Planz / Déier De Novo Genom Sequencing
Service Virdeeler
Entwécklung vu Sequenzéierungsplattformen a Bioinformatik amde neienGenom Assemblée
Amarasinghe SL et al.Genom Biologie, 2020)
● Konstruktioun vun neie Genomen a Verbesserung vun existente Referenzgenome fir Arten vun Interesse.
● Méi héich Genauegkeet, Kontinuitéit a Vollständegkeet an der Montage
● Konstruéieren fundamental Ressource fir Fuerschung am Sequenz polymorphism, QTLs, Gen Redaktioun, Zucht, etc.
● Equipéiert mat vollem Spektrum vun Drëtt Generatioun Sequenzéierungsplattformen: One-Stop Genom Assemblée Léisung
● Flexibel Sequenzéierungs- a Versammlungsstrategien déi verschidde Genome mat verschiddene Features erfëllen
● Héichqualifizéiert Bioinformatiker Team mat grousser Erfarung a komplexe Genomversammlungen, dorënner Polyploiden, rieseg Genomen, etc.
● Iwwer 100 erfollegräich Fäll mat engem accumulative publizéierten Impaktfaktor vun iwwer 900
● Tour-around-Zäit sou séier wéi 3 Méint fir Chromosom-Niveau Genom Assemblée.
● Solid technesch Ënnerstëtzung mat enger Serie vu Patenter a Software Copyright souwuel experimentell Säit an Bioinformatik.
Service Spezifikatioune
|
Inhalt
|
Plattform
|
Liesen Längt
|
Ofdeckung
|
| Genom Ëmfro
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Genome Sequencing
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi Liest
| ≥ 30X
|
| Hi-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Aarbecht Flux
Prouf Ufuerderunge a Liwwerung
Sample Ufuerderunge:
| Arten | Tissue | Fir PacBio | Fir Nanopore |
| Déieren | Visceral Organer (Liewer, Milz, asw.) | ≥ 1,0 g | ≥ 3,5 g |
| Muskel | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g | |
| Blutt vun Mamendéieren | ≥ 1,5 ml | ≥ 5,0 ml | |
| Blutt vu Fësch oder Villercher | ≥ 0,2 ml | ≥ 0,5 ml | |
| Planzen | Frësch Blieder | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g |
| Bléieblieder oder Stamm | ≥ 3,5 g | ≥ 10,0 g | |
| Wuerzelen oder Somen | ≥ 7,0 g | ≥ 20,0 g | |
| Zellen | Zell Kultur | ≥ 3×107 | ≥ 1 × 108 |
Recommandéiert Sample Liwwerung
Behälter: 2 ml Zentrifuge Röhre (Zinnfolie ass net recommandéiert)
Fir déi meescht Proben empfeelen mir net an Ethanol ze konservéieren.
Probe Etikettéierung: Echantillon musse kloer markéiert sinn an identesch mat der proposéierter Probeinformatiounsform.
Versand: Dréchent Äis: D'Probe musse fir d'éischt a Poschen gepackt ginn an an dréchen Äis begruewe ginn.
Service Work Flow
Experimenter Design
Echantillon Liwwerung
DNA Extraktioun
Bibliothéik Bau
Sequenzéieren
Donnéeën Analyse
No-Verkaf Servicer
*Demo Resultater hei gewisen sinn all aus Genome publizéiert mat Biomarker Technologies
1.Circos op chromosome-Niveau Genom Assemblée vunG. rotundifoliumvun Nanopore Sequenzéierungsplattform
Wang M et al.Molekulare Biologie an Evolutioun, 2021
2.Statistik vun Weining Rye Genom Assemblée an Annotatioun
Li G et al.,Natur Genetik, 2021
3.Gene Prévisioun vunSechium eduleGenom, ofgeleet vun dräi Prognosemethoden:De neieViraussoen, Homologie-baséiert Prognose an RNA-Seq Daten baséiert Prognose
Fu A et al.,Horticulture Fuerschung, 2021
4.Identifikatioun vun intakten laangen Terminal Wiederholungen an dräi Kottenggenomen
Wang M et al.Molekulare Biologie an Evolutioun, 2021
5.Hi-C Hëtzt Kaart vun derC. acuminataGenom weist Genom-breet all-vun-all Interaktiounen.Intensitéit vun Hi-C Interaktiounen ass proportional zu linear Distanz tëscht contigs.Eng propper riicht Linn op dëser Hëtzt Kaart weist eng héich genee Verankerung vun contigs op chromosomes.(Contig Verankerungsverhältnis: 96,03%)
Kang M et al.,Natur Kommunikatioun,2021
BMK Fall
Eng héichqualitativ Genomversammlung beliicht Roggen genomesch Charakteristiken an agronomesch wichteg Genen
Verëffentlecht: Natur Genetik, 2021
Sequenzéierungsstrategie:
Genom Assemblée: PacBio CLR Modus mat 20 kb Bibliothéik (497 Gb, ongeféier 63×)
Sequenzkorrektur: NGS mat 270 bp DNA Bibliothéik (430 Gb, ongeféier 54 ×) op der Illumina Plattform
Contigs verankert: Hi-C Bibliothéik (560 Gb, ongeféier 71 ×) op der Illumina Plattform
Optesch Kaart: (779,55 Gb, ongeféier 99×) op Bionano Irys
Schlëssel Resultater
1.An Assemblée vum Weining Rye Genom gouf publizéiert mat totaler Genomgréisst vu 7.74 Gb (98.74% vun der geschätzter Genomgréisst duerch Flowzytometry).Scaffold N50 vun dëser Assemblée erreecht 1,04 Gb.93,67% vun de Contigs goufen erfollegräich op 7 Pseudo-Chromosomen verankert.Dës Assemblée gouf vun der Verknüpfungskaart, LAI a BUSCO bewäert, wat zu héije Scores an all Evaluatioune gefouert huet.
2.Weider Studien iwwer Comparativ Genomik, genetesch Verknüpfungskaart, Transkriptomikstudien goufen op Basis vun dësem Genom gemaach.Eng Serie vun Charakteristiken Zesummenhang genomesch Fonctiounen goufen opgedeckt dorënner Genom-breet Gen Duplikatiounen an hiren Impakt op Stärke Biosynthese Genen;physesch Organisatioun vu komplexe Prolamin Loci, Genausdrockfeatures ënnerierdesch fréi Rubrik Trait a putativ Domestikatioun-assoziéiert chromosomal Regiounen a Loci am Roggen.
 Circos Diagramm iwwer genomesch Feature vum Weining Rye Genom |  Evolutiouns- a Chromosomensyntenanalyse vum Roggengenom |
Li, G., Wang, L., Yang, J.et al.Eng héichqualitativ Genomversammlung beliicht Roggen genomesch Charakteristiken an agronomesch wichteg Genen.Nat Genet 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
