Augalų/gyvūnų de Novo genomo sekos nustatymas
Paslaugos privalumai
Sekvenavimo platformų ir bioinformatikos kūrimas inde novogenomo surinkimas
(Amarasinghe SL ir kt.,Genomo biologija, 2020)
● Naujų genomų kūrimas ir esamų dominančių rūšių etaloninių genomų tobulinimas.
● Didesnis surinkimo tikslumas, tęstinumas ir išsamumas
● Pagrindinių išteklių sekų polimorfizmo, QTL, genų redagavimo, veisimo ir kt. tyrimams kūrimas.
● Įrengtas visas trečios kartos sekos nustatymo platformų spektras: vieno langelio genomo surinkimo sprendimas
● Lanksčios sekos nustatymo ir surinkimo strategijos, atitinkančios įvairius genomus su skirtingomis savybėmis
● Aukštos kvalifikacijos bioinformatikų komanda, turinti didelę sudėtingų genomo rinkinių, įskaitant poliploidus, milžiniškus genomus ir kt., patirtį.
● Daugiau nei 100 sėkmingų atvejų, kurių bendras paskelbtas poveikio koeficientas viršija 900
● Chromosomų lygio genomo surinkimo laikas yra net 3 mėnesiai.
● Tvirtas techninis palaikymas su daugybe patentų ir programinės įrangos autorių teisių tiek eksperimentinėje, tiek bioinformatikoje.
Paslaugos specifikacijos
|
Turinys
|
Platforma
|
Skaityti ilgis
|
Aprėptis
|
| Genomo tyrimas
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Genomo sekos nustatymas
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi skaitymai
| ≥ 30X
|
| Sveiki-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Darbo eiga
Pavyzdžių reikalavimai ir pristatymas
Pavyzdiniai reikalavimai:
| Rūšis | Audinys | PacBio | Dėl Nanopore |
| Gyvūnai | Visceraliniai organai (kepenys, blužnis ir kt.) | ≥ 1,0 g | ≥ 3,5 g |
| Raumuo | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g | |
| Žinduolių kraujas | ≥ 1,5 ml | ≥ 5,0 ml | |
| Žuvų ar paukščių kraujas | ≥ 0,2 ml | ≥ 0,5 ml | |
| Augalai | Švieži lapai | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g |
| Žiedlapis arba stiebas | ≥ 3,5 g | ≥ 10,0 g | |
| Šaknys arba sėklos | ≥ 7,0 g | ≥ 20,0 g | |
| Ląstelės | Ląstelių kultūros | ≥ 3 × 107 | ≥ 1×108 |
Rekomenduojamas pavyzdžių pristatymas
Talpykla: 2 ml centrifugos mėgintuvėlis (Alavo folija nerekomenduojama)
Daugumos mėginių rekomenduojame nelaikyti etanolyje.
Mėginių ženklinimas: Mėginiai turi būti aiškiai paženklinti ir identiški pateiktoje pavyzdinės informacijos formoje.
Siuntimas: sausas ledas: mėginius pirmiausia reikia supakuoti į maišus ir palaidoti sausame lede.
Aptarnavimo darbų eiga
Eksperimento dizainas
Mėginio pristatymas
DNR išskyrimas
Bibliotekos statyba
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Paslaugos po pardavimo
* Čia rodomi demonstraciniai rezultatai yra iš genomų, paskelbtų naudojant Biomarker Technologies
1. Cirkos chromosomų lygio genomo surinkimasG. rotundifoliumpagal Nanopore sekos platformą
Wang M ir kt.,Molekulinė biologija ir evoliucija, 2021 m
2. Weining rugių genomo surinkimo ir anotacijos statistika
Li G ir kt.,Gamtos genetika, 2021 m
3.Genų numatymasSechium edulegenomas, gautas iš trijų numatymo metodų:De novoprognozavimas, homologija pagrįstas numatymas ir RNR-Seq duomenimis pagrįstas numatymas
Fu A ir kt.,Sodininkystės tyrimai, 2021 m
4. Nepažeistų ilgų galinių pasikartojimų trijuose medvilnės genomuose identifikavimas
Wang M ir kt.,Molekulinė biologija ir evoliucija, 2021 m
5. Hi-C šilumos žemėlapisC. acuminatagenomas, rodantis viso genomo sąveiką.Hi-C sąveikos intensyvumas yra proporcingas tiesiniam atstumui tarp kontigų.Švari tiesi linija šiame šilumos žemėlapyje rodo labai tikslų kontigų pritvirtinimą prie chromosomų.(Kontig inkaravimo santykis: 96,03 %)
Kang M ir kt.,Gamtos komunikacijos,2021 m
BMK dėklas
Aukštos kokybės genomo rinkinys išryškina rugių genomines savybes ir agronomiškai svarbius genus
Paskelbta: Gamtos genetika, 2021 m
Sekos nustatymo strategija:
Genomo surinkimas: PacBio CLR režimas su 20 kb biblioteka (497 Gb, maždaug 63 ×)
Sekos korekcija: NGS su 270 bp DNR biblioteka (430 Gb, maždaug 54×) Illumina platformoje
Jungčių tvirtinimas: Hi-C biblioteka (560 Gb, maždaug 71 ×) Illumina platformoje
Optinis žemėlapis: (779,55 Gb, maždaug 99×) „Bionano Irys“
Pagrindiniai rezultatai
1. Paskelbtas Weining rugių genomo rinkinys, kurio bendras genomo dydis buvo 7,74 Gb (98,74 % apskaičiuoto genomo dydžio pagal srauto citometriją).Šio mazgo pastoliai N50 pasiekė 1,04 Gb.93,67% kontigų buvo sėkmingai pritvirtinti prie 7 pseudochromosomų.Šis surinkimas buvo įvertintas susiejimo žemėlapiu, LAI ir BUSCO, todėl visuose vertinimuose buvo surinkti aukšti balai.
2. Šio genomo pagrindu atlikti tolimesni lyginamosios genomikos, genetinių sąsajų žemėlapio, transkriptomikos tyrimai.Buvo atskleista daugybė su bruožais susijusių genominių ypatybių, įskaitant genomo masto genų dubliacijas ir jų įtaką krakmolo biosintezės genams;fizinis sudėtingų prolamino lokusų organizavimas, genų ekspresijos ypatumai, kuriais grindžiamas ankstyvas galvos požymis, ir numanomi su prijaukinimu susiję chromosomų regionai ir lokusai rugiuose.
 Circos diagrama apie Weining rugių genomo genominius ypatumus |  Rugių genomo evoliucinė ir chromosomų sintezės analizė |
Li, G., Wang, L., Yang, J.ir kt.Aukštos kokybės genomo rinkinys išryškina rugių genomines savybes ir agronomiškai svarbius genus.Natas Genetas 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
