען, מאַכנדיג זיי אומשאַצבארע מכשירים פֿאַר כאַראַקטעריזירן פּראָקאַריאָטישע און עוקאַריאָטישע אָרגאַניזמען. אַמפּליפיקאַציע און סיקווענסינג פון די ראַיאָנען פאָרשלאָגן אַן איזאָלאַציע-פֿרייע צוגאַנג פֿאַר אויספֿאָרשן די מיקראָביאַלע זאַץ און דייווערסיטי אַריבער פֿאַרשידענע עקאָסיסטעמען. כאָטש Illumina סיקווענסינג טיפּיקלי צילט קורצע היפּערוועריאַבאַל ראַיאָנען ווי V3-V4 פון 16S און ITS1, איז עס דעמאַנסטרירט געוואָרן אַז העכערע טאַקסאָנאָמישע אַנאָטאַציע איז דערגרייכלעך דורך סיקווענסינג די פולע לענג פון 16S, 18S, און ITS. דעם קאָמפּרעהענסיוו צוגאַנג רעזולטאַטן אין העכערע פּראָצענטן פון אַקיעראַטלי קלאַסיפֿיצירטע סיקווענסעס, דערגרייכנדיג אַ מדרגה פון רעזאָלוציע וואָס עקסטענדעד צו מינים אידענטיפיקאַציע. PacBio'ס סינגל-מאָלעקול רעאַל-טיים (SMRT) סיקווענסינג פּלאַטפאָרמע שטייט אויס דורך צושטעלן העכסט אַקיעראַטלי לאַנג רידס (HiFi) וואָס דעקן די פול-לענג אַמפּליקאָנס, קאָנקורירנדיג די פּינקטלעכקייט פון Illumina סיקווענסינג. די מעגלעכקייט ערלויבט פארשער צו דערגרייכן אן אומגעגלייכטן אויבערהאנט — א פאנאראמישן בליק אויף דער גענעטישער לאנדשאפט. די פארברייטערטע באדעקונג פארהויכט באדייטנד די רעזאלוציע אין מינים אנאטאציע, ספעציעל אין באַקטיריעלע אדער פונגאַל קהילות, און ערמעגליכט א טיפערן פארשטאנד פון די קאמפליצירטקייטן פון מיקראָביעלע פאפולאציעס.
-
16S/18S/ITS אַמפּליקאָן סיקווענסינג-NGS
אַמפּליקאָן סיקווענסינג מיט אילומינאַ טעכנאָלאָגיע, ספּעציפֿיש צילנדיק די 16S, 18S, און ITS גענעטישע מאַרקערס, איז אַ שטאַרקע מעטאָדע פֿאַר אַנטפּלעקן די פֿילאָגעני, טאַקסאָנאָמיע, און מינים שעפע אין מיקראָביאַל קהילות. דער צוגאַנג ינוואַלווז סיקווענסינג די היפּערוואַריאַבאַל מקומות פון כאַוסקיפּינג גענעטישע מאַרקערס. אָריגינעל איינגעפֿירט ווי אַ מאָלעקולאַר פינגערפּרינט דורךוואָעסעס און אַנדערעאין 1977, האט די טעכניק רעוואלוציאנירט מיקראָביאָם פּראָופיילינג דורך ערמעגלעכן איזאָלאַציע-פֿרייע אַנאַליזעס. דורך סיקווענסינג פון 16S (באַקטיריאַ), 18S (פונגי), און אינטערנאַל טראַנסקריבעד ספּייסער (ITS, פונגי), קענען פֿאָרשער אידענטיפֿיצירן ניט בלויז שעפעדיקע מינים, נאָר אויך זעלטענע און נישט אידענטיפֿיצירטע. ברייט אנגענומען ווי אַ וויכטיק געצייַג, איז אַמפּליקאָן סיקווענסינג געוואָרן אינסטרומענטאַל אין דערקענען דיפערענציעלע מיקראָביאַלע קאָמפּאָזיציעס אין פֿאַרשידענע סביבות, אַרייַנגערעכנט דעם מענטשלעכן מויל, געדערעם, שטול, און ווייטער.
-
באַקטיריעל און פונגאַל גאַנצע גענאָם רי-סיקווענסינג
באַקטיריאַלע און פונגאַל גאַנצע-גענאָם רי-סיקוואַנסינג פּראָיעקטן זענען קריטיש פֿאַר פֿאָרשריטן מיקראָביאַל גענאָמיקס דורך דערמעגלעכן די פֿאַרענדיקונג און פֿאַרגלייַך פֿון מיקראָביאַל גענאָמען. דאָס פֿאַסילאַטירט פֿערמענטאַציע אינזשעניריע, די אָפּטימיזאַציע פֿון אינדוסטריעלע פּראָצעסן, און די אויספֿאָרשונג פֿון צווייטיקע מעטאַבאָליזם פּאַטווייז. דערצו, פונגאַל און באַקטיריאַל רי-סיקוואַנסינג איז קריטיש פֿאַר פֿאַרשטיין ענווייראָנמענטאַל אַדאַפּטאַציע, אָפּטימיזירן שטאַמען, און אַנטפּלעקן גענעטישע עוואָלוציע דינאַמיק, מיט ברייטע אימפּליקאַציעס אין מעדיצין, לאַנדווירטשאַפט, און ענווייראָנמענטאַל וויסנשאַפֿט.
