ମାନବ ଜେନୋମିକ୍ସ |
ପ୍ରକୃତି ଜେନେଟିକ୍ସ |
ଦୀର୍ଘ-ପ read ଼ାଯାଇଥିବା କ୍ରମ, ସ୍ନାୟୁଗତ ଇଣ୍ଟ୍ରାନ୍ୟୁକ୍ଲିୟର ଅନ୍ତର୍ଭୁକ୍ତ ରୋଗ ସହିତ ଜଡିତ NOTCH2NLC ରେ GGC ପୁନରାବୃତ୍ତି ବିସ୍ତାରକୁ ଚିହ୍ନଟ କରେ |
ONT ପୁନ qu ନିର୍ମାଣ |ଇଲୁମିନା |ସମ୍ପୁର୍ଣ୍ଣ ଏକ୍ସୋମ୍ କ୍ରମ |CRISPR-Cas9 ONT ଟାର୍ଗେଟେଡ୍ କ୍ରମ |RNA-seq |ONT 5mC ମିଥାଇଲେସନ୍ କଲିଂ |
ହାଇଲାଇଟ୍ସ |
ଏକ ବୃହତ NIID ପରିବାର ଉପରେ ଲିଙ୍କେଜ୍ ବିଶ୍ଳେଷଣ ଦ୍ two ାରା, ଦୁଇଟି ସଂଯୁକ୍ତ ଅଞ୍ଚଳ ଚିହ୍ନଟ ହେଲା |
2.ONT- ଆଧାରିତ ଲମ୍ବା-ପଠନ କ୍ରମ ଏବଂ Cas-9 ମଧ୍ୟସ୍ଥି ସମୃଦ୍ଧ ONT କ୍ରମରେ NIID ର ଏକ ସମ୍ଭାବ୍ୟ ଜେନେଟିକ କାରଣ ଆବିଷ୍କାର ହୋଇଛି, GGC NOTCH2NLC ର 5 ′ UTR ରେ ପୁନରାବୃତ୍ତି ବିସ୍ତାର |ଏହି ଅଧ୍ୟୟନ ପ୍ରଥମ ଥର ପାଇଁ ମାନବ-ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ଜିନ୍ରେ ପୁନରାବୃତ୍ତି ବିସ୍ତାର ବିଷୟରେ ରିପୋର୍ଟ କଲା ଯାହା ସେଗମେଣ୍ଟାଲ୍ ନକଲ ମାଧ୍ୟମରେ ବିକଶିତ ହେଲା |
3.RNA କ୍ରମରେ NOTCH2NLC ରେ GGC ପୁନରାବୃତ୍ତି ଅ regions ୍ଚଳରେ ଅସ୍ୱାଭାବିକ ଆଣ୍ଟିସେନ୍ସ ଟ୍ରାନ୍ସସ୍କ୍ରିପ୍ରେସନ୍ ପ୍ରକାଶ ପାଇଲା |
ପୃଷ୍ଠଭୂମି
Nୟୁରୋନାଲ ଇଣ୍ଟ୍ରାନ୍ୟୁକ୍ଲିୟର ଅନ୍ତର୍ଭୂକ୍ତ ରୋଗ (NIID) ହେଉଛି ଏକ ପ୍ରଗତିଶୀଳ ଏବଂ ସାଂଘାତିକ ନ୍ୟୁରୋଡେଜେନେରେଟିଭ୍ ରୋଗ, ଯାହା କେନ୍ଦ୍ରୀୟ ଏବଂ ପେରିଫେରାଲ୍ ସ୍ନାୟୁ ପ୍ରଣାଳୀରେ ଇଓସିନୋଫିଲିକ୍ ହାଲିଆନ୍ ଇଣ୍ଟ୍ରାନ୍ୟୁକ୍ଲିୟର ଅନ୍ତର୍ଭୂକ୍ତ ଦ୍ୱାରା ବର୍ଣ୍ଣିତ |ଏହାର ଅତ୍ୟଧିକ ପରିବର୍ତ୍ତନଶୀଳ କ୍ଲିନିକାଲ୍ ପ୍ରଦର୍ଶନ ଚର୍ମ ବାୟୋପସିର ପରିଚୟ ନହେବା ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ ନିରାକରଣରେ ବଡ଼ ଅସୁବିଧା ବ raise ାଇଥାଏ |ତଥାପି, ହିଷ୍ଟୋପାଥୋଲୋଜି-ଆଧାରିତ ପଦ୍ଧତିଗୁଡିକ ଭୁଲ୍ ନିରାକରଣରେ ପୀଡିତ, ଯାହାକି NIID ର ଜେନେଟିକ୍ ବୁ understanding ାମଣା ପାଇଁ ଆହ୍ .ାନ କରୁଛି |
ସଫଳତା
ଲିଙ୍କେଜ୍ ଆନାଲିସିସ୍ |
Sଏକ ବୃହତ NIID ପରିବାରରେ (13 ପ୍ରଭାବିତ ଏବଂ 7 ପ୍ରଭାବିତ ସଦସ୍ୟ) ହର୍ଟ-ରିଡ୍ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍ ଆଧାରିତ ପୁରା ଜିନୋମ୍ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍ (WGS) ଏବଂ ପୁରା ଏକ୍ସୋମ୍ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍ (WES) କରାଯାଇଥିଲା |ଏହି ତଥ୍ୟରୁ ବାହାର କରାଯାଇଥିବା SNP ଗୁଡିକ ଉପରେ ଲିଙ୍କେଜ୍ ବିଶ୍ଳେଷଣ କେବଳ ଦୁଇଟି ସଂଯୁକ୍ତ ଅଞ୍ଚଳ ପ୍ରକାଶ କରିଛି: 1p36.31-p36.22 ରେ 3.5 Mb ଅଞ୍ଚଳ (ସର୍ବାଧିକ LOD = 2.32) ଏବଂ 1p22.1-q21.3 ରେ 58.1 Mb ଅଞ୍ଚଳ (ସର୍ବାଧିକ LOD: 4.21) )ଅବଶ୍ୟ, ଏହି ସଂଯୁକ୍ତ ଅଞ୍ଚଳରେ କ pat ଣସି ପାଥୋଜେନିକ୍ SNP କିମ୍ବା CNV ଚିହ୍ନଟ ହୋଇନଥିଲା |
NOTCH2NLC ରେ GGC ପୁନରାବୃତ୍ତି ବିସ୍ତାର |
N13 ଟି ପ୍ରଭାବିତ ଏବଂ 8 ଟି ପରିବାରର 4 ଜଣ ପ୍ରଭାବିତ ସଦସ୍ୟଙ୍କ ଉପରେ ଆନାପୋର-ଆଧାରିତ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍ ପ୍ରକ୍ରିୟାକରଣ କରାଯାଇଥିଲା (ଅନ୍ୟ ଜଣେ ପ୍ରଭାବିତ ସଦସ୍ୟଙ୍କୁ ପ୍ୟାସିଓ ଲଙ୍ଗ୍ ରିଡ୍ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ପ୍ଲାଟଫର୍ମ ଦ୍ qu ାରା ସିକ୍ୱେନ୍ସ କରାଯାଇଥିଲା |)ଦୀର୍ଘ-ପ read ାଯାଇଥିବା ତଥ୍ୟରେ NOTCH2NLC ଜିନ୍ ମ୍ୟାପିଙ୍ଗ୍ ର 5 ′ UTR ରେ 58.1 Mb ସଂଯୁକ୍ତ ଅଞ୍ଚଳରେ ରୋଗ ସମ୍ବନ୍ଧୀୟ GGC ପୁନରାବୃତ୍ତି ବିସ୍ତାର ହୋଇଛି (ଚିତ୍ର 1) |ଏହି ପୁନରାବୃତ୍ତି ବିସ୍ତାରଗୁଡିକ RP-PCR ଦ୍ tested ାରା ପରୀକ୍ଷିତ ସମସ୍ତ 40 ଟି ସ୍ପୋରଡିକ୍ NIID କ୍ଷେତ୍ରରେ ମଧ୍ୟ ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇଥିଲା |
