خريطة الحرارة
يتم استخدام ملف بيانات المصفوفة لرسم الخرائط الحرارية، والذي يمكنه تصفية بيانات المصفوفة وتطبيعها وتجميعها.يستخدم في الغالب للتحليل العنقودي لمستوى التعبير الجيني بين العينات المختلفة.
شرح الجينات
يتم تنفيذ التعليق التوضيحي لوظيفة الجينات عن طريق تعيين التسلسلات في ملف FASTA مقابل قاعدة بيانات مختلفة.
شرح الجينات
بسيطة أداة بحث المواءمة المحلية
CDS_UTR_Prediction
تم تصميم هذه الأداة للتنبؤ بمناطق التشفير (CDS) والمناطق غير المشفرة (UTR) في تسلسلات نصية معينة بناءً على التفجير ضد قاعدة بيانات البروتين المعروفة وتنبؤ ORF.
مؤامرة مانهاتن
تتيح مؤامرة مانهاتن عرض البيانات بعدد كبير من نقاط البيانات.ويشيع استخدامه في دراسات الارتباط على مستوى الجينوم (GWAS).
السيرك
يتيح مخطط CIRCOS العرض المباشر لتوزيعات SNP وInDeL وSV وCNV على الجينوم.
GO_إثراء
TopGO هي أداة مصممة للإثراء الوظيفي.تتكون حزمة TopGO-Bioconductor من تحليل التعبير التفاضلي وتحليل إثراء GO وتصور النتائج.سيتم إنشاء مجلد بمخرجات باسم "Graph"، والذي يحتوي على نتائج لـ topGO_BP وtopGO_CC وtopGO_MF.
WGCNA
WGCNA هي طريقة لاستخراج البيانات مستخدمة على نطاق واسع لاكتشاف وحدات التعبير الجيني المشترك.وهو ينطبق على مجموعة بيانات التعبير المختلفة بما في ذلك بيانات المصفوفة الدقيقة وبيانات التعبير الجيني التي نشأت من تسلسل الجيل التالي.
InterProScan
تحليل وتصنيف تسلسل البروتين InterPro
GO_KEGG_Enrichment
تم تصميم هذه الأداة لإنشاء رسم بياني لتخصيب GO، ورسم بياني لتخصيب KEGG ومسار لإثراء KEGG استنادًا إلى مجموعة الجينات المتوفرة والتعليق التوضيحي المقابل.