Mae genoteipio trwybwn uchel, yn enwedig ar boblogaeth ar raddfa fawr, yn gam sylfaenol mewn astudiaethau cysylltiad genetig, sy'n darparu sail enetig ar gyfer darganfod genynnau swyddogaethol, dadansoddi esblygiadol, ac ati. ) yn cael ei gyflwyno i leihau cost dilyniannu fesul sampl, tra'n cynnal effeithlonrwydd rhesymol ar ddarganfod marciwr genetig.Cyflawnir hyn yn gyffredin trwy echdynnu darn cyfyngiad o fewn ystod maint penodol, a elwir yn llyfrgell cynrychiolaeth lai (RRL).Mae dilyniannu darnau chwyddedig â locws penodol (SLAF-Seq) yn strategaeth hunanddatblygedig ar gyfer darganfod PCE de novo a genoteipio PCE o boblogaethau mawr.
Llif gwaith technegol
SLAF yn erbyn dulliau RRL Presennol
Manteision SLAF
Effeithlonrwydd darganfod marciwr genetig uwch- Ar y cyd â thechnoleg dilyniannu trwybwn uchel, gallai SLAF-Seq gyflawni cannoedd o filoedd o dagiau a ddarganfuwyd o fewn genom cyfan i gyflawni cais prosiectau ymchwil amrywiol, naill ai gyda genom cyfeirio neu hebddo.
Dyluniad arbrofol wedi'i addasu a hyblyg– Ar gyfer nod neu rywogaethau ymchwil gwahanol, mae gwahanol strategaethau treulio ensymatig ar gael gan gynnwys treuliad un-ensym, ensym deuol ac aml-ensym.Bydd y strategaeth dreulio yn cael ei rhag-werthuso mewn silico i sicrhau dyluniad ensymau gorau posibl.
Effeithlonrwydd uchel mewn treuliad enzymatig– Mae treuliad ensymatig wedi'i gynllunio ymlaen llaw yn darparu SLAFs wedi'u dosbarthu'n fwy cyfartal ar gromosomau.Gall casglu darnau yn effeithlon gyflawni dros 95%.
Osgoi dilyniant ailadroddus- Mae canran y dilyniant ailadroddus yn nata SLAF-Seq yn cael ei ostwng i lai na 5%, yn enwedig mewn rhywogaethau â lefel uchel o elfennau ailadroddus, fel gwenith, indrawn, ac ati.
Llif gwaith biowybodeg hunanddatblygedig- Datblygodd BMK lif gwaith biowybodeg integredig sy'n berthnasol i dechnoleg SLAF-Seq i sicrhau dibynadwyedd a chywirdeb yr allbwn terfynol.
Cymhwyso SLAF
Map cyswllt genetig
Llunio mapiau genetig dwysedd uchel ac adnabod loci sy'n rheoli nodweddion math o flodau yn Chrysanthemum (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Cyfnodolyn: Horticulture Research Cyhoeddwyd: 2020.7
GWAS
Adnabod genyn ymgeisiol sy'n gysylltiedig â chynnwys isofafon mewn hadau ffa soia gan ddefnyddio cysylltiad genom-eang a mapio cysylltedd
Cyfnodolyn: The Plant Journal Cyhoeddwyd: 2020.08
Geneteg Esblygiadol
Mae dadansoddiad genomig poblogaeth a chynulliad de novo yn datgelu tarddiad reis chwyn fel gêm esblygiadol
Cyfnodolyn: Molecular Plant Cyhoeddwyd: 2019.5
Dadansoddiad Gwahanol Swmpus (BSA)
Mae GmST1, sy'n amgodio sulfotransferase, yn rhoi ymwrthedd i straenau firws mosaig ffa soia G2 a G3
Cyfnodolyn: Plant, Cell ac Amgylchedd Cyhoeddwyd: 2021.04
Cyfeiriad
Dydd Sul X, Liu D, Zhang X, et al.SLAF-Seq: dull effeithlon o ddarganfod a genoteipio SNP de novo ar raddfa fawr gan ddefnyddio dilyniannu trwybwn uchel[J].Plos un, 2013, 8(3):e58700
Cân X, Xu Y, Gao K, et al.Llunio mapiau genetig dwysedd uchel ac adnabod loci sy'n rheoli nodweddion math o flodau yn Chrysanthemum (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020; 7: 108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.Nodi genyn ymgeisydd sy'n gysylltiedig â chynnwys isoflavone mewn hadau ffa soia gan ddefnyddio mapio cysylltiad genom-eang a chysylltiadau.Planhigyn J. 2020;104(4): 950-963.
Dydd Sul J, Ma D, Tang L, et al.Dadansoddiad Genomig Poblogaeth a Chynulliad De Novo yn Datgelu Tarddiad Reis Chwynnog fel Gêm Esblygiadol.Mol Planhigyn.2019; 12(5):632-647.Mol Planhigyn.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.Mae GmST1, sy'n amgodio sulfotransferase, yn rhoi ymwrthedd i straenau firws mosaig ffa soia G2 a G3.Amgylchedd Cell Planhigion.2021;10.1111/rhif.14066
Amser postio: Ionawr-04-2022