Daim Ntawv Qhia Kub
Cov cuab yeej Heatmap txais cov ntaub ntawv matrix ua cov ntaub ntawv nkag thiab tso cai rau cov neeg siv lim, ua kom zoo li qub thiab sib sau ua ke cov ntaub ntawv. Qhov siv tseem ceeb rau heatmaps yog kev tshuaj xyuas pawg ntawm qib kev qhia tawm ntawm cov noob caj noob ces ntawm cov qauv sib txawv.
Cov Lus Cim Txog Gene
Cov cuab yeej Gene Annotation ua cov lus piav qhia txog noob caj noob ces raws li kev sib phim ntawm cov ntaub ntawv FASTA tawm tsam ntau lub hauv paus ntaub ntawv.
Cov Cuab Yeej Tshawb Nrhiav Kev Sib Haum Xeeb Hauv Zos (BLAST)
Lub cuab yeej BLAST yog BMKCloud kev sib xyaw ua ke ntawm NCBI BLAST thiab tuaj yeem siv los ua cov haujlwm tib yam siv cov ntaub ntawv xa mus rau tus account BMKCloud.
Kev Kwv Yees CDS_UTR
Lub cuab yeej CDS_UTR Prediction yog tsim los kwv yees cov cheeb tsam coding (CDS) thiab cov cheeb tsam tsis coding (UTR) hauv cov kab ke transcript raws li cov txiaj ntsig BLAST piv rau cov ntaub ntawv protein paub thiab cov txiaj ntsig ORF kwv yees.
Manhattan Plot
Cov cuab yeej Manhattan Plot ua rau pom cov kev sim siab thiab feem ntau siv rau hauv kev tshawb fawb txog kev sib raug zoo ntawm genome (GWAS).
Daim Duab Qhia Txog Circos
Cov cuab yeej CIRCOS Diagram muab kev pom zoo ntawm seb cov yam ntxwv genomic tau faib li cas thoob plaws hauv genome. Cov yam ntxwv feem ntau suav nrog cov lej loci, SNPs, InDels, cov qauv thiab cov lej theej sib txawv.
Kev Txhim Kho ntawm Gene Ontology (GO)
Lub cuab yeej GO Enrichment muab kev tshuaj xyuas kev ua haujlwm zoo. Lub software tseem ceeb hauv lub cuab yeej no yog pob TopGO-Bioconductor, uas suav nrog kev tshuaj xyuas kev qhia tawm sib txawv, kev tshuaj xyuas kev ua kom zoo GO thiab kev pom cov txiaj ntsig.
Kev Tshawb Fawb Txog Kev Sib Koom Tes Ua Ke ntawm Cov Gene Uas Muaj Qhov Hnyav (WGCNA)
WGCNA yog ib txoj kev siv dav dav los tshawb nrhiav cov modules sib koom ua ke ntawm cov noob caj noob ces. Nws siv tau rau ntau yam ntaub ntawv qhia txog kev qhia tawm suav nrog microarray thiab cov ntaub ntawv qhia txog noob caj noob ces NGS.
InterProScan
Cov cuab yeej InterProScan muab kev tshuaj xyuas thiab kev faib tawm cov protein InterPro.
GO KEGG Kev Txhawb Nqa
Lub cuab yeej GO KEGG Enrichment yog tsim los tsim cov GO enrichment histogram, KEGG enrichment histogram thiab KEGG enrichment pathway raws li cov gene set thiab cov lus piav qhia sib xws.
