Masinė segreganto analizė
Paslaugos privalumai
Takagi ir kt., Augalų žurnalas, 2013 m
● Tiksli lokalizacija: maišymas su 30+30 iki 200+200 asmenų, siekiant sumažinti foninį triukšmą;nesinoniminiais mutantais pagrįstas kandidato regiono numatymas.
● Išsami analizė: išsami kandidato geno funkcijos anotacija, įskaitant NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG ir kt.
● Greitesnis apdorojimo laikas: greita genų lokalizacija per 45 darbo dienas.
● Didelė patirtis: BMK prisidėjo nustatant tūkstančius bruožų, apimančių įvairias rūšis, tokias kaip pasėliai, vandens produktai, miškas, gėlės, vaisiai ir kt.
Paslaugos specifikacijos
Gyventojų skaičius:
Tėvų, turinčių priešingus fenotipus, palikuonių atskyrimas.
pvz., F2 palikuonys, atgalinis kryžminimas (BC), rekombinantinė inbred linija (RIL)
Maišymo baseinas
Kokybiniams požymiams: nuo 30 iki 50 asmenų (mažiausiai 20) / urmu
Kiekybinis bruožas: nuo 5% iki 10% asmenų, turinčių bet kurį ekstremalų fenotipą, visoje populiacijoje (mažiausiai 30+30).
Rekomenduojamas sekos gylis
Bent 20X/tėvas ir 1X/palikuonis (pvz., palikuonims maišyti 30+30 individų, sekos nustatymo gylis bus 30X vienam lopiniui)
Bioinformatinės analizės
● Viso genomo sekos nustatymas
● Duomenų apdorojimas
● SNP/Indel skambutis
● Kandidato regiono patikra
● Kandidato geno funkcijos anotacija
Pavyzdžių reikalavimai ir pristatymas
Pavyzdiniai reikalavimai:
Nukleotidai:
| gDNR mėginys | Audinių mėginys |
| Koncentracija: ≥30 ng/μl | Augalai: 1-2 g |
| Kiekis: ≥2 μg (Tūris ≥15 μl) | Gyvūnai: 0,5-1 g |
| Grynumas: OD260/280= 1,6-2,5 | Visas kraujas: 1,5 ml |
Aptarnavimo darbų eiga
Eksperimento dizainas
Mėginio pristatymas
RNR ekstrahavimas
Bibliotekos statyba
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Paslaugos po pardavimo
1. Asociacijos analizė, pagrįsta Euklido atstumu (ED), siekiant nustatyti regioną kandidatą.Toliau pateiktame paveikslėlyje
X ašis: chromosomų skaičius;Kiekvienas taškas reiškia SNP ED reikšmę.Juoda linija atitinka pritaikytą ED vertę.Didesnė ED vertė rodo reikšmingesnį ryšį tarp vietos ir fenotipo.Raudona brūkšninė linija reiškia reikšmingos asociacijos slenkstį.
2. Asociacijos analizė, pagrįsta be SNP indekso
X ašis: chromosomų skaičius;Kiekvienas taškas reiškia SNP indekso reikšmę.Juoda linija reiškia pritaikytą SNP indekso vertę.Kuo didesnė vertė, tuo asociacija reikšmingesnė.
BMK dėklas
Pagrindinio poveikio kiekybinio požymio lokusas Fnl7.1 koduoja vėlyvos embriogenezės gausų baltymą, susijusį su vaisiaus kaklo ilgiu agurkuose
Paskelbta: Augalų biotechnologijos žurnalas, 2020 m
Sekos nustatymo strategija:
Tėvai (Jin5-508, YN): viso genomo sekos nustatymas 34 × ir 20 ×.
DNR telkiniai (50 ilgakaklių ir 50 trumpakaklių): pakartotinė sekos nustatymas 61 × ir 52 ×
Pagrindiniai rezultatai
Šiame tyrime segreguojanti populiacija (F2 ir F2: 3) buvo sukurta kryžminant ilgakaklio agurkų liniją Jin5-508 ir trumpakaklį YN.Du DNR telkiniai buvo sukurti iš 50 itin ilgakaklių ir 50 ekstremalių trumpakaklių.Pagrindinis poveikis QTL buvo nustatytas Chr07 atliekant BSA analizę ir tradicinį QTL kartografavimą.Kandidato regionas buvo dar labiau susiaurintas atliekant tikslų kartografavimą, genų ekspresijos kiekybinį nustatymą ir transgeninius eksperimentus, kurie atskleidė pagrindinį geną, kontroliuojantį kaklo ilgį, CsFnl7.1.Be to, nustatyta, kad polimorfizmas CsFnl7.1 promotoriaus srityje yra susijęs su atitinkama ekspresija.Tolesnė filogenetinė analizė parodė, kad labai tikėtina, kad Fnl7.1 lokusas yra kilęs iš Indijos.
 QTL kartografavimas BSA analizėje, siekiant nustatyti kandidato regioną, susijusį su agurko kaklo ilgiu |  Chr07 identifikuoti agurkų kaklo ilgio QTL LOD profiliai |
Xu, X. ir kt.„Pagrindinio poveikio kiekybinio požymio lokusas Fnl7.1 koduoja vėlyvą embriogenezę gausų baltymą, susijusį su vaisiaus kaklelio ilgiu agurkuose.Augalų biotechnologijų žurnalas 18.7 (2020).
