BMKCloud Umellen
1

mRNA-Seq (NGS) mat Referenzgenom

百迈客云网站-11

mRNA-Seq (NGS) mat Referenzgenom

RNA-seq ass e Standardinstrument an de Liewens- a Kulturwëssenschaften, dat d'Lück tëscht Genomer a Proteomen schléisst. Seng Stäerkt läit an der Entdeckung vun neien Transkripten a Quantifizéierung vun hirer Expressioun an engem Assay. Et gëtt wäit verbreet fir komparativ transkriptomesch Studien agesat, wouduerch Liicht op Genen bruecht gëtt, déi mat verschiddene Charakteristiken oder Phenotypen zesummenhänken, wéi zum Beispill de Verglach vu Mutanten mat Wildtypen oder d'Entdeckung vun der Genexpressioun ënner spezifesche Konditiounen. D'BMKCloud mRNA(Reference) APP integréiert d'Expressiounsquantifizéierung, d'Differenzialexpressiounsanalyse (DEG) an d'Sequenzstrukturanalysen an d'mRNA-seq(NGS) Bioinformatikpipeline a vereenegt d'Stäerkte vun ähnlecher Software, wat Komfort a Benotzerfrëndlechkeet garantéiert. D'Benotzer kënnen hir RNA-seq-Donnéeën an d'Cloud eroplueden, wou d'App eng ëmfaassend One-Stop-Bioinformatikanalyseléisung ubitt. Zousätzlech setzt se d'Clientserfarung an, andeems se personaliséiert Operatiounen ubitt, déi op déi spezifesch Bedierfnesser vun de Benotzer zougeschnidden sinn. D'Benotzer kënnen d'Parameteren astellen an d'Pipeline-Missioun selwer ofginn, den interaktiven Rapport kontrolléieren, Daten/Diagrammer ukucken an den Data Mining ofschléissen, wéi zum Beispill: Zilgenauswiel, funktionell Clustering, Diagrammer, etc.

Demo-Resultater
Datenmining
Importfuerderung
Haaptanalyse
Referenz
Demo-Resultater

Datenmining

Importfuerderung

Plattform:Illumina, MGI
Strategie:RNA-Seq
Layout: Gekoppelt, propper Daten.
Bibliothéikstyp:fr-ongestrangéiert, fr-éischtstrang oder fr-zweetstrang
Lieslängt:150 bp
Dateityp:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz oder *.fq.gz. De System wäertautomatesch d'.fastq Dateien no hiren Dateinimm koppelen,z.B. *_1.fastq mat *._2.fastq gepaart.
Zuel vun de Proben:Et gëtt keng Restriktiounen op der Zuelvu Proben, awer d'Analysezäit wäert eropgoen, wann d'Zuel vun deProben wuessen.
Recommandéiert Datenquantitéit:6G pro Prouf

Haaptanalyse
Déi wichtegst Analyse- an bioinformatesch Tools vun mRNA-seq (Referenz)Pipeline ass wéi follegt:
1. Qualitéitskontroll vun de Réidaten:
•Entfernung vu Sequenzen vun niddereger Qualitéit, Adaptersequenzen,etc.;
•Tools: intern entwéckelt Pipeline;
2. Ausriichtung vun den Donnéeën op e Referenzgenom:
• Ausriichtung vu Liesungen mat engem Splice-Aware Algorithmus géint denReferenzgenom.
•Tools:HISAT2, SamTools
3. Analyse vun der Bibliothéiksqualitéit:
•Insertlängtanalyse, Sequenzsättigungsanalyse, etc.;
•Tools:SamTools;
4. Analyse vun der Sequenzstruktur:
•Alternativ Splicing-Analyse, Genstrukturoptimiséierung,nei Genprognose, etc.;
•Tools:StringTie, gffcompare, GATK,DIAMANT, InterProScan, anHMMER.
5. Differentialausdrocksanalyse:
•DEG-Screening, Ko-Bezéiungsanalyse, funktionellBereicherung;
•Verschidde Visualiséierungsresultater;
•RmatSEGseq, DESeq2, ggplot2, DEXSeq
Referenz
1. Kim, Daehwan et al. „Grafbaséiert Genomausriichtung anGenotypiséierung mat HISAT2 an HISAT-Genotyp.NaturBiotechnologie37 (2019): 907 - 915.
2. McKenna, Aaron et al. „Den Toolkit fir Genomanalyse: eMapReduce Framework fir d'Analyse vun der DNA vun der nächster GeneratiounSequenzéierungsdaten."Genomfuerschung209 (2010): 1297-303.
3. Li, Heng et al. „De Sequenzausriichtungs-/Kaartformat anSAMTools.Bioinformatik25 (2009): 2078 - 2079.
4. Perțea, Mihaela et al. "StringTie erlaabt verbessertRekonstruktioun vun engem Transkriptom aus RNA-Seq-Liesungen.NaturBiotechnologie33 (2015): 290-295.
5. Love, Michael I. et al. „Moderéiert Schätzung vun der Faltännerung anDispersioun fir RNA-Seq-Daten mat DESeq2.GenomBiologie15 (2014): n. Säit.
6. Eddy, Sean R.. „Beschleunegt Profil-HMM-Recherchen.“PLoS Berechnungsbiologie7 (2011): n. Säit.

eng Offer kréien

Schreift Är Noriicht hei a schéckt se eis

Schéckt eis Är Noriicht:

Dréckt Enter fir ze sichen oder ESC fir zouzemaachen