Kev Sib Piv Genomics
Cov Kev Pabcuam Zoo
●Kev Paub Ntau thiab Cov Ntaub Ntawv Tshaj Tawm: nrog rau kev sib sau ua ke, BMKGene tau ua tiav ntau dua 90 qhov project sib piv genomics, nrog rau qhov cuam tshuam sib sau ua ke tau txog 900.
●Kev tshuaj xyuas bioinformatics kom ntxaws: pob khoom tshuaj xyuas muaj yim qhov kev tshuaj xyuas uas xav tau tshaj plaws, muab cov duab zoo uas npaj txhij luam tawm thiab tso cai rau kev txhais cov txiaj ntsig yooj yim.
●Pab neeg bioinformatics txawj ntse thiab lub voj voog tshuaj xyuas luv luv: nrog kev paub zoo hauv kev tshuaj xyuas genomics sib piv, pab pawg BMKGene ua tiav ntau yam kev xav tau kev tshuaj xyuas tus kheej hauv lub sijhawm luv luv.
●Kev Txhawb Nqa Tom Qab Muag Khoom:Peb txoj kev cog lus tseem ceeb tshaj qhov ua tiav qhov project nrog rau 3 lub hlis kev pabcuam tom qab muag. Thaum lub sijhawm no, peb muab kev saib xyuas project, kev pab daws teeb meem, thiab cov lus nug thiab lus teb los teb cov lus nug ntsig txog cov txiaj ntsig.
Cov Lus Qhia Txog Kev Pabcuam
| Lub sijhawm kwv yees tig rov qab | Tus naj npawb ntawm cov tsiaj txhu | Kev tshuaj xyuas |
| 30 hnub ua haujlwm | 6 - 12 | Kev sib sau ua ke ntawm tsev neeg noob caj noob ces Kev nthuav dav thiab kev sib cog lus ntawm tsev neeg noob caj noob ces Kev tsim cov ntoo phylogenetic Kev kwv yees lub sijhawm sib txawv (yuav tsum tau kho qhov fossil) Lub sijhawm ntxig LTR (Rau cov nroj tsuag) Kev luam theej tag nrho cov noob caj noob ces (Rau cov nroj tsuag) Kev xaiv siab Kev tshuaj xyuas Synteny |
Kev tshuaj xyuas bioinformatics
● Tsev neeg noob caj noob ces
● Kev Tshawb Fawb Txog Lub Neej
● Lub sijhawm sib txawv
● Kev xaiv siab
● Kev tshuaj xyuas Synteny
Cov Qauv Yuav Tsum Tau Ua thiab Kev Xa Khoom
Cov Qauv Yuav Tsum Tau Ua:
Cov ntaub so ntswg los yog DNA rau kev txheeb xyuas thiab sib sau ua ke ntawm cov noob caj noob ces
Rau Cov Ntaub So
| Cov tsiaj txhu | Cov ntaub so ntswg | Kev Tshawb Fawb | Pacbio CCS |
| Tsiaj | Cov ntaub so ntswg visceral | ≥ 0.2 g | ≥ 1 g |
| Cov nqaij ntshiv | |||
| Cov ntshav ntawm cov tsiaj txhu | ≥ 0.3 mL | ≥ 1 mL | |
| Ntshav qaib/ntses | ≥ 0.05 mL | ≥ 0.1 mL | |
| Kab tsuag | ≥ 0.2 g | ≥ 1 g | |
| Tsob ntoo | Nplooj tshiab | ≥ 0.5 g | ≥ 2 g |
| Cov tsiaj nyob hauv dej | Cov nqaij ntshiv | ≥ 0.3 g | ≥ 1.5 g |
| Cov kab mob algae | ≥ 0.5 g | ≥ 3.0 g | |
| Cov hlwb | Cov hlwb uas tau cog qoob loo | ≥ 1x106 | ≥ 5x106 |
Cov ntaub ntawv
Cov ntaub ntawv genome sequence (.fasta) thiab cov ntaub ntawv annotation (.gff3) ntawm cov tsiaj txhu uas muaj feem cuam tshuam ze
Kev Ua Haujlwm Pabcuam
Tsim qauv kev sim
Kev xa khoom qauv
Kev tsim kho tsev qiv ntawv
Kev txheeb xyuas kab ke
Kev tshuaj xyuas cov ntaub ntawv
Cov kev pab cuam tom qab muag
*Cov txiaj ntsig ntawm qhov kev sim no yog los ntawm cov genomes uas tau luam tawm nrog Biomarker Technologies.
1. Kev kwv yees lub sijhawm ntxig LTR: Daim duab qhia txog kev faib tawm bimodal tshwj xeeb hauv LTR-RTs ntxig lub sijhawm hauv Weining rye genome, piv rau lwm hom tsiaj. Lub ncov tshiab tshaj plaws tshwm sim li ntawm 0.5 lab xyoo dhau los.
