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BMKMANU S3000_Spatial Transcriptome
Kev sau ntawv txog qhov chaw nyob yog ib txoj kev siv uas cia peb ntes thiab pom cov noob caj noob ces hauv cov nqaij. Qhov no tseem ceeb heev rau kev nkag siab txog kev sib cuam tshuam ntawm cov hlwb.
Muaj ntau lub platform sib txawv rau txoj hauv kev no. Hauv qhov teeb meem no, BMKGene tau tsim BMKManu 3000 Spatial transcriptome Chip, lub platform uas txhawb nqa kev ua haujlwm ntawm cov txheej txheem, ncav cuag kev daws teeb meem subcellular thiab ua kom muaj ntau theem kev daws teeb meem.
Cov chip no muaj 4.2 lab qhov chaw siv cov thev naus laus zis patented ntawm microwells txheej nrog cov hlaws dai uas muaj cov probes barcoded spatially. Nrog txoj kev no, tom qab ntes thiab amplification, peb tau txais lub tsev qiv ntawv cDNA nplua nuj nrog cov qauv barcoded uas nws yog Illumina sib xws.
Ntawm cov ntaub ntawv, kev sib xyaw ua ke ntawm qhov chaw barcode thiab UMIs ua kom ntseeg tau qhov tseeb thiab qhov tshwj xeeb ntawm cov ntaub ntawv tsim tawm. Kev sib xyaw ua ke tag nrho cov saum toj no, BMKManu muab cov ntaub ntawv teeb tsa ntau yam.
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Kev Txheeb Xyuas RNA Ib Leeg
Kev tsim cov txheej txheem ntes ib lub cell thiab kev tsim cov tsev qiv ntawv, ua ke nrog kev ua kom muaj txiaj ntsig zoo, tau hloov pauv txoj kev tshawb fawb txog kev qhia txog noob caj noob ces ntawm theem cell. Qhov kev tshawb pom no tso cai rau kev tshuaj xyuas tob dua thiab ntau dua ntawm cov pej xeem cell nyuaj, kov yeej cov kev txwv uas cuam tshuam nrog kev nruab nrab ntawm kev qhia txog noob caj noob ces hla txhua lub cell thiab khaws cia qhov sib txawv tiag tiag hauv cov pej xeem no. Thaum kev ua kom muaj noob caj noob ces ib lub cell (scRNA-seq) muaj qhov zoo tsis lees paub, nws ntsib cov teeb meem hauv qee cov nqaij uas kev tsim cov noob caj noob ces ib lub cell nyuaj thiab xav tau cov qauv tshiab. Ntawm BMKGene, peb daws qhov teeb meem no los ntawm kev muab cov noob caj noob ces ib lub nucleus RNA (snRNA-seq) siv cov thev naus laus zis 10X Genomics Chromium uas siv niaj hnub. Txoj hauv kev no ua rau cov qauv ntawm cov qauv dav dua rau kev tshuaj xyuas transcriptome ntawm theem cell ib lub cell.
Kev rho tawm cov nuclei tau ua tiav los ntawm lub 10X Genomics Chromium chip tshiab, uas muaj yim-channel microfluidics system nrog ob chav hla. Hauv lub system no, cov hlaws gel uas muaj cov barcodes, primers, enzymes, thiab ib lub nucleus raug encapsulated hauv nanoliter-sized roj tee, tsim Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Tom qab GEM tsim, cell lysis thiab barcode tso tawm tshwm sim hauv txhua GEM. Tom qab ntawd, mRNA molecules dhau los ua reverse transcription rau hauv cDNAs, suav nrog 10X barcodes thiab Unique Molecular Identifiers (UMIs). Cov cDNAs no tom qab ntawd raug rau kev tsim cov tsev qiv ntawv sequencing txheem, pab txhawb kev tshawb nrhiav zoo thiab kev tshawb nrhiav ntawm cov qauv qhia txog gene ntawm ib lub cell.
Platform: 10 × Genomics Chromium thiab Illumina NovaSeq Platform
