Metagenomesch Sequenzéierung -NGS
E Metagenom ass eng Sammlung vum gesamte genetesche Material vun enger gemëschter Gemeinschaft vun Organismen, wéi zum Beispill Ëmwelt- a mënschlech Metagenomen. Et enthält Genome vu souwuel kultivéierbare wéi och net-kultivéierbare Mikroorganismen. D'Shotgun-Metagenomik-Sequenzéierung mat NGS erméiglecht d'Studie vun dëse komplizéierte genomesche Landschaften, déi an Ëmweltprouwen agebett sinn, andeems se méi wéi nëmmen taxonomesch Profiléierung liwwert, awer och granular Abléck an d'Aartevielfalt, d'Abundanzdynamik an d'komplex Populatiounsstrukturen gëtt. Nieft taxonomesche Studien bitt d'Shotgun-Metagenomik och eng funktionell genomesch Perspektiv, déi d'Erforschung vun kodéierte Genen an hir mutmasslech Rollen an ökologesche Prozesser erméiglecht. Schlussendlech dréit d'Etablissement vu Korrelatiounsnetzwierker tëscht geneteschen Elementer an Ëmweltfaktoren zu engem ganzheetleche Verständnis vun der komplizéierter Zesummespill tëscht mikrobiellen Gemeinschaften an hirem ökologeschen Hannergrond bäi. Zesummefaassend ass d'Metagenomik-Sequenzéierung e wichtegt Instrument fir d'genomesch Komplexitéite vun diversen mikrobiellen Gemeinschaften opzeklären an déi villfälteg Bezéiungen tëscht Genetik an Ökologie an dësen komplexen Ökosystemer ze beliichten.
Plattformen: Illumina NovaSeq an DNBSEQ-T7
Virdeeler vum Service
●Isolatiouns- a Kultivatiounsfräi Method fir d'Profiléierung vu mikrobiellen GemeinschaftenErméiglecht d'Sequenzéierung vu geneteschem Material vun net kultivéierbaren Organismen.
●Héich Opléisung: Aarte mat wéineg Verbreedung an Ëmweltproben erkennen.
●Ëmfangräich Bioinformatikanalyse:Konzentréiert sech net nëmmen op d'taxonomesch Diversitéit, mä och op déi funktionell Diversitéit vun der Gemeinschaft.
●Grouss Erfahrung:Mat enger Erfahrung am Erfolleg vum Ofschloss vu ville Metagenomikprojeten a verschiddene Fuerschungsberäicher an der Veraarbechtung vu méi wéi 200.000 Proben, bréngt eis Equipe eng Räichhaltegkeet vun Erfahrung an all Projet mat.
Service Spezifikatiounen
| Sequenzéierungsplattform | Sequenzéierungsstrategie | Recommandéiert Donnéeën | Qualitéitskontroll |
| Illumina NovaSeq oder DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20Gb | Q30≥85% |
Serviceufuerderungen
| Konzentratioun (ng/µL) | Gesamtbetrag (ng) | Volumen (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Buedem/Schlamm: 2-3g
● Darminhalt - Déier: 0,5-2 g
● Darminhalt - Insekt: 0,1-0,25 g
● Planzuewerfläch (angeräichert Sediment): 0,5-1 g
● Mat Fermentatiounsbouillon beräichert Sediment): 0,2-0,5 g
● Kot (grouss Déieren): 0,5-2 g
● Kot (Maus): 3-5 Kären
● Pulmonal Alveolarspülflëssegkeet: Filterpabeier
● Vaginalen Abstrich: 5-6 Abstricher
● Haut-/Genitalabstrich/Speichel-/Mondgewebe-/Pharyngeabstrich/Rektumabstrich: 2-3 Abstricher
● Uewerflächenmikroorganismus: 5-6 Teststécker
● Waasserkierper/Loft/Biofilm: Filterpabeier
● Endophyten: 2-3g
● Zännplack: 0,5-1 g
Service-Aarbechtsfloss
Proufliwwerung
Bau vun der Bibliothéik
Sequenzéierung
Datenanalyse
After-Sales-Servicer
Enthält déi folgend Analyse:
● Qualitéitskontroll vun de Sequenzéierungsdaten
● Metagenom-Assembléierung a Genprognose
● Genannotatioun
● Taxonomesch Alpha-Diversitéitsanalyse
● Funktionell Analyse vun der Gemeinschaft: biologesch Funktioun, Metabolismus, Antibiotikaresistenz
● Analyse vun der funktioneller an der taxonomescher Diversitéit:
Beta-Diversitéitsanalyse
Intergruppenanalyse
Korrelatiounsanalyse: tëscht Ëmweltfaktoren an OUT-Zesummesetzung an Diversitéit
Funktional Analyse: CARD Antibiotikaresistenz
Differenzialanalyse vu KEGG-Metabolismusweeër: Hëtzekaart vu bedeitende Weeër
Alpha-Diversitéit vun der taxonomescher Verdeelung: ACE-Index
Beta-Diversitéit vun der taxonomescher Verdeelung: PCoA
Entdeckt d'Fortschrëtter, déi duerch d'Metagenomsequenzéierungsservicer vu BMKGene mat Illumina duerch eng kuréiert Sammlung vu Publikatiounen erméiglecht ginn.
Hai, Q. et al. (2023) 'Metagenomesch a metabolomesch Analyse vun de Verännerungen am Darminhalt vu Reebouforellen (Oncorhynchus mykiss), déi mat engem infektiösen hämatopoeteschen Nekrosevirus bei verschiddene Kulturwaassertemperaturen infizéiert sinn',Grenzen an der Mikrobiologie, 14, S. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Mikrobiell Gemeinschaften, Resistenzgenen a Resistomrisiken a städtesche Séien mat verschiddenen trophesche Staaten: Intern Verbindungen an extern Aflëss',Journal fir Fortschrëtter bei geféierleche Materialien, 9p. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Metagenomesch Analyse huet Ënnerscheeder an der Zesummesetzung a Funktioun tëscht flëssegen a festen Mikroorganismen am Schofspens opgedeckt',Grenzen an der Mikrobiologie, 13, S. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Déi iwwergewiichteg Ningxiang-Schwäin-Mikrobiota verännert de Carnitin-Metabolismus fir d'Oflagerung vu Muskelfettsäuren bei mageren, dréchene Schwäin ze fërderen',D'InnovatiounEng., 4(5), p. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Metagenomesch Abléck an déi potenziell Risiken vu representativem bio/net-degradéierbarem Plastik an net-plastikhaltege Brochstécker am ieweschten an ënneschten Deel vun der Haihe-Mëndung, China',Wëssenschaft vun der GesamtëmweltEng., 887, p. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
