16S/18S/ITS تسلسل Amplicon-PacBio
مزايا الخدمة
● القراءات الطويلة تكشف التسلسل الكامل لـ 16S/18S/ITS
● اتصال أساسي دقيق للغاية مع تسلسل وضع PacBio CCS
● الدقة على مستوى الأنواع في شرح OTU/ASV
● أحدث تدفق تحليل QIIME2 مع تحليلات متنوعة من حيث قاعدة البيانات، والتعليقات التوضيحية، وOTU/ASV.
● تنطبق على دراسات المجتمع الميكروبي المتنوعة
● تمتلك BMK خبرة واسعة مع أكثر من 100.000 عينة سنويًا، تغطي التربة والمياه والغاز والحمأة والبراز والأمعاء والجلد ومرق التخمير والحشرات والنباتات وما إلى ذلك.
● قام BMKCloud بتسهيل تفسير البيانات الذي يحتوي على 45 أداة تحليل مخصصة
مواصفات الخدمة
| التسلسلمنصة | مكتبة | البيانات الموصى بها | الفترة الزمنية |
| باكبيو تتمة الثاني | SMRT-جرس | علامات 5K/10K/20K | 44 يوم عمل |
تحليلات المعلوماتية الحيوية
● مراقبة جودة البيانات الأولية
● تجميع/إزالة الضوضاء OTU (ASV)
● شرح OTU
● تنوع ألفا
● تنوع بيتا
● التحليل المشترك بين المجموعات
● تحليل الارتباط ضد العوامل التجريبية
● التنبؤ بالجينات الوظيفية
متطلبات العينة والتسليم
متطلبات العينة:
لمقتطفات الحمض النووي:
| نوع العينة | كمية | تركيز | نقاء |
| مقتطفات الحمض النووي | > 1 ميكروغرام | > 20 نانوغرام/ميكروليتر | OD260/280 = 1.6-2.5 |
للعينات البيئية:
| نوع العينة | إجراءات أخذ العينات الموصى بها |
| تربة | كمية العينة: تقريبًا.5 جرام؛يجب إزالة المادة الذابلة المتبقية من السطح؛طحن قطع كبيرة وتمريرها عبر مرشح 2 مم؛عينات قسامة في أنبوب EP أو أنبوب cyrotube المعقم للحجز. |
| البراز | كمية العينة: تقريبًا.5 جرام؛جمع وقسامة العينات في أنبوب EP المعقم أو أنبوب التبريد للحجز. |
| محتويات الأمعاء | يجب معالجة العينات تحت ظروف معقمة.غسل الأنسجة التي تم جمعها مع برنامج تلفزيوني؛أجهزة الطرد المركزي في برنامج تلفزيوني وجمع المرسب في أنابيب EP. |
| الحمأة الناتجة | كمية العينة: تقريبًا.5 جرام؛جمع وقسامة عينة الحمأة في أنبوب EP المعقم أو أنبوب التبريد للحجز |
| جسم مائي | بالنسبة للعينة التي تحتوي على كمية محدودة من الميكروبات، مثل ماء الصنبور، ومياه الآبار، وما إلى ذلك، قم بجمع ما لا يقل عن 1 لتر من الماء وتمريرها عبر مرشح 0.22 ميكرومتر لإثراء الميكروبات على الغشاء.تخزين الغشاء في أنبوب معقم. |
| جلد | كشط سطح الجلد بعناية باستخدام قطعة قطن معقمة أو شفرة جراحية ووضعها في أنبوب معقم. |
أوصى تسليم العينة
قم بتجميد العينات في النيتروجين السائل لمدة 3-4 ساعات وتخزينها في النيتروجين السائل أو -80 درجة للحفظ على المدى الطويل.مطلوب شحن العينة مع الثلج الجاف.
تدفق عمل الخدمة
تسليم العينة
بناء المكتبة
التسلسل
تحليل البيانات
خدمات ما بعد البيع
1. معدل التعليق التوضيحي للتوصيف المجتمعي الميكروبي المستند إلى V3 + V4 (Illumina) مقابل التوصيف المستند إلى كامل الطول (PacBio).
(تم تطبيق بيانات 30 مشروعًا تم اختيارها عشوائيًا للحصول على إحصاءات)
2. معدل التعليق التوضيحي لتسلسل الأمبليكون كامل الطول على مستوى الأنواع في أنواع العينات المختلفة
3. توزيع الأنواع
4. شجرة النشوء والتطور
قضية بي إم كيه
يؤدي التعرض للزرنيخ إلى تلف الحاجز المعوي وما يترتب على ذلك من تنشيط محور الأمعاء والكبد مما يؤدي إلى التهاب والتهاب الكبد في البط.
نشرت:علم البيئة الشاملة،2021
استراتيجية التسلسل:
العينات: مجموعة التحكم مقابل 8 ملغم/كغم من ATO المكشوفة
إنتاجية البيانات التسلسلية: إجمالي 102,583 تسلسل CCS خام
التحكم: 54,518 ± 747 CCS فعال
ATO المكشوف: 45,050 ± 1675 CCS فعال
النتائج الرئيسية
تنوع ألفا:أدى التعرض لـ ATO إلى تغيير كبير في ثراء الميكروبات المعوية وتنوعها في البط.
تحليل النقيلات:
على مستوى الشعبة: تم اكتشاف 2 شعبة بكتيرية فقط في مجموعات المراقبة
على مستوى الجنس: تم العثور على 6 أجناس مختلفة بشكل كبير في الوفرة النسبية
على مستوى الأنواع: تم التعرف على 36 نوعاً، منها 6 أنواع تختلف معنوياً في الوفرة النسبية
مرجع
ثينجهولم، إل بي، وآخرون."الأفراد الذين يعانون من السمنة المفرطة والذين يعانون من مرض السكري من النوع 2 أو لا يظهرون قدرة وظيفية وتكوينًا مختلفًا للميكروبات المعوية."مضيف الخلية والميكروب26.2(2019).
