أدوات تحليل قوية

خريطة حرارية

تقبل أداة الخرائط الحرارية ملف بيانات مصفوفة كمدخل، وتتيح للمستخدمين تصفية البيانات وتطبيعها وتجميعها. ويُستخدم هذا النوع من الخرائط بشكل أساسي في تحليل تجميع مستويات التعبير الجيني بين عينات مختلفة.

شرح الجينات

تقوم أداة Gene Annotation بإجراء عملية شرح الجينات بناءً على محاذاة تسلسل ملفات FASTA المدخلة مقابل قواعد بيانات متنوعة.

أداة البحث الأساسية للمحاذاة المحلية (BLAST)

أداة BLAST هي نسخة متكاملة من NCBI BLAST من BMKCloud ويمكن استخدامها لأداء نفس الوظائف باستخدام البيانات التي تم تحميلها إلى حساب BMKCloud.

توقع CDS_UTR

تم تصميم أداة التنبؤ بـ CDS_UTR للتنبؤ بالمناطق المشفرة (CDS) والمناطق غير المشفرة (UTR) في تسلسلات النسخ المعطاة بناءً على نتائج BLAST مقابل قواعد بيانات البروتين المعروفة ونتائج التنبؤ بـ ORF.

مزيد من المعلومات

مؤامرة مانهاتن

تتيح أداة مخطط مانهاتن عرض التجارب ذات العينات الكبيرة وتستخدم بشكل شائع في دراسات الارتباط على مستوى الجينوم (GWAS).

مخطط سيركوس

توفر أداة مخطط CIRCOS تصورًا فعالًا لكيفية توزيع السمات الجينومية عبر الجينوم. وتشمل السمات الشائعة المواقع الكمية، والتغيرات النوكليوتيدية المفردة، وعمليات الإدخال والحذف، والمتغيرات البنيوية، ومتغيرات عدد النسخ.

إثراء علم الجينات (GO)

توفر أداة إثراء مصطلحات علم الجينات (GO) تحليلًا للإثراء الوظيفي. البرنامج الأساسي في هذه الأداة هو حزمة TopGO-Bioconductor، والتي تتضمن تحليل التعبير التفاضلي، وتحليل إثراء مصطلحات علم الجينات، وعرض النتائج بصريًا.

تحليل شبكة التعبير الجيني المشترك الموزون (WGCNA)

تُعدّ WGCNA طريقة شائعة الاستخدام في استخراج البيانات لاكتشاف وحدات التعبير الجيني المشترك. وهي قابلة للتطبيق على مجموعات بيانات التعبير الجيني المختلفة، بما في ذلك بيانات التعبير الجيني من المصفوفات الدقيقة وبيانات التسلسل الجيني عالي الإنتاجية (NGS).

مزيد من المعلومات