Genotyping high-throughput, utamane ing populasi skala gedhe, minangka langkah dhasar ing studi asosiasi genetik, sing nyedhiyakake basis genetik kanggo panemuan gen fungsional, analisis evolusi, lan liya-liyane. ) dikenalaké kanggo nyilikake biaya urutan saben sampel, nalika njaga efisiensi sing cukup kanggo panemuan panandha genetik.Iki umume digayuh kanthi ngekstrak fragmen watesan ing sawetara ukuran tartamtu, sing dijenengi perpustakaan perwakilan sing dikurangi (RRL).Urutan fragmen amplified-locus spesifik (SLAF-Seq) minangka strategi sing dikembangake dhewe kanggo panemuan SNP de novo lan genotipe SNP saka populasi gedhe.
Alur kerja teknis
SLAF vs metode RRL sing ana
Kaluwihan saka SLAF
Efisiensi panemuan panandha genetik sing luwih dhuwur- Digabungake karo teknologi urutan throughput dhuwur, SLAF-Seq bisa entuk atusan ewu tag sing ditemokake ing kabeh genom kanggo ngrampungake panjaluk macem-macem proyek riset, kanthi genom referensi utawa tanpa genom.
Desain eksperimen sing disesuaikan & Fleksibel- Kanggo tujuan riset utawa spesies sing beda, strategi pencernaan enzim sing beda kasedhiya kalebu pencernaan siji-enzim, dual-enzim lan multi-enzim.Strategi pencernaan bakal dievaluasi kanthi silico kanggo njamin desain enzim sing optimal.
Efisiensi dhuwur ing pencernaan enzimatik- Pencernaan enzimatik sing wis dirancang nyedhiyakake SLAF sing disebarake kanthi rata ing kromosom.Koleksi fragmen sing efisien bisa entuk luwih saka 95%.
Ngindhari urutan sing bola-bali- Persentase urutan bola-bali ing data SLAF-Seq dikurangi dadi luwih murah tinimbang 5%, utamane ing spesies kanthi unsur repetitif tingkat dhuwur, kayata gandum, jagung, lsp.
Alur kerja bioinformatika sing dikembangake dhewe- BMK ngembangake alur kerja bioinformatik terpadu sing ditrapake kanggo teknologi SLAF-Seq kanggo njamin linuwih lan akurasi output akhir.
Aplikasi saka SLAF
Peta pranala genetik
Konstruksi peta genetik kanthi kapadhetan dhuwur lan identifikasi lokus sing ngontrol sipat jinis kembang ing Chrysanthemum (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Jurnal: Riset Hortikultura Diterbitake: 2020.7
GWAS
Identifikasi gen calon sing digandhengake karo isi isofavon ing wiji kedelai nggunakake asosiasi genom lan pemetaan linkage
Jurnal: Jurnal Tanaman Diterbitake: 2020.08
Genetika Evolusi
Analisis genomik populasi lan Déwan de novo ngungkapake asal-usul beras weedy minangka game evolusi
Jurnal: Molecular Plant Diterbitake: 2019.5
Analisis Segregant Bulked (BSA)
GmST1, sing ngode sulfotransferase, menehi resistensi marang galur virus mozaik kedelai G2 lan G3
Jurnal: Tanduran, Sel & Lingkungan Diterbitake: 2021.04
Referensi
Sun X, Liu D, Zhang X, et al.SLAF-Seq: cara sing efisien kanggo panemuan lan genotip SNP de novo skala gedhe kanthi nggunakake urutan throughput dhuwur [J].Plos siji, 2013, 8(3):e58700
Song X, Xu Y, Gao K, et al.Konstruksi peta genetik kanthi kapadhetan dhuwur lan identifikasi lokus sing ngontrol sipat jinis kembang ing Chrysanthemum (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.Identifikasi gen calon sing digandhengake karo konten isoflavon ing wiji kedelai nggunakake asosiasi genom lan pemetaan linkage.Tanduran J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et al.Analisis Genomik Populasi lan Majelis De Novo Mbukak Asal-Usul Beras Weedy minangka Game Evolusi.Tanduran Mol.2019;12(5):632-647.Tanduran Mol.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.GmST1, sing ngode sulfotransferase, menehi resistensi marang galur virus mozaik kedelai G2 lan G3.Lingkungan Sel Tumbuhan.2021;10.1111/pc.14066
Wektu kirim: Jan-04-2022