-
Metagenomesch Sequenzéierung -NGS
E Metagenom ass eng Sammlung vum gesamte genetesche Material vun enger gemëschter Gemeinschaft vun Organismen, wéi zum Beispill Ëmwelt- a mënschlech Metagenomen. Et enthält Genome vu souwuel kultivéierbare wéi och net-kultivéierbare Mikroorganismen. D'Shotgun-Metagenomik-Sequenzéierung mat NGS erméiglecht d'Studie vun dëse komplizéierte genomesche Landschaften, déi an Ëmweltprouwen agebett sinn, andeems se méi wéi nëmmen taxonomesch Profiléierung liwwert, awer och granular Abléck an d'Aartevielfalt, d'Abundanzdynamik an d'komplex Populatiounsstrukturen gëtt. Nieft taxonomesche Studien bitt d'Shotgun-Metagenomik och eng funktionell genomesch Perspektiv, déi d'Erforschung vun kodéierte Genen an hir mutmasslech Rollen an ökologesche Prozesser erméiglecht. Schlussendlech dréit d'Etablissement vu Korrelatiounsnetzwierker tëscht geneteschen Elementer an Ëmweltfaktoren zu engem ganzheetleche Verständnis vun der komplizéierter Zesummespill tëscht mikrobiellen Gemeinschaften an hirem ökologeschen Hannergrond bäi. Zesummefaassend ass d'Metagenomik-Sequenzéierung e wichtegt Instrument fir d'genomesch Komplexitéite vun diversen mikrobiellen Gemeinschaften opzeklären an déi villfälteg Bezéiungen tëscht Genetik an Ökologie an dësen komplexen Ökosystemer ze beliichten.
Plattformen: Illumina NovaSeq an DNBSEQ-T7
-
Metagenomesch Sequenzéierung-TGS
E Metagenom ass eng Sammlung vum genetesche Material vun enger gemëschter Gemeinschaft vun Organismen, wéi zum Beispill Ëmwelt- a mënschlech Metagenomen. Et enthält Genome vu souwuel kultivéierbaren wéi och net kultivéierbaren Mikroorganismen. Metagenomesch Sequenzéierung erméiglecht d'Studie vun dëse komplizéierte genomesche Landschaften, déi an ekologesche Proben agebett sinn, andeems se méi wéi nëmmen taxonomesch Profiléierung ubitt. Si bitt och eng funktionell genomesch Perspektiv andeems se déi kodéiert Genen an hir potenziell Rollen an Ëmweltprozesser ënnersicht. Wärend traditionell Shotgun-Approche mat Illumina-Sequenzéierung wäit verbreet a metagenomesche Studien agesat goufen, huet d'Entstoe vun der Nanopore- a PacBio-Long-Read-Sequenzéierung d'Feld verännert. Nanopore- a PacBio-Technologie verbesseren Downstream-bioinformatesch Analysen, virun allem d'Metagenom-Assembléierung, a garantéiert méi kontinuéierlech Assembléierungen. Rapporte weisen datt Nanopore-baséiert a PacBio-baséiert Metagenomik erfollegräich komplett a zougemaach bakteriell Genome aus komplexe Mikrobiome generéiert huet (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). D'Integratioun vun Nanopore-Liesungen mat Illumina-Liesungen bitt e strategeschen Usaz fir d'Feelerkorrektur, wat d'inherent niddreg Genauegkeet vun Nanopore reduzéiert. Dës synergistesch Kombinatioun notzt d'Stäerkte vun all Sequenzéierungsplattform aus a bitt eng robust Léisung fir potenziell Aschränkungen ze iwwerwannen an d'Prezisioun a Zouverlässegkeet vu metagenomeschen Analysen ze verbesseren.
