Net-Referenz baséiert mRNA Sequencing-Illumina

mRNA Sequencing adoptéiert d'nächst Generatioun Sequencing Technik (NGS) fir de Messenger RNA (mRNA) Form Eukaryote an enger spezifescher Period z'erreechen, déi e puer speziell Funktiounen aktivéieren.De längsten Transkript gespléckt gouf 'Unigene' genannt an als Referenzsequenz fir spéider Analyse benotzt, wat en effektiv Mëttel ass fir de molekulare Mechanismus a Reguléierungsnetz vun der Spezies ouni Referenz ze studéieren.

No Transkriptom Datenversammlung an unigen funktionell Annotatioun

(1) SSR Analyse, CDS Prognose a Genstruktur ginn virgeformt.

(2) Quantifikatioun vun unigenen Ausdrock an all Prouf gëtt duerchgefouert.

(3) Differenziell ausgedréckte Unigenen tëscht Proben (oder Gruppen) ginn entdeckt baséiert op unigen Ausdrock

(4) Clustering, funktionell Annotatioun a Beräicherungsanalyse vun differentiell ausgedréckten Unigenen ginn duerchgefouert

Kontaktéiert eis

Service Detailer

Bioinformatik

Demo Resultater

Fall Studie

Eegeschaften

● Onofhängeg vun all Referenzgenom,

● D'Date kéinte benotzt ginn fir d'Struktur an d'Ausdrock vun Transkriptiounen ze analyséieren

● Variabel Ausschnëttplazen z'identifizéieren

Service Virdeeler

● BMKCloud-baséiert Resultat Liwwerung: Resultater ginn als Datedatei an interaktive Bericht iwwer BMKCloud Plattform geliwwert, wat d'Benotzerfrëndlech Liesung vu komplexe Analyseausgaben a personaliséierten Datemining op Basis vun der Standard Bioinformatik Analyse erlaabt.

● After-Sale-Servicer: After-Sale-Servicer gëlteg fir 3 Méint nom Ofschloss vum Projet, inklusiv Projete Suivi, Troubleshooting, Resultater Q&A, etc.

Prouf Ufuerderunge a Liwwerung

Sample Ufuerderunge:

Nukleotiden:

Konzentratioun (ng/μl)

Betrag (μg)

Rengheet

Integritéit

≥ 20

≥ 0,5

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Limitéiert oder keng Protein oder DNA Kontaminatioun op Gel gewisen.

Fir Planzen: RIN≥6,5;

Fir Déieren: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

limitéiert oder keng Basislinn Héicht

Tissue: Gewiicht (dréchen): ≥1 g
* Fir Tissue méi kleng wéi 5 mg, empfeelen mir Flash gefruerene (a flëssege Stickstoff) Tissueprobe ze schécken.

Zellsuspension: Zellzuel = 3 × 10⁷
* Mir recommandéieren gefruer Zell lysate ze Schëff.Am Fall datt Zelle méi kleng wéi 5 × 10 zielt⁵, Flash gefruer a flëssege Stickstoff ass recommandéiert.

Bluttprouwen:
PA × geneBloodRNATube;
6 ml LTRIzol an 2 ml Blutt (TRIzol: Blutt = 3:1)

Recommandéiert Sample Liwwerung

Container:
2 ml Zentrifugerröhr (Zinnfolie ass net recommandéiert)
Probe Etikettéierung: Grupp + replizéieren zB A1, A2, A3;B1, B2, B3...

Sendung:
1.Dry-Äis: Echantillon mussen an Poschen gepackt ginn an an dréchen-Äis begruewe ginn.
2.RNAstable Réier: RNA Echantillon kënnen an RNA Stabiliséierungsröhre gedréchent ginn (zB RNAstable®) a bei Raumtemperatur verschéckt ginn.