Li Guang thiab lwm tus,Kev Tshawb Fawb Txog Genes ntawm Xwm, 2021
2. Kev tshuaj xyuas txog noob caj noob ces thiab tsev neeg noob caj noob ces ntawm chayote (Sechium edule): Los ntawm kev tshuaj xyuas chayote thiab lwm 13 hom tsiaj txhu hauv tsev neeg noob caj noob ces, Chayote pom tias muaj feem cuam tshuam nrog taub dag nab (Trichosanthes anguina). Chayote tau los ntawm taub dag nab hauv kwv yees li 27-45 Mya thiab pom tias tag nrho cov noob caj noob ces sib txuas (WGD) hauv chayote hauv 25±4 Mya, uas yog qhov xwm txheej WGD thib peb hauv cucuibitaceae.
Fu A thiab lwm tus,Kev Tshawb Fawb Txog Kev Cog Qoob Loo, 2021
3. Kev tshuaj xyuas Synteny: Qee cov noob caj noob ces uas cuam tshuam nrog phytohormones hauv kev loj hlob ntawm txiv hmab txiv ntoo tau pom muaj nyob rau hauv chayote, snake gourd thiab squash. Kev sib raug zoo ntawm chayote thiab squash yog siab dua me ntsis dua li ntawm chayote thiab snake gourd.
Fu A thiab lwm tus,Kev Tshawb Fawb Txog Kev Cog Qoob Loo, 2021
4. Kev tshuaj xyuas tsev neeg noob caj noob ces: KEGG kev nplua nuj ntawm tsev neeg noob caj noob ces nthuav dav thiab kev cog lus hauv G.thurberi thiab G.davidsonii genomes qhia tau tias cov tshuaj steroid biosynthesis thiab brassinosteroid biosynthesis ntsig txog noob caj noob ces tau nthuav dav.
Yang Z thiab lwm tus,BMC Biology, 2021
5. Kev tshuaj xyuas tag nrho cov noob caj noob ces rov ua dua: 4DTV thiab Ks kev tshuaj xyuas kev faib tawm qhia txog tag nrho cov xwm txheej rov ua dua ntawm noob caj noob ces. Cov qib siab tshaj plaws ntawm cov noob caj noob ces sab hauv tau qhia txog cov xwm txheej rov ua dua. Cov qib siab tshaj plaws ntawm cov noob caj noob ces sib txawv tau qhia txog cov xwm txheej sib txawv. Kev tshuaj xyuas qhia tau hais tias piv nrog rau peb hom tsiaj uas muaj feem cuam tshuam ze, O. europaea tau dhau los ntawm kev rov ua dua ntawm noob caj noob ces loj heev tsis ntev los no.
Rao G thiab lwm tus,Kev Tshawb Fawb Txog Kev Cog Qoob Loo, 2021
Cov Ntaub Ntawv BMK
Paj yeeb tsis muaj pos: kev nkag siab txog genomic txuas nrog kev hloov pauv dej noo
Luam tawm: Kev Tshuaj Xyuas Kev Tshawb Fawb Hauv Tebchaws, 2021
Txoj kev npaj ua sequencing:
'Basye'sTsis muaj pos' (R.Wichurainan) genome:
Kwv yees li 93 X PacBio + kwv yees li 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Cov txiaj ntsig tseem ceeb
1. Cov noob caj noob ces zoo ntawm R.wichuraiana tau tsim los ntawm kev siv cov txheej txheem nyeem ntev, uas ua rau muaj kev sib sau ua ke ntawm 530.07 Mb (Kwv yees li ntawm genome qhov loj yog kwv yees li 525.9 Mb los ntawm kev ntsuas cytometry thiab 525.5 los ntawm kev soj ntsuam genome ； Heterozygosity yog nyob ib ncig ntawm 1.03%). BUSCO kwv yees qhov qhab nia yog 93.9%. Piv nrog "Old blush" (haploOB), qhov zoo thiab kev ua tiav ntawm cov noob caj noob ces no tau lees paub los ntawm qhov tseeb ntawm ib qho chaw thiab LTR sib dhos index (LAI = 20.03). R.wichuraiana genome muaj 32,674 protein coding genes.
2. Kev tshuaj xyuas ntau yam sib koom ua ke, uas muaj kev sib piv genomics, transcriptomics, thiab kev tshuaj xyuas QTL ntawm cov pejxeem caj ces, tau qhia txog qhov tseem ceeb ntawm kev sib txawv ntawm R. wichuraiana thiab Rosa chinensis. Tsis tas li ntawd, kev hloov pauv ntawm cov noob caj ces hauv QTL yuav cuam tshuam nrog cov qauv qia prickle.
Kev sib piv genomics analysis ntawm Basye's Thornless thiab Rosa chinensis suav nrog kev tshuaj xyuas synteny, pawg tsev neeg gene, kev nthuav dav thiab kev sib cog lus, qhia txog ntau qhov sib txawv, uas cuam tshuam nrog cov yam ntxwv tseem ceeb hauv paj noob hlis. Qhov kev nthuav dav tshwj xeeb hauv NAC thiab FAR1 / FRS gene tsev neeg muaj feem cuam tshuam nrog kev tiv thaiv rau qhov dub.
Kev tshuaj xyuas genomics sib piv ntawm BT thiab haploOB genomes.
Zhong, M., thiab lwm tus. "Paj noob hlis tsis muaj pos: kev nkag siab txog genomic txuas nrog kev hloov pauv dej noo"Kev Tshuaj Xyuas Kev Tshawb Fawb Hauv Tebchaws, 2021;, nwab092.
