Ilgas nekoduojantis sekvenavimas – Illumina
Paslaugų privalumai
●Bendra mRNR ir lncRNR analizėDerinant mRNR transkriptų kiekybinį nustatymą su lncRNR ir jų taikinių tyrimu, galima gauti išsamią ląstelinio atsako reguliavimo mechanizmo apžvalgą.
●Platus patyrimasEsame apdoroję daugiau nei 230 000 mėginių, atsižvelgdami į įvairius mėginių ir projektų tikslus. Kiekvienam projektui pritaikome savo patirtį.
●Bendra mRNR ir lncRNR analizėMes deriname mRNR transkriptų kiekybinį nustatymą su lncRNR ir jų taikinių tyrimu, taip gaudami išsamią ląstelinio atsako reguliavimo mechanizmo apžvalgą.
●Griežta kokybės kontrolėVisuose etapuose – nuo mėginių paruošimo iki bibliotekos paruošimo, sekvenavimo ir bioinformatikos – įgyvendiname pagrindinius kontrolės taškus. Mūsų kruopšti stebėsena užtikrina nuolat aukštos kokybės rezultatų gavimą.
●Išsami anotacijaNaudojame kelias duomenų bazes, kad galėtume funkciškai anotuotume skirtingai ekspresuojamus genus (DEG) ir atliktume atitinkamas praturtinimo analizes. Šis išsamus metodas suteikia įžvalgų apie ląstelinius ir molekulinius procesus, lemiančius transkriptomo atsaką, užtikrindamas, kad gautumėte visą įmanomą informaciją apie savo eksperimento duomenis.
●Pagalba po pardavimoSuprantame, kaip svarbu būti šalia, todėl teikiame 3 mėnesių garantinio aptarnavimo laikotarpį po projekto užbaigimo. Šiuo laikotarpiu teikiame projekto stebėsenos paslaugas, pagalbą šalinant triktis ir teikiame klausimų bei atsakymų sesijas, kad išspręstume visus su rezultatais susijusius klausimus.
Reikalavimai mėginiams ir pristatymas
| Biblioteka | Platforma | Rekomenduojami duomenys | Duomenų kokybės kontrolė |
| rRNR išeikvota kryptinė biblioteka | Illumina PE150 | 10–16 Gb | Q30≥85% |
Nukleotidai:
| Koncentracija (ng/μl) | Kiekis (μg) | Grynumas | Sąžiningumas |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280 = 1,7–2,5 OD260/230 = 0,5–2,5 Gelyje matomas ribotas arba visai nematyti baltymų ar DNR užterštumo. | RIN≥6,0; 5,0 ≥ 28S / 18S ≥ 1,0; ribotas arba joks bazinis pakilimas |
● Augalai:
Šaknis, stiebas arba žiedlapis: 450 mg
Lapas arba sėkla: 300 mg
Vaisiai: 1,2 g
● Gyvūnas:
Širdis arba žarnynas: 450 mg
Vidaus organai arba smegenys: 240 mg
Raumenys: 600 mg
Kaulai, plaukai arba oda: 1,5 g
● Nariuotakojai:
Vabzdžiai: 9 g
Vėžiagyviai: 450 mg
● Visas kraujas:2 vamzdeliai
● Ląstelės: 106 ląstelės
● Serumas ir plazma6 ml
Rekomenduojamas pavyzdžio pristatymas
Talpykla: 2 ml centrifugos mėgintuvėlis (nerekomenduojama naudoti alavo folijos)
Mėginio ženklinimas: Grupuoti + kartoti, pvz., A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Siunta:
1. Sausas ledas: mėginius reikia supakuoti į maišus ir užkasti sausajame lede.
2. RNR stabilizuojantys mėgintuvėliai: RNR mėginius galima džiovinti RNR stabilizavimo mėgintuvėlyje (pvz., RNAstable®) ir transportuoti kambario temperatūroje.
Paslaugų darbo srautas
Eksperimento planas
Pavyzdžio pristatymas
RNR ekstrakcija
Bibliotekos statyba
Sekvenavimas
Duomenų analizė
Aptarnavimas po pardavimo
Bioinformatika
- Neapdoroti duomenys
- Duomenų kokybės kontrolė
- Genomo suderinimas
- Genų struktūra (alternatyvus splaisingas, genų struktūros optimizavimas ir naujų genų prognozavimas)
- Genų ekspresijos kiekybinis įvertinimas
- Diferencinės raiškos analizė
- DEG anotacija ir praturtinimas + Diferenciniu būdu ekspresuojami lncRNR taikiniai genai
- Nuorašo identifikavimas
- lncRNR identifikavimas (lncRNR konservavimas ir žinoma lncRNR)
- lncRNR taikinių genų prognozavimas
- lncRNR raiškos kiekybinis nustatymas
- Jungtinė analizė su mRNR duomenimis
Diferencinės genų ekspresijos (DEG) analizė
lncRNR raiškos kiekybinis įvertinimas – klasterizacija
lncRNR taikinių genų praturtinimas
Jungtinė mRNR ir ilgosios nekoduojančios RNR pozicijos analizė – apskritimo diagrama (vidurinis apskritimas yra mRNR, o vidinis apskritimas – ilgoji nekoduojanti RNR)
Sužinokite apie BMKGene ilgosios RNR sekoskaitos paslaugų pasiekimus per kuruojamą publikacijų kolekciją.
Ji, H. ir kt. (2020) „Su šalčio stresu susijusių ilgųjų nekoduojančių RNR identifikavimas, funkcinis prognozavimas ir pagrindinės ilgosios nekoduojančios RNR patikra žiurkių kepenyse“,Mokslinės ataskaitos2020 10:1, 10(1), p. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. ir kt. (2021) „Integruota transkriptominė analizė atskleidžia CyHV-3 atsparios paprastosios karpių padermės imuninį mechanizmą“,Imunologijos ribos, 12, p. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ ir kt. (2022) „Multi-omikos integracija pagrįstas konkuruojančių endogeninių RNR reguliavimo tinklų prioritetizavimas smulkialąsteliniame plaučių vėžyje: molekulinės charakteristikos ir vaistų kandidatai“,Onkologijoje ribos, 12, p. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. ir kt. (2020) „Genų koekspresijos tinklo, kuris yra fotosintezės pagrindas Populus rūšyje, genetinis išskaidymas“,Augalų biotechnologijų žurnalas, 18(4), p. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. ir kt. (2022) „Globalus reguliavimo tinklas, skirtas disreguliuotai genų raiškai ir nenormaliam metaboliniam signalizavimui imuninėse ląstelėse Graveso ligos ir Hašimoto tiroidito mikroaplinkoje“,Imunologijos ribos, 13, p. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
