Metagenomic Sequencing -NGS
Service Virdeeler
● Isolatioun a Kultivatioun-gratis fir microbial Communautéit Profiling
● Héich Opléisung bei der Entdeckung vun niddereg-Heefegkeet Arten an Ëmweltproben
● D'Iddi vun "meta-" integréiert all biologesch Fonctiounen op funktionell Niveau, Arten Niveau an Gen Niveau, déi eng dynamesch Vue reflektéiert déi méi no un der Realitéit ass.
● BMK sammelt massiv Erfarung a verschiddenen Probetypen mat iwwer 10.000 Proben veraarbecht.
Service Spezifikatioune
| Plattform | Sequenzéieren | Recommandéiert Donnéeën | Ëmlafzäit |
| Illumina NovaSeq Plattform | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 Aarbechtsdeeg |
Bioinformatik Analysen
● Raw Daten Qualitéitskontroll
● Metagenome Assemblée
● Net-redundante Genset an Annotatioun
● Spezies Diversitéit Analyse
● Genetesch Funktioun Diversitéit Analyse
● Inter-Grupp Analyse
● Associatiounsanalyse géint experimentell Faktoren
Prouf Ufuerderunge a Liwwerung
Sample Ufuerderunge:
FirDNA Extrakten:
| Beispill Typ | Betrag | Konzentratioun | Rengheet |
| DNA Extrakten | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Fir Ëmweltproblemer:
| Prouf Typ | Recommandéiert Proufprozedur |
| Buedem | Sampling Betrag: ca.5 g ;.Rescht verwinnte Substanz muss vun der Uewerfläch geläscht ginn;Grind grouss Stécker a passéiert duerch 2 mm Filter;Aliquot Proben am sterile EP-Tube oder Cyrotube fir Reservatioun. |
| Feeën | Sampling Betrag: ca.5 g ;.Sammelt an aliquot Proben an steril EP-Tube oder cryotube fir Reservatioun. |
| Intestinal Inhalt | Echantillon mussen ënner asepteschen Zoustand veraarbecht ginn.Wäscht gesammelt Tissue mat PBS;Zentrifuge de PBS a sammelt de Nidderschlag an EP-Réier. |
| Schlamm | Sampling Betrag: ca.5 g ;.Sammelt an aliquot Schlammprobe an engem sterile EP-Tube oder Cryotube fir Reservatioun |
| Waasserkierper | Fir Probe mat enger limitéierter Quantitéit vu Mikroben, wéi Krunnwaasser, Brunnwasser, asw., Sammelt op d'mannst 1 L Waasser a passéiert duerch 0,22 μm Filter fir Mikrobial op der Membran ze beräicheren.Späichert d'Membran an engem sterile Rouer. |
| Haut | Virsiichteg d'Hautoberfläche mat engem sterile Kotteng oder enger chirurgescher Blade schrauwen a se an engem sterile Rouer setzen. |
Recommandéiert Sample Liwwerung
Afréiere d'Proben a flëssege Stickstoff fir 3-4 Stonnen a späicheren a flëssege Stickstoff oder -80 Grad bis laangfristeg Reservatioun.Probe Versand mat Trockenis ass erfuerderlech.
Service Work Flow
Echantillon Liwwerung
Bibliothéik Bau
Sequenzéieren
Donnéeën Analyse
No-Verkaf Servicer
1.Histogramm: Speziesverdeelung
2.Funktionell Genen annotéiert op KEGG metabolesche Weeër
3.Heat Map: Differentialfunktiounen baséiert op relativer Geniwwerfloss
4.Circos vun CARD Antibiotike Resistenz Genen
BMK Fall
Prävalenz vun Antibiotikresistenzgenen a bakterielle Pathogenen laanscht de Buedem-Mangrove Root Kontinuum
Verëffentlecht:Journal of Hazardous Materials, 2021
Sequenzéierungsstrategie:
Materialien: DNA Extrakter vu véier Fragmenter vu Mangrovenwurzel-assoziéierte Proben: onplantéierte Buedem, Rhizosphär, Episphär an Endosphärkompartimenter
Plattform: Illumina HiSeq 2500
Ziler: Metagenome
16S rRNA Gen V3-V4 Regioun
Schlëssel Resultater
Metagenomesch Sequenzéierung a Metabarcodéierungsprofiléierung op Buedem-Wuerzel Kontinuum vu Mangrovesäckel goufe veraarbecht fir d'Verbreedung vun Antibiotikresistenzgenen (ARGs) vu Buedem a Planzen ze studéieren.Metagenomesch Daten hunn opgedeckt datt 91,4% vun Antibiotikresistenzgenen allgemeng an alle véier Buedemkompartimenter erwähnt goufen, déi eng kontinuéierlech Moud gewisen hunn.16S rRNA Amplicon Sequencing generéiert 29.285 Sequenzen, representéiert 346 Arten.Kombinéiert mat Artenprofiléierung duerch Amplikon Sequenzéierung, gouf dës Verbreedung onofhängeg vu root-assoziéierten Mikrobiota fonnt, awer et konnt duerch mobil vun geneteschen Elementer erliichtert ginn.Dës Etude identifizéiert de Flux vun ARGs a pathogens aus Buedem an de Planzen duerch interconnected Buedem-Wuerzel Kontinuum.
Referenz
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L.(2020).Prävalenz vun Antibiotikresistenzgenen a bakterielle Pathogenen laanscht de Buedem-Mangrove Root Kontinuum.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.
