Metatranskriptomo sekvenavimas
Paslaugų funkcijos
● rRNR išeikvojimas, po kurio atliekamas kryptingas mRNR bibliotekos paruošimas.
● Sekvenavimas naudojant „Illumina NovaSeq“.
Paslaugų privalumai
●Sudėtingų mikrobų bendrijų pokyčių tyrimas:Tai vyksta transkripcijos lygmeniu ir tyrinėjami galimi nauji genai.
●Mikrobų bendruomenės sąveikos su šeimininku ar aplinka paaiškinimas.
●Išsami bioinformatinė analizėTai suteikia įžvalgų apie bendrijų taksonominę ir funkcinę sudėtį, taip pat diferencinę genų raiškos analizę.
●Išsami genų anotacija:Naudojant naujausias genų funkcijų duomenų bazes informatyviai informacijai apie mikrobų bendrijų genų raišką.
●Pagalba po pardavimo:Mūsų įsipareigojimas apima ir projekto užbaigimą, suteikiant 3 mėnesių garantinio aptarnavimo laikotarpį. Šiuo laikotarpiu teikiame projekto stebėsenos paslaugas, pagalbą šalinant triktis ir rengiame klausimų bei atsakymų sesijas, kad išspręstume visus su rezultatais susijusius klausimus.
Paslaugų specifikacijos
| Sekvenavimo platforma | Sekos nustatymo strategija | Rekomenduojami duomenys | Duomenų kokybės kontrolė |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 12 GB | Q30≥85% |
Imties reikalavimai
| Koncentracija (ng/µL) | Bendras kiekis (µg) | Tūris (µL) | OD260/280 | OD260/230 | RIN |
| ≥50 | ≥1,0 | ≥20 | 1,8–2,0 | 1,0–2,5 | ≥6,5 |
Paslaugų darbo srautas
Pavyzdžio pristatymas
Bibliotekos statyba
Sekvenavimas
Duomenų analizė
Aptarnavimas po pardavimo
Apima šią analizę:
● Sekvenavimo duomenų kokybės kontrolė
● Nuorašo surinkimas
● Taksonominė anotacija ir gausumas
● Funkcinės anotacijos ir gausa
● Išraiškos kiekybinis įvertinimas ir diferencinė analizė
Kiekvieno mėginio taksonominis pasiskirstymas:
Beta įvairovės analizė: UPGMA
Funkcinė anotacija – GO gausa
Diferencinė taksonomijos gausa – LEFSE
Susipažinkite su BMKGene metatranskriptomikos sekoskaitos paslaugų teikiamais privalumais per kuruojamą publikacijų kolekciją.
Lu, Z. ir kt. (2023) „Laktatą naudojančių Bacteroidales būrio bakterijų atsparumas rūgštims padeda išvengti prieskrandžio acidozės ožkoms, prisitaikiusioms prie didelio koncentrato pašaro“,Gyvūnų mityba, 14, 130–140 p. doi: 10.1016/J.ANINU.2023.05.006.
Song, Z. ir kt. (2017) „Pagrindinės funkcinės mikrobiotos išardymas tradicinėje kietosios fazės fermentacijoje naudojant didelio našumo amplikonus ir metatranskriptomikos sekvenavimą“,Mikrobiologijos ribos, 8 (liepos mėn.). doi: 10.3389/FMICB.2017.01294/FULL.
Wang, W. ir kt. (2022) „Nauji mikovirusai, atrasti atliekant fitopatogeninio Alternaria grybelio metatranskriptomikos tyrimą“,Virusai, 14(11), p. 2552. doi: 10.3390/V14112552/S1.
Wei, J. ir kt. (2022) „Lygiagreti metatranskriptomo analizė atskleidžia vabalų ir jų žarnų simbiontų atliekamą augalų antrinių metabolitų skaidymą“,Molekulinė Ekologija, 31(15), 3999–4016 p. doi: 10.1111/MEC.16557.