Service Work Flow

Experimenter Design

Echantillon Liwwerung

RNA Extraktioun

Bibliothéik Bau

Sequenzéieren

Donnéeën Analyse

No-Verkaf Servicer

virdrun: Laang net-coding sequencing-Illumina

Nächste: Eukaryotesch mRNA Sequencing-Illumina

Bioinformatik

1.mRNA (denovo) Prinzip vun Assemblée

Vun der Dräifaltegkeet ginn d'Liesen a méi kleng Stécker fragmentéiert, bekannt als K-mer.Dës K-Mer ginn dann als Somen benotzt fir a Contigs verlängert ze ginn an dann Komponent baséiert op contig Iwwerlappungen.Schlussendlech gouf De Bruijn hei applizéiert fir Transkriptiounen an de Komponenten ze erkennen.

mRNA-(De-novo)-Iwwerbléck-vun-Trinitéit

mRNA (De novo) Iwwersiicht vun der Trinitéit

2.mRNA (De novo) Verdeelung vun Gene Expression Niveau

RNA-Seq ass fäeg eng héich sensibel Schätzung vum Genausdrock z'erreechen.Normalerweis ass d'detektabel Palette vun Transkriptiounen Ausdrock FPKM rangéiert vun 10^-2 bis 10^6

mRNA-(De-novo)-Distribution-of-FPKM-density-in-all-sample

mRNA (De novo) Verdeelung vun der FPKM Dicht an all Prouf

3.mRNA (De novo) GO Beräicherung Analyse vun DEGs

GO (Gene Ontology) Datebank ass e strukturéierte biologesche Annotatiounssystem deen e Standard Vokabulär vu Gen- a Genproduktfunktiounen enthält.Et enthält verschidde Niveauen, wou de méi niddereg den Niveau ass, wat méi spezifesch d'Funktiounen sinn.

mRNA-(De-novo)-GO-Klassifikatioun-vun-DEGs-op-zweet-Niveau

mRNA (De novo) GO Klassifikatioun vun DEGs um zweeten Niveau

BMK Fall

Transkriptom Analyse vum Sucrose Metabolismus wärend der Knollen Schwellung an Entwécklung am Zwiebel (Allium cepa L.)

Verëffentlecht: Grenzen an der Planzewëssenschaft, 2016

Sequenzéierungsstrategie

Illumina HiSeq2500

Prouf Sammlung

Den Utah Yellow Sweet Spuenien Kultivar "Y1351" gouf an dëser Studie benotzt.D'Zuel vun gesammelt Echantillon war
15. Dag nom Schwellung (DAS) vu Knollen (2-cm Duerchmiesser an 3-4 g Gewiicht), 30. DAS (5-cm Duerchmiesser an 100-110 g Gewiicht), an ~3 op der 40. DAS (7-cm Duerchmiesser an 260-300 Gramm).

Schlëssel Resultater

1. am Venn Diagramm goufen insgesamt 146 DEG iwwer all dräi Pairen vun Entwécklungsstadien entdeckt
2. "Kuelenhydrattransport a Metabolismus" gouf duerch nëmmen 585 Unigenen vertruede (dh 7% vun der annotéierter COG).
3.Unigenes erfollegräich annotéiert an der GO Datebank goufen an dräi Haaptkategorien fir déi dräi verschidden Etappe vun der Knollenentwécklung klasséiert.Déi meescht representéiert an der Haaptkategorie "biologesche Prozess" waren "metabolesche Prozess", gefollegt vum "zelluläre Prozess".An der Haaptkategorie vun der "molekulare Funktioun" waren déi zwou Kategorien am meeschte vertruede "bindend" a "katalytesch Aktivitéit".

Histogramm vu Cluster vun orthologen Gruppen (COG) Klassifikatioun

Histogramm vun der Genontologie (GO) Klassifikatioun fir Unigenen ofgeleet vu Knollen an dräi Entwécklungsstadien

Venn Diagramm weist Genen differentiell ausgedréckt an all zwou Etappe vun der Zwiebelentwécklung

Referenz

Zhang C, Zhang H, Zhan Z, et al.Transkriptom Analyse vum Sucrose Metabolismus wärend der Knollen Schwellung an Entwécklung am Zwiebel (Allium cepa L.) [J].Grenzen an Plant Science, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425