Kev Txheeb Xyuas Tag Nrho Cov Genome ntawm Cov Nroj Tsuag/Tsiaj
Cov yam ntxwv ntawm kev pabcuam
De novo
Cov txheej txheem no yog qhov tshwj xeeb tshaj yog muaj txiaj ntsig zoo nrog cov genomes nyuaj xws li cov uas muaj qib siab ntawm heterozygosity, thaj chaw rov ua dua, polypoloid genomes, cov ntsiab lus CG tsis zoo thiab lwm yam.
Peb qhov kev daws teeb meem ib-nres muab cov kev pabcuam sib xyaw ua ke thiab kev tshuaj xyuas bioinformatic uas xa cov genome zoo de novo sib sau ua ke. Kev tshawb fawb genome thawj zaug nrog Illumina muab kev kwv yees ntawm qhov loj me thiab qhov nyuaj ntawm genome, thiab cov ntaub ntawv no yog siv los coj cov kauj ruam tom ntej ntawm kev nyeem ntev sequencing nrog PacBio HiFi, ua raws lide novokev sib sau ua ke ntawm cov contigs. Kev siv tom qab ntawm HiC sib dhos ua rau muaj kev sib txuas ntawm cov contigs rau lub genome, tau txais kev sib dhos theem chromosome. Thaum kawg, lub genome raug sau tseg los ntawm kev kwv yees cov noob caj noob ces thiab los ntawm kev txheeb xyuas cov noob caj noob ces qhia tawm, siv cov transcriptomes nrog kev nyeem luv luv thiab ntev.
-- Kev koom ua ke ntawm ntau yam kev txheeb xyuas thiab cov kev pabcuam bioinformatic hauv ib qho kev daws teeb meem xwbKev pabcuam tsim nyog rau kev tsim kho tshiab
-- cov genomes lossis kev txhim kho ntawm cov genomes uas twb muaj lawm rau cov hom tsiaj uas xav tau.
Kev rov ua dua tshiab
-- Kev npaj tsev qiv ntawv tuaj yeem ua tus qauv lossis tsis muaj PCR
-- Muaj nyob rau hauv 4 lub platform sequencing: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 lossis PacBio Revio.
-- Kev tshuaj xyuas bioinformatic tsom mus rau kev hu ua variant: SNP, InDel, SV thiab CNV
Cov Kev Pabcuam Zoo
●Kev Paub Ntau Thiab Cov Ntaub Ntawv Tshaj Tawm: Raude novocov kev pabcuam, peb tau khaws cov kev paub dhau los hauv kev sib sau ua ke zoo ntawm ntau hom tsiaj, suav nrog cov genomes diploid thiab cov genomes nyuaj heev ntawm polyploid thiab allopolyploid hom. Txij li xyoo 2018, peb tau pab txhawb rau ntau dua 300 cov ntawv tshaj tawm muaj txiaj ntsig zoo, thiab 20+ ntawm lawv tau luam tawm hauv Nature Genetics. Ntawm kev rov ua dua genome, peb tau sau ntau dua 1000 hom tsiaj, uas ua rau muaj ntau dua 1000 tus neeg mob luam tawm nrog rau qhov cuam tshuam ntawm ntau dua 5000.
●Kev daws teeb meem ib zaug xwb: Qhibde novokev txheeb xyuas cov noob caj noob ces, peb txoj hauv kev sib koom ua ke ntau yam thev naus laus zis txheeb xyuas cov noob caj noob ces thiab kev tshuaj xyuas bioinformatic rau hauv ib txoj haujlwm ua ke, xa cov genome zoo sib sau ua ke.
●Tsim Kho Kom Haum Rau Koj Cov Kev Xav TauPeb cov txheej txheem kev pabcuam yog hloov kho tau, tso cai rau kev hloov kho rau cov genomes nrog ntau yam ntxwv thiab cov kev xav tau tshwj xeeb.
