Kev Txheeb Xyuas Amplicon (16S/18S/ITS)

Amplicon (16S/18S/ITS) sequencing nrog Illumina yog ib txoj kev los tshuaj xyuas ntau haiv neeg ntawm cov kab mob me me los ntawm kev txheeb xyuas cov kab mob me me raws li lawv cov kab ke thiab tom qab ntawd sim txiav txim siab txog kev nplua nuj thiab kev sib txawv ntawm zej zog hauv txhua tus qauv thiab ntawm cov qauv. Lub BMKCloud Amplicon (NGS) pipeline tso cai rau kev tshuaj xyuas ntawm 16S, 18S, ITS thiab ntau yam noob caj noob ces ua haujlwm. Nws pib nrog kev nyeem ntawv trimming, paired-end nyeem sib dhos thiab kev ntsuam xyuas zoo, ua raws li kev sib sau ua ke ntawm cov nyeem zoo sib xws los tsim cov Operational Taxonomic Units (OTUs) siv rau rau ntu kev tshuaj xyuas sib txawv. Taxonomic annotation muab cov ntaub ntawv ntawm qhov muaj ntau thiab sib xyaw ntawm txhua tus qauv, thaum alpha thiab beta diversity tsom mus rau microbial diversity hauv thiab ntawm cov qauv, raws li. Kev tshuaj xyuas sib txawv ntawm cov pab pawg pom OTUs uas txawv siv ob qho kev xeem parametric thiab tsis yog parametric, thaum kev tshuaj xyuas sib raug zoo cuam tshuam cov kev sib txawv no rau cov yam ntxwv ib puag ncig. Thaum kawg, kev ua haujlwm gene ntau yog kwv yees raws li cov cim gene ntau, muab kev nkag siab txog kev ua haujlwm thiab ecology hauv txhua tus qauv.