كامل طول تسلسل مرنا -PacBio
مزايا الخدمة
● القراءة المباشرة لجزيء [كدنا] كامل الطول من نهاية 3' إلى نهاية 5'
● دقة مستوى Iso في بنية التسلسل
● النصوص بدقة ونزاهة عالية
● متوافق للغاية مع أنواع vaours
● سعة تسلسل كبيرة مع 4 منصات تسلسل PacBio Sequel II مجهزة
● خبرة عالية في أكثر من 700 مشروع لتسلسل الحمض النووي الريبي (RNA) القائم على باكبيو
● تسليم النتائج المستندة إلى BMKCloud: التنقيب عن البيانات المخصصة متاح على النظام الأساسي.
● خدمات ما بعد البيع صالحة لمدة 3 أشهر بعد الانتهاء من المشروع
مواصفات الخدمة
المنصة: PacBio Sequel II
مكتبة التسلسل: مكتبة mRNA الغنية بـ Poly A
إنتاجية البيانات الموصى بها: 20 جيجابايت/عينة (حسب الأنواع)
FLNC (٪): ≥75٪
*FLNC: النصوص الكاملة غير الخيمرية
تحليلات المعلوماتية الحيوية
● معالجة البيانات الخام
● تحديد النص
● هيكل التسلسل
● التعبير الكمي
● وظيفة الشرح
متطلبات العينة والتسليم
متطلبات العينة:
النيوكليوتيدات:
| Conc. (نانوغرام / ميكرولتر) | المبلغ (ميكروغرام) | نقاء | نزاهة |
| ≥ 120 | ≥ 0.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 يظهر تلوث محدود أو معدوم بالبروتين أو الحمض النووي على الجل. | للنباتات: RIN≥7.5؛ للحيوانات: RIN≥8.0؛ 5.0≥ 28S/18S≥1.0؛ ارتفاع خط الأساس محدود أو معدوم |
الأنسجة: الوزن (الجاف):≥1 جم
*بالنسبة للأنسجة الأصغر من 5 ملغ، نوصي بإرسال عينة من الأنسجة المجمدة (في النيتروجين السائل).
تعليق الخلية:عدد الخلايا = 3×106- 1×107
*نوصي بشحن محلول الخلايا المجمدة.في حالة أن عدد الخلايا أصغر من 5 × 105يوصى بتجميد الفلاش في النيتروجين السائل، وهو الأفضل للاستخراج الدقيق.
عينات من الدم:الحجم≥1 مل
الكائنات الحية الدقيقة:الكتلة ≥ 1 جم
أوصى تسليم العينة
حاوية:
2 مل أنبوب الطرد المركزي (لا ينصح باستخدام ورق القصدير)
وضع العلامات على العينات: المجموعة + النسخ المتماثل، على سبيل المثال A1، A2، A3؛ب1، ب2، ب3... ...
شحنة:
1. الثلج الجاف: يجب تعبئة العينات في أكياس ودفنها في الثلج الجاف.
2. أنابيب RNAstable: يمكن تجفيف عينات RNA في أنبوب تثبيت RNA (مثل RNAstable®) وشحنها في درجة حرارة الغرفة.
تدفق عمل الخدمة
تصميم التجربة
تسليم العينة
استخراج الحمض النووي الريبي
بناء المكتبة
التسلسل
تحليل البيانات
خدمات ما بعد البيع
1. توزيع طول FLNC
يشير طول القراءة غير الخيمرية كاملة الطول (FLNC) إلى طول [كدنا] في بناء المكتبة.يعد توزيع طول FLNC مؤشرا حاسما في تقييم جودة بناء المكتبة.
FLNC قراءة توزيع الطول
2. التوزيع الكامل لطول منطقة ORF
نحن نستخدم TransDecoder للتنبؤ بمناطق ترميز البروتين وتسلسلات الأحماض الأمينية المقابلة لإنشاء مجموعات unigene، والتي تحتوي على معلومات نصية كاملة غير زائدة عن الحاجة في جميع العينات.
التوزيع الكامل لطول منطقة ORF
3. تحليل تخصيب مسار KEGG
يمكن تحديد النصوص المعبر عنها تفاضليًا (DETs) من خلال محاذاة بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA) المستندة إلى NGS على مجموعات النصوص كاملة الطول التي تم إنشاؤها بواسطة بيانات تسلسل PacBio.يمكن معالجة DETs هذه بشكل أكبر لإجراء تحليل وظيفي مختلف، على سبيل المثال تحليل إثراء مسار KEGG.
DET KEGG مسار التخصيب - مؤامرة نقطة
قضية بي إم كيه
الديناميكيات التنموية لنسخة Populus الجذعية
نشرت: مجلة التكنولوجيا الحيوية النباتية، 2019
استراتيجية التسلسل:
جمع العينات:المناطق الجذعية: القمة، الرمز الداخلي الأول (IN1)، الرمز الداخلي الثاني (IN2)، الرمز الداخلي الثالث (IN3)، الرمز الداخلي (IN4) والرمز الداخلي (IN5) من Nanlin895
تسلسل NGS:تم تجميع الحمض النووي الريبي (RNA) المكون من 15 فردًا كعينة بيولوجية واحدة.تمت معالجة ثلاث مكررات بيولوجية لكل نقطة لتسلسل NGS
تسلسل TGS:تم تقسيم مناطق الجذع إلى ثلاث مناطق، أي القمة، IN1-IN3 وIN4-IN5.تمت معالجة كل منطقة لتسلسل PacBio بأربعة أنواع من المكتبات: 0-1 كيلو بايت، و1-2 كيلو بايت، و2-3 كيلو بايت، و3-10 كيلو بايت.
النتائج الرئيسية
1. تم تحديد 87150 نسخة كاملة، حيث تم تحديد 2081 شكل إسوي جديد و 62058 شكل إسوفي بديل متشابك.
تم تحديد 2.1187 lncRNA و356 جينة اندماجية.
3. من النمو الأولي إلى النمو الثانوي، تم تحديد 15838 نسخة معبر عنها تفاضليًا من 995 جينًا معبرًا عنها تفاضليًا.في جميع DEGs، كان هناك 1216 عامل نسخ، ولم يتم الإبلاغ عن معظمها بعد.
4. كشف تحليل التخصيب GO عن أهمية انقسام الخلايا وعملية تقليل الأكسدة في النمو الأولي والثانوي.
أحداث الربط البديلة والأشكال الإسوية المختلفة
تحليل WGCNA على عوامل النسخ
مرجع
تشاو كيو، جاو زد إف، تشانغ د، وآخرون.الديناميكيات التنموية لنسخة Populus الجذعية.بلانت بيوتكنول جي. 2019؛17(1):206-219.دوى:10.1111/pbi.12958
