Metatranskripto sekvenavimas
Paslaugos ypatybės
● rRNR išeikvojimas, po kurio atliekamas kryptingas mRNR bibliotekos paruošimas.
● Sekos nustatymas naudojant Illumina NovaSeq.
Paslaugos privalumai
●Ištirkite sudėtingų mikrobų bendruomenių pokyčius:Tai vyksta transkripcijos lygmeniu ir tiria galimus naujus genus.
●Mikrobų bendruomenės sąveikos su šeimininku ar aplinka paaiškinimas.
●Išsami bioinformatinė analizė: Tai suteikia įžvalgų apie bendruomenės taksonomines ir funkcines kompozicijas, taip pat diferencinę genų ekspresijos analizę.
●Išsami genų anotacija:Naujausių genų funkcijų duomenų bazių naudojimas mikrobų bendruomenių informatyviajai genų ekspresijos informacijai gauti.
●Pagalba po pardavimo:Mūsų įsipareigojimas apima ne tik projekto užbaigimą, bet ir 3 mėnesių aptarnavimo po pardavimo laikotarpį. Per šį laiką siūlome tolesnius projekto veiksmus, trikčių šalinimo pagalbą ir klausimų ir atsakymų sesijas, kad galėtume atsakyti į visas su rezultatais susijusias užklausas.
Paslaugos specifikacijos
| Sekos nustatymo platforma | Sekos nustatymo strategija | Rekomenduojami duomenys | Duomenų kokybės kontrolė |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 12 Gb | Q30≥85 % |
Pavyzdiniai reikalavimai
| Koncentracija (ng/µL) | Bendras kiekis (µg) | Tūris (µL) | OD260/280 | OD260/230 | RIN |
| ≥50 | ≥1,0 | ≥20 | 1,8-2,0 | 1,0-2,5 | ≥6,5 |
Aptarnavimo darbų eiga
Mėginio pristatymas
Bibliotekos statyba
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Paslaugos po pardavimo
Apima šią analizę:
● Sekos duomenų kokybės kontrolė
● Nuorašo surinkimas
● Taksonominė anotacija ir gausa
● Funkcinė anotacija ir gausa
● Išraiškų kiekybinis nustatymas ir diferencinė analizė
Kiekvieno mėginio taksonominis pasiskirstymas:
Beta įvairovės analizė: UPGMA
Funkcinė anotacija – GO gausa
Diferencialinės taksonomijos gausa – LEFSE
Naršykite pažangą, kurią palengvino BMKGene metatranskriptomikos sekos paslaugos, naudodami kuruojamą publikacijų rinkinį.
Lu, Z. ir kt. (2023) „Bacteroidales būrio laktatą naudojančių bakterijų tolerancija rūgštims padeda išvengti prieskrandžio acidozės ožkoms, prisitaikiusioms prie koncentruotos dietos“,Gyvūnų mityba, 14, 130–140 p. doi: 10.1016/J.ANINU.2023.05.006.
Daina, Z. ir kt. (2017) „Pagrindinės funkcinės mikrobiotos atskleidimas tradicinėje kietojo kūno fermentacijoje naudojant didelio našumo amplikonus ir metatranskriptomikos seką“,Mikrobiologijos ribos, 8 (LIEP). doi: 10.3389/FMICB.2017.01294/FULL.
Wang, W. ir kt. (2022) „Nauji mikovirusai, aptikti atliekant fitopatogeninio Alternaria grybelio metatranskriptomikos tyrimą“,Virusai, 14 (11), p. 2552. doi: 10.3390 / V14112552 / S1.
Wei, J. ir kt. (2022) „Lygiagreti metatranskripto analizė atskleidžia, kad vabalai ir jų žarnyno simbiontai skaido augalų antrinius metabolitus“,Molekulinė Ekologija, 31(15), 3999–4016 p. doi: 10.1111/MEC.16557.
