Hëtztkaart
Den Heatmap-Tool akzeptéiert eng Matrixdatendatei als Input a léisst d'Benotzer Daten filteren, normaliséieren a gruppéieren. De primäre Gebrauchsfall fir Heatmaps ass d'Clusteranalyse vum Genexpressionsniveau tëscht verschiddene Proben.
Genannotatioun
Den Gene Annotation Tool féiert Genannotatioun baséiert op der Sequenzausriichtung vun Input FASTA-Dateien géint verschidden Datenbanken duerch.
Basis lokal Ausriichtungssichinstrument (BLAST)
Den BLAST-Tool ass eng BMKCloud-integréiert Versioun vum NCBI BLAST a kann benotzt ginn fir déiselwecht Funktiounen mat Daten auszeféieren, déi op de BMKCloud-Kont eropgeluede ginn.
CDS_UTR Prognose
Den CDS_UTR Prediktiounstool ass entwéckelt fir Codéierungsregiounen (CDS) an net-codéierend Regiounen (UTR) a bestëmmten Transkriptsequenzen op Basis vu BLAST-Resultater géint bekannte Proteindatenbanken an ORF-Prediktiounsresultater virauszesoen.
Manhattan-Komplott
De Manhattan Plot-Tool erméiglecht d'Duerchstellung vun Experimenter mat héije Proufen a gëtt dacks a genomwäite Assoziatiounsstudien (GWAS) benotzt.
Zirkusdiagramm
Den CIRCOS Diagram Tool bitt eng effizient Visualiséierung dovun, wéi genomesch Funktiounen iwwer de Genom verdeelt sinn. Gemeinsam Funktiounen enthalen quantitativ Loci, SNPs, InDels, strukturell a Kopienzuelvarianten.
Genontologie (GO) Anreicherung
Den GO Enrichment Tool bitt eng funktionell Anreicherungsanalyse. Déi primär Software an dësem Tool ass den TopGO-Bioconductor Package, deen d'Differenzialexpressionsanalyse, d'GO-Anreicherungsanalyse an d'Visualiséierung vun de Resultater enthält.
Gewiichtete Gen-Koexpressionsnetzanalyse (WGCNA)
WGCNA ass eng wäit verbreet Data Mining-Method fir d'Entdeckung vu Gen-Koexpressiounsmoduler. Si ass op verschidden Expressiounsdaten uwendbar, dorënner Microarray- an NGS-Genexpressiounsdaten.
InterProScan
Den InterProScan-Tool bitt InterPro-Proteinsequenzanalyse a Klassifikatioun.
GO KEGG Beräicherung
Den GO KEGG Enrichment Tool ass entwéckelt fir en GO-Enrichment-Histogramm, e KEGG-Enrichment-Histogramm an e KEGG-Enrichment-Wee ze generéieren op Basis vun engem geliwwerte Genset an der entspriechender Annotatioun.