Ang high-throughput genotyping, lalo na sa malakihang populasyon, ay isang pundamental na hakbang sa genetic association studies, na nagbibigay ng genetic na batayan para sa functional gene discovery, evolutionary analysis, atbp. Sa halip na malalim na buong genome re-sequencing, binawasan ang representasyon ng genome sequencing(RRGS ) ay ipinakilala upang mabawasan ang gastos sa pagkakasunud-sunod sa bawat sample, habang pinapanatili ang makatwirang kahusayan sa pagtuklas ng genetic marker.Ito ay karaniwang nakakamit sa pamamagitan ng pagkuha ng restriction fragment sa loob ng ibinigay na hanay ng laki, na pinangalanang reduced representation library(RRL).Ang specific-locus amplified fragment sequencing (SLAF-Seq) ay isang self-developed na diskarte para sa de novo SNP discovery at SNP genotyping ng malalaking populasyon.
Teknikal na daloy ng trabaho
SLAF kumpara sa mga kasalukuyang pamamaraan ng RRL
Mga kalamangan ng SLAF
Mas mataas na kahusayan sa pagtuklas ng genetic marker– Kasama ng high-throughput na teknolohiya sa pagkakasunud-sunod, maaaring makamit ng SLAF-Seq ang daan-daang libong mga tag na natuklasan sa loob ng buong genome upang matupad ang kahilingan ng magkakaibang mga proyekto sa pananaliksik, mayroon man o walang reference na genome.
Customized at Flexible na pang-eksperimentong disenyo– Para sa iba't ibang layunin ng pananaliksik o species, available ang iba't ibang diskarte sa pagtunaw ng enzymatic kabilang ang single-enzyme, dual-enzyme at multi-enzyme digestion.Ang diskarte sa panunaw ay paunang susuriin sa silico upang matiyak ang pinakamainam na disenyo ng enzyme.
Mataas na kahusayan sa enzymatic digestion– Ang pre-designed na enzymatic digestion ay nagbibigay ng mas pantay na distributed SLAFs sa chromosome.Ang mahusay na koleksyon ng fragment ay maaaring makamit ang higit sa 95%.
Iwasan ang paulit-ulit na pagkakasunod-sunod– Ang porsyento ng paulit-ulit na pagkakasunud-sunod sa data ng SLAF-Seq ay binabawasan sa mas mababa sa 5%, lalo na sa mga species na may mataas na antas ng mga paulit-ulit na elemento, tulad ng trigo, mais, atbp.
Self-developed bioinformatic workflow– Bumuo ang BMK ng pinagsama-samang bioinformatic workflow na naaangkop sa teknolohiya ng SLAF-Seq upang matiyak ang pagiging maaasahan at katumpakan ng huling output.
Paglalapat ng SLAF
Mapa ng genetic linkage
High-density genetic map construction at pagkakakilanlan ng loci controlling flower-type traits sa Chrysanthemum(Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Journal: Pananaliksik sa Hortikultura Na-publish: 2020.7
GWAS
Pagkilala sa isang kandidatong gene na nauugnay sa nilalaman ng isofavone sa mga buto ng soy gamit ang genome-wide association at linkage mapping
Journal: ang Plant Journal Na-publish: 2020.08
Evolutionary Genetics
Ang pagsusuri sa genomic ng populasyon at pagpupulong ng de novo ay nagpapakita ng pinagmulan ng weedy rice bilang isang evolutionary game
Journal: Molecular Plant Na-publish: 2019.5
Bulked Segregant Analysis (BSA)
Ang GmST1, na nag-encode ng sulfotransferase, ay nagbibigay ng paglaban sa mga strain ng soybean mosaic virus na G2 at G3
Journal: Plant, Cell&Environment Na-publish: 2021.04
Sanggunian
Sun X, Liu D, Zhang X, et al.SLAF-Seq: isang mahusay na paraan ng malakihang pagtuklas ng de novo SNP at genotyping gamit ang high-throughput sequencing[J].Plos one, 2013, 8(3):e58700
Kanta X, Xu Y, Gao K, et al.High-density genetic map construction at identification ng loci controlling flower-type traits sa Chrysanthemum (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.Pagkilala sa isang kandidatong gene na nauugnay sa nilalaman ng isoflavone sa mga buto ng soy gamit ang genome-wide association at linkage mapping.Plant J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et al.Inihayag ng Population Genomic Analysis at De Novo Assembly ang Pinagmulan ng Weedy Rice bilang isang Evolutionary Game.Halaman ng Mol.2019;12(5):632-647.Halaman ng Mol.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.Ang GmST1, na nag-encode ng sulfotransferase, ay nagbibigay ng paglaban sa mga strain ng soybean mosaic virus na G2 at G3.Kapaligiran ng Plant Cell.2021;10.1111/pce.14066
Oras ng post: Ene-04-2022