Metagenomik (NGS)

D'Shotgun-Metagenomik mat Illumina ass e populärt Instrument fir d'Studie vu Mikrobiome andeems DNA direkt aus komplexe Proben sequenzéiert gëtt, wat d'Studie vu souwuel taxonomescher wéi och funktioneller Diversitéit erméiglecht. D'BMKCloud Metagenomik (NGS) Pipeline fänkt mat Qualitéitskontroll an der Metagenom-Assembléierung un, aus där Genen virausgesot a geclustert ginn a net-redundant Datensätz, déi fir Funktioun an Taxonomie mat Hëllef vu verschiddene Datenbanken annotéiert sinn. Dës Informatioun gëtt benotzt fir d'taxonomesch Diversitéit bannent der Prouf (Alpha-Diversitéit) an tëscht de Proben (Beta-Diversitéit) ze analyséieren. D'Differenzialanalyse tëscht Gruppen fënnt OTUen a biologesch Funktiounen, déi sech tëscht den zwou Gruppen ënnerscheeden, andeems se souwuel parametresch wéi och net-parametresch Tester benotzen, während d'Korrelatiounsanalyse dës Ënnerscheeder mat Ëmweltfaktoren a Verbindung bréngt.