BMKCloud تسجيل الدخول
1

mRNA-seq (NGS) مع الجينوم المرجعي

百迈客云网站 -11

mRNA-seq (NGS) مع الجينوم المرجعي

RNA-SEQ هي أداة قياسية عبر علوم الحياة وعلوم المحاصيل ، وسد الفجوة بين الجينومات والبروتينات. تكمن قوتها في اكتشاف نصوص جديدة وقياس تعبيرها في اختبار واحد. يستخدم على نطاق واسع للدراسات النسبية النسبية ، وإلقاء الضوء على الجينات المتعلقة بالسمات أو الأنماط الظاهرية المختلفة ، مثل مقارنة المسوخ بالأنواع البرية أو الكشف عن التعبير الجيني في ظل ظروف محددة. يدمج APP BMKCloud mRNA (المرجع) تقدير التعبير ، تحليل التعبير التفاضلي (DEG) ، وتحليلات بنية التسلسل في خط أنابيب المعلومات الحيوية mRNA-SEQ (NGS) واضطهاد نقاط القوة في البرامج المماثلة ، مما يضمن الراحة والراحة المستخدم. يمكن للمستخدمين تحميل بيانات RNA-seq الخاصة بهم إلى السحابة ، حيث يوفر التطبيق حلًا شاملاً لمكافحة المعلومات الحيوية. بالإضافة إلى ذلك ، يعطي الأولوية لتجربة العملاء ، حيث يقدم عمليات مخصصة مصممة لتلبية الاحتياجات المحددة للمستخدمين. يمكن للمستخدمين تعيين المعلمات وإرسال مهمة خط الأنابيب بأنفسهم ، والتحقق من التقرير التفاعلي ، وعرض البيانات/المخططات واستكمال استخراج البيانات ، مثل: اختيار الجينات الهدف ، التجميع الوظيفي ، المخطط ، إلخ.

النتائج التجريبية
استخراج البيانات
متطلبات الاستيراد
التحليل الرئيسي
مرجع
النتائج التجريبية

استخراج البيانات

متطلبات الاستيراد

منصة:Illumina ، MGI
الاستراتيجية:RNA-seq
تَخطِيط: paried ، data clean.
نوع المكتبة:fr-unstranded ، FR-firststrand أو fr-secondstrand
قراءة الطول:150 نقطة أساس
نوع الملف:*.fastq ، *.fq ، *.fastq.gz أو *.fq.gz. سوف النظامإقران ملفات .fastq تلقائيًا وفقًا لأسماء الملفات ،على سبيل المثال *_1.fastq مقترنة مع *._ 2.fastq.
عدد العينات:لا توجد قيود على الرقممن العينات ، ولكن وقت التحليل سيزداد مع عددتنمو العينات.
كمية البيانات الموصى بها:6g لكل عينة

التحليل الرئيسي
التحليل الرئيسي والأدوات المعلوماتية الحيوية لـ mRNA-seq (مرجع)خط الأنابيب كما يلي:
1. مراقبة جودة RawData:
• إزالة التسلسلات منخفضة الجودة ، تسلسل المحول ،إلخ؛
• الأدوات: خط أنابيب متطور في المنزل ؛
2. محاذاة البيانات إلى جينوم مرجعي:
• محاذاة القراءات مع خوارزمية على دراية باللصق ضدالمرجع الجينوم.
•أدوات:Hisat2, Samtools
3. تحليل جودة المكتبة:
• أدخل تحليل طول ، تحليل تشبع التسلسل ، إلخ ؛
•أدوات:Samtools;
4. تحليل بنية التسلسل:
• تحليل الربط البديل ، تحسين بنية الجينات ،التنبؤ الجيني الجديد ، إلخ ؛
•أدوات:Stringtie, GFFCOMPARE, جاتكوالماس, Interproscan، وhmmer.
5. تحليل التعبير التفاضلي:
• فحص درجة ، تحليل العلاقة المشتركة ، وظيفيةالتخصيب
نتائج التصور المختلفة;
RمعSegseq, DESEQ2, GGPLOT2, Dexseq
مرجع
1. كيم ، دهوان وآخرون. "محاذاة الجينوم القائم على الرسم البياني والتنميط الجيني مع Hisat2 و Hisat-genotype. "طبيعةالتكنولوجيا الحيوية37 (2019): 907 - 915.
2. ماكينا ، هارون وآخرون. "مجموعة أدوات تحليل الجينوم: أإطار عمل MapReduce لتحليل الحمض النووي من الجيل التاليتسلسل البيانات. "أبحاث الجينوم20 9 (2010): 1297-303.
3. لي ، هنغ وآخرون. "تنسيق محاذاة التسلسل/الخريطة وSamtools. "المعلوماتية الحيوية25 (2009): 2078 - 2079.
4. Perțea ، Mihaela et al. “Stringtie يتيح تحسينإعادة بناء نسخة من RNA-seq. "طبيعةالتكنولوجيا الحيوية33 (2015): 290-295.
5. الحب ، مايكل آي وآخرون. "التقدير المعتدل لتغيير الطي وتشتت لبيانات RNA-seq مع DESEQ2. "الجينومعلم الأحياء15 (2014): ن. باغ.
6. إدي ، شون آر ..PLOS علم الأحياء الحسابي7 (2011): ن. باغ.

احصل على عرض أسعار

اكتب رسالتك هنا وأرسلها إلينا

أرسل رسالتك إلينا: