-
Hi-C-baséiert Chromatin-Interaktioun
Hi-C ass eng Method, déi entwéckelt gouf fir d'genomesch Konfiguratioun ze erfassen, andeems se Proximitéitsbaséiert Interaktiounen a High-Throughput-Sequenzéierung kombinéiert. D'Method baséiert op Chromatin-Vernetzung mat Formaldehyd, gefollegt vun Verdauung a Re-Ligatioun op eng Manéier, datt nëmme Fragmenter, déi kovalent verbonne sinn, Ligatiounsprodukter bilden. Duerch d'Sequenzéierung vun dëse Ligatiounsprodukter ass et méiglech, d'3D-Organisatioun vum Genom ze studéieren. Hi-C erméiglecht d'Studie vun der Verdeelung vun den Deeler vum Genom, déi liicht gepackt sinn (A-Kompartimenter, Euchromatin) a méi wahrscheinlech transkriptionell aktiv sinn, an de Regiounen, déi méi enk gepackt sinn (B-Kompartimenter, Heterochromatin). Hi-C kann och benotzt ginn, fir topologesch assoziéiert Domänen (TADs) ze lokaliséieren, Regiounen vum Genom, déi gefalteten Strukturen hunn a wahrscheinlech ähnlech Expressiounsmuster hunn, a fir Chromatin-Schleifen z'identifizéieren, DNA-Regiounen, déi duerch Proteinen zesummegebonne sinn an déi dacks mat Reguléierungselementer beräichert sinn. Den Hi-C Sequenzéierungsservice vu BMKGene ermächtegt de Fuerscher, déi raimlech Dimensioune vun der Genomik z'erfuerschen, wat nei Weeër fir d'Genomreguléierung an hir Implikatioune fir Gesondheet a Krankheet opmécht.
-
Chromatin-Immunoprezipitatiounssequenzéierung (ChIP-seq)
Chromatin-Immunoprezipitatioun (CHIP) ass eng Technik, déi Antikörper benotzt, fir selektiv DNA-bindend Proteinen an hir entspriechend genomesch Ziler ze beräicheren. Seng Integratioun mat NGS erméiglecht d'genomwäit Profiléierung vun DNA-Ziler, déi mat Histonmodifikatioun, Transkriptiounsfaktoren an aner DNA-bindend Proteinen assoziéiert sinn. Dësen dynameschen Usaz erméiglecht Vergläicher vu Bindungsplazen iwwer verschidden Zelltypen, Gewëss oder Konditiounen. D'Applikatioune vu ChIP-Seq reechen vun der Studie vun der Transkriptiounsreguléierung an Entwécklungsweeër bis zur Opklärung vu Krankheetsmechanismen, wat et zu engem onverzichtbaren Instrument mécht fir genomesch Reguléierungslandschaften ze verstoen an therapeutesch Erkenntnesser ze fërderen.
Plattform: Illumina NovaSeq
-
Ganzgenom-Bisulfit-Sequenzéierung (WGBS)
Dës Technik, baséiert op der Bisulfitbehandlung vun DNA fir d'Konversioun vun onmethyléierte Zytosinen an Uracil (C an U) ze induzéieren, während methyléiert Zytosinen onverännert bleiwen, gëllt als de Goldstandard-Methodologie fir eng detailléiert Exploratioun vun der DNA-Methylierung, speziell déi fënneft Positioun am Zytosin (5-mC), e zentralen Reguléierer vun der Genexpression an der Zellaktivitéit.
Dës Technik bitt eng Eenzelbasis-Opléisung, wat et de Fuerscher erlaabt, de Methylom grëndlech z'ënnersichen an anormal Methylierungsmuster an de Proben opzedecken. Duerch d'Benotzung vu WGBS kënnen d'Wëssenschaftler onvergläichlech Ablécker an genomwäit Methylierungslandschaften kréien, wat e nuancéiert Verständnis vun den epigenetischen Mechanismen ergëtt, déi zu verschiddene biologesche Prozesser a Krankheeten gehéieren.
-
Assay fir Transposase-zougänglecht Chromatin mat High Throughput Sequenzéierung (ATAC-seq)
ATAC-seq ass eng High-Throughput-Sequenzéierungstechnik, déi fir genomwäit Chromatin-Zougänglechkeetsanalyse benotzt gëtt. Hir Benotzung bitt e méi effizient Verständnis vun de komplexe Mechanismen vun der globaler epigenetischer Kontroll iwwer d'Genexpression. D'Method benotzt eng hyperaktiv Tn5-Transposase fir gläichzäiteg oppe Chromatinregiounen ze fragmentéieren an ze markéieren andeems Sequenzéierungsadapter agefouert ginn. Déi spéider PCR-Amplifikatioun resultéiert an der Schafung vun enger Sequenzéierungsbibliothéik, déi eng ëmfaassend Identifikatioun vun oppene Chromatinregiounen ënner spezifesche Raumzäitbedingungen erméiglecht. ATAC-seq bitt eng ganzheetlech Vue op zougänglech Chromatinlandschaften, am Géigesaz zu Methoden, déi sech eleng op Transkriptiounsfaktor-Bindungsplazen oder spezifesch Histon-modifizéiert Regiounen konzentréieren. Duerch d'Sequenzéierung vun dësen oppene Chromatinregiounen weist ATAC-seq Regiounen op, déi méi wahrscheinlech aktiv Reguléierungssequenzen a potenziell Transkriptiounsfaktor-Bindungsplazen hunn, wat wäertvoll Abléck an déi dynamesch Modulatioun vun der Genexpression am ganze Genom bitt.
-
Reduzéiert Representatiounsbisulfitsequenzéierung (RRBS)
D'Reduzéiert Representatiounsbisulfit-Sequenzéierung (RRBS) baséiert op der Anreicherung vu CpG-Inselräiche Regiounen duerch MspI-Spaltung, gefollegt vun der Gréisstenauswiel vu Fragmenter mat 200-500/600 bps. Dofir ginn nëmme Regiounen proximal vun de CpG-Insele sequenzéiert, während déi mat wäiten CpG-Insele vun der Analyse ausgeschloss sinn. Dëse Prozess, a Kombinatioun mat der Bisulfit-Sequenzéierung, erméiglecht eng héichopléisend Detektioun vun der DNA-Methylierung, an de Sequenzéierungsusaz, PE150, konzentréiert sech speziell op d'Ennen vun den Inserts anstatt op d'Mëtt, wat d'Effizienz vun der Methylierungsprofiléierung erhéicht.
Dës Technik huet sech als eng käschtegënschteg an effizient Alternativ zur Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) an der DNA-Methylierungsfuerschung erausgestallt. Wärend WGBS ëmfaassend Abléck liwwert andeems de ganze Genom mat enger eenzeger Basenopléisung ënnersicht gëtt, kënnen déi héich Käschten e limitéierende Faktor sinn, wat RRBS strategesch reduzéiert andeems en representativen Deel vum Genom selektiv analyséiert gëtt. Dës Methodologie ass en onschätzbaart Instrument, dat käschtegënschteg DNA-Methylierungsfuerschung erméiglecht a d'Wëssen iwwer epigenetesch Mechanismen fördert.