Plattform: Nanopore PromethION 48, Illumia a PacBio Revio
-
16S/18S/ITS Amplikon-Sequenzéierung-PacBio
D'16S- an 18S-rRNA-Genen, zesumme mat der Internal Transcribed Spacer (ITS)-Regioun, déngen als zentral molekulare Fangerofdrockmarkéierer wéinst hirer Kombinatioun vun héichkonservéierten an hypervariablen Regiounen, wat se zu wäertvollen Tools fir d'Charakteriséierung vu prokaryoteschen an eukaryoteschen Organismen mécht. D'Amplifikatioun an d'Sequenzéierung vun dëse Regiounen bidden eng isolatiounsfräi Approche fir d'mikrobiell Zesummesetzung an d'Diversitéit a verschiddenen Ökosystemer z'ënnersichen. Wärend Illumina-Sequenzéierung typescherweis kuerz hypervariabel Regiounen wéi V3-V4 vun 16S an ITS1 abzielt, gouf et gewisen, datt eng iwwerleeën taxonomesch Annotatioun duerch d'Sequenzéierung vun der voller Längt vun 16S, 18S an ITS erreechbar ass. Dësen ëmfaassenden Approche resultéiert a méi héije Prozentsätz vu präzis klassifizéierte Sequenzen, wouduerch en Opléisungsniveau erreecht gëtt, deen sech bis zur Aartidentifikatioun erstreckt. D'Single-Molecule Real-Time (SMRT)-Sequenzéierungsplattform vu PacBio ënnerscheet sech doduerch, datt se héichpräzis laang Liesungen (HiFi) ubitt, déi d'Amplikonen a voller Längt ofdecken a mat der Präzisioun vun der Illumina-Sequenzéierung konkurréiere kënnen. Dës Fäegkeet erméiglecht et de Fuerscher, en onvergläichleche Virdeel ze kréien - eng Panoramablick op d'genetesch Landschaft. Déi erweidert Ofdeckung erhéicht d'Opléisung an der Aartenannotatioun däitlech, besonnesch bannent bakteriellen oder pilzgemeinschaften, wat e méi déift Verständnis vun de Komplexitéite vu mikrobiellen Populatiounen erméiglecht.
-
16S/18S/ITS Amplikon-Sequenzéierung-NGS
Amplikon-Sequenzéierung mat Illumina Technologie, déi speziell op d'16S, 18S an ITS genetesch Marker abzielt, ass eng mächteg Method fir d'Phylogenie, d'Taxonomie an d'Abundanz vun den Aarten an de mikrobiellen Gemeinschaften ze entfalen. Dës Approche ëmfaasst d'Sequenzéierung vun den hypervariablen Regiounen vun Housekeeping genetesche Marker. Ursprénglech als molekulare Fangerofdrock agefouert vunWoeses et al.Am Joer 1977 huet dës Technik d'Profiléierung vu Mikrobiom revolutionéiert, andeems se isolatiounsfräi Analysen erméiglecht huet. Duerch d'Sequenzéierung vun 16S (Bakterien), 18S (Pilze) an internal transkriptéierte Spacer (ITS, Pilze) kënnen d'Fuerscher net nëmmen heefeg, mä och rar an net identifizéiert Aarte identifizéieren. D'Amplikon-Sequenzéierung, déi wäit verbreet als e wichtegt Instrument adoptéiert gëtt, ass instrumental ginn fir ënnerschiddlech mikrobiell Zesummesetzungen a verschiddenen Ëmfeld z'ënnerscheeden, dorënner de mënschleche Mond, Darm, Still a méi.
-
Re-Sequenzéierung vum bakteriellen a pilzleche ganze Genom
Projeten zur Resequenzéierung vu bakteriellen a pilzleche ganze Genomer si zentral fir d'Fërderung vun der mikrobieller Genomik, andeems se d'Komplettéierung a Vergläich vu mikrobiellen Genomer erméiglechen. Dëst erliichtert d'Fermentatiounstechnik, d'Optimiséierung vun industrielle Prozesser an d'Erforschung vu sekundäre Metabolismusweeër. Ausserdeem ass d'Resequenzéierung vu Pilze a Bakterien entscheedend fir d'Ëmweltadaptatioun ze verstoen, d'Stämm ze optimiséieren an d'Dynamik vun der genetescher Evolutioun ze weisen, mat breede Implikatiounen an der Medizin, der Landwirtschaft an der Ëmweltwëssenschaft.
