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Cov khoom

Eukaryotic mRNA Sequencing-NGS

Eukaryotic mRNA Sequencing-NGS Duab Tshwj Xeeb
  • Eukaryotic mRNA Sequencing-NGS
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mRNA sequencing yog ib txoj kev siv cov txheej txheem tom ntej los qhia qhov muaj thiab qhov ntau ntawm RNA molecules hauv cov qauv tshuaj lom neeg, muab ib daim duab ntawm kev qhia tawm gene hauv cov qauv.

Nrog nws cov ntawv thov dav dav, cov cuab yeej txiav tshiab no qhia txog cov qauv qhia txog cov noob caj noob ces, cov qauv noob caj noob ces, thiab cov txheej txheem molecular uas cuam tshuam nrog ntau yam txheej txheem ntawm lub cev.

Cov txheej txheem no tau siv dav hauv kev tshawb fawb, kev kuaj mob hauv tsev kho mob, thiab kev tsim tshuaj, vim nws muab kev nkag siab txog qhov nyuaj ntawm cov cellular dynamics thiab kev tswj hwm caj ces, muab lub hauv paus ruaj khov los ua kom muaj kev xav paub txog nws lub peev xwm ntawm ntau qhov chaw sib txawv.

 

Cov platforms muaj: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7


Cov Lus Qhia Txog Kev Pabcuam

Kev tshawb fawb txog bioinformatics

Cov Txiaj Ntsig Qhia Txog Kev Ua Qauv

Cov Ntawv Tshaj Tawm Tshwj Xeeb

Cov yam ntxwv

kev 1

● Kev npaj cov tsev qiv ntawv mRNA uas xaiv tau los pab kom tau txais cov ntaub ntawv sequencing tshwj xeeb rau cov strand

● Kev tshuaj xyuas BI sib txawv npog txhua yam peb cov neeg siv khoom xav tau

 

Cov txiaj ntsig

●Kev Paub Ntau YamPeb tau ua tiav ntau tshaj 600,000 qhov qauv, suav nrog ntau hom qauv xws li kev cog qoob loo ntawm tes, cov nqaij, thiab cov kua dej hauv lub cev. Peb coj kev txawj ntse nplua nuj los rau txhua qhov project.

●Kev Tswj Xyuas ZooPeb siv cov ntsiab lus tswj hwm tseem ceeb thoob plaws txhua theem, txij li kev npaj cov qauv mus rau kev npaj tsev qiv ntawv, kev txheeb xyuas cov ntaub ntawv thiab kev siv bioinformatics. Peb qhov kev saib xyuas zoo ua kom ntseeg tau tias muaj cov txiaj ntsig zoo tas li.

●Cov Lus Qhia Txog Kev Ua HaujlwmPeb siv ntau lub database los sau cov Differentially Expressed Genes (DEGs) thiab ua cov kev tshuaj xyuas kev nplua nuj. Txoj hauv kev no muab kev nkag siab txog cov txheej txheem cellular thiab molecular uas yog lub hauv paus ntawm cov lus teb transcriptome, kom ntseeg tau tias koj tau txais txhua cov ntaub ntawv hais txog koj cov ntaub ntawv sim.

●Kev Txhawb Nqa Tom Qab Muag KhoomPeb nkag siab tias qhov tseem ceeb ntawm kev nyob ntawd yog dab tsi, yog vim li cas peb txoj kev cog lus txuas ntxiv mus dhau qhov ua tiav qhov project nrog 3 lub hlis kev pabcuam tom qab muag. Thaum lub sijhawm no, peb muab kev saib xyuas qhov project, kev pab daws teeb meem, thiab cov lus nug thiab lus teb los teb cov lus nug ntsig txog cov txiaj ntsig.

Cov Qauv Yuav Tsum Tau Ua thiab Kev Xa Khoom

Tsev qiv ntawv Txoj kev npaj ua sequencing Cov ntaub ntawv pom zoo Kev Tswj Xyuas Zoo
Poly A nplua nuj

Illumina PE150

DNBSEQ-T7

6 -10 Gb

 Q30≥85%

Cov Qauv Yuav Tsum Tau Ua:

Cov nucleotides:

Cov Qauv Yuav Tsum Tau Ua Yam Tsawg Kawg Nkaus:

 

Conc.(ng/μl)

Tus nqi (μg)

Kev dawb huv

Kev ncaj ncees

Tsev Qiv Ntawv Txheem

≥ 10

≥ 0.2

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Muaj tsawg los yog tsis muaj protein lossis DNA uas pom ntawm gel.

Rau cov nroj tsuag: RIN≥4.0;

Rau cov tsiaj: RIN≥4.5;

5.0≥28S / 18S≥1.0;

txwv los yog tsis muaj qhov siab pib

Tsev Qiv Ntawv Qhia

≥ 10

≥ 0.2

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Muaj tsawg los yog tsis muaj protein lossis DNA uas pom ntawm gel.

