تسلسل metagenomic -ngs
الميتاجينوم عبارة عن مجموعة من المواد الوراثية الكلية لمجتمع مختلط من الكائنات الحية ، مثل الميتاجنوم البيئية والبشرية. أنه يحتوي على جينومات من كل من الكائنات الحية الدقيقة القابلة للزراعة وغير القابلة للزراعة. يتيح تسلسل Metagenomic البندقية مع NGS دراسة هذه المناظر الطبيعية الجينومية المعقدة المضمنة في العينات البيئية من خلال توفير أكثر من التنميط التصنيفي ، وإعطاء رؤى محببة أيضًا في تنوع الأنواع ، وديناميات الوفرة ، والهياكل السكانية المعقدة. بالإضافة إلى الدراسات التصنيفية ، تقدم Metagenomics البندقية أيضًا منظورًا وظيفيًا للجينوم ، مما يتيح استكشاف الجينات المشفرة وأدوارها المفترضة في العمليات البيئية. أخيرًا ، يساهم إنشاء شبكات الارتباط بين العناصر الجينية والعوامل البيئية في فهم كلي للتفاعل المعقد بين المجتمعات الميكروبية وخلفيتها البيئية. في الختام ، يقف التسلسل metagenomic كأداة محورية لكشف التعقيدات الجينية للمجتمعات الميكروبية المتنوعة ، مما يضيء العلاقات متعددة الأوجه بين علم الوراثة والبيئة داخل هذه النظم الإيكولوجية المعقدة.
المنصات: Illumina Novaseq و DNBSEQ-T7
مزايا الخدمة
●طريقة العزلة والزراعة الخالية من الزراعة للتنميط المجتمعية الميكروبية: تمكين تسلسل المواد الوراثية من الكائنات الحية غير القابلة للزراعة.
●دقة عالية: اكتشاف الأنواع منخفضة الوفرة في العينات البيئية.
●تحليل المعلوماتية الحيوية الشاملة:ركز ليس فقط على التنوع التصنيفي ولكن أيضًا على التنوع الوظيفي للمجتمع.
●خبرة واسعة:مع سجل حافل من إغلاق مشاريع metagenomics المتعددة بنجاح في مختلف مجالات البحث ومعالجة أكثر من 200000 عينة ، يجلب فريقنا ثروة من الخبرة في كل مشروع.
مواصفات الخدمة
| منصة التسلسل | استراتيجية التسلسل | البيانات الموصى بها | ضبط الجودة |
| Illumina Novaseq أو DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 جيجابايت | Q30≥85 ٪ |
متطلبات الخدمة
| التركيز (نانوغرام/ميكرولتر) | المبلغ الإجمالي (نانوغرام) | الحجم (ميكرولتر) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● التربة/الحمأة: 2-3G
● المحتوى المعوي المنتشف: 0.5-2g
● محتويات الأمعاء-insect: 0.1-0.25g
● سطح النبات (الرواسب المخصب): 0.5-1g
● مرق التخمير المخصب): 0.2-0.5g
● البراز (حيوانات كبيرة): 0.5-2g
● البراز (الماوس): 3-5 جرافس
● سائل الغسل السنخيني الرئوي: ورق التصفية
● المسحة المهبلية: 5-6 مسحات
● مسحة الجلد/الأعضاء التناسلية/اللعاب/الأنسجة الرخوة الفموية/مسحة البلعوم/المسحة المستقيمة: 2-3 مسحات
● الكائنات الحية الدقيقة السطحية: 5-6 مسحات
● Waterbody/Air/Biofilm: Filter Paper
● endophytes: 2-3g
● لوحة الأسنان: 0.5-1G
تدفق عمل الخدمة
تسليم العينة
بناء المكتبة
التسلسل
تحليل البيانات
خدمات ما بعد البيع
يشمل التحليل التالي:
● مراقبة جودة البيانات
● تجميع الميتاجينوم والتنبؤ الجيني
● شرح الجينات
● تحليل تنوع ألفا التصنيفي
● التحليل الوظيفي للمجتمع: الوظيفة البيولوجية ، التمثيل الغذائي ، مقاومة المضادات الحيوية
● تحليل على كل من التنوع الوظيفي والتصنيفي:
تحليل التنوع التجريبي
تحليل بين المجموعات
تحليل الارتباط: بين العوامل البيئية والتكوين والتنوع الخارجي
التحليل الوظيفي: مقاومة المضادات الحيوية بطاقة بطاقة
التحليل التفاضلي لمسارات التمثيل الغذائي KEGG: خريطة الحرارة من مسارات كبيرة
ألفا تنوع التوزيع التصنيفي: مؤشر ACE
تجريبي التنوع في التوزيع التصنيفي: PCOA
استكشف التطورات التي تسهلها خدمات تسلسل Metagenome من Bmkgene مع Illumina من خلال مجموعة من المنشورات.
هاي ، س. وآخرون. (2023) "التحليل الميتاجينوم والأيض للتغيرات في المحتويات المعوية من تراوت قوس قزح (Oncorhynchus mykiss) المصابة بفيروس نخر المكونة للدم المعدية في درجات حرارة ماء ثقافة مختلفة" ، ، ،الحدود في علم الأحياء الدقيقة، 14 ، ص. 1275649. DOI: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
ماو ، سي وآخرون. (2023) "المجتمعات الميكروبية ، جينات المقاومة ، والمخاطر المقاومة في البحيرات الحضرية من الحالات الغذائية المختلفة: الروابط الداخلية والتأثيرات الخارجية" ،مجلة تقدم المواد الخطرة، 9 ، ص. 100233. doi: 10.1016/j.hazadv.2023.100233.
سو ، م. وآخرون. (2022) "كشف تحليل الميتاجينوم اختلافات في التركيب والوظيفة بين الكائنات الحية الدقيقة المرتبطة بالسائل والمرتبطة الصلبة من كرش الأغنام" ،الحدود في علم الأحياء الدقيقة، 13 ، ص. 851567. doi: 10.3389/fmicb.2022.851567.
يين ، ج. وآخرون. (2023) "السمنة المفرطة النيجكسانغ المستمدة من الخنزير إعادة تربية التمثيل الغذائي للكارنيتين لتعزيز ترسب الأحماض الدهنية العضلية في الخنازير العجاف" ،الابتكار، 4 (5) ، ص. 100486. doi: 10.1016/j.xinn.2023.100486.
Zhao ، X. et al. (2023) "رؤى ميتاجينومية في المخاطر المحتملة لممثلة من البلاستيك الحيوي/غير القابل للتحلل وغير البلاستيكي في الروافد العلوية والسفلية لمصب هايه ، الصين" ،علم البيئة الكلية، 887 ، ص. 164026. doi: 10.1016/j.scitotenv.2023.164026.
