ਉੱਚ-ਥਰੂਪੁਟ ਜੀਨੋਟਾਈਪਿੰਗ, ਖਾਸ ਤੌਰ 'ਤੇ ਵੱਡੇ ਪੈਮਾਨੇ ਦੀ ਆਬਾਦੀ 'ਤੇ, ਜੈਨੇਟਿਕ ਐਸੋਸੀਏਸ਼ਨ ਅਧਿਐਨਾਂ ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਬੁਨਿਆਦੀ ਕਦਮ ਹੈ, ਜੋ ਕਾਰਜਸ਼ੀਲ ਜੀਨ ਖੋਜ, ਵਿਕਾਸਵਾਦੀ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ, ਆਦਿ ਲਈ ਜੈਨੇਟਿਕ ਆਧਾਰ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦਾ ਹੈ। ਡੂੰਘੇ ਪੂਰੇ ਜੀਨੋਮ ਰੀ-ਸੀਕੈਂਸਿੰਗ ਦੀ ਬਜਾਏ, ਘੱਟ ਪ੍ਰਤੀਨਿਧਤਾ ਜੀਨੋਮ ਕ੍ਰਮ (RRGS) ਜੈਨੇਟਿਕ ਮਾਰਕਰ ਖੋਜ 'ਤੇ ਵਾਜਬ ਕੁਸ਼ਲਤਾ ਬਣਾਈ ਰੱਖਣ ਦੇ ਨਾਲ-ਨਾਲ ਪ੍ਰਤੀ ਨਮੂਨਾ ਕ੍ਰਮ ਦੀ ਲਾਗਤ ਨੂੰ ਘੱਟ ਕਰਨ ਲਈ ਪੇਸ਼ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ।ਇਹ ਆਮ ਤੌਰ 'ਤੇ ਦਿੱਤੀ ਗਈ ਆਕਾਰ ਸੀਮਾ ਦੇ ਅੰਦਰ ਪਾਬੰਦੀ ਦੇ ਟੁਕੜੇ ਨੂੰ ਐਕਸਟਰੈਕਟ ਕਰਕੇ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕੀਤਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ, ਜਿਸ ਨੂੰ ਰਿਡਿਊਡ ਪ੍ਰਸਤੁਤੀ ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ (RRL) ਦਾ ਨਾਮ ਦਿੱਤਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ।ਵਿਸ਼ੇਸ਼-ਲੋਕਸ ਐਂਪਲੀਫਾਈਡ ਫ੍ਰੈਗਮੈਂਟ ਸੀਕਵੈਂਸਿੰਗ (SLAF-Seq) ਵੱਡੀ ਆਬਾਦੀ ਦੀ ਡੀ ਨੋਵੋ SNP ਖੋਜ ਅਤੇ SNP ਜੀਨੋਟਾਈਪਿੰਗ ਲਈ ਇੱਕ ਸਵੈ-ਵਿਕਸਤ ਰਣਨੀਤੀ ਹੈ।
ਤਕਨੀਕੀ ਵਰਕਫਲੋ
SLAF ਬਨਾਮ ਮੌਜੂਦਾ RRL ਵਿਧੀਆਂ
SLAF ਦੇ ਫਾਇਦੇ
ਉੱਚ ਜੈਨੇਟਿਕ ਮਾਰਕਰ ਖੋਜ ਕੁਸ਼ਲਤਾ- ਉੱਚ-ਥਰੂਪੁੱਟ ਸੀਕਵੈਂਸਿੰਗ ਤਕਨਾਲੋਜੀ ਦੇ ਨਾਲ, SLAF-Seq ਵਿਭਿੰਨ ਖੋਜ ਪ੍ਰੋਜੈਕਟਾਂ ਦੀ ਬੇਨਤੀ ਨੂੰ ਪੂਰਾ ਕਰਨ ਲਈ ਪੂਰੇ ਜੀਨੋਮ ਦੇ ਅੰਦਰ ਲੱਭੇ ਗਏ ਸੈਂਕੜੇ ਹਜ਼ਾਰਾਂ ਟੈਗਾਂ ਨੂੰ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕਰ ਸਕਦਾ ਹੈ, ਜਾਂ ਤਾਂ ਹਵਾਲਾ ਜੀਨੋਮ ਦੇ ਨਾਲ ਜਾਂ ਇਸ ਤੋਂ ਬਿਨਾਂ।
ਅਨੁਕੂਲਿਤ ਅਤੇ ਲਚਕਦਾਰ ਪ੍ਰਯੋਗਾਤਮਕ ਡਿਜ਼ਾਈਨ- ਵੱਖ-ਵੱਖ ਖੋਜ ਟੀਚਿਆਂ ਜਾਂ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਲਈ, ਸਿੰਗਲ-ਐਨਜ਼ਾਈਮ, ਡੁਅਲ-ਐਨਜ਼ਾਈਮ ਅਤੇ ਮਲਟੀ-ਐਨਜ਼ਾਈਮ ਪਾਚਨ ਸਮੇਤ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਪਾਚਕ ਪਾਚਨ ਰਣਨੀਤੀਆਂ ਉਪਲਬਧ ਹਨ।ਇੱਕ ਅਨੁਕੂਲ ਐਨਜ਼ਾਈਮ ਡਿਜ਼ਾਈਨ ਨੂੰ ਯਕੀਨੀ ਬਣਾਉਣ ਲਈ ਸਿਲੀਕੋ ਵਿੱਚ ਪਾਚਨ ਰਣਨੀਤੀ ਦਾ ਪੂਰਵ-ਮੁਲਾਂਕਣ ਕੀਤਾ ਜਾਵੇਗਾ।
