La genotipizzazione ad alto rendimento, soprattutto su popolazioni su larga scala, è un passo fondamentale negli studi di associazione genetica, che fornisce la base genetica per la scoperta di geni funzionali, l'analisi evolutiva, ecc. Invece del risequenziamento profondo dell'intero genoma, il sequenziamento del genoma a rappresentazione ridotta (RRGS ) viene introdotto per ridurre al minimo il costo di sequenziamento per campione, pur mantenendo un'efficienza ragionevole nella scoperta dei marcatori genetici.Ciò si ottiene comunemente estraendo il frammento di restrizione entro un determinato intervallo di dimensioni, denominato libreria di rappresentazione ridotta (RRL).Il sequenziamento di frammenti amplificati con locus specifico (SLAF-Seq) è una strategia autosviluppata per la scoperta di SNP de novo e la genotipizzazione di SNP di grandi popolazioni.
Flusso di lavoro tecnico
SLAF e metodi RRL esistenti
Vantaggi di SLAF
Maggiore efficienza nella scoperta dei marcatori genetici– In combinazione con la tecnologia di sequenziamento ad alto rendimento, SLAF-Seq potrebbe ottenere centinaia di migliaia di tag scoperti all’interno dell’intero genoma per soddisfare la richiesta di diversi progetti di ricerca, con o senza un genoma di riferimento.
Design sperimentale personalizzato e flessibile– Per diversi obiettivi di ricerca o specie, sono disponibili diverse strategie di digestione enzimatica, inclusa la digestione monoenzimatica, doppia enzimatica e multienzimatica.La strategia di digestione sarà pre-valutata in silico per assicurare una progettazione enzimatica ottimale.
Alta efficienza nella digestione enzimatica– La digestione enzimatica pre-progettata fornisce SLAF distribuiti in modo più uniforme sul cromosoma.L'efficienza della raccolta dei frammenti può raggiungere oltre il 95%.
Evitare sequenze ripetitive– La percentuale di sequenza ripetitiva nei dati SLAF-Seq è ridotta a meno del 5%, soprattutto nelle specie con un alto livello di elementi ripetitivi, come grano, mais, ecc.
Flusso di lavoro bioinformatico autosviluppato– BMK ha sviluppato un flusso di lavoro bioinformatico integrato applicabile alla tecnologia SLAF-Seq per garantire l'affidabilità e l'accuratezza dell'output finale.
Applicazione dello SLAF
Mappa del collegamento genetico
Costruzione di mappe genetiche ad alta densità e identificazione di loci che controllano i tratti del tipo floreale nel crisantemo (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Rivista: Ricerca sull'orticoltura Pubblicato: 2020.7
GWAS
Identificazione di un gene candidato associato al contenuto di isofavone nei semi di soia mediante associazione dell'intero genoma e mappatura del collegamento
Rivista: The Plant Journal Pubblicato: 2020.08
Genetica evolutiva
L’analisi genomica della popolazione e l’assemblaggio de novo rivelano l’origine del riso erbaceo come gioco evolutivo
Rivista: Molecular Plant Pubblicato: 2019.5
Analisi dei segreganti in blocco (BSA)
GmST1, che codifica per una sulfotransferasi, conferisce resistenza ai ceppi G2 e G3 del virus del mosaico della soia
Rivista: Plant, Cell&Environment Pubblicato: 2021.04
Riferimento
Sun X, Liu D, Zhang X et al.SLAF-Seq: un metodo efficiente per la scoperta di SNP de novo su larga scala e la genotipizzazione utilizzando il sequenziamento ad alto rendimento[J].Plos one, 2013, 8(3):e58700
Canzone X, Xu Y, Gao K et al.Costruzione di mappe genetiche ad alta densità e identificazione di loci che controllano i tratti del tipo floreale nel crisantemo (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Ricerca ortica.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X et al.Identificazione di un gene candidato associato al contenuto di isoflavoni nei semi di soia mediante associazione dell'intero genoma e mappatura del collegamento.Pianta J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et al.L'analisi genomica della popolazione e l'assemblaggio de novo rivelano l'origine del riso erbaceo come gioco evolutivo.Pianta Mol.2019;12(5):632-647.Pianta Mol.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z et al.GmST1, che codifica per una sulfotransferasi, conferisce resistenza ai ceppi G2 e G3 del virus del mosaico della soia.Ambiente della cellula vegetale.2021;10.1111/pz.14066
Orario di pubblicazione: 04 gennaio 2022