GÉINEAMH AN DUINE
géineolaíocht an dúlra
Aithníonn seicheamhú fadléithe athleathnú GGC in NOTCH2NLC a bhaineann le galar cuimsithe ionnúicléigh néarónach
seicheamhú ONT |Illumina |Seicheamh iomlán exome |Seicheamhú spriocdhírithe CRISPR-Cas9 ONT |RNA-seq |Glao meitiolaithe ONT 5mC
Buaicphointí
1.Trí anailís Nascachta ar theaghlach mór NIID, sainaithníodh dhá réigiún nasctha.
Seicheamhú fadléithe bunaithe ar 2.ONT agus seicheamhú ONT saibhrithe idirghabhála Cas-9 fuair sé amach cúis ghéiniteach féideartha NIID, leathnuithe athuair GGC i 5′ UTR de NOTCH2NLC.Thuairiscigh an staidéar seo athleathnú ar ghéinte a bhaineann go sonrach leis an duine den chéad uair a tháinig chun cinn trí dhúblálacha deighilte.
Léirigh seicheamhú RNA athscríbhinní neamhghnácha antisense i dtús nó taobh istigh de réigiúin leathnaithe athrá GGC i NOTCH2NLC.
Cúlra
NIs galar néar-mheathlúcháin forásach agus marfach é galar cuimsithe ionnúicléigh eorónach (NIID), arb é is sainairíonna é go bhfuil cuimsiú infhéitheach hyaline eosinophilic i lárchóras na néaróg agus imeallach.Ardaíonn a léirithe cliniciúla an-athraitheach deacrachtaí móra maidir le diagnóis go dtí go dtugtar bithóipse craicinn isteach.Mar sin féin, tá modhanna atá bunaithe ar histeapaiteolaíocht fós ag fulaingt ó mhídhiagnóis, rud a éilíonn tuiscint ghéiniteach ar NIID.
Éachtaí
Anailís Nascála
Sseicheamhú gearrléithe bunaithe ar ghéanóm iomlán (WGS) agus seicheamhú exome iomlán (WES) ar theaghlach mór NIID (13 i gceist agus 7 mball nach raibh tionchar orthu).Níor léirigh anailís nascachta ar SNPanna a bhaintear as na sonraí seo ach dhá réigiún nasctha: réigiún 3.5 Mb ag 1p36.31-p36.22 (uasmhéid LOD = 2.32) agus réigiún 58.1 Mb ag 1p22.1-q21.3 (LOD uasta: 4.21 ).Mar sin féin, níor sainaithníodh aon SNPanna nó CNVanna pataigineacha sna réigiúin nasctha seo.
Athleathnú GGC in NOTCH2NLC
NPróiseáladh seicheamhú bunaithe ar anópóir ar 13 bhall a raibh tionchar orthu agus ar 4 bhall gan tionchar ó 8 dteaghlach (bhí seicheamhú ag ardán seicheamhaithe fadléithe Pacbio ag ball eile a raibh tionchar aige).Nocht sonraí fad-léite go raibh baint ag galair le hathleathnú GGC sa 5′ UTR de léarscáiliú géine NOTCH2NLC go réigiún nasctha 58.1 Mb (Fíor 1).Aithníodh na hathleathnuithe seo freisin i ngach ceann de na 40 cás NIID treallach a ndearna RP-PCR tástáil orthu.
CBaineadh úsáid as seicheamhú sprice idirghabhála As-9 ar ardán nana-póir chun clúdach níos airde a bhaint amach ar athrá NOTCH2NLC (100 X-1,795 X).D'aontaigh na seichimh chomhthoil seo go maith le torthaí roimhe seo ar athleathnú GGC.Ina theannta sin, aithníodh {(GGA)n (GGC)n}n athrá mar mharcóir géiniteach féideartha le haghaidh feinitíopa laige-cheannasach (Fíor 2).
Fíor 1. Athfhorleathnú a bhaineann le galair aitheanta ar exon 1 d’isfhoirmeacha NOTCH2NLC.
