Metagenomic Sequencing -NGS
E Metagenom ass eng Sammlung vum Gesamtgenetesch Material vun enger gemëschter Gemeinschaft vun Organismen, sou wéi Ëmwelt- a mënschlech Metagenome. Et enthält Genome vu béid kultivéierbaren an onkultivéierbare Mikroorganismen. Shotgun metagenomesch Sequenzéierung mat NGS erméiglecht d'Studie vun dësen komplizéierte genomesche Landschaften, déi an Ëmweltproben agebonne sinn, andeems se méi wéi taxonomesch Profiléierung ubidden, och granulär Abléck an Arten Diversitéit, Iwwerfloss Dynamik, a komplex Bevëlkerungsstrukturen. Zousätzlech zu taxonomesche Studien, bitt Shotgun Metagenomics och eng funktionell Genomik Perspektiv, déi d'Exploratioun vu kodéierte Genen an hir putative Rollen an ökologesche Prozesser erméiglecht. Schlussendlech dréit d'Grënnung vu Korrelatiounsnetzwierker tëscht geneteschen Elementer an Ëmweltfaktoren zu engem holistesche Verständnis vun der komplizéierter Zesummespill tëscht mikrobiellen Gemeinschaften an hirem ökologeschen Hannergrond bäi. Als Schlussfolgerung steet metagenomesch Sequenzéierung als e pivotal Instrument fir d'genomesch Intricacies vun diversen mikrobiellen Gemeinschaften z'entdecken, déi villsäiteg Bezéiungen tëscht Genetik an Ökologie an dëse komplexe Ökosystemer beliichten.
Plattformen: Illumina NovaSeq an DNBSEQ-T7
Service Virdeeler
●Isolatioun a Kultivatioun-gratis Method fir Mikrobial Gemeinschaftsprofiléierung: Erlaabt d'Sequenzéierung vum genetesche Material vun onkultivéierbaren Organismen.
●Héich Opléisung: Entdeckt niddereg-Heefegkeet Arten an Ëmweltproben.
●Comprehensive Bioinformatics Analyse:Fokusséiert net nëmmen op taxonomesch Diversitéit, awer och op déi funktionell Diversitéit vun der Gemeinschaft.
●Extensiv Erfahrung:Mat engem Track Record vun erfollegräicher Zoumaache vu multiple metagenomics Projeten a verschiddene Fuerschungsberäicher a Veraarbechtung iwwer 200,000 Echantillon, bréngt eis Team e Räichtum un Erfahrung fir all Projet.
Service Spezifikatioune
| Sequenzéierungsplattform | Sequenzéierungsstrategie | Daten recommandéiert | Qualitéitskontroll |
| Illumina NovaSeq oder DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 Gb | Q30≥85% |
Service Ufuerderunge
| Konzentratioun (ng/µL) | Gesamtbetrag (ng) | Volumen (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Buedem / Schlamm: 2-3g
● Intestinal Inhalt-Déier: 0,5-2g
● Intestinal Inhalt-Insekt: 0,1-0,25g
● Planzefläch (beräichert Sediment): 0,5-1g
● Fermentatioun Bouillon beräichert Sediment): 0,2-0,5g
● Faeces (grouss Déieren): 0,5-2g
● Faeces (Maus): 3-5grains
● Pulmonal alveolar Lavage Flëssegkeet: Filterpabeier
● Vaginale Schwämm: 5-6 Schwämm
● Haut / Genital Swab / Spaut / Oral Weichgewebe / Pharyngeal Swab / Rektal Swab: 2-3 Swabs
● Surface Mikroorganismus: 5-6 Swabs
● Waasserkierper / Loft / Biofilm: Filterpabeier
● Endophyten: 2-3g
● Dental Plaque: 0,5-1g
Service Work Flow
Echantillon Liwwerung
Bibliothéik Bau
Sequenzéieren
Donnéeën Analyse
No-Verkaf Servicer
Ëmfaasst déi folgend Analyse:
● Sequenzéieren Daten Qualitéitskontroll
● Metagenome Assemblée an Gene Prediction
● Gene Annotatioun
● Taxonomesch Alpha Diversitéit Analyse
● Funktionell Analyse vun der Gemeinschaft: biologesch Funktioun, metabolesch, Antibiotikresistenz
● Analyse souwuel funktionell wéi taxonomesch Diversitéit:
Beta Diversitéit Analyse
Inter-Grupp Analyse
Korrelatiounsanalyse: tëscht Ëmweltfaktoren an OUT Zesummesetzung an Diversitéit
Funktionell Analyse: CARD Antibiotikresistenz
Differenziell Analyse vu KEGG metabolesche Weeër: Hëtztkaart vu bedeitende Weeër
Alpha Diversitéit vun taxonomic Verdeelung: ACE Index
Beta Diversitéit vun der taxonomescher Verdeelung: PCoA
Entdeckt d'Fortschrëtter erliichtert vum BMKGene seng metagenome Sequenzéierungsservicer mat Illumina duerch eng curéiert Sammlung vu Publikatiounen.
Hai, Q. et al. (2023) 'Metagenomesch a metabolomesch Analyse vun Ännerungen am Darmgehalt vu Regenbogenforellen (Oncorhynchus mykiss) infizéiert mat infektiivt hematopoieteschen Nekrosevirus bei verschiddene Kulturwassertemperaturen',Grenzen an der Mikrobiologie, 14, p. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Mikrobialgemeinschaften, Resistenzgenen, a Resistomerisiken an urbane Séien vu verschiddenen trophesche Staaten: Intern Linken an extern Aflëss',Journal vun geféierlech Materialien Fortschrëtter, 9p. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Sou, M. et al. (2022) 'Metagenomesch Analyse huet Differenzen an der Zesummesetzung a Funktioun tëscht flësseg-assoziéierten a fest-assoziéierten Mikroorganismen vu Schof Rumen opgedeckt',Grenzen an der Mikrobiologie, 13, p. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Obese Ningxiang Schwäin-ofgeleet Mikrobiota rewires de Carnitin Metabolismus fir d'Muskelfettsäureablagerung bei schlankem DLY Schwäin ze förderen',D'InnovatiounEng., 4(5), p. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Metagenomesch Abléck an d'potenziell Risiken vu representativen bio/net-degradéierbaren Plastik an net-plasteschen Debris an den ieweschten an ënneschten Erréchen vum Haihe Estuary, China',Science of The Total EnvironmentEng., 887, p. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
