ENIYAN GENOMICS
iseda Jiini
Atẹle kika gigun n ṣe idanimọ awọn imugboroja tun GGC ni NOTCH2NLC ti o ni nkan ṣe pẹlu arun ifisi inu neuronal
ONT resequencing |Illumina |Gbogbo exome lesese |CRISPR-Cas9 ONT ìfọkànsí lesese |RNA-seq |ONT 5mC methylation pipe
Awọn ifojusi
1.By Asopọmọra onínọmbà lori idile NIID nla kan, awọn agbegbe meji ti o sopọ mọ ni a mọ.
2.ONT-orisun gun-ka lesese ati Cas-9 mediated enrichment ONT sequencing awari kan ti o pọju jiini fa NIID, GGC tun expansions ni 5′ UTR of NOTCH2NLC.Iwadi yii royin awọn imugboroja atunwi ninu awọn Jiini-kan pato ti eniyan fun igba akọkọ ti o wa nipasẹ awọn ẹda-ika.
Ilana 3.RNA ṣe afihan awọn iwe afọwọkọ antisense ajeji ni ibẹrẹ tabi inu GGC tun awọn agbegbe imugboroja ni NOTCH2NLC.
abẹlẹ
NArun intranuclear intranuclear euronal (NIID) jẹ arun ti o ni ilọsiwaju ati apaniyan neurodegenerative, eyiti o jẹ ifihan nipasẹ wiwa ti eosinophilic hyaline intranuclear inclusions ni aarin ati awọn eto aifọkanbalẹ agbeegbe.Awọn ifarahan ile-iwosan ti o ni iyipada pupọ ga soke awọn iṣoro nla ni iwadii aisan titi ifihan biopsy awọ ara.Sibẹsibẹ, awọn ọna ti o da lori histopathology tun n jiya lati inu aiṣedeede, eyiti o n pe fun oye jiini ti NIID.
Awọn aṣeyọri
Asopọmọra Analysis
Short-read sequencing based whole genome sequencing (WGS) ati gbogbo exome sequencing (WES) ni a ṣe lori idile NIID nla kan (13 kan ati awọn ọmọ ẹgbẹ 7 ti ko ni ipa).Atupalẹ ọna asopọ lori awọn SNP ti a fa jade lati inu data wọnyi ṣafihan awọn agbegbe meji ti o sopọ nikan: agbegbe 3.5 Mb ni 1p36.31-p36.22 (LOD ti o pọju = 2.32) ati agbegbe 58.1 Mb ni 1p22.1-q21.3 (LOD ti o pọju: 4.21 ).Sibẹsibẹ, ko si awọn SNPs pathogenic tabi CNV ti a damọ ni awọn agbegbe ti o sopọ mọ.
GGC tun awọn imugboroosi ni NOTCH2NLC
NAnopore-orisun lesese ti wa ni ilọsiwaju lori 13 fowo ati 4 unaffected omo egbe lati 8 idile (miran ti o kan omo egbe ti a lesese nipa Pacbio gun ka lesese Syeed.).Awọn data kika gigun ṣafihan arun ti o ni nkan ṣe GGC tun awọn imugboroja ni 5′ UTR ti aworan jiini NOTCH2NLC si agbegbe 58.1 Mb ti o ni asopọ (Aworan 1).Awọn imugboroja atunwi wọnyi tun jẹ idanimọ ni gbogbo awọn ọran 40 lẹẹkọọkan NIID ti o ni idanwo nipasẹ RP-PCR.
Cbi-9 ilana ibi-afẹde olulaja lori pẹpẹ nanopore ni iṣẹ lati ṣaṣeyọri agbegbe kika giga lori NOTCH2NLC atunwi (100 X-1,795 X).Awọn ilana ifọkanbalẹ wọnyi gba daradara pẹlu awọn awari iṣaaju lori awọn imugboroja tun GGC.Pẹlupẹlu, {(GGA) n (GGC) n} n tun ni a damọ bi ami jiini ti o pọju fun phenotype ti o jẹ alailagbara (Figure 2).
Nọmba 1. Arun ti o ni nkan ṣe imugboroja tun ṣe idanimọ lori exon 1 ti awọn isoforms NOTCH2NLC.
