خريطة حرارية
تقبل أداة الخريطة الحرارية ملف بيانات مصفوفة كمدخل، وتتيح للمستخدمين تصفية البيانات وتطبيعها وتجميعها. الاستخدام الرئيسي للخرائط الحرارية هو التحليل العنقودي لمستوى التعبير الجيني بين العينات المختلفة.
شرح الجينات
أداة Gene Annotation تنفذ عملية شرح الجينات استنادًا إلى محاذاة تسلسل ملفات FASTA المدخلة مقابل قواعد بيانات مختلفة.
أداة البحث عن المحاذاة المحلية الأساسية (BLAST)
أداة BLAST هي نسخة متكاملة مع BMKCloud من NCBI BLAST ويمكن استخدامها لأداء نفس الوظائف باستخدام البيانات التي تم تحميلها إلى حساب BMKCloud.
توقع CDS_UTR
تم تصميم أداة التنبؤ CDS_UTR للتنبؤ بالمناطق المشفرة (CDS) والمناطق غير المشفرة (UTR) في تسلسلات النسخ المحددة استنادًا إلى نتائج BLAST مقابل قواعد بيانات البروتين المعروفة ونتائج التنبؤ ORF.
قطعة أرض مانهاتن
تتيح أداة Manhattan Plot عرض التجارب ذات العينات العالية ويتم استخدامها بشكل شائع في دراسات ارتباط الجينوم على نطاق واسع (GWAS).
مخطط السيرك
توفر أداة مخطط CIRCOS تصورًا فعّالاً لكيفية توزيع السمات الجينومية عبر الجينوم. تشمل السمات الشائعة المواضع الكمية، والتعددات أحادية النوكليوتيدات، وInDels، والمتغيرات الهيكلية، ومتغيرات عدد النسخ.
إثراء علم الوجود الجيني (GO)
توفر أداة إثراء GO تحليلًا وظيفيًا للإثراء. البرنامج الرئيسي في هذه الأداة هو حزمة TopGO-Bioconductor، التي تتضمن تحليل التعبير التفاضلي، وتحليل إثراء GO، وتصور النتائج.
تحليل شبكة التعبير الجيني المرجح (WGCNA)
WGCNA هي طريقة استخراج بيانات واسعة الاستخدام لاكتشاف وحدات التعبير الجيني المشترك. وهي قابلة للتطبيق على مجموعات بيانات تعبيرية متنوعة، بما في ذلك بيانات التعبير الجيني للمصفوفات الدقيقة وبيانات التعبير الجيني لتسلسل الجيل التالي (NGS).
إنتربرو سكان
توفر أداة InterProScan تحليل وتصنيف تسلسل البروتين InterPro.
إثراء GO KEGG
تم تصميم أداة إثراء GO KEGG لتوليد رسم بياني لإثراء GO ورسم بياني لإثراء KEGG ومسار إثراء KEGG استنادًا إلى مجموعة جينات مقدمة والتعليق التوضيحي المقابل.