Voll-Längt mRNA Sequencing-Nanopore
Fonctiounen
● Capture vun poly-A mRNA gefollegt vun cDNA Synthese a Bibliothéik Virbereedung
● Sequenzéierung vun de Volllängt Transkriptiounen
● Bioinformatesch Analyse baséiert op Ausriichtung zu engem Referenzgenom
● Bioinformatesch Analyse enthält net nëmmen Ausdrock op Gen- an Isoform-Niveau, awer och Analyse vun lncRNA, Genfusioune, Polyadenylatioun a Genstruktur
Service Virdeeler
●Quantifikatioun vum Ausdrock um Isoform Niveau: erméiglecht eng detailléiert a korrekt Ausdrocksanalyse, entdeckt Ännerung déi maskéiert ka ginn wann Dir de ganze Genausdrock analyséiert
●Reduzéiert Datefuerderunge:Am Verglach mat Next-Generation Sequencing (NGS), Nanopore Sequencing weist méi niddereg Datefuerderungen, wat gläichwäerteg Niveaue vun der Genausdrock Quantifikatioun Sättigung mat méi klengen Donnéeën erlaabt.
●Méi héich Genauegkeet vun der Ausdrockquantifikatioun: souwuel um Gen wéi och op Isoform Niveau
●Identifikatioun vun zousätzlech transcriptomic Informatiounen: Alternativ Polyadenylatioun, Fusiounsgenen a lcnRNA an hir Zilgenen
●Extensiv Expertise: Eist Team bréngt e Räichtum vun Erfarung fir all Projet, nodeems se iwwer 850 Nanopore Volllängt Transkriptomprojeten ofgeschloss hunn an iwwer 8.000 Proben veraarbecht hunn.
●Post-Verkaf Ënnerstëtzung: Eist Engagement erstreckt sech iwwer d'Réalisatioun vum Projet mat enger 3 Méint After-Sale Service Period. Wärend dëser Zäit bidde mir de Projet Suivi, Troubleshooting Hëllef, a Q&A Sessiounen fir all Ufroen am Zesummenhang mat de Resultater unzegoen.
Prouf Ufuerderunge a Liwwerung
| Bibliothéik | Sequenzéierungsstrategie | Daten recommandéiert | Qualitéitskontroll |
| Poly A beräichert | Illumina PE150 | 6/12 Gb | Duerchschnëtt Qualitéit Score: Q10 |
Sample Ufuerderunge:
Nukleotiden:
| Konzentratioun (ng/μl) | Betrag (μg) | Rengheet | Integritéit |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Limitéiert oder keng Protein oder DNA Kontaminatioun op Gel gewisen. | Fir Planzen: RIN≥7.0; Fir Déieren: RIN≥7,5; 5.0≥28S/18S≥1.0; limitéiert oder keng Basislinn Héicht |
● Planzen:
Wuerzel, Stamm oder Bléieblieder: 450 mg
Blat oder Som: 300 mg
Uebst: 1,2 g
● Déier:
Häerz oder Darm: 300 mg
Viscera oder Gehir: 240 mg
Muskel: 450 mg
Schanken, Hoer oder Haut: 1g
● Arthropoden:
Insekten: 6g
Crustacea: 300 mg
● Ganz Blutt:1 rohr
● Zellen: 106 Zellen
Recommandéiert Sample Liwwerung
Behälter: 2 ml Zentrifuge Röhre (Zinnfolie ass net recommandéiert)
Probe Etikettéierung: Grupp + replizéieren zB A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Sendung:
1. Dréchent Äis: Echantillon mussen a Poschen gepackt ginn an an dréchen Äis begruewe ginn.
2. RNAstable Réier: RNA Echantillon kënnen an RNA Stabiliséierung Rouer gedréchent ginn (zB RNAstable®) an an Raumtemperatur geschéckt.
Service Work Flow
Nukleotiden:
Echantillon Liwwerung
Bibliothéik Bau
Sequenzéieren
Donnéeën Analyse
No-Verkaf Servicer
Service Work Flow
Tissue:
Experimenter Design
Echantillon Liwwerung
RNA Extraktioun
Bibliothéik Bau
Sequenzéieren
Donnéeën Analyse
No-Verkaf Servicer
● Raw Datenveraarbechtung
● Transkript Identifikatioun
● Alternativ Splicing
● Ausdrockquantifikatioun am Genniveau an Isoformniveau
● Differential Ausdrock Analyse
● Funktiounsannotatioun a Beräicherung (DEGs an DETs)
Alternativ Splicing Analyse
Alternativ Polyadenylatiounsanalyse (APA)
lncRNA Prognose
Annotatioun vun neie Genen
Clustering vun DETs
Protein-Protein Netzwierker an DEGs
Entdeckt d'Fortschrëtter erliichtert vum BMKGene Nanopore Volllängt mRNA Sequenzéierungsservicer duerch eng curéiert Sammlung vu Publikatiounen.
Gong, B. et al. (2023) 'Epigenetesch an transkriptional Aktivatioun vun der sekretorescher Kinase FAM20C als Onkogen am Gliom', Journal of Genetics and Genomics, 50(6), S. 422-433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Hien, Z. et al. (2023) 'Voll-Längt Transkriptom Sequenzéierung vu Lymphozyten äntweren op IFN-γ enthüllt eng Th1-skewéiert Immunantwort am Flounder (Paralichthys olivaceus)', Fish & Shellfish Immunology, 134, p. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) 'Vergläichend Analyse vu PacBio an ONT RNA Sequenzéierungsmethoden fir Nemopilema Nomurai Venom Identifikatioun', Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) 'Nano-Seq Analyse weist verschidde funktionell Tendenzen tëscht Exosomen a Mikrovesikelen ofgeleet aus hUMSC', Stammzellfuerschung an Therapie, 14(1), S. 1-13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABELLEN/6.
