Айрыкча ири масштабдуу популяцияда жогорку өтүмдүү генотиптөө генетикалык ассоциацияны изилдөөдө фундаменталдуу кадам болуп саналат, ал гендердин функционалдык ачылышы, эволюциялык анализ ж.б. үчүн генетикалык негизди камсыз кылат. Бүтүндөй геномду терең ре-секвенсациялоонун ордуна, геномдун секвенциясын кыскартуу (RRGS) ) генетикалык маркерди ачууда акылга сыярлык эффективдүүлүктү сактоо менен бирге, бир үлгүдөгү секвенирлөө наркын минималдаштыруу үчүн киргизилген.Бул, адатта, кыскартылган өкүлчүлүк китепканасы (RRL) деп аталган берилген өлчөмдөр диапазонунда чектөө фрагментин алуу аркылуу жетишилет.Спецификалык локустун күчөтүлгөн фрагменттеринин секвенциясы (SLAF-Seq) - бул SNPди жаңыдан ачуу жана чоң популяциялардын SNP генотиптөө үчүн өз алдынча иштелип чыккан стратегия.
Техникалык иш процесси
SLAF vs Учурдагы RRL ыкмалары
SLAF артыкчылыктары
Генетикалык маркерди ачуунун натыйжалуулугу жогору– Жогорку өтүмдүү секвенирлөө технологиясы менен айкалышып, SLAF-Seq шилтеме геному менен же болбосо, ар түрдүү изилдөө долбоорлорунун суроо-талабын аткаруу үчүн бүт геномдун ичинде табылган жүз миңдеген тэгдерге жетише алат.
Ыңгайлаштырылган жана ийкемдүү эксперименталдык дизайн– Ар кандай изилдөө максаттары же түрлөрү үчүн ар кандай ферменттик сиңирүү стратегиялары бар, анын ичинде бир ферменттүү, кош ферменттүү жана көп ферменттүү сиңирүү.Тамак сиңирүү стратегиясы оптималдуу фермент дизайнын камсыз кылуу үчүн кремнийде алдын ала бааланат.
Ферменттик сиңирүүдөгү жогорку эффективдүүлүк– Алдын ала иштелип чыккан ферменттик сиңирүү хромосома боюнча бир калыпта бөлүштүрүлгөн SLAFтарды камсыз кылат.Фрагменттерди чогултуу эффективдүү 95% га жетиши мүмкүн.
Кайталануучу ырааттуулуктан качыңыз– SLAF-Seq маалыматтарында кайталануучу ырааттуулуктун пайызы 5% дан төмөн төмөндөйт, айрыкча, буудай, жүгөрү ж.б.
Өз алдынча иштелип чыккан биоинформатикалык иш процесси– BMK акыркы чыгаруунун ишенимдүүлүгүн жана тактыгын камсыз кылуу үчүн SLAF-Seq технологиясына колдонулуучу интеграцияланган биоинформатикалык иш процессин иштеп чыкты.
SLAF колдонуу
Генетикалык байланыш картасы
Хризантемада (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Журнал: Багбанчылык изилдөөсү Жарыяланган: 2020.7
GWAS
Соя үрөндөрүндөгү изофавондун мазмуну менен байланышкан талапкер генди геномдук ассоциация жана байланыш картасын колдонуу менен аныктоо
Журнал: The Plant Journal Жарыяланган күнү: 2020.08
Эволюциялык генетика
Популяциянын геномдук анализи жана де-ново чогулушу отоо чөптүү күрүчтүн эволюциялык оюн катары келип чыгышын ачып берет.
Журнал: Молекулярдык өсүмдүк Жарыяланган: 2019.5
Көптөгөн бөлгөн талдоо (BSA)
Сульфотрансферазаны коддогон GmST1 соя мозаикасынын вирусунун G2 жана G3 штаммдарына туруктуулукту көрсөтөт.
Журнал: Plant, Cell & Environment Жарыяланган күнү: 2021.04
Шилтеме
Sun X, Liu D, Zhang X, жана башкалар.SLAF-Seq: масштабдуу де novo SNP ачылышынын жана генотиптөөнүн эффективдүү ыкмасы, жогорку өтүмдүү секвенирлөө [J].Plos one, 2013, 8(3):e58700
Ыр X, Xu Y, Gao K, ж.б.Хризантемада (Chrysanthemum × morifolium Ramat.) жогорку тыгыздыктагы генетикалык картаны түзүү жана гүл тибиндеги белгилерди көзөмөлдөөчү локустарды аныктоо.Hortic Res.2020;7:108.
Ву Д, Ли Д, Чжао X жана башкалар.Соя үрөндөрүндөгү изофлавондун мазмуну менен байланышкан талапкер генди геномдук ассоциация жана байланыш картасын колдонуу менен аныктоо.Plant J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et al.Популяциянын геномдук анализи жана Де Ново ассамблеясы эволюциялык оюн катары отоо чөптүү күрүчтүн келип чыгышын ачып берет.Мол заводу.2019;12(5):632-647.Мол заводу.2018;11(11):1360-1376.
Чжао Х, Цзин Ы, Луо Ц, ж.б.Сульфотрансферазаны коддогон GmST1 соя мозаикалык вирусунун G2 жана G3 штаммдарына туруктуулукту көрсөтөт.Өсүмдүк клеткасынын айланасы.2021;10.1111/pce.14066
Билдирүү убактысы: 04-04-2022