MAJINI YA BINADAMU
maumbile ya asili
Mfuatano uliosomwa kwa muda mrefu hutambua upanuzi wa marudio wa GGC katika NOTCH2NLC unaohusishwa na ugonjwa wa kujumuishwa kwa nyuro ndani ya nyuklia.
ONT inarejesha |Ilumina |Mpangilio mzima wa exome |Mfuatano unaolengwa wa CRISPR-Cas9 ONT |RNA-seq |Simu ya methylation ya ONT 5mC
Vivutio
1.Kwa uchambuzi wa Uhusiano kwenye familia kubwa ya NIID, mikoa miwili iliyounganishwa ilitambuliwa.
Mfuatano wa 2.ONT-msingi uliosomwa kwa muda mrefu na upatanishi wa upatanishi wa upatanishi wa ONT wa Cas-9 uligundua sababu ya kinasaba ya NIID, upanuzi wa kurudia kwa GGC katika 5′ UTR ya NOTCH2NLC.Utafiti huu uliripoti upanuzi wa kurudia katika jeni mahususi kwa binadamu kwa mara ya kwanza ambao uliibuka kupitia urudufu wa sehemu.
Mpangilio wa 3.RNA ulifichua manukuu yasiyo ya kawaida ya antisense mwanzoni au ndani ya maeneo ya upanuzi ya kurudia ya GGC katika NOTCH2NLC.
Usuli
NUgonjwa wa ujumuishaji wa nyuklia wa euronal (NIID) ni ugonjwa wa neurodegenerative unaoendelea na mbaya, ambao una sifa ya kuwepo kwa inclusions ya eosinofili ya hyaline intranuclear katika mifumo ya kati na ya pembeni ya neva.Udhihirisho wake wa kliniki unaobadilika sana huleta shida kubwa katika utambuzi hadi kuanzishwa kwa biopsy ya ngozi.Hata hivyo, mbinu za msingi za histopatholojia bado zinakabiliwa na utambuzi usio sahihi, ambao unatoa wito wa uelewa wa kinasaba wa NIID.
Mafanikio
Uchambuzi wa Kiungo
Smfuatano wa kusoma-hort kulingana na mpangilio mzima wa jenomu (WGS) na mpangilio mzima wa exome (WES) ulifanywa kwa familia kubwa ya NIID (13 walioathirika na wanachama 7 ambao hawajaathirika).Uchambuzi wa uhusiano kwenye SNP zilizotolewa kutoka kwa data hizi ulifunua maeneo mawili tu yaliyounganishwa: eneo la Mb 3.5 katika 1p36.31-p36.22 (kiwango cha juu LOD=2.32) na eneo la 58.1 Mb katika 1p22.1-q21.3 (kiwango cha juu zaidi LOD: 4.21 )Hata hivyo, hakuna SNP za pathogenic au CNVs zilizotambuliwa katika mikoa hii iliyounganishwa.
Upanuzi wa kurudia wa GGC katika NOTCH2NLC
Nmpangilio unaotegemea anopore ulichakatwa kwa 13 walioathiriwa na washiriki 4 ambao hawajaathirika kutoka kwa familia 8 (mwanachama mwingine aliyeathiriwa alipangwa na jukwaa la mfuatano la kusoma kwa muda mrefu la Pacbio.).Data iliyosomwa kwa muda mrefu ilifichua magonjwa yanayohusiana na upanuzi wa kurudiwa kwa GGC katika 5′ UTR ya NOTCH2NLC ramani ya jeni hadi eneo lililounganishwa la Mb 58.1 (Mchoro 1).Upanuzi huu wa kurudia pia ulitambuliwa katika visa vyote 40 vya mara kwa mara vya NIID vilivyojaribiwa na RP-PCR.
CMpangilio wa lengo la upatanishi wa as-9 kwenye jukwaa la nanopore ulitumika ili kufikia usomaji wa hali ya juu kwenye NOTCH2NLC marudio (100 X-1,795 X).Mfuatano huu wa makubaliano ulikubaliana vyema na matokeo ya awali kuhusu upanuzi wa marudio wa GGC.Zaidi ya hayo, marudio ya {(GGA)n (GGC)n}n yalitambuliwa kama kiashirio cha kinasaba cha uwezekano wa phenotype inayotawala udhaifu (Mchoro 2).
Kielelezo 1. Upanuzi unaohusiana na ugonjwa unaorudiwa umetambuliwa kwenye exon 1 ya NOTCH2NLC isoforms.