Rau cov nroj tsuag: RIN≥4.0;

Rau cov tsiaj: RIN≥4.5;

5.0≥28S / 18S≥1.0;

txwv los yog tsis muaj qhov siab pib
Cov nroj tsuag Tsiaj Cov kab mob Arthropod Cov ntshav tag nrho Cov hlwb

Cag, Qia los yog Paj: 450 mg

Nplooj los yog noob: 300 mg

Txiv hmab txiv ntoo: 1.2 g

Lub plawv los yog hnyuv: 300 mg

Cov hnyuv lossis lub hlwb: 240 mg

Cov leeg: 450 mg

Pob txha, Plaub hau los yog Tawv Nqaij: 1g

Kab: 6g

Cov ntses me me: 300 mg

 1 lub raj 106 lub hlwb

Kev Xa Qauv Pom Zoo

Lub thawv: 2 ml centrifuge tube (Tsis pom zoo kom siv ntawv ci)

Piv txwv kev sau npe: Pawg + theej piv txwv li A1, A2, A3; B1, B2, B3... ...

Kev Xa Khoom:

1. Dej khov qhuav: Cov qauv yuav tsum tau ntim rau hauv hnab thiab faus rau hauv dej khov qhuav.

2. Cov raj RNAs: Cov qauv RNA tuaj yeem ziab hauv cov raj RNA stabilization (piv txwv li RNAstable®) thiab xa tuaj rau hauv chav tsev kub.

Cov Qauv Yuav Tsum Tau Ua thiab Kev Xa Khoom

Qauv QC

Tsim qauv kev sim

qauv xa tuaj

Kev xa khoom qauv

Kev sim tsav dav hlau

Kev rho tawm RNA

Kev Npaj Tsev Qiv Ntawv

Kev tsim kho tsev qiv ntawv

Kev txheeb xyuas kab ke

Kev txheeb xyuas kab ke

Kev tshuaj xyuas cov ntaub ntawv

Kev tshuaj xyuas cov ntaub ntawv

Kev Pab Tom Qab Muag Khoom

Cov kev pab cuam tom qab muag

  • Yav dhau los:
  • Tom ntej no:

    • Kev tshawb fawb txog bioinformatics

    Rau cov qauv uas muaj cov genome siv tau, qhov kev tshuaj xyuas BI yog raws li nram no:

    Cov Yeeb Nkab Tshawb Fawb Txog Bioinformatic-01(1)

    ØKev tswj xyuas cov ntaub ntawv raw zoo

    ØKev sib phim ntawm cov genome siv

    ØKev tshuaj xyuas cov qauv ntawm cov ntawv sau

    ØKev ntsuas qhov kev qhia tawm

    ØKev tshuaj xyuas qhov sib txawv ntawm kev qhia tawm

    ØKev piav qhia txog kev ua haujlwm thiab kev txhim kho

     

    Rau cov qauv uas tsis muaj genome siv, qhov no yog qhov kev xaiv muaj:

    Cov Yeeb Nkab Tshawb Fawb Txog Bioinformatic-02(1)• Kev tswj xyuas cov ntaub ntawv raw zoo

    •Kev sib dhos ua ke nrog kev tsim kho kom zoo dua

    •Kev tshuaj xyuas qhov sib txawv ntawm kev qhia tawm

    •Kev piav qhia txog kev ua haujlwm thiab kev txhim kho

     

     

    Kev Sib Txuas Lus Genome Siv

     

    kev 1

     

    Kev Ntsuas Cov Ntaub Ntawv

     

    3(1)

     

     

    Cov qauv sib raug zoo thiab kev ntsuam xyuas ntawm cov kab mob sib txawv

     

    kev 2

     

    Cov noob caj noob ces qhia sib txawv (DEGs)

     

    4(1)

     

     

    Cov Lus Qhia Txog Kev Ua Haujlwm ntawm DEGs

     

    6(1)

     

     

     

    Kev Txhim Kho Kev Ua Haujlwm ntawm DEGs

     

    kev 4

     

    Tshawb nrhiav kev nce qib uas tau pab txhawb los ntawm BMKGene cov kev pabcuam eukaryotic NGS mRNA sequencing los ntawm kev sau cov ntawv tshaj tawm.

     

    Huang, L. et al. (2023) 'Triclosan thiab triclocarban ua rau lub peev xwm hnov ​​​​​​tsw ntawm cov ntses kub tsis muaj zog los ntawm kev txwv tsis pub paub txog cov ntxhiab tsw, cuam tshuam kev hloov pauv ntawm cov teeb liab, thiab cuam tshuam kev ua cov ntaub ntawv hnov ​​​​​​tsw',Kev Tshawb Fawb Txog Dej, 233, nplooj 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.

    Jia, LJ et al. (2023) 'Aspergillus fumigatus hijacks tib neeg p11 kom hloov pauv cov phagosomes uas muaj cov kab mob fungal mus rau txoj kev tsis lwj',Tus Tswv Tsev Cell & Microbe, 31(3), pp. 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.

    Jin, K. et al. (2022) 'Cov Yam Tseem Ceeb ntawm TCP Transcription uas Koom Tes Hauv Kev Loj Hlob ntawm Ma Xyoob (Dendrocalamus latiflorus Munro)',Cov ciam teb hauv Kev Tshawb Fawb Txog Tsob Ntoo, 13, nplooj 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.

    Wen, X. et al. (2022) 'Lub Chrysanthemum lavandulifolium genome thiab lub molecular mechanism underlying diverse capitulum types',Kev Tshawb Fawb Txog Kev Cog Qoob Loo, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.

    Zhang, Yujie et al. (2023) 'Ib qho cascade nanoreactor rau kev txhim kho sonodynamic kev kho mob ntawm colorectal mob qog noj ntshav los ntawm synergistic ROS augment thiab autophagy blockage',Nano Niaj Hnub NoIb., 49, p. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.

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