-
פּראָקאַריאָטיש רנאַ סיקווענסינג
RNA סיקווענסינג באַשטאַרקט די קאָמפּרעהענסיווע פּראָופיילינג פון אַלע RNA טראַנסקריפּטן אין צעלן אונטער ספּעציפֿישע באַדינגונגען. די שניידנדיקע טעכנאָלאָגיע דינט ווי אַ שטאַרק געצייַג, אַנטפּלעקנדיק קאָמפּליצירטע גענע אויסדרוק פּראָופיילז, גענע סטרוקטורן און מאָלעקולאַרע מעקאַניזמען פֿאַרבונדן מיט פֿאַרשידענע ביאָלאָגישע פּראָצעסן. RNA סיקווענסינג, ברייט אנגענומען אין פונדאַמענטאַלע פאָרשונג, קלינישע דיאַגנאָסטיקס און מעדיצין אַנטוויקלונג, אָפפערט ינסייץ אין די קאָמפּלעקסיטעטן פון צעלולאַרע דינאַמיק און גענעטישע רעגולאַציע. אונדזער פּראָקאַריאָטיש RNA מוסטער פּראַסעסינג איז צוגעפּאַסט פֿאַר פּראָקאַריאָטיש טראַנסקריפּטאָמעס, אַרייַנגערעכנט rRNA דיפּלישאַן און דירעקשאַנאַל ביבליאָטעק צוגרייטונג.
-
מעטאַטראַנסקריפּטאָם סיקווענסינג
ניצנדיק אילומינאַ סיקווענסינג טעכנאָלאָגיע, אַנטפּלעקט BMKGENE'ס מעטאַטראַנסקריפּטאָם סיקווענסינג סערוויס די דינאַמישע גענע אויסדרוק פון אַ פֿאַרשיידענע סאָרט מיקראָבן, פֿון עוקאַריאָטעס ביז פּראָקאַריאָטעס און ווירוסן, אין נאַטירלעכע סביבות ווי באָדן, וואַסער, ים, שטול און די קישקע. אונדזער קאָמפּרעהענסיוו סערוויס געבט פֿאָרשער די מעגלעכקייט צו פֿאַרטיפֿן זיך אין די גאַנצע גענע אויסדרוק פּראָפֿילן פֿון קאָמפּלעקסע מיקראָביעלע קהילות. ווייטער פֿון טאַקסאָנאָמישער אַנאַליז, פֿאַרלייכטערט אונדזער מעטאַטראַנסקריפּטאָם סיקווענסינג סערוויס אויספֿאָרשונג אין פֿונקציאָנעלער ענריטשמענט, און שיינט ליכט אויף דיפֿערענציעל אויסגעדריקטע גענען און זייערע ראָלעס. אַנטדעקט אַ רייַכטום פֿון ביאָלאָגישע איינזיכטן בשעת איר נאַוויגירט די קאָמפּלעקסע לאַנדשאַפֿטן פֿון גענע אויסדרוק, טאַקסאָנאָמישער פֿאַרשיידנקייט און פֿונקציאָנעלע דינאַמיק אין די פֿאַרשיידענע סביבה נישעס.
-
די נייַ פונגאַל גענאָמע אַסעמבלי
BMKGENE אָפפערט ווערסאַטאַל סאַלושאַנז פֿאַר פונגאַל גענאָמען, וואָס באַדינען פֿאַרשידענע פאָרשונג באדערפענישן און געוואונטשענע גענאָם קאַמפּליטנאַס. ניצן קורץ-לייענען Illumina סיקוואַנסינג אַליין אַלאַוז די דזשענעריישאַן פון אַ דראַפט גענאָם. קורץ-לייענען און לאַנג-לייענען סיקוואַנסינג ניצן Nanopore אָדער Pacbio זענען קאַמביינד פֿאַר אַ מער ראַפינירט פונגאַל גענאָם מיט לענגערע קאָנטיגס.
-
די נייַ באַקטיריאַל גענאָמע אַסעמבלי
מיר צושטעלן א פולשטענדיגע באַקטיריעלע גענאָם אַסעמבלי סערוויס, וואָס גאַראַנטירט 0 גאַפּס. דאָס איז מעגלעך דורך ינטאַגרירן לאַנג-לייענען סיקוואַנסינג טעקנאַלאַדזשיז, אַזאַ ווי Nanopore און PacBio פֿאַר אַסעמבלי און קורץ-לייענען סיקוואַנסינג מיט Illumina פֿאַר אַסעמבלי וואַלידאַציע און טעות קערעקשאַן פון ONT רידז. אונדזער סערוויס גיט די פולשטענדיגע ביאָאינפאָרמאַטישע וואָרקפלאָו פון אַסעמבלי, פאַנגקשאַנאַל אַנאָטאַציע, און אַוואַנסירטע ביאָאינפאָרמאַטישע אַנאַליז, וואָס דערפילט ספּעציפֿישע פאָרשונג צילן. דער סערוויס ערמעגליכט די אַנטוויקלונג פון פּינקטלעכע רעפֿערענץ גענאָמען פֿאַר פֿאַרשידענע גענעטישע און גענאָמישע שטודיעס. דערצו, עס פאָרמירט די באַזע פֿאַר אַפּלאַקיישאַנז אַזאַ ווי שפּאַנונג אָפּטימיזאַציע, גענעטישע אינזשעניריע, און מיקראָביאַל טעכנאָלאָגיע אַנטוויקלונג, וואָס ענשורז פאַרלאָזלעך און גאַפּ-פֿרייַ גענאָמישע דאַטן קריטיש פֿאַר אַוואַנסירטע וויסנשאַפטלעכע ינסייץ און ביאָטעכנאָלאָגישע כידעש.