ਪਾਚਕ ਪਾਚਨ ਵਿੱਚ ਉੱਚ ਕੁਸ਼ਲਤਾ- ਪੂਰਵ-ਡਿਜ਼ਾਈਨ ਕੀਤਾ ਐਨਜ਼ਾਈਮੈਟਿਕ ਪਾਚਨ ਕ੍ਰੋਮੋਸੋਮ 'ਤੇ ਵਧੇਰੇ ਸਮਾਨ ਰੂਪ ਵਿੱਚ ਵੰਡਿਆ SLAF ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦਾ ਹੈ।ਫ੍ਰੈਗਮੈਂਟ ਕਲੈਕਸ਼ਨ ਕੁਸ਼ਲ 95% ਤੋਂ ਵੱਧ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕਰ ਸਕਦਾ ਹੈ।
ਦੁਹਰਾਉਣ ਵਾਲੇ ਕ੍ਰਮ ਤੋਂ ਬਚੋ- SLAF-Seq ਡੇਟਾ ਵਿੱਚ ਦੁਹਰਾਉਣ ਵਾਲੇ ਕ੍ਰਮ ਦੀ ਪ੍ਰਤੀਸ਼ਤਤਾ ਨੂੰ ਘਟਾ ਕੇ 5% ਤੋਂ ਘੱਟ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ, ਖਾਸ ਤੌਰ 'ਤੇ ਉੱਚ ਪੱਧਰੀ ਦੁਹਰਾਉਣ ਵਾਲੇ ਤੱਤਾਂ, ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਕਣਕ, ਮੱਕੀ, ਆਦਿ ਵਾਲੀਆਂ ਨਸਲਾਂ ਵਿੱਚ।
ਸਵੈ-ਵਿਕਸਤ ਬਾਇਓਇਨਫੋਰਮੈਟਿਕ ਵਰਕਫਲੋ- BMK ਨੇ ਅੰਤਿਮ ਆਉਟਪੁੱਟ ਦੀ ਭਰੋਸੇਯੋਗਤਾ ਅਤੇ ਸ਼ੁੱਧਤਾ ਨੂੰ ਯਕੀਨੀ ਬਣਾਉਣ ਲਈ SLAF-Seq ਤਕਨਾਲੋਜੀ 'ਤੇ ਲਾਗੂ ਇੱਕ ਏਕੀਕ੍ਰਿਤ ਬਾਇਓਇਨਫੋਰਮੈਟਿਕ ਵਰਕਫਲੋ ਵਿਕਸਿਤ ਕੀਤਾ ਹੈ।
SLAF ਦੀ ਅਰਜ਼ੀ
ਜੈਨੇਟਿਕ ਲਿੰਕੇਜ ਦਾ ਨਕਸ਼ਾ
ਉੱਚ-ਘਣਤਾ ਵਾਲੇ ਜੈਨੇਟਿਕ ਨਕਸ਼ੇ ਦਾ ਨਿਰਮਾਣ ਅਤੇ ਕ੍ਰਾਈਸੈਂਥਮਮ (ਕ੍ਰਿਸੈਂਥਮਮ x ਮੋਰੀਫੋਲੀਅਮ ਰਾਮੈਟ) ਵਿੱਚ ਸਥਾਨਾਂ ਨੂੰ ਨਿਯੰਤਰਿਤ ਕਰਨ ਵਾਲੇ ਫੁੱਲ-ਕਿਸਮ ਦੇ ਗੁਣਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ।
ਜਰਨਲ: ਬਾਗਬਾਨੀ ਖੋਜ ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਿਤ: 2020.7
ਜੀ.ਡਬਲਿਊ.ਏ.ਐੱਸ
ਜੀਨੋਮ-ਵਾਈਡ ਐਸੋਸੀਏਸ਼ਨ ਅਤੇ ਲਿੰਕੇਜ ਮੈਪਿੰਗ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ ਸੋਇਆਬੀਨ ਦੇ ਬੀਜਾਂ ਵਿੱਚ ਆਈਸੋਫਾਵੋਨ ਸਮੱਗਰੀ ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਉਮੀਦਵਾਰ ਜੀਨ ਦੀ ਪਛਾਣ
ਜਰਨਲ: ਪਲਾਂਟ ਜਰਨਲ ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਿਤ: 2020.08
ਵਿਕਾਸਵਾਦੀ ਜੈਨੇਟਿਕਸ
ਜਨਸੰਖਿਆ ਜੀਨੋਮਿਕ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਅਤੇ ਡੀ ਨੋਵੋ ਅਸੈਂਬਲੀ ਇੱਕ ਵਿਕਾਸਵਾਦੀ ਖੇਡ ਵਜੋਂ ਬੂਟੀ ਵਾਲੇ ਚੌਲਾਂ ਦੀ ਉਤਪਤੀ ਨੂੰ ਪ੍ਰਗਟ ਕਰਦੀ ਹੈ
