Ilgas nekoduojantis sekvenavimas-Illumina
Paslaugos privalumai
● Paslaugos pranašumai
● Specifiniai ląstelėms ir audiniams
● Konkreti stadija išreiškia ir pateikia dinaminį išraiškos pokytį
● Tikslūs laiko ir erdvės raiškos modeliai
● Bendra analizė su mRNR duomenimis.
● BMKCloud pagrįstas rezultatų pateikimas: platformoje pasiekiamas pritaikytas duomenų gavybos būdas.
● Užbaigus projektą galioja 3 mėn
Pavyzdžių reikalavimai ir pristatymas
| biblioteka | Platforma | Rekomenduojami duomenys | Duomenų kokybės užtikrinimas |
| rRNR išeikvojimas | Illumina PE150 | 10 Gb | Q30≥85 % |
| Konc. (ng/μl) | Kiekis (μg) | Grynumas | Sąžiningumas |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ant gelio rodomas ribotas baltymų ar DNR užterštumas arba jo nėra. | Augalams: RIN≥6,5; Gyvūnams: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; ribotas arba jo nėra |
Nukleotidai:
Audinys: Svoris (sausas): ≥1 g
*Audiniams, kurių svoris mažesnis nei 5 mg, rekomenduojame siųsti greitai užšaldytą (skystame azotu) audinių mėginį.
Ląstelių suspensija: ląstelių skaičius = 3 × 107
*Rekomenduojame siųsti šaldytą ląstelių lizatą.Jei tų ląstelių skaičius mažesnis nei 5×105, rekomenduojama greitai užšaldyti skystame azote.
Kraujo mėginiai:
PA×geneBloodRNATube;
6 ml TRIzol ir 2 ml kraujo (TRIzol: Kraujas = 3: 1)
Rekomenduojamas pavyzdžių pristatymas
Talpykla: 2 ml centrifugos mėgintuvėlis (Alavo folija nerekomenduojama)
Mėginio ženklinimas: Grupė+pakartojimas pvz. A1, A2, A3;B1, B2, B3.....
Siuntimas:
1. Sausas ledas: Mėginiai turi būti supakuoti į maišus ir palaidoti sausame lede.
2.RNR stabilūs mėgintuvėliai: RNR mėginius galima džiovinti RNR stabilizavimo mėgintuvėlyje (pvz., RNAstable®) ir gabenti kambario temperatūroje.
Aptarnavimo darbų eiga
Eksperimento dizainas
Mėginio pristatymas
RNR ekstrahavimas
Bibliotekos statyba
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Paslaugos po pardavimo
Bioinformatika
1.LncRNR klasifikacija
LncRNR, kurią numatė keturios aukščiau pateiktos programinės įrangos, buvo suskirstytos į 4 kategorijas: lincRNR, anti-sense-LncRNR, introninė-LncRNR;jausmas-LncRNR.LncRNR klasifikacija parodyta žemiau esančioje histogramoje.
LncRNR klasifikacija
2. DE-lncRNR sodrinimo analizės cis-taikiniai genai
ClusterProfiler buvo naudojamas atliekant GO sodrinimo analizę su cis nukreiptais skirtingai išreikštos lncRNR (DE-lncRNR) genais, atsižvelgiant į biologinius procesus, molekulines funkcijas ir ląstelių komponentus.GO sodrinimo analizė yra procesas, skirtas nustatyti DEG nukreiptus žymiai praturtintus GO terminus, palyginti su visu genomu.Praturtinti terminai buvo pateikti histogramoje, burbulinėje diagramoje ir kt., kaip parodyta toliau.
DE-lncRNR praturtinimo analizės cis nukreipti genai - burbulinė diagrama
3. Palyginus mRNR ir lncRNR ilgį, egzonų skaičių, ORF ir ekspresijos kiekį, galime suprasti jų struktūros, sekos ir tt skirtumus, taip pat patikrinti, ar mūsų numatyta nauja lncRNR atitinka bendrąsias charakteristikas.
BMK dėklas
Nereguliuojamas lncRNR ekspresijos profilis pelių plaučių adenokarcinomose su KRAS-G12D mutacija ir P53 išmušimu
Paskelbta:Ląstelės ir molekulinės medicinos žurnalas2019 m
Sekos nustatymo strategija
Iliumina
Pavyzdžių rinkinys
NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) ląstelės ir neigiamos kontrolės (sh-Scr) ląstelės buvo gautos 6 konkrečios virusinės infekcijos dieną.
Pagrindiniai rezultatai
Šiame tyrime tiriamos nenormaliai išreikštos lncRNR pelės plaučių adenokarcinomoje su P53 išmušimu ir KrasG12D mutacija.
1,6424 lncRNR buvo išreikštos skirtingai (pokytis ≥ 2 kartus, P < 0,05).
2. Iš visų 210 lncRNR (FC≥8) 11 lncRNR raišką atitinkamai reguliavo P53, 33 lncRNR – KRAS ir 13 lncRNR – hipoksija pirminėse KP ląstelėse.
3.NONMMUT015812, kuris buvo nepaprastai sureguliuotas pelės plaučių adenokarcinomoje ir neigiamai reguliuojamas pakartotinės P53 ekspresijos, buvo aptiktas analizuojant jo ląstelių funkciją.
4. NONMMUT015812 numušimas shRNR sumažino KP ląstelių proliferacijos ir migracijos gebėjimus.NONMMUT015812 buvo galimas onkogenas.
 Skirtingai išreikštų genų KEGG kelio analizė NONMMUT015812-knockdown KP ląstelėse |  NONMMUT015812-knockdown KP ląstelėse skirtingai išreikštų genų genų ontologijos analizė |
Nuoroda
Nereguliuojamas lncRNR ekspresijos profilis pelių plaučių adenokarcinomose su KRAS-G12D mutacija ir P53 išmušimu [J].Žurnalas „Cellular and Molecular Medicine“, 2019, 23 (10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