Kielelezo 2. Mlolongo wa Makubaliano ya NPTCH2NLC kurudia kwa wagonjwa wa NIID wenye(*) au bila phenotype inayotawala udhaifu.
NJeni za OTCH2NL ni jeni mahususi za binadamu, ambazo zinaaminika kuwa na jukumu muhimu katika mabadiliko ya ubongo wa binadamu na magonjwa ya neva.Hata hivyo, jeni tatu zinazohusiana na NOTCH2 (NOTCH2NLA, NOTCH2NLB na NOTCH2NLC) zilizo na >99.1% ya utambulisho wa mfuatano hazijatatuliwa hadi muunganisho wa hivi punde wa jenomu za binadamu.Mpangilio usio na usanisi na uliosomwa kwa muda mrefu kwenye jukwaa la nanopore umeonyesha manufaa dhahiri katika kutatua maeneo yenye ufanano wa juu na (GGC)n kurudia kwa 100% GC-tajiri.
Upanuzi wa kurudia wa GGC katika NOTCH2NLC
Tmpangilio wa ranscriptome ulichakatwa kwa washiriki 2 walioathirika na 2 ambao hawajaathirika.Kina cha usomaji wa kawaida kilikokotolewa kwenye nyuzi za maana na zisizo na hisia katika sehemu ya juu ya exoni za kwanza za vifungu vya NOTCH2NL.Nakala zisizo za kawaida za kupinga hisia zilipatikana tu katika kesi zilizoathiriwa, ambazo hukaa mwanzoni au ndani ya eneo la upanuzi wa kurudia (Vilele vya zambarau katika F1-14 na F1-16 kwenye Mchoro 3.).Aidha, DEG 54 zilitambuliwa na zote ziliboreshwa katika masharti ya GO na MPO yanayohusiana na kazi za nyuro.
Mchoro 3. Kina cha kawaida cha usomaji juu ya mkondo wa exon ya kwanza ya NOTCH2NLC katika visa visivyoathiriwa (hapo juu) na vilivyoathiriwa (chini).
Teknolojia
Oxford Nanopore Teghnologies (ONT)
Nmpangilio wa anopore hujitofautisha na majukwaa mengine ya mpangilio, kwa kuwa nyukleotidi husomwa moja kwa moja bila mchakato wa usanisi wa DNA.DNA ya uzi mmoja inapopitia kwenye pore ya protini yenye ukubwa wa nano (nanopore), nyukleotidi tofauti hutokeza mikondo ya ioni tofauti, ambayo inaweza kunaswa na kuhamishwa katika mfuatano wa besi.Jukwaa la upangaji la ONT lenyewe haionyeshi kikomo dhahiri cha kiufundi kwa urefu wa usomaji wa DNA.Kwa hivyo, usomaji wa muda mrefu zaidi (ULRs) unapatikana kwa mkusanyiko wa jenomu wa ubora wa juu.Zaidi ya hayo, usomaji huu mrefu sana, ambao ni wa kutosha kuvuka vipengele vya mfuatano changamano au utofauti wa muundo, husaidia kushinda vizuizi vya mfuatano wa kusoma kwa muda mfupi hapa.
Mpangilio wa Nanopore
Utambulisho wa mabadiliko ya muundo (SV).
Smpangilio usio na muundo wa awali ulihifadhi kwa kiasi kikubwa maelezo ya methylation ya DNA kwenye kiolezo.Methylated A, T, C na G huzalisha mikondo ya ionic tofauti kutoka kwa zisizo na methylated, ambazo zinaweza kusomwa moja kwa moja na jukwaa.Mfuatano wa Nanopore huwezesha uwekaji wasifu wa genome nzima wa 5mC na 6mA katika azimio la nyukleotidi moja.
Rejea
Juni Sone, na.al.Mfuatano uliosomwa kwa muda mrefu hubainisha upanuzi wa marudio wa GGC katika NOTCH2NLC unaohusishwa na ugonjwa wa kujumuishwa kwa nyuro ndani ya nyuklia.Jenetiki Asilia (2019)
Tech na Vivutio inalenga kushiriki utumizi uliofaulu wa hivi majuzi wa teknolojia tofauti za upangaji matokeo ya hali ya juu katika nyanja mbalimbali za utafutaji pamoja na mawazo bora katika muundo wa majaribio na uchimbaji data.
Muda wa kutuma: Jan-06-2022