Tha genotyping àrd-thoradh, gu h-àraidh air àireamh-sluaigh mòr, na cheum bunaiteach ann an sgrùdaidhean co-cheangail ginteil, a tha a 'toirt seachad bunait ginteil airson lorg gine gnìomhach, mion-sgrùdadh mean-fhàs, msaa. ) air a thoirt a-steach gus cosgais sreathachaidh gach sampall a lughdachadh, fhad ‘s a chumas e èifeachdas reusanta air lorg comharran ginteil.Tha seo mar as trice air a choileanadh le bhith a’ toirt a-mach criomag cuibhreachaidh taobh a-staigh raon meud sònraichte, ris an canar leabharlann riochdachaidh lùghdaichte (RRL).Is e ro-innleachd fèin-leasaichte airson lorg SNP de novo agus genotyping SNP de àireamhan mòra a th’ ann an sreath chriomagan leudaichte le locus sònraichte (SLAF-Seq).
Sruth-obrach teicnigeach
SLAF vs dòighean RRL gnàthaichte
Buannachdan SLAF
Èifeachdas lorg comharran ginteil nas àirde- Còmhla ri teicneòlas seicheamh àrd-threòrachadh, b’ urrainn dha SLAF-Seq na ceudan de mhìltean de tagaichean a lorgar taobh a-staigh genome slàn a choileanadh gus iarrtas phròiseactan rannsachaidh eadar-mheasgte a choileanadh, an dàrna cuid le no às aonais genoma iomraidh.
Dealbhadh deuchainneach gnàthaichte & sùbailte- Airson diofar amas no gnèithean rannsachaidh, tha diofar ro-innleachdan cnàmhaidh enzymatic rim faighinn a’ toirt a-steach cnàmhadh aon-enzymatic, dà-enzyme agus ioma-enzyme.Bidh ro-innleachd cnàmhaidh air a ro-mheasadh ann an silico gus dèanamh cinnteach à dealbhadh enzyme as fheàrr.
Àrd-èifeachdas ann an cnàmhadh enzymatic- Tha cnàmhadh enzymatic ro-dhealbhaichte a’ toirt seachad SLAFn air an cuairteachadh nas cothromaiche air cromosome.Faodaidh cruinneachadh cìrean èifeachdach còrr air 95% a choileanadh.
Seachain sreath ath-aithris- Tha an àireamh sa cheud de shreath ath-aithris ann an dàta SLAF-Seq air a lughdachadh gu nas ìsle na 5%, gu sònraichte ann an gnèithean le ìre àrd de eileamaidean ath-aithris, leithid cruithneachd, arbhar-mhara, msaa.
Sruth-obrach bioinformatics fèin-leasaichte- Leasaich BMK sruth-obrach bith-fiosrachaidh aonaichte a tha iomchaidh do theicneòlas SLAF-Seq gus dèanamh cinnteach à earbsachd agus cruinneas an toraidh deireannach.
Cur an gnìomh SLAF
Mapa ceangail ginteil
Togail mapa ginteil àrd-dùmhlachd agus comharrachadh loci a’ cumail smachd air feartan seòrsa fhlùraichean ann an Chrysanthemum (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Iris: Horticulture Research Foillsichte: 2020.7
GWAS
Comharrachadh gine tagraiche co-cheangailte ri susbaint isofavone ann an sìol soybean a’ cleachdadh ceangal genome-farsaing agus mapadh ceangail
Iris: The Plant Journal Air fhoillseachadh: 2020.08.2020
Gintinneachd mean-fhàs
Tha mion-sgrùdadh genomic sluaigh agus co-chruinneachadh de novo a’ nochdadh cò às a thàinig rus weedy mar gheama mean-fhàs
Iris: Molecular Plant Foillsichte: 2019.5
Mion-sgrùdadh Sgaraidh Iomlan (BSA)
Tha GmST1, a tha a’ còdachadh sulfotransferase, a’ cur an aghaidh sreathan bhìoras breac-dhualadh soybean G2 agus G3
Iris: Plant, Cell & Environment Foillsichte: 2021.04
Iomradh
Sun X, Liu D, Zhang X, et al.SLAF-Seq: dòigh èifeachdach air lorg SNP mòr-sgèile agus genotyping a’ cleachdadh sreath de thoraidhean àrd[J].Plos a h-aon, 2013, 8(3):e58700
Òran X, Xu Y, Gao K, et al.Togail mapa ginteil àrd-dùmhlachd agus comharrachadh loci a’ cumail smachd air feartan seòrsa fhlùraichean ann an Chrysanthemum (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020; 7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.Comharrachadh gine tagraiche co-cheangailte ri susbaint isoflavone ann an sìol soybean a’ cleachdadh ceangal genome-farsaing agus mapadh ceangail.Lusan J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et al.Mion-sgrùdadh Genomic Àireamh-sluaigh agus Seanadh De Novo a’ nochdadh cò às a thàinig Weedy Rice mar gheama mean-fhàs.Lusan Mol.2019; 12(5):632-647.Lusan Mol.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.Tha GmST1, a tha a’ còdachadh sulfotransferase, a’ cur an aghaidh sreathan bhìoras breac-dhualadh soybean G2 agus G3.Àrainneachd Cell Plant.2021; 10.1111/pc.14066
Ùine puist: Faoilleach-04-2022