-
Prokaryotesch RNA-Sequenzéierung
RNA-Sequenzéierung erméiglecht déi ëmfaassend Profiléierung vun all RNA-Transkripten an Zellen ënner spezifesche Konditiounen. Dës modern Technologie déngt als e mächtegt Instrument, dat komplex Genexpressionsprofiler, Genstrukturen a molekulare Mechanismen, déi mat verschiddene biologesche Prozesser verbonne sinn, opdeckt. RNA-Sequenzéierung gëtt wäit verbreet an der Grondfuerschung, der klinescher Diagnostik an der Medikamentenentwécklung agesat a bitt Abléck an d'Komplexitéite vun der zellularer Dynamik an der genetescher Reguléierung. Eis prokaryotesch RNA-Proufveraarbechtung ass op prokaryotesch Transkriptomer zougeschnidden, wat d'Ofbau vun rRNA an d'Virbereedung vun enger direkter Bibliothéik ëmfaasst.
-
Metatranskriptomsequenzéierung
Mat Hëllef vun der Illumina-Sequenzéierungstechnologie entdeckt de Metatranskriptom-Sequenzéierungsservice vu BMKGENE déi dynamesch Genexpression vun enger breeder Palette vu Mikroben, vun Eukaryoten bis Prokaryoten a Virussen, an natierlechen Ëmfeld wéi Buedem, Waasser, Mier, Still an Darm. Eise komplette Service erméiglecht et de Fuerscher, sech mat de komplette Genexpressionsprofiler vu komplexe mikrobiellen Gemeinschaften ze beschäftegen. Nieft der taxonomescher Analyse erliichtert eise Metatranskriptom-Sequenzéierungsservice d'Erforschung vun der funktioneller Beräicherung a beliicht differenziell expriméiert Genen an hir Rollen. Entdeckt eng Villzuel vu biologeschen Ablécker, während Dir Iech duerch déi komplex Landschafte vun der Genexpression, der taxonomescher Diversitéit an der funktioneller Dynamik an dësen diversen Ëmweltnischen navigéiert.
-
De novo Fungal Genome Assemblée
BMKGENE bitt villfälteg Léisunge fir Pilzgenomer, déi op divers Fuerschungsbedürfnisser an déi gewënschte Genomvollständegkeet agoen. D'Benotzung vun der Illumina-Sequenzéierung mat kuerzer Lieszäit eleng erméiglecht d'Generéierung vun engem Entworfsgenom. Kuerzliesungen a laangliesungen Sequenzéierung mat Nanopore oder Pacbio ginn kombinéiert fir e méi raffinéiert Pilzgenom mat méi laange Contigs. Ausserdeem verbessert d'Integratioun vun Hi-C-Sequenzéierung d'Fäegkeeten weider a erméiglecht d'Erreeche vun engem komplette Genom op Chromosomniveau.
-
De novo Bakteriell Genom Assemblée
Mir bidden e komplette Service fir d'Assembléierung vu bakteriellen Genomen un, mat Garantie vun 0 Lücken. Dëst ass méiglech andeems mir Long-Read-Sequenzéierungstechnologien, wéi Nanopore a PacBio fir d'Assembléierung, a Short-Read-Sequenzéierung mat Illumina fir d'Assembléierungsvalidéierung an d'Feelerkorrektur vun ONT-Liesungen integréieren. Eise Service bitt de komplette bioinformatesche Workflow vun der Assembléierung, der funktioneller Annotatioun an der fortgeschrattener bioinformatescher Analyse, fir spezifesch Fuerschungsziler z'erfëllen. Dëse Service erméiglecht d'Entwécklung vu präzise Referenzgenomen fir verschidde genetesch a genomesch Studien. Zousätzlech bildt en d'Basis fir Uwendungen wéi Strainoptimiséierung, Gentechnik an d'Entwécklung vu mikrobiellen Technologien, wat zouverlässeg a Lückenfräi genomesch Daten garantéiert, déi entscheedend sinn fir d'Fërderung vu wëssenschaftlechen Erkenntnesser an biotechnologescher Innovatioun.