●Pab Pawg Bioinformatics thiab Laboratorial Muaj Kev Txawj Ntse Siab: Seb nws yog raude novokev txheeb xyuas cov lej lossis kev rov txheeb xyuas cov lej, peb pab neeg muaj cov cuab yeej thiab kev paub txog kev ua tiav ntawm qhov project. Qhov no tuaj yeem lees paub los ntawm cov ntawv pov thawj patent thiab cov cai software uas lawv tau tsim.
● Kev Txhawb Nqa Tom Qab Muag Khoom:Peb txoj kev cog lus tseem ceeb tshaj qhov ua tiav qhov project nrog rau 3 lub hlis kev pabcuam tom qab muag. Thaum lub sijhawm no, peb muab kev saib xyuas project, kev pab daws teeb meem, thiab cov lus nug thiab lus teb los teb cov lus nug ntsig txog cov txiaj ntsig.
●Kev Tshawb Fawb Txog Bioinformatics Uas Muaj Kev Paub Tag Nrho: Xws li kev hu hloov pauv thiab kev piav qhia txog kev ua haujlwm.
●Cov Lus Qhia Txog Kev Ua SequencingPeb siv ntau lub ntaub ntawv los sau cov noob caj noob ces nrog cov kev hloov pauv uas tau txheeb xyuas thiab ua qhov kev tshuaj xyuas kev nplua nuj, muab kev nkag siab txog koj cov haujlwm tshawb fawb.
Cov Lus Qhia Txog Kev Pabcuam
| Cov variants uas yuav tsum tau txheeb xyuas | Txoj kev npaj ua sequencing | Qhov tob uas pom zoo |
| SNP thiab InDel | Illumina NovaSeq PE150 los yog MGI T7 | 10x |
| SV thiab CNV (tsis tshua muaj tseeb) | 30x | |
| SV thiab CNV (yog dua) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNPs, Indels, SV thiab CNV | PacBio Revio | 10x |
Cov Qauv Yuav Tsum Tau Ua
| Cov ntaub so ntswg lossis cov kua qaub nucleic uas tau rho tawm | Illumina/MGI | Nanopore (8 Kb Tsev Qiv Ntawv) | PacBio (15 Kb Tsev Qiv Ntawv)
| ||
| Cov quav tsiaj | ≥ 0.2 g | ≥ 0.5 g | ≥ 1 g
| ||
| Cov leeg nqaij tsiaj | |||||
| Cov Ntshav Tsiaj | ≥ 0.3 mL | ≥ 0.5 mL
| ≥ 1 mL
| ||
| Ntshav Nqaij qaib/Ntses | ≥ 0.05 mL | ≥ 0.1 mL
| ≥ 0.1 mL
| ||
| Tsob Ntoo - Nplooj Tshiab | ≥ 0.5 g | ≥ 1 g
| ≥ 2 g
| ||
| Cov Cell Uas Muaj Kab Mob | ≥ 1x106 | ≥ 5x106 | ≥ 5x106
| ||
| Cov nqaij mos ntawm cov kab/Tus kheej | ≥ 0.2 g | ≥ 0.3 g
| ≥ 1 g
| ||
| Cov tsiaj nyob hauv dej - Cov leeg nqaij | ≥ 0.3 g | ≥ 1 g | ≥ 1.5 g | ||
| Cov tsiaj txhu hauv dej - Algae | ≥ 0.5 g | ≥ 1.5 g | ≥ 3 g | ||
| DNA uas tau rho tawm
| Kev Ntsuas: ≥ 1 ng/µL Tus nqi: ≥ 30 ng Txwv los yog tsis muaj kev puas tsuaj lossis kev ua qias tuaj
| Kev Ntsuas Tus nqi
OD260/280
OD260/230
Txwv los yog tsis muaj kev puas tsuaj lossis kev ua qias tuaj
| ≥ 40 ng/µL 2 µg/cov cell ntws/qauv qauv
1.7 - 2.2
1.5 - 3.0 | Kev Ntsuas Tus nqi
OD260/280
OD260/230
Txwv los yog tsis muaj kev puas tsuaj lossis kev ua qias tuaj | ≥ 50 ng/µL 8 µg/cov cell ntws/qauv
1.7 - 2.2
1.8 - 2.5 |
| Kev Npaj Tsev Qiv Ntawv uas Tsis Muaj PCR: Kev Ntsuas ≥ 40 ng/µL Tus nqi ≥ 500 ng | |||||
Kev Ua Haujlwm Pabcuam
Kev xa khoom qauv
Kev rho tawm DNA
Kev tsim kho tsev qiv ntawv
Kev txheeb xyuas kab ke
Kev tshuaj xyuas cov ntaub ntawv
Kev xa cov ntaub ntawv