Fíor 2. Athsheichimh chomhthoil NPTCH2NLC in othair NIID le(*) nó gan feinitíopa laige-cheannasach
NIs géinte a bhaineann go sonrach leis an duine iad géinte OTCH2NL, a chreidtear go bhfuil ról ríthábhachtach acu in éabhlóid inchinn an duine agus i ngalar néareolaíoch.Mar sin féin, níor réitíodh trí ghéinte a bhaineann le NOTCH2 (NOTCH2NLA, NOTCH2NLB agus NOTCH2NLC) le céannacht seicheamh > 99.1% go dtí an tionól géanóm daonna is déanaí.Tá buntáistí suntasacha léirithe ag seicheamhú saor ó shintéis agus fadléamh ar ardán nana-póir maidir le réigiúin a bhfuil cosúlachtaí ard acu a réiteach agus (GGC)n athuair le 100% saibhir GC.
Athleathnú GGC in NOTCH2NLC
TPróiseáladh seicheamhú randamach ar 2 bhall a raibh tionchar orthu agus ar 2 bhall nár cuireadh i bhfeidhm orthu.Ríomhadh doimhneacht léite normalaithe ar shnáitheanna ciall agus antisense in aghaidh an tsrutha ó na chéad exons de pharalogs NOTCH2NL.Níor aimsíodh athscríbhinní neamhghnácha frith-chiall ach amháin i gcásanna a raibh tionchar orthu, a shuíonn i dtús nó taobh istigh den réigiún athfhairsingithe (Buaiceanna Corcra i F1-14 agus F1-16 i bhFíor 3.).Ina theannta sin, aithníodh 54 DEG agus saibhríodh iad go léir i dtéarmaí GO agus MPO a bhaineann le feidhmeanna néarónacha.
Fíor 3. Doimhneacht léite normalaithe in aghaidh an tsrutha ón gcéad iarmhír de NOTCH2NLC i gcásanna nach ndearnadh difear dóibh (thuas) agus (thíos).
Teicneolaíocht
Teicneolaíochtaí Oxford Nanopore (ONT)
NDéanann seicheamhú anópóir idirdhealú idir é féin agus ardáin seicheamhaithe eile, sa mhéid is go léitear na núicléatídí go díreach gan próiseas sintéise DNA.De réir mar a théann DNA snáithe amháin trí phóir próitéine nana-mhéid (nanapór), gineann núicléatídí éagsúla sruthanna ianach éagsúla, ar féidir iad a ghabháil agus a aistriú go seicheamh bunanna.Ní thaispeánann ardán seicheamhaithe ONT féin teorainn theicniúil dhealraitheach ar fhad léamh DNA.Mar sin, tá léann Ultra-fada (ULRanna) ar fáil le haghaidh cóimeála genome ar ardchaighdeán.Ina theannta sin, cuidíonn na léamha thar a bheith fada seo, atá fada go leor chun gnéithe seichimh chasta nó éagsúlachtaí struchtúracha a thrasnú, le teorainneacha na seicheamhaithe gearrléite a shárú anseo.
Seicheamhú nanapóir
Aithint éagsúlachta struchtúir (SV).
Sseicheamh saor ó inthesis caomhnaithe den chuid is mó eolas meitilation DNA ar an teimpléad.Gineann A, T, C agus G meitiolaithe sruthanna ianach ar leith ó na cinn neamh-mheitilaithe, ar féidir leis an ardán a léamh go díreach.Cumasaíonn seicheamhú nana-póir próifíliú uile-ghéanóm de 5mC agus 6mA araon ag taifeach aon-núicléitíde.
Tagairt
Meitheamh Sone, et.al.Aithníonn seicheamhú fada-léite athleathnú GGC i NOTCH2NLC a bhaineann le galar cuimsithe ionnúicléigh néarónach.Géineolaíocht an Dúlra (2019)
Tech agus Buaicphointí Tá sé mar aidhm aige an cur i bhfeidhm rathúil is déanaí de theicneolaíochtaí seicheamhaithe ard-tréchuir éagsúla a roinnt i réimse taighde éagsúla chomh maith le smaointe iontacha i ndearadh turgnamhach agus mianadóireacht sonraí .
Am postála: Jan-06-2022