Ṣe nọmba 2. Awọn ilana ifọkanbalẹ ti NPTCH2NLC tun ṣe ni awọn alaisan NIID pẹlu (*) tabi laisi ailera-agbara phenotype
NAwọn Jiini OTCH2NL jẹ awọn Jiini kan pato ti eniyan, eyiti a gbagbọ lati ṣe ipa pataki ninu itankalẹ ọpọlọ eniyan ati awọn arun nipa iṣan.Sibẹsibẹ, awọn Jiini ti o ni ibatan NOTCH2 mẹta (NOTCH2NLA, NOTCH2NLB ati NOTCH2NLC) pẹlu> 99.1% idanimọ ọkọọkan ni a ko yanju titi di apejọ genome eniyan tuntun.Kokoro-ọfẹ ati ilana kika gigun lori pẹpẹ nanopore ti ṣe afihan awọn anfani akiyesi ni ipinnu awọn agbegbe ti ibajọra giga ati (GGC) n tun ṣe pẹlu 100% GC-ọlọrọ.
GGC tun awọn imugboroosi ni NOTCH2NLC
Transcriptome lesese ti a ni ilọsiwaju lori 2 fowo ati 2 ko fowo si omo egbe.Ijinle kika deede jẹ iṣiro lori ori ati awọn okun antisense ni oke ti awọn exons akọkọ ti awọn paralogi NOTCH2NL.Awọn iwe afọwọkọ egboogi-ara ajeji ni a rii nikan ni awọn ọran ti o kan, eyiti o joko ni ibẹrẹ tabi inu agbegbe imugboroja tun (Awọn oke eleyi ni F1-14 ati F1-16 ni Nọmba 3.).Ni afikun, 54 DEGs ni a mọ ati pe gbogbo wọn ni idarato ni awọn ọrọ GO ati MPO ti o ni ibatan si awọn iṣẹ neuronal.
Ṣe nọmba 3. Ijinle kika deede lori oke ti exon akọkọ ti NOTCH2NLC ni awọn iṣẹlẹ ti ko ni ipa (loke) ati ti o kan (isalẹ).
Imọ ọna ẹrọ
Awọn imọ-ẹrọ Oxford Nanopore (ONT)
Nanopore sequencing ṣe iyatọ si ara rẹ lati awọn iru ẹrọ ti o tẹle, ni pe a ka awọn nucleotides taara laisi ilana iṣelọpọ DNA.Bi DNA okun kan ti n kọja nipasẹ pore protein ti o ni iwọn nano (nanopore), awọn nucleotides oriṣiriṣi n ṣe agbekalẹ awọn ṣiṣan ionic oriṣiriṣi, eyiti o le mu ati gbe lọ si ọna ti awọn ipilẹ.Syeed itọsẹ ONT funrararẹ ko ṣe afihan opin imọ-ẹrọ ti o han lori gigun ti kika DNA.Nitorinaa, awọn kika Ultra-gun (ULRs) wa fun apejọ jiini ti didara giga.Pẹlupẹlu, awọn kika gigun pupọ wọnyi, eyiti o gun to lati kọja awọn ẹya ara ẹrọ ti o nipọn tabi iyatọ igbekale, ṣe iranlọwọ bori awọn idiwọn ti itẹlera-kukuru nibi.
Nanopore lesese
Iyatọ igbekale (SV) idanimọ
SItọpa-ọfẹ isọpọlọpọ ti o tọju alaye DNA methylation pupọ lori awoṣe.Methylated A, T, C ati G ṣe ina awọn ṣiṣan ionic ọtọtọ lati awọn ti ko-methylated, eyiti o le ka taara nipasẹ pẹpẹ.Itoju Nanopore n fun ni agbara gbogbo-jiomeji profaili ti mejeeji 5mC ati 6mA ni ipinnu nukleotide ẹyọkan.
Itọkasi
Jun Sone, ati.al.Atẹle kika gigun n ṣe idanimọ awọn imugboroja atunwi GGC ni NOTCH2NLC ti o ni nkan ṣe pẹlu arun ifisi inu neuronal.Genetics Iseda (2019)
Tekinoloji ati Ifojusi ṣe ifọkansi ni pinpin ohun elo aṣeyọri aipẹ julọ ti awọn oriṣiriṣi awọn imọ-ẹrọ ipasẹ ọna giga ni ọpọlọpọ awọn aaye iwadii ati awọn imọran didan ni apẹrẹ idanwo ati iwakusa data.
Akoko ifiweranṣẹ: Jan-06-2022