الوراثة التطورية
مزايا الخدمة
تاكاجي وآخرون،مجلة النبات، 2013
● تقدير زمن وسرعة اختلاف الأنواع على أساس الاختلافات على مستوى النوكليوتيدات والأحماض الأمينية
● الكشف عن العلاقة التطورية الأكثر موثوقية بين الأنواع مع الحد الأدنى من تأثير التطور المتقارب والتطور الموازي
● بناء الروابط بين التغيرات الجينية والأنماط الظاهرية للكشف عن الجينات المرتبطة بالصفات
● تقدير التنوع الجيني الذي يعكس الإمكانات التطورية للأنواع
● أسرع وقت الاستجابة
● خبرة واسعة: تراكمت لدى BMK خبرة هائلة في المشاريع المتعلقة بالسكان والتطور لأكثر من 12 عامًا، حيث غطت مئات الأنواع، وما إلى ذلك، وساهمت في أكثر من 80 مشروعًا رفيع المستوى منشورًا في Nature Communications، وMolecular Plants، وPlant Biotechnology Journal، وما إلى ذلك.
مواصفات الخدمة
مواد:
عادة، يوصى بثلاث مجموعات فرعية على الأقل (مثل الأنواع الفرعية أو السلالات).يجب أن تحتوي كل مجموعة فرعية على ما لا يقل عن 10 أفراد (النباتات > 15، يمكن تقليلها للأنواع النادرة).
استراتيجية التسلسل:
* يمكن استخدام WGS للأنواع ذات الجينوم المرجعي عالي الجودة، بينما ينطبق SLAF-Seq على الأنواع التي تحتوي على جينوم مرجعي أو بدونه، أو الجينوم المرجعي ذي الجودة الرديئة.
| تنطبق على حجم الجينوم | WGS | SLAF-العلامات (×10.000) |
| ≥ 500 ميجابايت | 10×/فرد | يوصى بـ WGS أكثر |
| 500 ميجا بايت - 1 جيجا بايت | 10 | |
| 1 جيجا - 2 جيجا | 20 | |
| ≥2 جيجا بايت | 30 |
تحليلات المعلوماتية الحيوية
● التحليل التطوري
● الاجتياح الانتقائي
● تدفق الجينات
● التاريخ الديموغرافي
● وقت الاختلاف
متطلبات العينة والتسليم
متطلبات العينة:
| صِنف | منديل | WGS-NGS | سلاف |
| حيوان
| الأنسجة الحشوية |
0.5 ~ 1 جرام
|
0.5 جرام
|
| الأنسجة العضلية | |||
| دم الثدييات | 1.5 مل
| 1.5 مل
| |
| دم الدواجن/الأسماك | |||
| نبات
| أوراق طازجة | 1 ~ 2 جرام | 0.5 ~ 1 جرام |
| البتلة / الجذعية | |||
| الجذر/البذور | |||
| الخلايا | خلية مثقفة |
| الجدنا | تركيز | كمية (وغ) | أود260/أود280 |
| سلاف | ≥35 | ≥1.6 | 1.6-2.5 |
| WGS-NGS | ≥1 | ≥0.1 | - |
تدفق عمل الخدمة
تصميم التجربة
تسليم العينة
بناء المكتبة
التسلسل
تحليل البيانات
خدمات ما بعد البيع
*النتائج التجريبية الموضحة هنا كلها من الجينومات المنشورة بواسطة BMKGENE
1. يحتوي تحليل التطور على بناء شجرة النشوء والتطور والبنية السكانية و PCA على أساس الاختلافات الجينية.
تمثل شجرة النشوء والتطور العلاقات التصنيفية والتطورية بين الأنواع ذات السلف المشترك.
يهدف PCA إلى تصور التقارب بين المجموعات السكانية الفرعية.
يُظهر التركيب السكاني وجود مجموعات سكانية فرعية متميزة وراثياً من حيث ترددات الأليلات.
تشن وآخرون.آل،بناس، 2020
2. الاجتياح الانتقائي
يشير المسح الانتقائي إلى عملية يتم من خلالها اختيار موقع مفيد وزيادة ترددات المواقع المحايدة المرتبطة وتقليل ترددات المواقع غير المرتبطة، مما يؤدي إلى تقليل التردد الإقليمي.
تتم معالجة الكشف على نطاق الجينوم في مناطق المسح الانتقائية عن طريق حساب المؤشر الوراثي السكاني (π، Fst، Tajima's D) لجميع أشكال SNP داخل نافذة منزلقة (100 كيلو بايت) في خطوة معينة (10 كيلو بايت).
تنوع النوكليوتيدات (π)
تاجيما د
مؤشر التثبيت (Fst)
وو وآخرون.آل،النبات الجزيئي، 2018
3. التدفق الجيني
وو وآخرون.آل،النبات الجزيئي، 2018
4. التاريخ الديموغرافي
تشانغ وآخرون.آل،بيئة الطبيعة والتطور، 2021
5. زمن الاختلاف
تشانغ وآخرون.آل،بيئة الطبيعة والتطور، 2021
قضية بي إم كيه
توفر خريطة التباين الجينومي نظرة ثاقبة على الأساس الجيني لاختيار الملفوف الصيني الربيعي (Brassica Rapa ssp. Pekinensis)
نشرت: النبات الجزيئي، 2018
استراتيجية التسلسل:
إعادة التسلسل: عمق التسلسل: 10 ×
النتائج الرئيسية
في هذه الدراسة، تمت معالجة 194 ملفوفًا صينيًا لإعادة تسلسلها بمتوسط عمق 10×، مما أسفر عن 1,208,499 SNPs و416,070 InDels.أظهر التحليل الوراثي لهذه الخطوط الـ 194 أن هذه الخطوط يمكن تقسيمها إلى ثلاثة أنماط بيئية، الربيع والصيف والخريف.بالإضافة إلى ذلك، أشار التركيب السكاني وتحليل PCA إلى أن الملفوف الصيني الربيعي نشأ من ملفوف الخريف في شاندونغ، الصين.وقد تم إدخالها لاحقًا إلى كوريا واليابان، وتم تهجينها مع الخطوط المحلية وتم إدخال بعض الأصناف المتأخرة منها إلى الصين وأصبحت أخيرًا ملفوفًا صينيًا ربيعيًا.
كشف المسح على نطاق الجينوم على الكرنب الصيني الربيعي والكرنب الخريفي عند الاختيار عن 23 موقعًا جينوميًا خضع لانتقاء قوي، اثنتان منها متداخلتان مع منطقة التحكم في وقت التثبيت بناءً على رسم خرائط QTL.تم العثور على هاتين المنطقتين تحتويان على الجينات الرئيسية التي تنظم الإزهار، BrVIN3.1 وBrFLC1.تم التأكد أيضًا من تورط هذين الجينين في وقت التثبيت من خلال دراسة النسخ والتجارب المعدلة وراثيا.
 تحليل التركيبة السكانية على الملفوف الصيني |  معلومات وراثية عن اختيار الملفوف الصيني |
تونغبينغ، وآخرون."توفر خريطة التباين الجيني نظرة ثاقبة على الأساس الوراثي لاختيار الملفوف الصيني الربيعي (Brassica Rapa ssp.pekinensis)."النباتات الجزيئية,11(2018):1360-1376.
