Mažos RNR sekos nustatymas-Illumina
funkcijos
● RNR dydžio parinkimas prieš paruošiant biblioteką
● Bioinformatinė analizė, skirta miRNR prognozavimui ir jų taikiniams
Paslaugos privalumai
●Išsami bioinformatinė analizė:leidžia identifikuoti žinomas ir naujas miRNR, identifikuoti miRNR taikinius ir atitinkamą funkcinę anotaciją bei praturtinimą keliomis duomenų bazėmis (KEGG, GO)
●Griežta kokybės kontrolė: diegiame pagrindinius valdymo taškus visuose etapuose, nuo mėginių ir bibliotekos paruošimo iki sekos nustatymo ir bioinformatikos.Šis kruopštus stebėjimas užtikrina nuolatinių aukštos kokybės rezultatų teikimą.
●Pagalba po pardavimo: Mūsų įsipareigojimas apima ne tik projekto užbaigimą, bet ir 3 mėnesių aptarnavimo po pardavimo laikotarpį.Per šį laiką siūlome tolesnius projekto veiksmus, trikčių šalinimo pagalbą ir klausimų ir atsakymų sesijas, kad galėtume atsakyti į visas su rezultatais susijusias užklausas.
●Plati ekspertizė: sėkmingai užbaigę kelis sRNR projektus, apimančius daugiau nei 100 rūšių įvairiose tyrimų srityse, mūsų komanda kiekvienam projektui suteikia daug patirties.
Pavyzdžių reikalavimai ir pristatymas
| biblioteka | Platforma | Rekomenduojami duomenys | Duomenų kokybės užtikrinimas |
| Pasirinktas dydis | Illumina SE50 | 10M-20M nuskaito | Q30≥85 % |
Pavyzdiniai reikalavimai:
Nukleotidai:
| Konc. (ng/μl) | Kiekis (μg) | Grynumas | Sąžiningumas |
| ≥ 80 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ant gelio rodomas ribotas baltymų ar DNR užterštumas arba jo nėra. | RIN≥6,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; ribotas arba jo nėra |
● Augalai:
Šaknis, stiebas arba žiedlapis: 450 mg
Lapai arba sėklos: 300 mg
Vaisiai: 1,2 g
● Gyvūnas:
Širdis arba žarnynas: 450 mg
Viscera arba smegenys: 240 mg
Raumenys: 600 mg
Kaulai, plaukai arba oda: 1,5 g
● Nariuotakojai:
Vabzdžiai: 9g
Vėžiagyviai: 450 mg
● Visas kraujas: 2 vamzdeliai
● Ląstelės: 106 ląstelės
● Serumas ir plazma:6 ml
Rekomenduojamas pavyzdžių pristatymas
Sudėtis:
2 ml centrifugos mėgintuvėlis (Alavo folija nerekomenduojama)
Mėginio ženklinimas: Grupė+pakartojimas pvz. A1, A2, A3;B1, B2, B3.....
Siuntimas:
1. Sausas ledas: Mėginiai turi būti supakuoti į maišus ir palaidoti sausame lede.
2.RNR stabilūs mėgintuvėliai: RNR mėginius galima džiovinti RNR stabilizavimo mėgintuvėlyje (pvz., RNAstable®) ir gabenti kambario temperatūroje.
Aptarnavimo darbų eiga
Eksperimento dizainas
Mėginio pristatymas
RNR ekstrahavimas
Bibliotekos statyba
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Paslaugos po pardavimo
Bioinformatika
MiRNR identifikavimas: struktūra ir gylis
Diferencinė miRNR raiška – hiearchinis klasterizavimas
Skirtingai išreikštų miRNR taikinio funkcinė anotacija
Naršykite mokslinių tyrimų pažangą, kurią palengvino BMKGene sRNR sekos nustatymo paslaugos, per kuruojamą publikacijų rinkinį.
Chen, H. ir kt.(2023) „Virusinės infekcijos slopina saponinų biosintezę ir fotosintezę Panax notoginseng“, Augalų fiziologija ir biochemija, 203, p.108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. ir kt.(2023) „Augalų FYVE domeną turintis baltymas FREE1 asocijuojasi su mikroprocesoriaus komponentais, kad slopintų miRNR biogenezę“, – praneša EMBO, 24(1).doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. ir kt.(2023) „MicroRNA Ame-Bantam-3p kontroliuoja lervų lėliukės vystymąsi, taikydamas į kelis epidermio augimo faktoriaus tipo domenus 8 geną (megf8) bitėje, Apis mellifera“, International Journal of Molecular Sciences, 24 (6), p. .5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. ir kt.(2018) „Integruota MiRNR ir genų, susijusių su mėsos kokybe, analizė atskleidžia, kad Gga-MiR-140-5p turi įtakos viščiukų intramuskuliniam riebalų nusėdimui“, Cellular Physiology and Biochemistry, 46(6), p. 2421–2433.doi: 10.1159/000489649.