Cନାନୋପୋର ପ୍ଲାଟଫର୍ମରେ -9 ମଧ୍ୟସ୍ଥି ଲକ୍ଷ୍ୟ ଧାର୍ଯ୍ୟ କ୍ରମରେ NOTCH2NLC ପୁନରାବୃତ୍ତି (100 X-1,795 X) ରେ ଅଧିକ ପଠନ କଭରେଜ ହାସଲ କରିବାକୁ ନିୟୋଜିତ କରାଯାଇଥିଲା |GGC ପୁନରାବୃତ୍ତି ବିସ୍ତାର ଉପରେ ପୂର୍ବ ଅନୁସନ୍ଧାନ ସହିତ ଏହି ସହମତି କ୍ରମଗୁଡିକ ଭଲ ଭାବରେ ସହମତ |ଅଧିକନ୍ତୁ, weak (GGA) n (GGC) n} n ପୁନରାବୃତ୍ତି ଦୁର୍ବଳତା-ପ୍ରାଧାନ୍ୟ ଫେନୋଟାଇପ୍ ପାଇଁ ଏକ ଜେନେଟିକ୍ ମାର୍କର୍ ଭାବରେ ଚିହ୍ନଟ ହେଲା (ଚିତ୍ର 2) |
ଚିତ୍ର 1. NOTCH2NLC isoforms ର exon 1 ରେ ଚିହ୍ନିତ ରୋଗ ସମ୍ବନ୍ଧିତ ପୁନରାବୃତ୍ତି ବିସ୍ତାର |
ଚିତ୍ର 2. NPTCH2NLC ର ସହମତି କ୍ରମ (*) କିମ୍ବା ଦୁର୍ବଳତା-ପ୍ରାଧାନ୍ୟ ଫେନୋଟାଇପ୍ ବିନା NIID ରୋଗୀମାନଙ୍କରେ ପୁନରାବୃତ୍ତି |
NOTCH2NL ଜିନ୍ ମାନବ-ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ଜିନ୍, ଯାହା ମାନବ ମସ୍ତିଷ୍କର ବିବର୍ତ୍ତନ ଏବଂ ସ୍ନାୟୁଗତ ରୋଗରେ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ଭୂମିକା ଗ୍ରହଣ କରିଥାଏ |ଅବଶ୍ୟ, ତିନୋଟି NOTCH2 ସମ୍ବନ୍ଧୀୟ ଜିନ୍ (NOTCH2NLA, NOTCH2NLB ଏବଂ NOTCH2NLC)> 99.1% କ୍ରମ ପରିଚୟ ସହିତ ସର୍ବଶେଷ ମାନବ ଜିନୋମ ସମାବେଶ ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ ସମାଧାନ ହୋଇପାରିଲା ନାହିଁ |ନାନୋପୋର ପ୍ଲାଟଫର୍ମରେ ସିନ୍ଥେସିସ୍ ମୁକ୍ତ ଏବଂ ଦୀର୍ଘ-ପ read ଼ା କ୍ରମ ଉଚ୍ଚ ସମାନତାର ଅଞ୍ଚଳ ସମାଧାନ କରିବାରେ ଉଲ୍ଲେଖନୀୟ ସୁବିଧା ପ୍ରଦର୍ଶନ କରିଛି ଏବଂ (GGC) n 100% GC ସମୃଦ୍ଧ ସହିତ ପୁନରାବୃତ୍ତି କରେ |
