Sumažinto bisulfito sekos nustatymas (RRBS)
Paslaugos specifikacijos
Platforma: NovaSeq platforma, PE150
Bibliotekos tipas: 200–400 bp įterpiama bisulfitu apdorota DNR biblioteka
Sekos nustatymo strategija: suporuotas galas 150 bp
Rekomenduojama duomenų išvestis: 10 Gb neapdorotų duomenų vienam mėginiui
Pavyzdiniai reikalavimai
DNR kiekis: ≥ 2ug
DNR koncentracija: ≥ 20ng/μl.
Grynumas: OD260/280 = 1,8–2,0 be skilimo ar RNR užteršimo
Bioinformatinė analizė
Aptarnavimo darbų eiga
Mėginio pristatymas
Bibliotekos statyba
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Paslaugos po pardavimo
a.Nuoroda į genomo derinimo statistiką
Žemėlapių skaitymų statistika
SC svetainės sekos gylio ir aprėpties statistika
Asukaupta aprėptis
Dkiekvieno mėginio gavimo efektyvumą
b.Metilinimo vietos aptikimas
Metilinimo lygių C vietoje sąrašas
BS konversija
Metilintas citozinas
Metilinimo lygio pasiskirstymas
c.Metilinimo žemėlapis
Genome pločio
Genome elementas
d.Mėginių metilinimo lygių palyginimas
Poru CG metilinimo koreliacija
PCA-CG metilinimas
CCG metilinimo blizgesys
d.Diferencinė metilinimo analizė
SDMR statistika
DMR ilgio pasiskirstymas
Hvalgyti žemėlapį
DMR pasiskirstymas tiksliniame regione