ਜਰਨਲ: ਮੌਲੀਕਿਊਲਰ ਪਲਾਂਟ ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਿਤ: 2019.5
ਬਲਕਡ ਸੈਗਰੇਨੈਂਟ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ (BSA)
GmST1, ਜੋ ਕਿ ਇੱਕ ਸਲਫੋਟ੍ਰਾਂਸਫੇਰੇਸ ਨੂੰ ਏਨਕੋਡ ਕਰਦਾ ਹੈ, ਸੋਇਆਬੀਨ ਮੋਜ਼ੇਕ ਵਾਇਰਸ ਦੇ ਤਣਾਅ G2 ਅਤੇ G3 ਪ੍ਰਤੀ ਵਿਰੋਧ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦਾ ਹੈ
ਜਰਨਲ: ਪੌਦਾ, ਸੈੱਲ ਅਤੇ ਵਾਤਾਵਰਣ ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਿਤ: 2021.04
ਹਵਾਲਾ
ਸਨ ਐਕਸ, ਲਿਊ ਡੀ, ਝਾਂਗ ਐਕਸ, ਆਦਿ।SLAF-Seq: ਉੱਚ-ਥਰੂਪੁੱਟ ਕ੍ਰਮ [J] ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ ਵੱਡੇ ਪੈਮਾਨੇ ਦੀ ਡੀ ਨੋਵੋ SNP ਖੋਜ ਅਤੇ ਜੀਨੋਟਾਈਪਿੰਗ ਦਾ ਇੱਕ ਕੁਸ਼ਲ ਤਰੀਕਾ।ਪਲੋਸ ਇੱਕ, 2013, 8(3):e58700
ਗੀਤ X, Xu Y, Gao K, et al.ਉੱਚ-ਘਣਤਾ ਵਾਲੇ ਜੈਨੇਟਿਕ ਨਕਸ਼ੇ ਦੀ ਉਸਾਰੀ ਅਤੇ ਕ੍ਰਾਈਸੈਂਥਮਮ (ਕ੍ਰਿਸੈਂਥੇਮਮ × ਮੋਰੀਫੋਲੀਅਮ ਰਮੈਟ.) ਵਿੱਚ ਸਥਾਨ ਨੂੰ ਨਿਯੰਤਰਿਤ ਕਰਨ ਵਾਲੇ ਫੁੱਲ-ਕਿਸਮ ਦੇ ਗੁਣਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ।ਹੌਰਟਿਕ ਰੈਜ਼.2020; 7:108।
ਵੂ ਡੀ, ਲੀ ਡੀ, ਝਾਓ ਐਕਸ, ਏਟ ਅਲ.ਜੀਨੋਮ-ਵਾਈਡ ਐਸੋਸੀਏਸ਼ਨ ਅਤੇ ਲਿੰਕੇਜ ਮੈਪਿੰਗ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ ਸੋਇਆਬੀਨ ਦੇ ਬੀਜਾਂ ਵਿੱਚ ਆਈਸੋਫਲਾਵੋਨ ਸਮੱਗਰੀ ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਉਮੀਦਵਾਰ ਜੀਨ ਦੀ ਪਛਾਣ।ਪਲਾਂਟ ਜੇ. 2020;104(4): 950-963
Sun J, Ma D, Tang L, et al.ਜਨਸੰਖਿਆ ਜੀਨੋਮਿਕ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਅਤੇ ਡੀ ਨੋਵੋ ਅਸੈਂਬਲੀ ਇੱਕ ਵਿਕਾਸਵਾਦੀ ਖੇਡ ਦੇ ਰੂਪ ਵਿੱਚ ਵੇਡੀ ਰਾਈਸ ਦੀ ਉਤਪਤੀ ਨੂੰ ਪ੍ਰਗਟ ਕਰਦੀ ਹੈ।ਮੋਲ ਪਲਾਂਟ.2019;12(5):632-647।ਮੋਲ ਪਲਾਂਟ.2018;11(11):1360-1376।
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.GmST1, ਜੋ ਕਿ ਇੱਕ ਸਲਫੋਟ੍ਰਾਂਸਫੇਰੇਜ਼ ਨੂੰ ਏਨਕੋਡ ਕਰਦਾ ਹੈ, ਸੋਇਆਬੀਨ ਮੋਜ਼ੇਕ ਵਾਇਰਸ ਦੇ ਤਣਾਅ G2 ਅਤੇ G3 ਪ੍ਰਤੀ ਵਿਰੋਧ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦਾ ਹੈ।ਪੌਦਾ ਸੈੱਲ ਵਾਤਾਵਰਣ.2021;10.1111/ਪੀਸੀ.14066
ਪੋਸਟ ਟਾਈਮ: ਜਨਵਰੀ-04-2022