NOTCH2NLC ରେ GGC ପୁନରାବୃତ୍ତି ବିସ୍ତାର |
T2 ପ୍ରଭାବିତ ଏବଂ 2 ପ୍ରଭାବିତ ସଦସ୍ୟଙ୍କ ଉପରେ ରାନ୍ସସ୍କ୍ରିପମ୍ କ୍ରମ ପ୍ରକ୍ରିୟାକରଣ କରାଯାଇଥିଲା |NOTCH2NL ସମାନ୍ତରାଳର ପ୍ରଥମ ଏକ୍ସନ୍ ର ଅପଷ୍ଟ୍ରିମ୍ରେ ସାଧାରଣ ପଠନ ଗଭୀରତା ଅର୍ଥ ଏବଂ ଆଣ୍ଟିସେନ୍ସ ଷ୍ଟ୍ରାଣ୍ଡ୍ ଉପରେ ଗଣନା କରାଯାଇଥିଲା |ଅସ୍ୱାଭାବିକ ଆଣ୍ଟି-ସେନ୍ସ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ କେବଳ ପ୍ରଭାବିତ କ୍ଷେତ୍ରରେ ମିଳିଥିଲା, ଯାହା ପ୍ରାରମ୍ଭରେ କିମ୍ବା ପୁନରାବୃତ୍ତି ବିସ୍ତାର ଅଞ୍ଚଳରେ (ଚିତ୍ର 3 ରେ ବାଇଗଣୀ ଶିଖର ଏବଂ ଚିତ୍ର 3 ରେ F1-16) |ଏଥିସହ, 54 ଟି DEG ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ସମସ୍ତେ ସ୍ନାୟୁଗତ କାର୍ଯ୍ୟ ସହିତ ଜଡିତ GO ଏବଂ MPO ଶବ୍ଦରେ ସମୃଦ୍ଧ ହୋଇଥିଲେ |
ଚିତ୍ର 3. ପ୍ରଭାବିତ (ଉପରେ) ଏବଂ ପ୍ରଭାବିତ (ନିମ୍ନରେ) କ୍ଷେତ୍ରରେ NOTCH2NLC ର ପ୍ରଥମ ଏକ୍ସନ୍ ର ଅପଷ୍ଟ୍ରିମ୍ ଉପରେ ସାଧାରଣ ପଠନ ଗଭୀରତା |
ଟେକ୍ନୋଲୋଜି |
ଅକ୍ସଫୋର୍ଡ ନାନୋପୋର ଟେଗ୍ନୋଲୋଜିସ (ONT)
Nଆନାପୋର ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ଅନ୍ୟ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ପ୍ଲାଟଫର୍ମରୁ ନିଜକୁ ପୃଥକ କରେ, ଯେହେତୁ ଡିଏନ୍ଏ ସିନ୍ଥେସିସ୍ ପ୍ରକ୍ରିୟା ବିନା ନ୍ୟୁକ୍ଲିଓଟାଇଡ୍ ଗୁଡିକ ସିଧାସଳଖ ପ read ାଯାଏ |ଯେହେତୁ ଗୋଟିଏ ଷ୍ଟ୍ରାଣ୍ଡ୍ ଡିଏନ୍ଏ ଏକ ନାନୋ ଆକାରର ପ୍ରୋଟିନ୍ ପୋର (ନାନୋପୋର) ଦେଇ ଗତି କରେ, ବିଭିନ୍ନ ନ୍ୟୁକ୍ଲିଓଟାଇଡ୍ ବିଭିନ୍ନ ଆୟନିକ୍ ସ୍ରୋତ ସୃଷ୍ଟି କରେ, ଯାହାକୁ ଧରାଯାଇ ଆଧାରର କ୍ରମରେ ସ୍ଥାନାନ୍ତର କରାଯାଇପାରେ |ONT ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ପ୍ଲାଟଫର୍ମ ନିଜେ DNA ପଠନ ଦ length ର୍ଘ୍ୟ ଉପରେ ସ୍ପଷ୍ଟ ବ technical ଷୟିକ ସୀମା ଦେଖାଏ ନାହିଁ |ତେଣୁ, ଉଚ୍ଚ ଗୁଣର ଜିନୋମ ଆସେମ୍ବଲି ପାଇଁ ଅଲ୍ଟ୍ରା ଲମ୍ବା ପ s ା (ULR) ଉପଲବ୍ଧ |ଅଧିକନ୍ତୁ, ଏହି ଅତ୍ୟଧିକ ଲମ୍ବା ପ s ଼ା, ଯାହା ଜଟିଳ କ୍ରମ ବ features ଶିଷ୍ଟ୍ୟ କିମ୍ବା ଗଠନମୂଳକ ପରିବର୍ତ୍ତନ ଅତିକ୍ରମ କରିବାକୁ ଯଥେଷ୍ଟ ଲମ୍ବା, ଏଠାରେ ସ୍ୱଳ୍ପ ପ read ଼ା କ୍ରମର ସୀମାକୁ ଦୂର କରିବାରେ ସାହାଯ୍ୟ କରେ |
ନାନୋପୋର କ୍ରମ |
ସଂରଚନା ପରିବର୍ତ୍ତନ (SV) ପରିଚୟ |
Sଟେମ୍ପଲେଟରେ ଡିଏନ୍ଏ ମିଥାଇଲେସନ୍ ସୂଚନା ସଂରକ୍ଷିତ |ମିଥାଇଲେଟେଡ୍ A, T, C ଏବଂ G ଅଣ-ମିଥାଇଲେଟେଡ୍ ଠାରୁ ଭିନ୍ନ ଆୟନିକ୍ ସ୍ରୋତ ସୃଷ୍ଟି କରେ, ଯାହା ପ୍ଲାଟଫର୍ମ ଦ୍ୱାରା ସିଧାସଳଖ ପ read ାଯାଇପାରିବ |ନାନୋପୋର ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ ଏକକ-ନ୍ୟୁକ୍ଲିଓଟାଇଡ୍ ରେଜୋଲୁସନରେ ଉଭୟ 5mC ଏବଂ 6mA ର ସମ୍ପୂର୍ଣ୍ଣ-ଜିନୋମ ପ୍ରୋଫାଇଲ୍କୁ ସଶକ୍ତ କରେ |
ସନ୍ଦର୍ଭ
ଜୁନ୍ ସୋନ୍, ଇତ୍ୟାଦି |al।ଦୀର୍ଘ-ପ read ଼ାଯାଇଥିବା କ୍ରମ, ସ୍ନାୟୁଗତ ଇଣ୍ଟ୍ରାନ୍ୟୁକ୍ଲିୟର ଅନ୍ତର୍ଭୁକ୍ତ ରୋଗ ସହିତ ଜଡିତ NOTCH2NLC ରେ GGC ପୁନରାବୃତ୍ତି ବିସ୍ତାରକୁ ଚିହ୍ନଟ କରେ |ପ୍ରକୃତି ଜେନେଟିକ୍ସ (2019)
ଟେକ୍ ଏବଂ ହାଇଲାଇଟ୍ | ବିଭିନ୍ନ ରିଜାଚ୍ ମ ena ଦାନରେ ବିଭିନ୍ନ ହାଇ-ଥ୍ରୋପଟ୍ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍ ଟେକ୍ନୋଲୋଜିର ସଦ୍ୟତମ ସଫଳ ପ୍ରୟୋଗ ବାଣ୍ଟିବା ଏବଂ ପରୀକ୍ଷାମୂଳକ ଡିଜାଇନ୍ ଏବଂ ଡାଟା ଖଣିରେ ଉଜ୍ଜ୍ୱଳ ଧାରଣା ବାଣ୍ଟିବାକୁ ଲକ୍ଷ୍ୟ ରଖିଛି |
ପୋଷ୍ଟ ସମୟ: ଜାନୁଆରୀ -06-2022 |