De novocov kav dej bioinformatics
Yog tias koj xav pom ib qho kev piav qhia txog peb cov kav dej sib txawv rau kev sib dhos:
Kev tshuaj xyuas bioinformatic tiav, faib ua 4 kauj ruam:
1. Kev soj ntsuam genome, raws li kev tshuaj xyuas k-mer nrog NGS nyeem.Nws yuav muab cov ntaub ntawv rau peb txog:
- Kev kwv yees ntawm qhov loj ntawm genome
- Kev kwv yees ntawm heterozygosity
- Kev kwv yees ntawm cov cheeb tsam rov ua dua
2. Kev Sib Dhos Genome nrog PacBio HiFi.Siv cov ntawv nyeem ntev yuav muab rau peb:
- De novokev sib dhos
- Kev ntsuam xyuas kev sib dhos: suav nrog kev tshuaj xyuas BUSCO rau kev ua tiav ntawm genome thiab kev kos duab rov qab ntawm NGS thiab PacBio HiFi nyeem
3. Kev sib dhos Hi-C.Thaum peb muaj kev sib dhos ua ke, kev muaj cov ntaub ntawv ntawm cov qauv genome 3D yuav ua rau kev paub tob zuj zus thiab nplua nuj rau cov genome siv uas peb tab tom tsim.
- QC ntawm lub tsev qiv ntawv Hi-C los kwv yees qhov kev sib cuam tshuam Hi-C uas siv tau.
- Kev sib dhos Hi-C. Peb yuav ua qhov kev sib sau ua pawg ntawm cov contigs, ua raws li kev txiav txim ntawm contig hauv txhua pawg thiab muab kev taw qhia ntawm contig.
- Kev ntsuam xyuas Hi-C
4. Cov lus piav qhia txog genome:
- Kev kwv yees RNA uas tsis yog coding
- Kev txheeb xyuas cov kab ke rov ua dua (transposons thiab tandem repeats)
- Kev kwv yees txog noob caj noob ces
- De novo: ab initio algorithms
- Raws li kev sib thooj
- Raws li transcriptome, nrog rau kev nyeem ntev thiab luv: kev nyeem yogde novosib sau ua ke los yog kos rau ntawm daim ntawv qauv genome
- Cov lus piav qhia ntawm cov noob caj noob ces uas tau kwv yees nrog ntau lub ntaub ntawv
Kev rov ua dua tshiabcov kav dej bioinformatics
Muaj xws li cov kev tshuaj xyuas hauv qab no:
- Kev Tswj Xyuas Zoo ntawm Cov Ntaub Ntawv Raw
- Cov ntaub ntawv ntawm kev sib phim rau cov genome siv
- Kev txheeb xyuas cov variant: SNP, InDel, SV thiab CNV
- Cov lus piav qhia txog kev ua haujlwm ntawm cov kev hloov pauv
Cov ntaub ntawv ntawm kev sib phim rau qhov kev siv genome - sequencing tob faib
SNP hu xov tooj ntawm ntau cov qauv
Kev txheeb xyuas InDel - cov ntaub ntawv ntawm qhov ntev InDel hauv thaj tsam CDS thiab thaj tsam thoob plaws genome
Kev faib tawm ntawm cov noob caj noob ces thoob plaws hauv genome - Circos plot
Kev piav qhia txog kev ua haujlwm ntawm cov noob caj noob ces nrog cov kev hloov pauv uas tau txheeb xyuas - Gene Ontology
Chai, Q. et al. (2023) 'Ib qho glutathione S-transferase GhTT19 txiav txim siab txog cov xim ntawm cov paj los ntawm kev tswj hwm cov anthocyanin sib sau ua ke hauv paj rwb',Phau Ntawv Xov Xwm Txog Kev Siv Tshuaj Biotechnology, 21(2), p. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) 'Cov noob caj noob ces Hevea brasiliensis qus uas muaj chromosome-level muab cov cuab yeej tshiab rau kev yug me nyuam uas tau txais kev pab los ntawm genomic thiab cov chaw muaj txiaj ntsig los txhawb cov roj hmab kom loj hlob',Phau Ntawv Xov Xwm Txog Kev Siv Tshuaj Biotechnology, 21(5), nplooj ntawv 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, C. et al. (2021) 'Cov kab ke genome qhia txog kev sib kis thoob ntiaj teb thiab qhia txog kev hloov pauv caj ces sib xyaw hauv kev hloov pauv ntawm cov nees hiav txwv',Kev Sib Txuas Lus Txog Xwm, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Li, Y. et al. (2023) 'Kev Hloov Pauv Chromosomal Loj Ua Rau Muaj Kev Hloov Pauv Qhia Txog Genome, Kev Hloov Kho Ib puag ncig, thiab Speciation hauv Gayal (Bos frontalis)',Kev Tshawb Fawb Txog Molecular thiab Kev Hloov Pauv, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. et al. (2023) 'Kev sib sau ua ke ntawm genome thiab kev txiav txim siab txog genetic ntawm cov noob pob kws uas tiv taus kev qhuav',Kev Tshawb Fawb Txog Genes Xyoo 202355:3, 55(3), pp. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'Qhia txog kev hloov pauv ntawm tropane alkaloid biosynthesis los ntawm kev tshuaj xyuas ob lub genomes hauv tsev neeg Solanaceae',Kev Sib Txuas Lus Txog Xwm2023 14:1, 14(1), nplooj ntawv 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zeng, T. et al. (2022) 'Kev tshuaj xyuas ntawm cov kev hloov pauv ntawm genome thiab methylation hauv cov qaib hauv paus txawm Suav teb dhau sijhawm muab kev nkag siab rau kev txuag cov tsiaj txhu',Kev Sib Txuas Lus Txog Kev Kawm Txog Kab Mob, 5(1), nplooj ntawv 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
Cov ntaub ntawv kawm nyuaj:
Kev sib dhos ntawm Telomere-rau-telomere:Fu, A. et al. (2023) 'Kev sib sau ua ke ntawm Telomere-rau-telomere genome ntawm cov txiv tsawb iab (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) qhia txog kev loj hlob ntawm cov txiv hmab txiv ntoo, kev sib xyaw thiab cov yam ntxwv ntawm cov noob caj noob ces',Kev Tshawb Fawb Txog Kev Cog Qoob Loo, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Kev sib dhos ua ke ntawm Haplotype:Hu, W. et al. (2021) 'Allele-txhais genome qhia txog kev sib txawv ntawm ob lub sijhawm thaum lub sijhawm cassava evolution',Tsob nroj molecular, 14(6), pp. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Kev sib sau ua ke ntawm cov noob caj noob ces loj heev:Yuan, J. et al. (2022) 'Lub hauv paus genomic ntawm giga-chromosomes thiab giga-genome ntawm tsob ntoo peony Paeonia ostii',Kev Sib Txuas Lus Txog Xwm2022 13:1, 13(1), nplooj ntawv 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Kev sib sau ua ke ntawm cov noob caj noob ces polyploid:Zhang, Q. et al. (2022) 'Kev nkag siab txog genomic rau hauv kev txo qis chromosome tsis ntev los no ntawm autopolyploid sugarcane Saccharum spontaneum',Kev Tshawb Fawb Txog Genes Xyoo 202254:6, 54(6), pp. 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1 ib.
