ØDidelė patirtis: BMK buvo apdorota daugiau nei 200 000 mėginių, apimančių įvairius mėginių tipus, įskaitant ląstelių kultūrą, audinius, kūno skysčius ir kt., ir daugiau nei 7 000 mRNA-Seq projektų, apimančių įvairias tyrimų sritis.
ØGriežta kokybės kontrolės sistema: siekiant gauti aukštos kokybės rezultatus, pagrindiniai kokybės kontrolės taškai, atliekantys visus etapus, įskaitant mėginių paruošimą, bibliotekos paruošimą, sekos nustatymą ir bioinformatiką.
ØGalimos kelios duomenų bazės, skirtos funkcijų anotacijai ir sodrinimo tyrimams, siekiant įgyvendinti įvairius tyrimo tikslus.
ØPaslaugos po pardavimo: Paslaugos po pardavimo galioja 3 mėnesius po projekto užbaigimo, įskaitant projekto stebėjimą, trikčių šalinimą, rezultatų klausimus ir atsakymus ir kt.
biblioteka | Sekos nustatymo strategija | Rekomenduojami duomenys | Kokybės kontrolė |
Poli A praturtintas | Illumina PE150 | 6 Gb | Q30≥85 % |
Nukleotidai:
Grynumas | Sąžiningumas | Suma |
OD260/280≥1,7-2,5 OD260/230≥0,5-2,5Ant gelio rodomas ribotas baltymų ar DNR užterštumas arba jo nėra. | Augalams: RIN≥6,5;Gyvūnams: RIN≥7;28S/18S≥1,0;ribotas arba jo nėra | Konc.≥30 ng/μl;Tūris ≥ 10 μl;Iš viso ≥ 1,5 μg |
Audinys: Svoris (sausas):≥1 g
*Audiniams, kurių svoris mažesnis nei 5 mg, rekomenduojame siųsti greitai užšaldytą (skystame azotu) audinių mėginį.
Ląstelių suspensija:Ląstelių skaičius = 3×106- 1 × 107
*Rekomenduojame siųsti šaldytą ląstelių lizatą.Jei ląstelių skaičius mažesnis nei 5 × 105, rekomenduojamas greitas užšaldymas skystame azote, kuris yra tinkamesnis mikro ekstrahavimui.
Kraujo mėginiai:Tūris≥1 ml
Mikroorganizmas:Masė ≥ 1 g
Talpykla: 2 ml centrifugos mėgintuvėlis (Alavo folija nerekomenduojama)
Mėginio ženklinimas: Grupė+pakartojimas pvz. A1, A2, A3;B1, B2, B3.....
Siuntimas:
Bioinformatika
Eukariotas mRNR sekos analizės darbo eiga
Bioinformatika
ØNeapdorotų duomenų kokybės kontrolė
ØEtaloninis genomo derinimas
ØNuorašo struktūros analizė
ØIšraiškos kiekybinis įvertinimas
ØDiferencialinės išraiškos analizė
ØFunkcijų anotacija ir praturtinimas
1.mRNR duomenų prisotinimo kreivė
2.Diferencialinės išraiškos analizė-Vulkano brėžinys
3.KEGG anotacija ant DEG
4.GO klasifikacija pagal DEG